由此，蔡元培最辉煌的时期到来了，并且因为他对大学教育体系的创立，被浓墨重彩地载入中国教育史。
1912年，当蔡元培就任民国政府第一任教育部长时，曾聘范源濂出任教育部次长。因为范源濂并不属于国民党的前身同盟会，因此对蔡元培的邀请在国民党内部引起了一些反对之声，但蔡元培依然坚持己见，说：“现在是国家教育创制的开始，要撇开个人的偏见、党派的立场，给教育立一个统一的智慧的百年大计。”
不想四年以后，两人的位置刚好倒了过来，这回是任教育部长的范源濂来邀请蔡元培了。
以1898年京师大学堂建立开始计，当时北京大学建校仅仅18年。京师大学堂可以说是戊戌变法硕果仅存的产物，成立的初衷是痛感国家实力孱弱，力图引进新学来振兴国势。但是，1916年时的北大虽然已经改名为国立北京大学，其作为“皇家大学”的官僚气与衙门气依然浓厚。
在教员中，有不少是北洋政府的官僚，这些教师即使不学无术，也受到学生巴结，以便日后自己当官仕途方便。陶希圣先生对那时的北大曾有这样的回忆：“民国初年，贵族子弟仍然不少，文科那边有一个学生坐自用人力车（洋车）来上课……两院一堂是八大胡同（当时的妓院集中地）受欢迎的重要的顾客。两院是国会的参众两院，一堂就是北京大学——京师大学堂。”
北大的这种腐败名声蔡元培早有所闻，朋友们也劝他不要去，担心他“进去了，若不能整顿，反于自己的名声有碍”。然而蔡元培内心里已经下定决心。在1919年，他曾这样说道：“我国输入欧化，六十年矣。始而造兵，继而练军，继而变法，最后乃始知教育之必要。”实际上，“教育救国”的理念是蔡元培自戊戌变法失败后一直坚信不移的信念。
1916年12月26日，蔡元培接受了北洋政府大总统黎元洪的北大校长委任状。1917年1月4日，蔡元培赴北大上任。据当时正在北大上学的顾颉刚回忆，到任那天，校工们在门口恭恭敬敬排队向他行礼，蔡元培“脱下自己头上的礼帽，郑重其事地向校工们回鞠了一个躬，这就使校工和学生们大为惊讶”。实际上，蔡元培从来也没有把北大校长一职看做是一官职，他不做官，也要求学生们不做官。他对学生们说：“诸君须抱定宗旨，为求学而来。入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨。”
蔡元培到北大上任，1月11日就呈请教育部聘任陈独秀出任文科学长。当时的北大被重新分为文、理、法三科，下面再分系；文科学长，相当于文学院院长。
在蔡元培引进了陈独秀后，陈又引进了胡适进北大当教师。而胡适当时不过是个连博士学位还没拿到的毛头小伙——后来，胡适在他的纪念文章里曾提到，如果没有蔡元培，他的一生很可能会在一家二三流的报刊编辑生涯中度过。
陈独秀与胡适是蔡元培“兼容并包，思想自由”的著名八字方针下的两段佳话。蔡决心以这八个字来塑造北大，是他在欧洲留学期间就已埋下的心愿。他在《〈北京大学月刊〉发刊词》中阐述了自己对大学精神的理解：“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也。……各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，此思想自由之通则，而大学之所以为大也。”
在“兼容并包”的精神鼓舞下，北大吸引了中国的各路学术精英。以文科为例，从陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、刘半农、周作人、鲁迅，到辜鸿铭、刘师培、黄侃，大师云集。各种文化社团风起云涌。而那种“师生间问难质疑，坐而论道的学风”，那种民主自由的风气，从那时开始形成，成为北大异于其他大学、吸引后来一代又一代学子的独特传统。
实行教授治校，也是蔡元培在国外留学期间感悟到的。在蔡任北大校长期间建立起教授会、评议会，各科学长由教授会公举等举措，都是对德国大学管理方法的仿效。据时任北大教授的沈尹默回忆，当时的评议会，由全体教授推举，约五人中选一人。凡校中章程规律（如开放女禁、给予女生同等入学权利），都要经评议会同意。
讲到蔡元培与北京大学，就必然讲到五四运动。在蔡元培的支持下，以北京大学为中心的波澜壮阔的新文化运动为五四运动孕育了丰厚的文化背景。而五四运动本身，也直接与蔡元培相关。
1919年5月3日，时任北洋政府外交委员会委员长的汪大燮得知中国政府准备在《巴黎和约》上签字的消息，亲自赶赴蔡元培家将密电内情告知。当晚，蔡即召集学生代表傅斯年、罗家伦等人，向他们通报消息。学生们得知消息群情激愤，原定于5月7日“国耻日”举行的游行，遂提前至5月4日举行。
在游行队伍从红楼出发之前，蔡元培曾在出口处挡了一下。他表示大家有什么要求，他可以代表同学们向政府提出。但在激愤之下，学生们不肯。
当天晚上，在火烧赵家楼后，有32名学生被警察逮捕，其中有20名是北大学生。
5月4日当晚，北大学生群集在三院大礼堂商讨对策。蔡元培对学生们说：“你们今天所做的事情我全知道了，我寄以相当的同情。”话一出，全场欢声雷动。蔡元培又说：“我是全校之主，我自当尽营救学生之责……我保证在三天之内，把被捕同学营救回来。”
蔡元培的营救方式，是去当时执政的段褀瑞所敬重的一位前辈家中说情。那位老先生表示，这件事的难度太大。于是，蔡元培从晚上9点一直坐到12点都不肯走，直到对方表示愿意一试。
在社会的强大舆论压力下，被捕学生于5月7日被保释出狱，而蔡元培却在5月8日向政府提出辞呈。第二天，他就悄然去了天津，后来回了浙江老家。
蔡元培的一生中，曾辞过几十次职。他自认是一学者，从来没有想过要做官。他也绝不会以辞职要挟谁，他只是感到深深的“自伤”。
但这一次辞职，产生的社会震荡远超出蔡元培所想。从北大到北京学界，“挽（留）蔡”竟成了难以平息的学潮的一个组成部分。为表示与蔡元培同进退，北京市各中专以上的校长也全部提出辞呈。在这种压力之下，蔡元培终于于7月答应回校复职。
蔡元培后来曾说：自己“居北京大学校长之名义，十年有半；而实际在校办事，不过五年有半”。1923年之后，蔡元培人或在海外，或在国内办大学院和中央研究院等，已经不再管理北大的校务了。但是，北大却从此确立了其现代的传统和校格，而蔡元培也因北大而成为中国一名伟大的教育家。
◎故事感悟
为师者、为长者，应该坚持培养学生或后辈，教他们正确做人，使他们走上人生的正轨。这是真正的爱幼，更高层次的爱幼，最根本的爱幼，蔡先生是当之无愧的楷模。
◎史海撷英
蔡元培积极培植家乡青年
一直以来，蔡元培对家乡青年的培植都是不遗余力的。他先后在家乡主办过绍郡中西学堂、绍兴府学堂、越郡公学、明道女校等学校，并曾任稽山中学的名誉校董。
蔡元培也是我国20世纪初资本主义教育制度的创立者。他明确提出，要废止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实的封建教育宗旨，倡导以军国民教育、实利主义教育为急务，以道德教育为中心，以世界观教育为终极目的，以美育为桥梁的资产阶级民主主义的教育方针，从而初步建立了资产阶级的新教育体制。
蔡元培的教育实践大多都在高等教育方面。在任北京大学校长期间，他提出大学的性质在于研究高深学问。他还提倡学术自由，科学民主，主张学与术分校、文与理通科，将“学年制”改为“学分制”，实行“选科制”，积极改进教学方法，并精简课程，力主学生自学，校内也实行学生自治。他的这些主张和措施在北京大学推行后，曾一度影响全国，以至有人称他为自由主义的教育家。
◎文苑拾萃
蔡元培故居
蔡元培故居位于浙江省绍兴市越城区萧山街的笔飞弄13号。该故居始建于明代晚期，为蔡氏祖父以下几代的居住地。蔡元培先生也出生于此，并在这里度过了童年和青少年时代。
蔡元培故居占地面积为1856平方米，主体建筑坐北朝南，砖木结构，每进三或五开间，中间有天井相隔。第一进门厅，第二进正房，第三进坐楼，系清中期重建，其东次间楼上原为蔡元培住处。该故居是一座保存完整的绍兴传统民居。附近有笔架桥、题扇桥、戒珠寺、蕺山。2001年，蔡元培故居被列为第五批全国重点文物保护单位。
朱自清为门生写《级歌》
◎为学生做好榜样。——朱自清
朱自清（1898—1948年），原名朱自华，字佩弦，号秋实。生于江苏连云港，江苏扬州人，原籍浙江绍兴。1920年毕业于北京大学，后来到清华大学任教。是现代著名散文家、诗人、学者、民主战士。
朱自清1912年进入高等小学读书，1916年考入北京大学预科。1919年2月，他的处女诗集《睡罢，小小的人》出版。1920年，朱自清于北京大学哲学系毕业。
1931年，朱自清留学英国，并漫游欧洲，回国后写成了《欧游杂记》。后来，他又参加了拒绝接受美国救济粮的运动。这让本来就身患肺病的朱自清身体更是虚弱不堪，终于在贫病之中逝世，年仅50岁。
从1920年在北京大学结业起，到1948年8月12日不幸为贫病夺去生命，朱自清先后在杭州、扬州、温州、宁波等地的中学师范和清华大学任教，终其一生都在从事教育事业。教学之余，他还热衷于诗歌、散文创作和中国古典文学研究，写出了许多脍炙人口的名篇。
此外，朱自清还曾为清华大学第九级（1933年入学，1937年结业）的门生写作了一首《级歌》的歌词。全文如下；
莽莽平原，漠漠长天，举眼破碎领土。
同砚少年，同砚少年，来挽既倒狂澜。
行止民间，行止民间，国家元气在民间。
莫怕困难，莫怕折磨，努力同心全在咱！
《级歌》歌词华丽有力。清华大学第九级的门生（其中有蒋南翔、牛荫冠、赵德尊、王达仁、黄绍湘等）高唱这支《级歌》加入“一·二九”抗日救亡运动。1937年7月7日卢沟桥事变时，正是第九级门生结业的时间。他们中的一些人“举眼破碎领土”，高唱着《级歌》“走向民间”，扎根于人民群众之中，加入抗日战争，迎着无数困难和折磨，为中华民族的解放拼尽了力气。
◎故事感悟
一首歌词，使我们明白朱自清对后辈的无比关爱和支持。关爱后辈，不光是在生活上给予他们满足，更多的是在精神上给予他们鼓励。
◎史海撷英
朱自清不领救济粮
1946年10月，朱自清从四川到北平。11月份，他开始担任“整理闻一多先生遗著委员会”的召集人。经过漫长曲折的道路，在黑暗现实的教育下和爱国民主运动的推动下，朱自清终于成为一名坚定的革命民主主义战士。在反饥饿、反内战的实际斗争中，朱自清虽然身患重病，但仍然签名于《抗议美国扶日政策并拒绝领取美援面粉宣言》，并嘱告家人不买配售面粉，始终保持着一个正直的爱国知识分子的高尚气节和可贵情操。
◎文苑拾萃
《荷塘月色》节选
朱自清
曲曲折折的荷塘上面，弥望的是田田的叶子。叶子出水很高，像亭亭的舞女的裙。层层的叶子中间，零星地点缀着些白花，有袅娜地开着的，有羞涩地打着朵儿的；正如一粒粒的明珠，又如碧天里的繁星，又如刚出浴的美人。微风过处，送来缕缕清香，仿佛远处高楼上渺茫的歌声似的。这时候叶子与花也有一丝的颤动，像闪电般，霎时传过荷塘的那边去了。叶子本是肩并肩密密地挨着，这便宛然有了一道凝碧的波痕。叶子底下是脉脉的流水，遮住了，不能见一些颜色；而叶子却更见风致了。
月光如流水一般，静静地泻在这一片叶子和花上。薄薄的青雾浮起在荷塘里。叶子和花仿佛在牛乳中洗过一样；又像笼着轻纱的梦。虽然是满月，天上却有一层淡淡的云，所以不能朗照；但我以为这恰是到了好处——酣眠固不可少，小睡也别有风味的。月光是隔了树照过来的，高处丛生的灌木，落下参差的斑驳的黑影，峭楞楞如鬼一般；弯弯的杨柳的稀疏的倩影，却又像是画在荷叶上。塘中的月色并不均匀；但光与影有着和谐的旋律，如梵婀玲上奏着的名曲。