清朝总督是几省长官，巡抚是一省长官。总督往往兼任巡抚，如直隶、四川、甘肃等省就属于这种情况。也有不设总督的情况，如河南、山东、山西等省就只设巡抚而无总督。总督和巡抚治所一般分开，如两江总督在南京，江苏巡抚衙门驻苏州。不过，也有总督、巡抚同城者。
东厂和西厂
东厂和西厂是明朝时设立的特务机构，由宦官执掌。从永乐朝始，明成祖朱棣为了剿灭建文皇帝余党及体察民情，于永乐十八年（1420年）设立了东厂，由宦官执掌，从事特务活动，诸事直接报告皇帝。起初，东厂只管侦缉、抓人，到了明朝后期，东厂甚至有了自己的监狱。东厂的监管范围非常大，听审、监视官员、查看文件，甚至连普通百姓的生活、柴米油盐的价格，都在东厂的侦缉范围之内。
到了明宪宗时，为加强特务统治，于明成化十三年（1477年）设立西缉事厂（简称西厂），成员从锦衣卫中选拔，由大宦官汪直提督厂事，其权势超过东厂。汪直以西厂为据点，勾结一些朝官结党，排除异己，陷害忠良，威势倾天下。西厂特务侦缉各地，引起朝野反对，后被迫撤销。明武宗时大宦官刘瑾专权，又恢复西厂，刘瑾倒台被凌迟后又被撤销。
锦衣卫
锦衣卫是明朝时期的专有军事特务机构，其全名为“锦衣亲军都指挥使司”，其前身为明太祖朱元璋所创设的“御用拱卫司”、“仪鸾司”以及“大内亲军都督府”。它们本是皇帝的“卫队”，主要任务是保卫皇帝以及为皇帝执掌仪仗。后来朱元璋大肆屠戮功臣，感觉传统的司法机构刑部、大理寺、都察院使用起来不太顺手，于是将锦衣卫的功能提升起来，兼管刑狱、侦察、缉捕盗贼奸党、监视文武百官，使其成为皇帝的私人警察。
负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北两个镇抚司，其中北镇抚司是洪武十五年添设，专理皇帝钦定的案件。北司拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。南北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为“缇骑”。他们直接听命于皇上，上至宰相藩王，下至平民百姓，都处于他们的监视之下。他们可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行秘密审讯。正因为锦衣卫拥有特权，所以他们可以胡作非为、贪赃枉法，又得到了皇帝的庇护，造成了社会的混乱不堪，人人谈之色变。
三殿三阁大学士
大学士是明清时的文官名，名称前要加殿、阁衔，数目为六人。最初明朝大学士共“四殿”、“两阁”。四殿为：中极殿大学士（原为华盖殿），建极殿大学士（原为谨身殿），文华殿大学士，武英殿大学士。两阁为：文渊阁大学士，东阁大学士。清朝称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士”。清乾隆年间改“中和殿大学士”为“体仁阁大学士”，成为“三殿三阁”。这项制度一直延续到清朝末期。
三殿三阁大学士可以说是文臣的最高官位，地位极为尊崇，汉人一般非翰林出身的不能授予。其中保和殿大学士最为尊贵，自乾隆朝的傅恒死后，就无人再得此大学士称号，原为第二的文华殿大学士就是最高的大学士了。三殿三阁大学士一般都是退休以后才空出职位，由协办大学士递补，除非此人被革职或死亡，
道员
道员简称“道”，明清时期的地方政府官职之一，是省与府之间的地方长官。清乾隆时期为正四品之官，俗称“道台”，雅称为“观察”、“观察使”。明布政使有佐官左、右参政及左、右参议，分管各承宣布政司辖区内部分地区、钱谷等事，无定员，因事添设，各省不等，称分守道；按察使有佐官副使、佥事，无定员，分管各提刑按察使司辖区内部分地区、刑名等事，称分巡道。分巡道和分守道合称道员。清朝时废除了参政、参议、副使、佥事等官衔，专置分守道主管一省内若干府县政务，分巡道主管全省提学、屯田等专门事务，守、巡诸道多加兵备衔，长官皆称道员，俗称道台，尊称观察。清末又在各省置巡警道与劝业道。民国初年曾分一省为数道，以道尹为长官。道员（道台、道尹）为从三品或正四品官员。1911年清亡后，道员官职废除。
军机处
军机处为清朝雍正皇帝时设置的权力中枢。雍正七年（1729年），清政府出兵平定准噶尔叛乱。因内阁在太和门外，恐泄漏机密，雍正于隆宗门内设置军机房，选内阁中谨密者入值缮写，以便处理紧急军务，辅佐皇帝处理政务。后改称“军机处”。
清廷平定准噶尔叛乱后，雍正为了掌控大权，进一步扩大了军机处的权力，使其成为处理全国军政大事的常设核心机构，成为凌驾于内阁之上的真正的政务中心。军机处的职官有军机大臣，俗称“大军机”，有军机章京，俗称“小军机”。军机大臣由皇帝从满、汉大学士、尚书、侍郎等官员内选拔，有些也由军机章京升任。军机大臣任命的名目为“军机处行走”或“军机大臣上行走”。“行走”即入值办事之意。军机大臣没有定额，多者六七人，至嘉庆初年，始定为满、汉章京各十六人，共三十二人，满、汉章京又各分两班值班，每班八人。
军机处成立后，一切机密大政均归于军机处办理。军机处总揽军政大权二端，真正成为执政的最高国家机关。军机处完全置于皇帝的直接掌握之下，等于皇帝的私人秘书处。军机大臣无日不被召见，无日不承命办事，而且当天必须处理完毕每天由下面送达的奏章，以保证军机处处理政务的效率。皇帝所到的地方，军机大臣也要随从在侧。军机处在权力上是最高行政机关，而在形式上始终处于临时机构的地位。军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。宣统三年（1911年）责任内阁成立后军机处撤销。
南书房
南书房是清朝内廷机构，始设于康熙十六年（1677年），是清代皇帝文学侍从值班的地方。南书房原本为康熙帝读书处，俗称南斋。康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画，在乾清宫西南角特辟房舍，名南书房。在翰林等官员中，“择词臣才品兼优者”入值，称“南书房行走”，主要陪伴皇帝赋诗撰文，写字作画，有时还秉承皇帝的意旨起草诏令，“撰述谕旨”。后来康熙皇帝为了把国家大权紧紧地控制在自己手中，就把南书房变成了由自己严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”，成为权力中心。
雍正朝自军机处建立后，军机大事均归军机处办理，南书房官员不再参与机务，地位有所下降，但由于入值者常能觐见皇帝，因此仍具有一定地位。南书房至光绪二十四年（1898年）撤销。
理藩院
理藩院是清朝管理少数民族事务的部门，始创于清朝皇太极年间。清于崇德元年（1636年）设蒙古衙门；三年六月，改称理藩院，隶属礼部。后来又改置尚书，定官制同六部，理藩院尚书亦入议政之列。理藩院初掌蒙古事，随着清廷全国政权的建立，变为总管蒙古、西藏、新疆等各少数民族地区事务的中央机构。在清朝成立总理各国事务衙门之前，还兼办对俄罗斯事务。
理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。理藩院所辖，先后有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒学、俄罗斯学、木兰围场、喇嘛印务处、则例馆等机构。此外还派司员等常驻少数民族地方，处理特定事务，定期轮换。
在光绪三十三年（1907年）九月，清末新政实行期间，理藩院改名为理藩部。清亡后理藩部遂废。
总理衙门
总理衙门全称“总理各国事务衙门”，又称“总署”、“译署”，是清政府为办理外交、通商及其他洋务而特设的中央机构。第二次鸦片战争后，对外交涉事务增多，经咸丰帝批准成立总理衙门，接管以往礼部和理藩院所执掌的对外事务。总理衙门最初只主持外交与通商事务，后来还兼管办工厂、修铁路、开矿山、办学校、派留学生等，权力越来越大。所有外交及与外国有关的财政、军事、教育、矿务、交通等，都归该衙门管辖，成为清政府的重要决策机构。1901年，据《辛丑条约》第12款规定，总理衙门改为外务部，负责一切外交事务，仍位列六部之首。此后，按照列强的要求，清政府陆续增设了商务、学部、铁路局、海军部等机构，行使总理衙门的部分职权，总理衙门自此完全消失。
南、北洋大臣
第一次鸦片战争后，清廷开放了许多沿海沿江口岸，长江以南由原来的五口增为十三口，长江以北新开牛庄、天津、登州三口。为了和列强打交道，清政府将原来的五口通商大臣改为“办理江浙闽粤内江各口通商事务大臣”，设在上海，后来演变称为南洋通商大臣或南洋大臣。清政府又在天津新设“办理牛庄、天津、登州三口通商事务大臣”，后来演变称为北洋通商大臣或北洋大臣。南北洋大臣都是为“通商”而设。
南洋大臣是专管南部中国沿海通商口岸交涉、通商、海防等事务的钦差大臣。南洋大臣从设立之初即由江苏巡抚或两江总督兼任，因此苏抚或江督在清政府对外交往中占有一席之地，职掌除交涉、通商、海防外，还训练南洋陆海军，兴办工矿交通事业等。先后有湘系集团的曾国藩、曾国荃、左宗棠、沈葆桢、刘坤一等担任该职。
北洋大臣在设置之初为专职，专办洋务兼筹海防，后来由直隶总督兼任，职责范围也不断扩大。北洋大臣除办理北方地区的外交、通商外，还负责训练北洋海陆军，以及兴办轮船、电报、煤矿、铁路、纺织等洋务企业。1870年，李鸿章调任直隶总督。此后李鸿章一直担任直隶总督兼任北洋大臣28年之久，专办清政府外交，致使北洋大臣地位不断上升，职权不断扩大，势力远远超过了本来地位与之对等的南洋大臣。