微生物可以从原料乳、加工过程、成品消费等各个环节对乳和乳制品造成污染。了解乳中微生物的污染途径，可以做到主动控制微生物的污染，从而提高鲜乳和乳制品的质量。
（1）乳房内微生物的污染。从健康乳牛的乳房中挤出的鲜乳并不是无菌的。一些小球菌属、链球菌属、棒状杆菌属和乳杆菌属等细菌都可以从乳头端部侵入乳头管，并在乳头管及其分支处形成菌块栓塞，因此，最先挤出的少数乳液中微生物的数量最多，一般应将这部分乳液弃去或单独存放，另行处理。此外，人畜共患病的传播也会影响乳牛乳房内的微生物的种类和数量。
（2）牛体的污染。由于粪便、饲料、牛舍、空气等周围环境的污染。使牛体乳房、腹部以及其他部分附着有大量细菌。牛体皮肤表面由于直接暴露于空气中，含有的细菌数会高很多，当被粪便和饲料等污染后，微生物数量还会急剧增加。
（3）周围环境的污染。牛的粪便、饲料、牛舍卫生、空气、土壤、垫草、贮奶桶、挤乳机、过滤布、洗乳房用布、苍蝇和其他昆虫以及乳液挤出后的保存方式、加工系统、工厂卫生设施等周围环境等都可直接或间接地污染乳液。
（4）工作人员的污染。工作人员本身的卫生状况和健康状况也会影响鲜乳中微生物的数量。如挤奶员的手、工作服等不清洁，都会将微生物带入乳液中；如果工作人员是病原菌的携带者，那会将病原菌传播到乳液中，造成更大的危害。所以，要定期对工作人员进行卫生教育和健康检查。