雍正帝自继位后，以严法治官吏，以重刑惩罪人，并且广布侦探，察人隐私，无孔不入。特别是他对宗亲骨肉之寡恩少义，不免使后世流言纷起，颇多恶名。
康熙帝去世后，萝卜藏丹津更加猖狂，自称达赖汗台吉，裹胁20万人打起反清旗号，到处烧杀抢掠。这时雍正帝刚继位不久，内忧未平，外患又起，但雍正帝果断地命年羹尧为川陕总督、抚远大将军会同四川总督岳钟琪进剿萝卜藏丹津。
年羹尧与岳钟琪均是战场上的宿将，富有战斗经验。年羹尧兵分两路，自带一路进兵疏勒河、巴塘、黑塘一带。命岳钟琪带领兵马攻镇南、西川、北川诸堡，抄其后路。年羹尧的先头部队因不了解地形，被萝卜藏丹津用诱兵之计骗人沼泽地，杀得大败。年羹尧得知消息后，命士兵每人准备两捆干草与木枝，夜袭萝卜藏丹津。萝卜藏丹津自以为有天然屏障，可高枕无忧，况且白天清军已被打得大败，丝毫没有防备，结果被清军杀得大败后而逃窜到郭隆寺，与胡必尔汗会合。还没等二人商好对策，岳钟琪大军已包围了郭隆寺，岳钟琪亲自指挥一举攻下郭隆寺。萝卜藏丹津与胡必尔汗夺路逃回老巢乌兰穆和尔。
年羹尧坐镇西北，拥兵自重、干预朝政。年羹尧自平定青海后，雍正帝封一等公，金黄服饰，三眼花翎，四团龙捕。其儿子年一封一等男。连家奴魏之耀还是四晶顶戴。可见权倾朝野。年羹尧进京时，声势浩大，众公卿跪接于广宁门外，然而年羹尧不屑一顾，竟扬鞭策马而过。在雍正帝面前，随随便便坐着，毫无君臣之礼。生性多疑的雍正帝岂能容忍太久。隆科多以拥戴之功，把持朝政，雍正帝继位之初，凡是下诏、传谕均称舅父隆科多，这岂能长久。雍正帝决定采取国师文觉禅师之计：“只要师出有名，恃机而动，不怕过河拆桥。”
雍正帝头一个目标就是年羹尧，首先分化瓦解其内部，去其臂膀，先后将川陕官员中年羹尧的亲信全部调出，提高官职。然后收买其内部见利忘义的小人，或忠于朝廷者。年羹尧属下有个叫蔡埏的，是年羹尧一手提拔的，在四川任巡抚。年羹尧命其铸钱等，蔡埏都没有办，为此二人反目成仇，年羹尧罗其罪名将其撤职查办，上奏朝廷经刑部拟斩。雍正帝见到这份奏折，十分高兴，传旨亲自召见。雍正帝首先赦其死罪，然后详细询问四川情况。蔡埏感谢皇帝不杀之恩，遂将四川情况如实上奏，又将川陕情况及其所知又夸大其辞，并给年羹尧罗列数十条罪状，雍正帝心中暗喜，启用蔡埏为左都御史。
雍正三年二月天空出现“日月合壁，五星连珠”的奇观，人们认为这是祥瑞，纷纷上书皇帝表示庆贺。年羹尧也照样写一贺词，但却把“夕惕朝乾”，写成“朝惕夕乾”整个意思反了，雍正帝一见，十分震怒，认为年羹尧对皇上不敬，别有所图。立即下诏撤大将军之职，调任杭州将军。年羹尧接旨三日后方将印信交给岳钟琪。这时有个幕僚劝其造反，年羹尧沉默很久，方说：“这事是办不成的，还是到杭州去。”谁知到杭州，雍正又下旨，夺去将军之职，令其看守诵金门。这时年羹尧方如梦初醒，不由得牢骚满腹，怨气冲天。
年羹尧一倒，朝中王公大臣精神振奋，纷纷上奏弹劾年羹尧的罪状。有的说他与静一道人邹鲁等图谋不轨；有的说他纵容汪景琪著《西征随笔》攻击朝廷；还告他擅调官兵捕邰阳盐枭时，枉杀百姓800余人……经刑部核实，其罪共92条，供词明白，依律当大辟，其父及兄弟、子孙、叔伯之子、兄弟之子年方16岁以上者皆斩，以下及妇女给功臣家为奴。雍正看到奏折后，略有所思，然后说：年羹尧有大功于前，姑且从宽，令其自裁。儿子年富斩首。余下15岁以上者充军边关。其父年遐龄、其兄年希尧革职免罪。
年羹尧虽死，但隆科多仍在，隆科多虽颇有算计，此时也不得不考虑自己的处境。想到皇上对他也起了疑心，更担心雍正帝的缇骑出没无常，于自己不利，赶紧向雍正帝提出辞去兼职的步兵统领。雍正帝见奏折立即批准，隆科多颇感踏实。他那里想到，他的一举一动，雍正帝都清清楚楚。
雍正五年，田文镜上书弹劾隆科多，接受年羹尧贿赂，对年羹尧有所庇护。雍正帝降旨，削去太保，革去尚书，令其去阿拦善山筑城垦地。据清史记载，隆科多把持朝政，权倾内外，而雍正帝无论是下诏或传谕，必称舅父隆科多，一时群臣不知所措。而实际是已有除去隆科多之意。田文镜有一幕僚邬先生，善阴阳八卦。有一次，问田文镜：“不知大人想当一名有名的督抚，还是当一名平平庸庸的督抚？”田文镜说，必须当一名有名望的督抚！邬先生说，我代大人拟一奏折，内容你不必看，也别问，直接上奏给皇帝保证此事大成！田文镜很相信邬先生，将奏折呈上，事情果如所言。实际邬先生听田文镜每次上朝下朝所议论的宫廷诸事，才作出准确判断的。
隆科多发往阿兰善山后不久，都察院又上一本罗列隆科多的罪状：私钞玉牒，收藏于家；将圣祖仁皇帝御书贴在厢房，视为玩具；等等共计41款。雍正帝命缇骑去阿兰善山，将隆科多逮捕归案。念其是他的舅父，免其正法，囚禁于畅春园外面三间小房里。雍正六年隆科多郁闷而死。