（1）沉淀。沉淀是乳酸菌饮料最常见的质量问题。乳蛋白中80％为酪蛋白，通过乳酸菌发酵，并加入酸味剂而使饮料的pH值在3.9～4.4左右。此时，酪蛋白处于高度不稳定状态，任其静置，势必造成分层、沉淀等现象。此外，在加入酸味剂后，若酸浓度过大，加酸时混合液温度过高或加酸速度过快及搅拌不均匀等因素都会引起局部过度酸化而发生分层和沉淀。
对于出现的沉淀问题除了加工工艺正确操作外，通常采用物理（均质）和化学（稳定剂）两种方法来解决。
其一，均质：均质可使酪蛋白粒子微细化，抑制粒子沉淀并可提高料液黏度，增强稳定效果。均质压力通常选择在20~25兆帕。均质时的温度对蛋白质稳定性影响很大。实验表明，在51℃～54.5℃条件下均质时稳定性最好，当均质温度低于51℃时，饮料黏性大，在瓶壁上出现沉淀，几天后有乳清析出。当温度高于54.5℃时，饮料较稀，无凝结物，但易出现水泥状沉淀，饮用时口感有粉质或粒质。均质温度保持在51℃～54.5℃，尤其在53℃左右时效果最好。
其二，稳定剂：采用均质处理，还不能达到完全防止乳酸菌饮料的沉淀，必须同时使用化学方法才可起到良好作用。常用的化学方法是添加亲水性和乳化性较高的稳定剂。
（2）杂菌污染。乳酸菌饮料中的营养成分可促进霉菌和酵母菌的生长繁殖。受杂菌污染的活性乳会产生气泡和异常凝固，不仅外观和风味受到破坏，甚至完全失去商品价值。这主要是由于杀菌不彻底所导致。针对该问题，应注意原料卫生、加工机械的清洗消毒以及罐装时的环境卫生，最好采用无菌灌装。
（3）脂肪上浮。这是因为采用全脂乳或脱脂不充分乳做饮料时，由于均质处理不当等原因引起的。要避免脂肪上浮，应改进均质条件，如增加压力或提高温度，同时可选用酯化度高的稳定剂或乳化剂，如卵磷脂、单硬脂酸甘油酯、脂肪酸蔗糖酯等，最好采用含脂量较低的脱脂乳或脱脂乳粉作为活性乳的原料，并注意均质处理。