宋代科举制度一项重要的改革是增加殿试。唐代的科举考试只有地方州县和中央礼部两级考试，为了严防考官舞弊，宋太祖决定亲临殿试：“昔者科名多为势家所取，朕亲临殿试，尽革其弊矣！”（《宋史·选举志》）此后，天子亲临殿试成为定制，新科进士成为“天子门生”，寒门士子高中之后同样会受到皇帝的礼遇，以至“农、工、商贾之家，未有不舍其旧而为士者也”（苏辙《上皇帝书》）。正所谓“朝为田舍郎，暮登天子堂”，“万般皆下品，唯有读书高”。宋代的文官政治与科举取士的兴盛终于将文人阶层推为整个社会的中流砥柱，文人儒士成为中国古代社会最为荣耀的一个阶层。
由重武轻文的蒙古贵族所统治的元代，是中国古代文人命运的转折点。本为草原游牧民族的蒙古族以东征西讨的马上攻伐为能事而轻视儒人文治，元太祖成吉思汗统治时期的别迭等人甚至认为：“汉人无补于国，可悉空其人以为牧地”。如此残酷的掠杀提议使得中原文化即将面临空前的浩劫。以耶律楚材为代表的文人儒士深谙“天下虽得之马上，不可以马上治”的道理，极力劝阻蒙元统治者任用儒士，推行汉法，实行文治。经耶律楚材等儒士的再三劝谏，元太祖、太宗都采取了一系列统合人心的“文治”措施。窝阔台更在太宗九年（1237）下诏对“儒人被俘为奴者”从经义、辞赋、论三科进行考试，考试合格的儒人可被授予地方“议事官”之职。这次考试在公元1238年正式举行，史称“戊戌选试”。热心儒学汉法的耶律楚材试图通过这次选试恢复科举制度，起用儒生，改变蒙古族相对落后的统治方式。但事与愿违，蒙古贵族为了维护其民族统治，不可能大规模地任用汉族文人，虽然戊戌选试之后蒙元统治者加设儒士户籍，免掉了通过考试的儒生的奴力身份和征徭杂役，使儒户获得了与佛、道相等的地位，但文人儒士却并未真正“除授本贯议事官”，依然身份低微，至蒙哥汉统治时期，随着耶律楚材的逐渐失势，儒户政策也未能彻底执行，“国朝儒者自戊戌选试后，所在不务存恤，往往混为编氓”。元代儒士的社会地位依然徘徊在社会边缘。
此后，科举取士停废了七十多年，直到仁宗朝才正式恢复科举。元仁宗爱育黎拔力八达出生在全国统一以后，一直居住在中原汉地，深受孔孟儒学的熏陶，对汉族文士颇为敬仰。皇庆二年（1313），仁宗正式下诏恢复科举：“惟我祖宗以神物定天下，世祖皇帝设官分职，征用儒雅，崇学校为育材之地，议科举为取士之方，规模宏远矣。朕以眇躬，获承丕祚，继志述事，祖训是式。若稽三代以来，取士各有科目，要其本末，举人宜以德行为首，试艺则以经术为先，词章次之。浮华过实，朕所不取。爰命中书，参酌古今，定其条制。其以皇庆三年八月，天下郡县举其贤者能者，充赋有司。”
元代科举停废已久，文人大多身世飘零，“贡举法废，士无入仕之阶，或习刀笔以为吏胥，或执仆役以事官僚，或作技巧贩鬻以为工匠商贾”，不甘或不能于此谋生的耿介儒生“独匡坐蓬蒿环堵之中，愦然而已”。这次科举诏书的发布，虽然也有人“不屑而甘自没溺于山林之间”，但是对于大多数有志于读书仕进的广大文人儒士来说，无疑带来了新的希望，“欣然曰庶几可以展吾志矣”。他们“摇官船去买官书”，积极备考，“重期将相公侯选，岂信倡优卜祝同”？希望可以再展才华，实现修齐治平的理想抱负。
然而，世事未能能尽如人意，元仁宗延祐二年（1315）首开科举会试，在考试中，对蒙古、色目人实行了优待政策，汉人尤其是南人在科举考试中受到压制。例如乡试，蒙古人色目人测试经义、对策两场；汉人则需加试一场，作赋与杂文各一篇；御试中，虽然四种人都要考试策问一道，却对作答的标准有着不同的要求，蒙古、色目人，要求作答五百字以上，汉人、南人，则要求作答一千字以上。在考试内容上，蒙古等少数民族的题目也相对汉族人的题目容易。选士结果分左右两榜公布，蒙古人以右为上，所以蒙古人和色目人列为右榜，汉人南人列为左榜。出于对蒙古等少数民族特权地位的保护，虽然蒙古等族的人数要比汉族人少很多，但是录取名额却与汉族相同，都是一甲三名、二甲十五名、三甲三十二名。同时，如果蒙古等少数民族自愿参加汉族人的考试，录取后“加一等注授”。左右两榜都有状元，但是列在左榜的汉人、南人状元并未受到朝廷的重视，“唯蒙古生得为状元，尊国人也”。在授予官职时也有着民族区分，“蒙古授官六品，色目正七品官，汉人从七品”。元代科举考试过程中的民族歧视不言而喻。
此后，元代科举都延续了这样的民族歧视政策，特别是对江南经济文化较为发达地区的文人，更是特别地压制，不仅规定南人只能占左榜名额的一半，甚至要求左榜状元不取南人。郑玉的《送王伯恂序》记载了这样一则故事：“至正八年春，朝廷合天下乡贡之士会试于礼部。考官得新安王伯恂之卷，惊且喜曰：‘此天下奇才也，宜置第一。’且庋其卷左右，以俟揭晓。未几，同列有谓：‘王伯恂南人，不宜居第一。’欲屈置第二，且虚第二名以待。考者曰：‘吾侪较艺，以文第其高下，岂分南北耶！欲屈置第二，宁弃不取耳！’争论累日，终无定见。揭晓期迫，主文乃取他卷以足之，王君竟在不取。”王伯恂身为南人，虽然堪称“天下奇才”，却不免落第，“士子交相愧叹”。足可窥见元代科举考试过程中对南人的歧视程度。
而且，元代的科举一直行废不定，顺帝后至元元年（1335）中辍，停罢两科，到后至元六年（1340）再次恢复。统计下来，有元一代共开科十六次，取士一千一百多人，相比较于唐朝的六千余人与宋朝的十万之众，堪谓数目寥寥，犹如叶子奇所言：“至于科目取士，止是万万之一耳，殆不过粉饰太平之具，世犹以为无益，以为可废也！”普通文人通过科举而步入仕途的人生老路，在元代也未能行得通。毕竟汉族文人多为儒家士子，对于科举考试相比较于蒙古等少数民族有着先天的优势，为了维持蒙古等少数民族的特权，元代并未把科举考试作为选任官员的主要途径，“例不过七品官，浮湛常调，远者二十年，近者犹十余年，然后改官，其改官历华要者十不能四五，淹于常调，不改官以没身者十八九”，通过科举考试却只能授予七品官职，而且很难得到晋升的机会。据姚大力统计，唐代通过科举而入仕的人数占仕宦总数的37.8%，北宋科举占仕途总数的30.1%，南宋科举占仕途总数的15.7%，而元代科举入仕则占仕途总数的4.3%，仅仅相当于唐和北宋的十分之一。足可看出，元代通过科举而步入仕途的人数微不足道。