大约在公元650年前后，一件奇怪的事情发生了，南美莫切人大规模地离开他们世世代代生活的家园，消失得无影无踪。随后，沙漠也开始朝着莫切人的建筑物扩张，曾经繁荣一时的莫切文明就这样消失得无影无踪。
美国《国家地理》杂志的一篇文章说：“现有对莫切文明的认识，出自数以千计的陶器，那是些被称为精细绘画的复杂图案。尽管这些图像有半数以上与士兵及战斗活动有关，却没有任何显示莫切人发动战争以征服他国的图画。甚至连一群士兵以有组织的方式与另一群士兵对抗这种两军作战场面的图画都没有。”
这些图案所表现的都是高风格的仪式性战斗：士兵一对一打斗，其目的是让被击败的人成为俘虏。这些不幸的人在战斗之后成为献祭仪式中的主要角色。许许多多绘画显示，囚犯先是被剥夺武器与剥去衣服，接下来，用绳索拴着他们的脖子，带到举行仪式之处。在那里，他们的喉咙被割断，流出的鲜血由参与仪式的人饮下，最后他们的躯体被肢解。虽然透过这些图画，考古学家已经了解了这些仪式如何进行，但最关键的问题——莫切人为什么要这样做？
在莫切人的壁画中，可以看到相当详细的用俘虏作为活祭的场面，一个又一个年轻力壮的人被抓住，喉管被割破，然后有人拿过一根管子，从他们被切开的喉咙插进去，血通过管子慢慢地流到一个个高脚杯里，由那些君王和他们身边的人饮用。
考古学家研究完这些壁画后认为，这都是根据实际情况绘制而成的。很多学者也认为，这不是凭想象能画出来的，至于为什么要进行这样的祭祀，没有人能回答。
1995年，加拿大籍考古学家斯蒂芬·博格在拉诺那金字塔找到了新的线索，他在一条壕沟里发现了一系列莫切人的尸骸，继续挖掘后，一个150平方米的坑出现在他面前，坑里面全是骷髅。人骨分析专家约翰·凡拉诺博士对这些骷髅进行分析后认定这些被杀掉的都是年轻力壮的人。致命死因都是被锋利的金属从正面割破喉管而死。
约翰·凡拉诺博士的结论验证了壁画描绘的都是一些真实的祭祀仪式，但是让这么多年轻人去做活人祭祀究竟为什么呢？
为了弄清事情的真相，斯蒂芬·博格再次来到考古现场，他意外地发现了上次忽略的一个重要细节：他第一次发现的骨骸躺在一张用泥做成的床上，然后在外面还有一个箱子把人保护起来。博格由此认定，当时很可能正在下大雨，如果不用箱子把泥做成的床保护起来，床就有可能会被冲得一塌糊涂。
美国俄亥俄州大学气象学家龙尼·汤普森认为是厄尔尼诺害了莫切人。
龙尼·汤普森在研究安第斯山脉的气候历史时发现，只要敲开冰层就会发现，每一年的冰都在不同层面。某年的夏季干旱，那一层冰就非常薄，上面还会有被风吹来的沙土。如果某年降水丰富，冰层就会很厚。这样，每一年的降雨基本上就有据可查了。
那么发生在公元650年的莫切人社会的大崩溃是否和气象有关呢？汤普森说，通过对冰层的分析可以看出，公元560～600年，这一带经历着非常可怕的干旱，而且这场旱灾持续了将近30年。汤普森说：在此之后，冰层显示气候突然逆转，在公元600年以后，莫切人又经历了可怕的洪水。这就是为什么在莫切人建筑群中，一些高墙出现了大缺口，冲击出沟壑，一些外围的建筑物的装饰颜色变得暗淡无光，与内层的装饰明显不同的原因，因为它们都有可能遭到过洪水的浸泡。
但是，恶劣的天气并没有消灭莫切人，在城市被洪水淹没后，莫切人重新修建了建筑物。30年的洪水加上30年的干旱足以把莫切人的社会和经济全都毁掉。他们举行祭祀活动，年轻人献出自己的生命，希望神灵能够保佑国家和老百姓，但是他们的希望落空了。
经历了60年的天灾，莫切人最后对神灵失去信心，于是爆发了内乱，并且由于这个原因，莫切人开始人心涣散，最后纷纷逃离了世世代代生活的地方，不知去向。从此莫切人消失在历史的长河中。