公元1864年，新疆各族人民举行反清起义，占领大部分地区，但领导权被封建主掌握，出现许多割据政权。公元1865年，南疆封建主司迪尔向浩罕国求援，阿古柏便乘机率军侵入新疆，先后攻占喀什噶尔、疏勒、和阗、叶尔羌等地，后来势力扩张到库尔勒一带。
公元1867年，阿古柏仿照中亚汗国制度，宣布成立哲德沙尔国（意为“七城国”），自称为汗。公元1870年，阿古柏继续向北发展，侵占乌鲁木齐、玛纳斯等城市，几乎占有新疆的全境。为了维护其反动统治，阿古柏先后与英、俄殖民者进行了一系列勾结。公元1871年，俄乘机出兵攻占伊犁。
公元1876年3月，清政府派左宗棠率领三路大军入疆，收复失地。公元1877年5月，阿古柏于库尔勒兵败，服毒身亡。公元1877年与公元1878年之交，清政府相继收复阿克苏、喀什噶尔、和阗，胜利平定南疆。