我们常说，哪里有人，哪里就有垃圾；而载人航天也是如此。密封座舱内的垃圾包括人排出的固、液、气体，卫生辅助品，头发、指甲、食物屑、包装材料、损坏的器具和仪器设备产生的废物，更换下来的仪器设备和零部件，等等。
按理说，放屁是人的一种正常生理现象，但在太空里也是一种令人讨厌的生理现象，特别是那种污染空气的臭屁和以声报人的响屁。在太空放屁是一件很不简单的事。美国宇航局曾对放屁做了专门研究。每人每天平均放屁三次，一天放出的屁，重量约相当于一瓶牛奶。飞船的座舱是密封的，而且空间很狭小。因此，放屁多了会污染座舱环境，使人心情不舒畅，食欲不振，甚至产生疾病。倘若氢和甲烷等可燃气体多了，还有可能会发生爆炸。座舱当然有调节设备，但也会增加调节设备的负担，消耗更多的能源。在失重环境中，放屁的微小推力，还会把人推走！
因此，在太空应尽量少放屁，憋一憋，屁中的氢和氮可由肺部和皮肤排出，其他成分也可进入血液，最后由尿排出。但有时憋屁会感觉不舒服，甚至引起精神不振。这时，也不要随时随地放屁，最好是到厕所里去放。为了减少屁源，应讲究个人卫生，进食时要细嚼慢咽，使食物在肠胃中得到更好的消化。航天食品应避免选择那些容易产生屁的原料。
虽然在太空放屁难，但在太空大小便更难。如果像地面上一样撒尿，由于失重，射出的尿碰到便桶会反弹回来，溅在人的身上或飘浮在空中，拉出来的大便也会到处飘浮。载人航天初期，将尿撒在尿袋中，然后倒掉；大便时，将袋口带胶布的粪袋贴在臀部上，大便完将用过的手纸和消毒水放入袋中，合上袋口，然后抛弃，或者用手将袋中的东西揉捏在一起，放在贮存箱中带回地面检验。加消毒水和揉捏是为了彻底消毒，不然粪便在袋中腐烂，产生气体，袋子膨胀甚至胀破，就会污染环境。
事实上，这种方法也是不可靠的，稍不注意，屎尿就从袋中飞出来。后来逐步改进，美国在“天空实验室”上装有L式厕所，就是在舱壁上开一个口子安上便座，大便时双手抓住便座旁的把手，将臀部贴在便座上，粪便由气流抽入一个袋中，水分和臭气通过过滤网兜进入一个容器中处理。便袋中的干粪便就地处理或带回地面。小便则对准一个漏斗，尿通过一根管子被抽入容器中处理。
不过，这种大小便方法对女宇航员仍很不方便。要使妇女在太空失重环境中小便符合卫生要求，是很不容易的一件事。为了解决这个特殊问题，美国宇航局聘用了几名自愿帮忙的妇女，请她们演示了撒尿的全过程，并把整个过程录了像，然后进行研究。他们根据获得的资料，为航天飞机研制了一个男女共用的马桶。该马桶的前端安有尿收集器，以满足妇女便尿的要求。便后，便桶盖自动封闭，里面形成真空使粪便干燥，固体部分弃之舱外，液体部分经再生处理，成为使用水。
说到太空用水，要算洗澡最奢侈了。作为个人卫生活动，洗澡是必需的。但太空中的水跟银子一样昂贵，再加上以高昂运费送上天的洗澡设备，洗一次澡的代价是非常昂贵的。一般一个星期甚至一个月才能有一次淋浴，这从费用、心情和身体舒适方面讲，都是一次高贵的享受。显然，少于一星期或一个月的短程航天是无法享受太空淋浴的，即使出了大汗，也只能用毛巾擦一擦身子。没有淋浴设备的载人飞船，宇航员也只能用湿毛巾擦身。
１９８５年在“礼炮７”号航天站上生活２１１天的前苏联宇航员列别杰夫，在他的日记中对太空淋浴做了生动的描述。他说，为了洗一次澡，准备工作需要花好几个小时。淋浴时，必须把双脚固定起来，不然，飘浮着的身体被水一冲，就会翻筋斗。在失重状态下水是危险品，少量的水也会呛伤人，甚至把人溺死。为了安全起见，最好戴上呼吸罩和护目罩。因此，太空淋浴总是在紧张中进行的，使人有一种既危险又舒适的探险的心情。
在太空飞行，除了个人卫生外，环境卫生也非常重要。在狭小封闭的座舱中，环境卫生甚至比地面上更重要。保持环境卫生，除了空气的自动净化外，密封座舱要经常打扫。保持环境卫生最困难的是垃圾处理，对短期航天来说，把垃圾收集起来带回地面即可。知识点宇航员处理生活垃圾的办法在太空，生活垃圾处理的办法目前有两种：①将垃圾压实成块，像发射炮弹一样从航天器上发射出去。不过不是像发射卫星那样向上发射，而是向下发射，让其进入大气层中烧毁。这种“发射法”的优点是及时，不增加航天器的重量负担，而且可以防止垃圾腐烂发臭，滋生霉菌，污染空气，但需要添置必要的设备。②将垃圾积存起来带回地面处理，该方法不妨叫“零存整运法”。前苏联的“礼炮”号和“和平”号航天站就采用这种办法。“进步”号货运飞船的每次飞行，都要带回一吨多垃圾。这种方法要支付一定的空间运输费用，而且要解决垃圾存放时的防腐、防霉、污染环境等问题。