小肠是消化系统的一部分，大部分的化学消化在这里进行。小肠有6米长，占了消化系统总长的2/3，直径大约只有2～3厘米，大约是大肠直径的1/2。
食物在到达小肠前，已发生了一系列化学反应，被消化成黏稠的液体，但是化学消化才刚刚开始。此时，只有少部分淀粉和蛋白质已分解，脂肪则完全未被分解，因此几乎所有的化学消化和营养物质的吸收都在小肠里进行。
当液态食物进入小肠后，小肠就将其与酶和分泌液相混合，进行化学消化。酶和分泌液由三种不同的器官产生小肠、肝脏和胰腺。肝脏和胰腺通过细管将它们产生的消化液运送到小肠中去，帮助食物消化。
在化学消化完成后，营养物质就可以被身体吸收了。小肠的结构非常适合人体对营养物质的吸收。小肠的内表面或内壁看上去崎岖不平，成千上万微小的小肠绒毛覆盖在内表面上。每根小肠绒毛内侧分布着毛细血管，营养分子穿过小肠绒毛表面的细胞进入到血管中，血液携带着营养物质到达全身各处，供身体细胞使用。
小肠绒毛的存在增加了小肠的表面积，如果所有的小肠绒毛都展开摊平，那么小肠的总面积有一个网球场那么大。巨大的表面积使小肠吸收食物更快，如果小肠的表面是平坦的，那么它就不可能快速吸收食物。
当食物到达小肠的末端时，大部分的营养素已经被吸收，剩下的物质进入大肠。大肠是消化系统的最后一部分，大约有1.5米长。大肠的外形有点像马蹄铁，盘绕在腹部的右侧，穿过上腹，最后到达左下腹。大肠中寄生有细菌，它们以通过大肠的物质为食。这些细菌通常不会引起疾病，事实上，它们对身体有益而无害，因为它们能制造出对人体有益的某些维生素，如维生素K。
进人大肠的物质含有水和纤维素等未被消化的食物。当这些物质通过大肠时，水分被吸收到血液中，剩下的物质就被排出体外。