南宋建炎四年（1130年），秦桧随完颜昌南攻楚州（今江苏淮阴）时，全家乘船渡海抵达越州（今浙江绍兴）。他诈称自己是杀了“金人监己者，弃舟而来”。宋高宗赵构一心要与金国讲和，便提升秦桧为吏部尚书，转年又屡迁他为参知政事、宰相，主持与金国和议事。
绍兴九年（1139年），秦桧代表高宗与金国达成了丧权辱国的“绍兴和议”。但第二年，和议即遭金国撕毁，金兵继续南下攻宋。宋将岳飞、韩世忠等奉命出师，屡创金军。岳飞相继收复颍昌、蔡水、洛阳等地，又在郾城（今属安徽；）大破完颜宗弼（即兀术）的拐子马军，名震天下。由于他素来“以恢复为己任，不肯附和议”，坚决主战，遂成为秦桧的“眼中钉”，亦是金人的心腹大患。兀术在给秦桧的信中提出：“汝朝夕以和请，而岳飞方为河北图，必杀飞，始可和。”而秦桧也认为，如果岳飞不死，“终梗和议，己必及祸，故力谋杀之”。
绍兴十一年（1141年），秦桧唆使高宗采用明升暗降的手法；任命岳飞为枢密副使，解除了他的兵权；不久又以张俊编造的岳飞在淮西战役中逗留不前的谎言为依据，指使右谏议大夫万俟卨上章弹劾，罢免了他的枢密副使。为了置岳飞于死地，秦桧与张俊串通，在岳飞部将中物色到了一个善于告讦变诈的副统制王俊，帮助他炮制了一份《告首状》，诬告岳飞最倚重的部将张宪要领兵到襄阳造反。王俊将《告首状》交给原任都统制的王贵，转送镇江枢密行府的张俊。张俊判定王俊所述属实，并“亲行鞫炼”，逼张宪自诬，承认自己“欲劫诸军为乱”，乃是由于岳飞之子岳云唆使他这样做的。张宪被笞掠得体无完肤，抵死不认。秦桧就指使张俊伪造了张宪的口供，将张宪、岳云一同押解到杭州大理狱中。
高宗闻知此案后，只不过表示了一下“惊骇”而已，秦桧奏乞将张宪、岳云与岳飞证白此事，高宗也无制止之意，不用说，是有纵容之意。这时岳飞对张宪、岳云被诬陷下狱之事全无所知。奉令到京后，秦桧密遣左右传宣：“请相公略到朝廷，别听圣旨。”岳飞闻听宣诏，即跟随来人前去，那人却一直把他引到大理寺去。岳飞不胜愕异地问道：我为国家宣力半生，为什么今天竟到了这里！在后堂，他看到了张宪和岳云——两人都身披枷锁，血迹斑斑，痛苦地呻吟着。
受命审问岳飞的是曾附和万俟卨弹劾他的御史中丞何铸。他一见岳飞，便大声质问岳飞为什么要谋反。岳飞一听如此罪名，顿时怒气盈胸，当即撕裂上衣，露出背上赫然刺写的“尽忠报国”四个大字。何铸看罢，心中不禁震慑，在审查了与此案有关的全部文件后，更感到大都诬枉不实，便向秦桧作了报告。秦桧很不高兴地说，皇上的意思是要这样办的。何铸对秦桧虽有曲意顺从之处，但此时决意不肯再推波助澜，婉言答道：“我并非要维护岳飞，只是现在大敌当前，无故诛杀大将，一定会大伤将士之心。”一番话说得秦桧无言可答。
岳飞再次受审，改由万俟卨主持。他把王俊、张俊等人捏造的“罪证”摆在桌上，向岳飞大声呵斥道：“国家有何亏负于你，你们父子却要伙同张宪共同谋反？”岳飞气愤填膺，指着万俟卨高叫道：“我对天盟誓，绝无负于国家。你们既主持国法，切不可陷害忠良。我若诬枉致死，到冥府也要与你们对质不休！”万俟卨接着问：“相公说无心造反，可还记得游天竺寺时，在壁上留题说：‘寒门何载富贵’，既然写出这样的话，岂不表明有非分之想吗？”岳飞见如此深文周纳，不禁满怀愤懑地长叹：“吾现时才知道已落入国贼秦桧之手，使我为国忠心一切都休，一切都成了犯罪！说罢便合上眼睛，任凭狱卒们拷打。
审讯了两个月之久，秦桧始终得不到足以置岳飞于死地的罪状，便以尚书省的名义下了一道《敕牒》给万俟卨。称岳飞“淮西之战，十五次被受御札，坐观胜负”，应即以此作为岳飞的最大罪状。然而此事既非王俊《告首状》所举发，也不是张宪在诬服时所涉及的；审问时又经岳飞逐一加以辩驳，据此定案终显十分牵强。
因为罪证不足，参与审讯岳飞的大理寺官员李若朴和何彦猷认为造反的罪名难以成立，只应判处两年徒刑。万俟卨和罗汝楫则极力主张把岳飞父子和张宪三人一律处死。由于未能取得一致意见，案子便拖了下来。
当时朝廷内外对岳飞一案十分震惊，许多具有正义感的官员，纷纷出面进行营救。宗室首领齐安郡王赵士依上书说“中原未靖，祸及忠义，是忘二圣不欲复中原也。臣以百口保飞无他。”南剑州（今福建南平）布衣范瞪之上书说：“胡虏未灭，飞之力尚能载定，岂可令将帅相屠，自为逆贼报仇哉！”还有进士智浃、布衣刘允升也上书为岳飞鸣冤。这时已罢官闲居的韩世忠，本已社门谢客，绝口不谈政事，但实在无法平息愤懑的心情，还是去质问秦桧，有什么根据说岳飞谋反？秦回答说：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有？”他蛮不讲理地认为，尽管岳云给张宪的书信找不到了，难道这个事也没有吗？我看是或许有的，可能有的。韩世忠见他硬把无理说有有理，只好拂然说道：“相公，莫须有三字，何以服天下乎？”
高宗和秦桧既然决心与金人讲和，就必须满足金人的条件杀掉岳飞。这既除掉了妨碍自己的绊脚石，又杀鸡给猴看，警告拥有军权的武将们必须顺从，使自己的统治基础得到加强和巩固，又何乐而不为呢！于是不顾众人的反对，一意孤行，在这年的除夕，下达了“岳飞赐死，张宪、岳云并依军法施行”的“圣旨”。
当天，大理寺的执法官遵旨来到狱中，逼岳飞在供状上画押。岳飞知道最后的时刻到了，他想到自己一生尽忠报国，光明磊落，问心无愧；现在无辜被害，老天有眼，终有昭雪的一天。便镇定自若地提起笔来，在供状上写下了八个大字“天日昭昭！天日昭昭！”
一代忠臣，爱国名将，民族英雄岳飞，就这样惨死了。年仅三十九岁。明朝名士文征明在题《杭州岳飞庙》中说“拂试残碑，敕飞字依稀堪读。慨当初倚飞何重？后来何酷？果是功成身合死，可怜事去言难赎。最无辜堪恨亦堪怜，风波狱。”
千百年来，人们一直都以为是秦桧害死了岳飞，其实仔细想想，害死岳飞的真正凶手应该是宋高宗，秦桧只是帮凶而已。
造成宋高宗杀岳飞的原因主要有三：
第一，迎还二圣，酿成祸根，宋高宗是在父兄被掳走的情况下登基做的皇帝，天无二日，国无二主，况且，如果迎回二圣将是三主，当康王毕竟不如当皇上，徽、钦二宗回朝对高宗的皇位会构成一定的威胁，自己还位于徽、钦二宗，还是继续当皇上，都很难处理，岳飞抗金所打的口号其一就是：“迎还二圣”，这必然会遭到高宗的忌恨。
第二，扩军遭忌，功高震主。宋朝自太祖开国以来主要以文官治天下，而岳飞以武将居高位，以引起高宗和文官的不满，况且，岳飞为了抗金，还一再的招军扩军，拥兵近二十万之众，其本人在军中也素有威望，大有军中只知有岳帅而不知有朝廷之势。因而引起了高宗的惊惧，也就是犯了功高震主的官场大忌。
第三，反对议和，招致祸殃。宋高宗是个性格软弱、贪图安逸的人，而对金国气势汹汹的进攻，早以给吓破了胆，偏安江南小朝廷，到也清闲自在，决定与金国议和，而岳飞则以恢复中原为己任，以“靖康之耻”为大宋之耻，为的是彻底打败金兵，而金国议和的条件是“必杀岳飞”所以构成了岳飞冤死的悲剧。而这场悲剧的导演正是宋高宗，秦桧只是帮凶而已。
堪恨亦堪怜的风波冤狱冤杀了一个民族英雄，改变了一段历史。从中我们也不难看出一点，爱国未必是忠君，忠君更未必是爱国，要想长久，只有“忠君”。像秦桧一样搞好“人际关系”却得长久。