我们在前面已经说过，元朝在地方上最高行政区划是行省，在行省之下又有路、府州、县等级别的区划，但由于元朝的行省大多辖区较广，中央政府时常感到鞭长莫及，因此，为了加强管理，便在离行省中心较远的地区，又分道设立宣慰司，负责协调临近路、府的军民事务。元朝一共有山东东西道（治益都路）、荆湖北道（治中兴路）、湖南道（治天临路）、海北海南道（治雷州路）、河东山西道（治大同路）、四川南道（治重庆路）、广东道（治广州路）、福建道（治福州路）、淮东道（治扬州路）、浙东道（治庆元路）、广西两江道（治静江路）等11个宣慰使司道。宣慰使司道向上承接省的政令，向下传达到各县，然后又将各县的一些请求向上传递到省，承上启下，兼有行省派出机构和介乎省、路之间一级行政机构的职能，因此，宣慰使司道也被当作省之下的一级准政区。
在边疆地区的少数民族聚居区还设有宣慰司。如在云南行省，就设有罗罗斯（治建昌路）、乌撒乌蒙（治乌撒路）、曲靖（治曲靖路）、临安广西元江（治建水州）、银沙罗甸（治银沙罗甸）、大理金齿（治永昌府）及八百（治八百）7个宣慰司；在湖广行省，也设有八番顺元（治贵州）宣慰司。从这些宣慰司所统辖的路数与管辖范围的规模来说，都比不上上面我们所提到的那11个宣慰司道。再有，由于这些宣慰司主要用来协调军事方面的事宜，因此，又常被称为宣慰使司都元帅府。虽然名称有些变化，但是其长官仍叫宣慰使，并不授予元帅的头衔。
另外，在少数民族居住区，还设置有宣抚司、安抚司等，由宣慰司统领。比如湖广行省就设立了顺元、播州、思州宣抚司，庆远南丹、乾宁安抚司；云南行省也设立了丽江路、威楚开南、广南西路宣抚司；四川行省也有叙南宣抚司与永顺安抚司等。
由于上述这些设在少数民族地区的宣慰司及宣抚司与安抚司等官员的正职都设达鲁花赤，而副职则由当地土人担任，因此，又被称为“土司”。兴起于元朝的土司制度，是中央政府在少数民族居住区所实行的一种特殊政策，它不同于自秦汉以来在少数民族地区所实施的羁縻政策，即中央政府不在少数民族地区设立正式的行政区划，而是让当地的部族首领自行治理。元朝土司职位是世袭的，但在承袭时要得到元朝中央政府的批准，不然就要兴师问罪。史书上就记载了这样一件事。在至元十七年（1280），土官亦奚不薛生病后没向皇帝禀告便自行将他的官职转给了他的从子，元世祖得知后，非常生气，斥之为“无人臣礼”，发兵讨伐。亦奚不薛见此情况，只得亲自出面，向世祖赔罪，元军才撤回都城。这说明了元朝中央政府对土司的控制还是有一定威慑力的。总之，土司制度与羁縻政策相比较，治理的方式显然进了一步，已经将间接统治变成了直接统治，虽然这种管理与汉族地区设置的正式行政区划还有一定的差距。