鉴别诊断需要识别一些引起类似症状的器质性或精神性疾病。不在经前发生的症状不属经前期综合征，但有些经前加重的疾病，如偏头痛、子宫内膜异位症都不属于经前期综合征。经前期综合征与精神病的鉴别十分重要，特别是对那种兼有两种疾病者，国外报道经前期综合征患者的精神病发生率约30%，这类患者因经前精神症状加重的住院率明显增加。如果病史提示患者有精神病史或增生期的精神症状评分高，应指导患者到精神病科就诊。
经前期综合征的症状，常须与其他疾病，尤其要与精神病疾患鉴别。首先要注意症状有无周期性及经前期出现这一特点，如忽视这一特点，经前期综合征就容易与通常的精神焦虑及抑郁症相混淆，后者在月经周期的3个阶段（增生期、排卵期及黄体期）症状相同，严重程度缺乏规律性改变。其次通过增生期有无症状存在这一特点与周期性加剧的慢性疾病相鉴别，如常遇见的特发性、周期性水肿，它是一种好发于女性的不明原因水肿，其特征是周期性肿胀及焦虑情绪发作，标志着水电解质平衡失常（醛固酮分泌增加）。与经前期综合征鉴别的依据是它在整个月经周期均可出现症状，而在月经前症状加剧。应用过多利尿剂可能加重症状，以转内科诊治为宜。又如复发性抑郁症月经前加剧，就难与经前期综合征鉴别。
需要与经前期综合征鉴别的常见疾病有：①适应性障碍伴情绪抑郁；②情感性障碍；③焦虑症；④物质滥用症；⑤人格障碍；⑥痛经；⑦产后抑郁症。
需要与经前期综合征鉴别的少见疾病有：①精神病；②进食障碍；③乳房痛；④躁郁症。