起航十分顺利，航行6天以后，到达了位于北大西洋东部的加那利群岛。
就在船队在这里补充淡水和食品的时候，一艘小船飞也似地从大船方向驶来。
来船是塞维利亚城要塞司令、麦哲伦的岳父巴尔波查专门派来的。来人要亲自见麦哲伦，将一封十分秘密信件交给了麦哲伦。
麦哲伦连忙拆开密信，上面说据可靠消息，远航船员中隐藏着阴谋分子。
务必注意个别官员，他们上船前曾扬言一有机会就会中止远航，或杀掉麦哲伦。
岳父的信中还特别提醒说：“……注意圣安东尼奥号的船长卡尔塔海纳，此人自以为是西班牙国王委任的与你有同等权力的负责人之一，是国王的亲信，因而骄横狂妄，心怀叵测，要特别提防……”
麦哲伦看罢密信，心中暗暗吃惊。但他仍很镇定，不慌不忙烧了密信，指挥船队起航继续前进，一边留心观察周围，防止事变。
海上航行十分顺利，没有狂风暴雨，没有巨浪危险。半个月后，麦哲伦发现，一些西班牙官员在暗中活动，时而制造谣言，时而散布不满。
在麦哲伦根据洋流和风向，提出船队到佛得角群岛以后，横渡大西洋驶向南美洲的时候。卡尔塔海纳站出来反对：“我不同意。不仅这次不同意，今后有关改航向的一切决定，都必须征求我的同意。”
麦哲伦反驳卡尔塔海纳：“我是船队的总指挥，你的职责是白天按照我的旗帜，晚上按照我的航灯行驶。”
卡尔塔海纳说：“不。指挥船队是我和你！”
麦哲伦无法说服卡尔塔海纳，就采取了果断措施，逮捕了他，让麦斯基塔担任船长。
两个月以后的11月底，麦哲伦率领的船队顺利地横渡了大西洋，来到南美洲巴西海岸，并花费了两个多月时间寻找通向大南海的海峡。
尽管他们耐心地寻找，仍然是一无所获。海峡在哪里呢？他们找不到。
此时，南半球的冬天来临了，气候变得不宜于航行了。麦哲伦思考再三，决定在当地停船休整，度过寒冷的冬天。
他们找到了位于南纬40°附近的一个平静的名为胡利安的港湾，麦哲伦指挥船队进港，四艘均停泊在湾内，惟有他的旗舰停泊在湾口，占据了有利的地位。麦哲伦心里明白，不防一万，要防万一。
天气越来越冷，港湾附近又十分荒凉。麦哲伦要求全体船员一律按计划进食进水，从而缩减口粮，以度过冬天。
天降大雪，寒风呼啸，再加上缩减了口粮，这给混进船员中的葡萄牙奸细制造了闹事的借口。他们暗中鼓动，要求麦哲伦返航。
麦哲伦态度坚决，对大家说：“情况虽然艰苦，但并不很坏。我们还有足够的食物，除此之外，还可以捉些禽鸟，打些鱼虾补充食物。我们不能半途而废！在没有找到海峡，到达大南海之前，我是决不后退一步的！”
麦哲伦讲的道理以及他的坚定态度起了很大作用。那些被奸细怂恿闹事的人不再闹了，但西班牙的某些官员仍在策划反对麦哲伦的行动。
在基督教复活节前的礼拜日，维多利亚号的船长缅多萨、康塞普逊号的船长凯萨达以及被免职囚禁在维多利亚号的卡尔塔海纳联合发动一场哗变。
他们使用武力登上了圣安东尼奥号船，扣押了麦哲伦任命的船长麦斯基塔。
这样，圣安东尼奥号、维多利亚号、康塞普逊号三艘船一起宣布不再接受麦哲伦的指挥。
叛乱分子正式通知麦哲伦：“我们不再听从你的指挥。我们要求你亲自到圣安东尼奥号来，商议关于国王命令所规定的事项。”
麦哲伦对叛乱早有准备。局势虽然极其严重，但他镇定自如，毫不慌乱。
他不会把自己送上门束手就擒。他知道自己的旗舰把在港湾口上，叛乱分子一个也逃不走。特别使他镇定的是，他了解大多数船员是通情达理的。
麦哲伦与来旗舰送最后通牒的人说：“好，让我考虑一下。你们等一等。”
麦哲伦使用缓兵之计稳住送信人，与此同时，他对保安官埃斯比诺沙说：
“你迅速带领六名武装水手，乘坐小船到维多利亚号。把我致船长缅多萨的信交给他。在他看信的时候，除掉他。要干得干脆利落！”
“是。”埃斯比诺沙按麦哲伦的吩咐迅速乘船登上了维多利亚号。他对船长缅多萨说：“总领队麦哲伦先生有信给您，请看。”
缅多萨不知是计，接过信阅读，说时迟，那时快，埃斯比诺沙乘其不备，抽出短剑，一剑刺死了缅多萨。
与此同时，麦哲伦又对他的内弟杜亚脱·巴尔波查说：“你率领15名武装弟兄，迅速乘小船前往维多利亚号，在缅多萨被处决之后，立即将船开到旗舰旁边。”
功夫不大，小巴尔波查果真将船开了过来。这样，在港湾口上一列排开了三艘船：旗舰特里尼达号、圣地亚哥号、维多利亚号。
他们封锁了出海口。
第二天凌晨，圣安东尼奥号和康塞普逊号企图逃走，被麦哲伦发觉了。
他命令三艘船舰向叛乱分子开炮。
轰隆——轰隆——一颗颗炮弹飞向叛变的两艘船舰。在猛烈的炮火下，两艘船上的多数海员表示拥护麦哲伦，扣押了卡尔塔海纳和凯萨达。
叛乱被平定了。麦哲伦处死了凯萨达。之后，将卡尔塔海纳与一个心怀不满的神父流放到一个名叫巴塔哥尼亚的地方。
战胜了叛乱，战胜了寒冬，人们越来越佩服麦哲伦的英勇和坚强。
春回大地，万物更新，草绿了，花开了，船队海员们个个心花怒放。
人们掐指一算，在这南半球度过了5个月的冬季。
1520年8月24日，船队重整旗鼓，从圣胡刮安港湾出发，继续向南航行。又走了将近两个月的时间，在南纬52度的海岸，发现一个海口。派去勘察的人，带回一个让人惊讶的消息。他们说进入海口，水一直是咸的，没有遇到淡水（从陆地流入海洋的水是淡水），而且水流很急。麦哲伦听后一拍双手，大声说：“太好了！我们找到海峡了。通过海峡，我们就可以进入大南海！”
他的判断并不错。这是一条海峡，东边通南大西洋，西边通南太平洋，长约580公里。后来命名它为麦哲伦海峡。
就在麦哲伦兴奋地率船队在海峡中摸索前进时，被派去探航的圣安东尼奥号上的主舵手哥米什看到海峡浪高风大，加之对前途信心不足的仇恨麦哲伦，纠集了一些人扣押了船长麦斯基塔，掉转船头返回了西班牙。
来时的5只船，圣地亚哥号遇难沉没，现在又走了1只，乘下3艘船，在麦哲伦的指挥下继续前进。28天以后，也就是1520年的11月28日，在他们面前突然出现了一片浩瀚的海面，他们真的来到了大南海！
驶出麦哲伦海峡，舰队向西北方向行进。一个奇迹出现了，3个多月的航行，竟然没有遇到一次大风浪，海面平静极了。所有的人都说：“这真是一个太平的海洋！”
从此，太平洋，这个名称就沿袭使用下来，成了这个大洋的名称。其实，太平洋也并不都太平，只不过麦哲伦船队航行的三、四月里风浪很少。其他时候的风浪一点也不比大西洋小。
正当他们欢欣鼓舞的时候，麦哲伦料想不到的是圣安东尼奥号返回西班牙之后，哥米什对麦哲伦极尽诬蔑之事，致使西班牙国王查理一世逮捕了他的岳父和妻子，严加审问。妻子彼脱利兹身受摧残不久就病死了。
漫长的横渡太平洋开始了，可是船上的饮水变质发臭了。即使这样，每人每天也只能分上一小杯。储存的饼干因是奸商卖的，掺了很多土和老鼠屎。
加上长期缺乏蔬菜，许多人牙龈化脓，全身浮肿，得了坏血病。还有的船员因病死去。
在这生死关头，1521年3月6日，船队抵达北太平洋的关岛。补充了水果、鱼、猪肉，渐渐地船员们身体康复了。至此，麦哲伦已经在太平洋上航行了110天，漂泊了9000海里。
他们继续向西航行，一周后，他们来到了菲律宾群岛。岛上树木茂盛，许多土著人乘独木舟在水上驶来驶去。麦哲伦便带着贴身奴仆亨利和史学家比加费德迎着土著人走过去。
麦哲伦对亨利说：“你去问问那些土著人，这岛叫什么名字？”
亨利原是苏门答腊的马来人。他在几年前成为麦哲伦的奴仆，麦哲伦待他很好，在遗嘱中写明，他死后，亨利即可获得自由，同时给他留下一笔生活费。
亨利走上前去用马来语问：“请问，你们这个岛叫什么名字？”
土著人们大吃一惊，亨利也大吃一惊，麦哲伦更是惊讶，他们的语言竟能相通，互相都能听懂！这是个了不起的事情啊！它证明，麦哲伦的船队已经来到了真正的东方！
土著人得到了麦哲伦的礼物以后，给了麦哲伦一大筐鱼。次日，这个名叫马萨瓦岛的首领卡兰布，召见了麦哲伦。
几天后，在卡兰布的带领下，麦哲伦的船队去了宿务岛拜会总督。这是一个很大的港口，港口停着许多外国船只。总督胡马波那接见了麦哲伦的代表亨利和比加费德。
当地铁比黄金贵，许多船员用铁去换黄金，14斤铁可以换15斤黄金。
1521年4月14日，麦哲伦正式在宿务岛登陆，并举行了隆重的仪式。
前边有40名武装水手开道，后边有军官护送，船上也鸣炮助威，结果炮声吓得前来观看热闹的土著人东奔西逃。麦哲伦与胡马波那签订了友好协约，协约规定，西班牙人在宿务岛及该地区享有贸易专利权，西班牙还有义务保护受洗礼的教徒。麦哲伦一心想扩大西班牙的势力，其本质无疑是资本主义扩张与侵略；胡马波那的意愿则是想利用白人的枪炮打击自己的政敌与反叛者，以巩固自己的势力。
签约后约7天左右，胡马波那写信给麦哲伦说：“麦哲伦先生，有一事相告，马克坦岛上的头目西拉布拉布叛变了！他拒不服从我的命令，甚至阻止岛上各头目向我交纳赠给西班牙的礼物。”
麦哲伦十分生气，特别是看到拒不交纳礼物之处，说：“不能容忍！我要让他们晓得我们枪炮的厉害！”
1521年4月27日，麦哲伦亲自指挥着一支60人组成的武装登陆队，乘船向马克坦岛进发。
马克坦岛首领西拉布拉布集合了他的部下1000人，大声宣布：“我们有长矛，我们可以打胜仗！”
应该承认，西拉布拉布确是一位了不起的民族英雄。在白人与先进的枪炮面前，他毫不惧怕。
麦哲伦率领着武装水手冲上岸去。他们身穿护胸甲，手持枪支与矛剑。
土著人拼命的反击，特别是他们发现白种人胸前穿有护甲，就专门放箭瞄准白人的腿脚。麦哲伦正要举枪，被一只毒箭射中腿部。几个土著人大概从麦哲伦的服装上辨认出，他是白人士兵的首领，迅猛地扑过来。麦哲伦拼死反抗，长矛刺中其中一个土著人的胸部，就在麦哲伦想抽回长矛的瞬间，一块巨石飞了过来，正好击中他的胳膊。麦哲伦再次负伤了，麦哲伦终于支持不住，倒在了海滩上。十几个土著人冲上前，用长矛刺他，用刀砍他。麦哲伦当场毙命。
麦哲伦死后，西班牙士兵群龙无首，乱作一团。他们惊慌失措地逃回船上。两天以后，他们派人与马克坦岛的首领西拉布拉布商议，希望归还麦哲伦的尸体，或者用玻璃珠项链换回尸体。
西拉布拉布不答应：“敌人的尸体是不能卖的！”
从此以后，就再也没有人知道麦哲伦的下落了。麦哲伦以他超越前人的远航为人类作出了不朽的贡献，但是，他又是罪恶的资本主义扩张侵略的帮凶。因此，他没能逃脱历史与人民的惩罚。
麦哲伦死后，酋长胡马波那看到西班牙人大势已去，自己征服马克坦岛的希望落了空，就对西班牙人极其冷淡。为了能从西班牙人手中夺得武器，他们设了圈套，捉住了西班牙人选出的临时指挥、麦哲伦的妻弟巴尔波查。
留在船上的西班牙人不同意交武器，胡马波那杀死了巴尔波查。
此时，麦哲伦的原有船队康塞普逊号已经破烂不堪。仅有特里尼达号与维多利亚号在这一年的11月到达了马鲁克群岛中的地多雷岛。他们在那里采购了许多香料。
在准备启程时，发现特里尼达号严重漏水，只好留下修理。维多利亚号在新选出的船长埃里卡诺指挥下，于1521年12月21日踏上了归国的航程。
因为惧怕船只被葡萄牙人扣下，所以一路上不敢停留，不敢靠岸。吃的食物和淡水越来越少，许多船员死亡了。在到达好望角的时候，船上的主桅杆折断了。几经修理，勉强越过了风浪区，驶入了大西洋。
在到达佛得角群岛时，上岸购买食物的水手，带回一个他们百思不得其解的问题。
他们告诉船上的史学家比加费德：
“岛上葡萄牙人说，今天是星期四。”
比加费德始终在记航海日记，他很奇怪，查看了一下记录，说：
“怎么会是星期四？今天明明是星期五啊！难道是我记错了吗？”
当时，他们还不知道他们发现了一件极不平常的事。这就是：以一定航向绕地球一周，要么多一天，要么少一天。后来，他们返回西班牙之后，天文学家解开了这个谜。原来，地球不仅是圆的，而且还在自转。如果总是向着日落方向航行，绕地球一周之后，就会少一次日出与日落。
最后，维多利亚号于1522年9月6日，载着幸存的远航者，历时1080天，航行46280海里返回了西班牙巴拉麦拉港。
那艘留在香料岛修理的特里尼达号，后来在东印度洋被葡萄牙人俘虏。
大部分船员被关进黑牢，折磨而死。直到1527年，也就是维多利亚号返回祖国5年以后，才有4人辗转回到了西班牙。
国王查理一世召见了埃里卡诺，倾听了他的报告。并晋封他为贵族。所有活着归来的人都获得了奖赏。根据麦哲伦与国王的协议，麦哲伦死后，他的继承人可以获得远征所得的利润的1／5并承袭新发现岛屿的总督职务。
但是，已经没有这个可能了。因为麦哲伦的妻子和两个儿子（一个是在他走后出生的）都和他一样离开了人世。
麦哲伦的功绩远远超过了他同时代的一切人。他在地理学上与探险史上的伟大贡献，不仅为后人树立了一个不惧困难勇往直前的卓越形象，而且从根本上改变了人类长久以来对地球的错误认识。