清朝初年，清军在平定西南地区的过程中，由于盘踞在各地的土司并没有对他们构成威胁，于是清政府经过仔细考虑后，决定保留明朝的状况，让这些土司暂时存在下去。不仅如此，对新归附的民族首领，也让他们担任新的土官，增设了不少土司。但是对这些土司所潜在的割据性，清政府并没有掉以轻心。特别是到了全国统一之后，土司统治地区所暴露出来的问题日益严重，有些大的土司辖地几百里，拥兵数千过万，骄横不法。如何使土司尽快走到改土归流的轨道上来，以符合统一国家的要求，便成了清政府需要解决的一个问题。到了康雍乾时期，清朝国力强盛，加上雍正皇帝又是一位锐意进取的君主，因此大规模改土归流的工作便率先从西南地区推行开来。
雍正四年（1726），云贵总督鄂尔泰几次上疏雍正皇帝，力陈废除土司制度、实行改土归流的必要性，要求下令立即推行。他的建议同时还包括了一些如何在改土归流中具体运用的方法。雍正皇帝采纳了鄂尔泰的建议，让他负责办理改土归流的事宜。
于是在同年的五月，鄂尔泰率领军队首先平定了贵州长寨土司的叛乱，设立长寨厅（今贵州长顺），拉开了雍正年间改土归流的序幕。不久，鄂尔泰又派哈元生领兵打垮了制造叛乱的四川乌蒙土知府禄万钟与镇雄土知府陇庆侯的势力，分别改设为乌蒙府（今云南昭通）与镇雄州，改属云南管辖，派流官（清朝官员）上任进行治理。云南与贵州两省改土归流的巨大声势很快波及到了广西，为了使云贵、广西的改土归流事务便于统一筹划，雍正皇帝又特意在雍正六年任命鄂尔泰为云、贵、广西三省总督，并在同年命令贵州按察使张广泗在贵州东南部地区推行改土归流政策。张广泗于是带领军队深入到苗、侗等族居住的一些村寨，设置了厅，由同知来负责处理当地的民事。广西是壮族聚居区，在当时的100多位土官中，泗城土知府岑映宸最为霸道，为所欲为，清政府于是用强制的手段让岑映宸交出了敕印，把他迁往浙江进行安置。思明州的土知府黄观珠，由于无力控制辖区内各寨的头人，便主动向清政府请求将洞郎等50寨改为流官管理。柳州、思恩、庆远等地的土官也迫于土民要求改土归流的压力，向清政府交出了武器。这样，广西境内的大部分土司也都完成了改土归流。在形势压力下，与云南、贵州、广西接壤的湖南、湖北、四川等省的土司，也纷纷请求交出世袭领地与土司印信，归政中央政府。到雍正九年，西南地区的土官大部分被改置为中央政府的流官，改土归流的任务基本完成。清朝政府在这些地区设置府县的同时，又增设了军事机构，并且清查户口，丈量土地，征收轼税。
然而，在改土归流之后，仍然有一部分原来的上层土司不甘心自己职权的丧失，梦想有朝一日仍能恢复土司制度。于是当他们看到一些清军在新设府县的地区军纪不严，对当地的百姓任意抢掠，而有的新赴任的流官在治理方面又缺乏经验，不善管理，甚至有的官员利用职权进行贪赃勒索时，便以为复辟的时机已到，开始制造叛乱。于是在雍正十三年的春天，居住在贵州古州、台拱地区的苗民上层人士煽动当地的老百姓发动叛乱。雍正皇帝虽然派军队前去镇压，但却没有能够平息。一直到乾隆元年（1736）乾隆皇帝即位后，任命张广泗为七省经略，才最终将这场叛乱平定。清政府从中吸取了教训，为了巩固已经改土归流地区的统治，下令取消新区的赋税，按照当地的习俗审理民事诉讼，取得了较好的效果。
雍正年间的改土归流虽然只是在西南少数民族的部分地区实行，但毕竟加强了中央政府对边疆的统治，减轻了当地少数民族人民的负担与灾难，顺应了时代发展的要求，在一定程度上起到了有利于边境少数民族地区社会经济发展的积极作用。