莫卧儿王朝第三代帝王是阿克巴。他即位时只有14岁，政权完全操纵在首相手里。首相自恃有功，骄横跋扈，滥杀异己，甚至将阿克巴的好友一个个处死，还阴谋篡夺王位。阿克巴刚满18岁时便夺回了大权，亲自主持朝政。
阿克巴执政以后，贵族、教派叛乱频繁，王位很不巩固。阿克巴亲自率领大军镇压了各地叛乱。他将2000多人的头盖骨筑成一座可怕的骨塔，以此来警告叛乱者。随后，他又对内部事务进行整顿。他首先下令重新丈量田地，严格分别等级征税，不得任意增减；还责令取消人头税以及田赋附加税，以减轻农民负担；遇到严重天灾，一律免缴田赋；此外对农业生产和水利也采取一些有效措施。
当时印度流行一种愚昧、残酷的风俗：丈夫死了，妻子常常要跳入火堆为丈夫殉葬。据说这个风俗在公元4世纪笈多王朝时就形成了。阿克巴对这个相传1000多年的恶习十分痛恨。他委派几位督察专员到各地去辨明谁是真心自愿殉葬的寡妇，以便保护那些不肯为此断送性命的妇女。
有一天，阿克巴正在宫中举行盛大宴饮。突然，一位督察专员走近阿克巴身边，悄声说道：“报告陛下，孟加拉已故总督的寡妇明天就要跳火啦！”
“好，我现在就去……”阿克巴说着就放下酒杯，站起身，匆匆向宫外走去。
阿克巴知道，孟加拉总督的寡妇，是一位聪明能干的年轻女子，她决不会自愿跳进火堆的。他骑上了一匹快马，带了几十名随从，前呼后拥，向孟加拉飞奔而去。到了总督府，没等人迎接，便径自走进内厅。只见在一个大院子里，许多人正围着一个火堆，烈火熊熊燃烧着，一个年轻妇女在众人搀扶下，正哭哭啼啼地向火堆走去。
“君王驾到——”门外一声呼喊，火堆四周的人们立即跪了下来。那个哭着的妇女，正是已故总督的寡妇。她抬头一看，是阿克巴君王，立即投去期待和乞怜的眼光。
阿克巴走近她身边，轻声问道：“你这样做，是自觉自愿的吗？”
“圣王在上，贱妾不敢说慌，贱妾本来不愿这样做，只因夫家怕妾分得总督财产，故逼迫贱妾跳火殉夫。”寡妇说着又痛哭起来。
“既然如此，那就免了吧！”阿克巴说着，又面向众人说道，“大家听着，今后不论什么人，一律不准强迫寡妇殉夫，谁违背的，严加惩处！”众人听了，只得齐声附和，立即草草收拾了火葬仪式。
孟加拉已故总督的寡妇得救了，但这种殉葬的残酷行为仍无法完全禁止。直到250年以后，印度才有停止跳火殉夫的法令。
莫卧儿是一个******教国家，而印度长期流行的是印度教，因此教派斗争和教派起义十分频繁。阿克巴为了协调印度教和******教之间的关系，宣布信教自由、教派平等。他特别挑选了一些印度教人士做高级官员，又娶了信奉印度教的贵族女儿为王后。
1581年，他又创立了一个没有上帝、没有先知、没有教条的“圣教”。圣教徒把阿克巴当上帝看待，彼此遇见时总要呼阿克巴的名字。这种“圣教”既无宇宙，又不祈祷，只是要求在平时爱护动物生命，尽可能施舍、赈济或做些好事。阿克巴创立的“圣教”有一个特点，就是并不强迫人们都相信“圣教”。因此，印度教徒改信“圣教”的人并不多，******教徒反对“圣教”的也不少。阿克巴对此毫不介意。这些措施，缓和了印度人民反******教的情绪，宗教起义也得到了平息。
阿克巴虽然是个文盲，但几乎每天都有人将各种书籍读给他听。替他读书的人按所读页数得到报酬。他有很强的记忆力，听读以后便能记住，并经常以渊博的知识同一些有学问的人讨论文学、哲学、宗教等方面的问题。他供养了100多位画家，其中主要是印度教徒。宫中每月开绘画展览三四次，他对每一幅画都要加以评论并分别赏赐。
阿克巴还供养了许多音乐家，每天轮流听取印度、波斯、中亚、克什米尔等地的音乐。他自己也能作曲，还命令将梵文乐谱译成波斯文，再用波斯文演唱。许多印度教的官吏学习了波斯文，同时许多******教官吏也能写出印度文诗歌，这样就促进了波斯文化与印度文化的交流。
因为善于理财和用人，加上在政治上主张民族、宗教平等，这样就缓和了国内矛盾，使百姓过着较为安定的生活。在军事上，从1560年起，阿克巴用了15年时间统一了北印度；又用了16年时间把版图扩大到遥远的西北地方；最后，又用3年的时间，平定了南方的几个王国，从而建立起一个强大的莫卧儿王朝。
1605年10月，阿克巴去世，由杰汉基、沙杰罕和奥兰则布等人相继为王，这时仍然是莫卧儿王朝最强盛的时期。奥兰则布去世后，子孙们争夺王位，经常发生内战。这种混乱局面给入侵者带来可乘之机。1764年英国人闯了进来，征服了印度，成为印度半岛的统治者。从此，莫卧儿王国沦为英国的殖民地。