但如果细细检讨的话，张居正在这场悲剧中自身也存在问题。他在位之时，曾接受某高官所赠的黄金制成的对联，上曰“日月并明，万国仰大明天子；丘山为岳，四方颂太岳相公”，欣然接受将自己与万历皇帝相提并论的提法，实在是犯了为人臣者的大忌。而张居正归家葬父，所过州县大小官员均长跪迎候，更有巡抚、巡按大吏越界迎送；作为宗室的襄王、唐王宴请张居正时，他也毫不避讳地首席入座—从公司组织的潜规则来看，一个代理CEO很有权力溢出之嫌，万历皇帝的秋后算账应该说在张居正身上也可以找到原因。
而李太后隐退，也是组织间架核心层开始松动的因素之一。万历大婚前，李太后接受张居正的建议，留居乾清宫，和万历小皇帝同住乾清宫暖阁，以便于对他实施管教。万历大婚后，李太后按旧制迁出乾清宫，不能继续在皇帝身边照看，从而处于退隐状态，对政事的干涉度大为降低。但即便如此，李太后也依旧没有刻意打造万历皇帝的董事长权威。当万历被他宠信的太监孙海、客用带到外面去花天酒地之时，李太后知道后“召帝长跪，数其过。帝涕泣请改乃已”，甚至李太后让张居正帮忙写罪己诏，语多苛责，颇有检讨不深刻就换天子的意思。在李太后心目中，张居正和万历二人孰轻孰重，不言自明。
但张居正对李太后却没有投桃报李。万历三年（1575年），李太后父亲武清伯李伟要造坟墓，嫌工部给他的两万两价银太少，李太后想请张居正多多通融，“从厚拟来”，被张居正一口回绝；万历五年（1577年）五月，两宫太后想重新修整她们所住的慈庆、慈宁宫，张居正以待“数年之后，（两宫）稍有敝坏，然后重修未晚”为由，同样拒绝了李太后的要求。张居正此时着眼于公司组织变革，对李太后及其家族追求奢侈生活予以约束，对李太后不再像自己刚上位时那样予以通融。而张居正通过数年组织变革，已极大缓解了公司早先存在的崩盘危机，经营状况向好，待董事长万历对其进行清算时李太后也未持反对意见，她的态度是默许的，甚至推波助澜，直接导致张居正家破人亡。其时张居正已死，万历弟弟潞王即将大婚，所需珠宝尚未置齐，李太后将目光瞄向张居正已抄家产，称“已籍矣，必可得”，意思是潞王大婚所需珠宝可以从张居正被抄没的家产中予以获得。李太后如此嘴脸，和她曾经铁杆支持张居正改革的态度大相径庭，可以说完全走向了组织变革铁三角的反面。
万历十年（1582年）六月二十日，张居正去世，年仅五十八岁。万历皇帝“大震悼，辍朝数日”，并且赠上柱国，谥文忠，派出高官予以护丧归葬张居正。表面上看，张居正之死可谓极尽哀荣，但没有人知道，一场从外围入手，历时两年多时间，有计划、有步骤、层次感极强的大清算已是呼之欲出。它的核心目标直指张居正，它的组织策划人正是万历皇帝。
万历策动内阁成员倒张，冯保自身难保，组织间架摇摇欲坠
万历十年十二月，两大高官被勒令致仕（退休），一是吏部尚书梁梦龙，二是工部尚书曾省吾。山东道御史江东之弹劾梁梦龙说，他的吏部尚书职位是贿赂冯保而得，随后，御史邓炼、赵楷附议，对梁梦龙追加弹劾，梁梦龙由此致仕。差不多与此同时，浙江道监察御史王国弹劾曾省吾“勾结冯保，相倚为奸”，“送冯保金银若干两，图谋升官”，而户科给事中王继光也上疏弹劾曾省吾“十罪”。曾也被万历皇帝勒令退出政坛。这一年年底，吏部侍郎王篆先是被调往南京挂职，紧接着由于御史李廷彦弹劾，王篆冠带闲住—差不多也是退休的状态了。
这场发生在张居正去世后半年左右的政坛风波其实正是倒张运动的缘起。而在这之前，万历已经采取了一些暗示意味颇浓的动作。九月份，他借皇长子出生，以诏告天下的方式，宣布停止丈量土地等一些张居正生前推出的改革举措，后又调整了张居正任首辅时的教育改革政策，增加进学额数（万历八年夏，张居正规定：州、县学取士，不得超过十五人。南京兵部主事赵世卿奏陈请广取士之额，后被张居正以“不谨落职”）。万历对张居正时代组织变革政策的微调虽然没有从整体上废除这些制度，但年底时对张居正临终前推荐给他的吏部尚书梁梦龙、工部尚书曾省吾、吏部侍郎王篆实施的精准打击，却毫无疑问地释放了“倒张”的信号，是其有计划、有步骤地清算张居正运动的第一阶段。
但即便是这样，万历也不敢明目张胆地将矛头指向张居正。上述三高官的倒台有一个共同的特点，那就是与冯保纠缠不清。张、冯本一体，万历倒张之前先倒冯，冯倒了，张也不能独存。而万历如此作为，目的就是为了减少组织震荡，增加胜算。
万历先拿新任内阁大学士潘晟开刀。张居正任内阁首辅时，潘晟支持他推行“一条鞭法”，张居正对他很是赏识，推荐他做了太子太保（正一品），临终时又和冯保合力密荐潘晟入阁为首辅。张居正和冯保如此举动，其实各有算盘。张居正的目的是为了在自己身后，组织变革的事业后继有人，利用潘晟确保改革不变味，同时保自己身后清名；而冯保力荐潘晟，目的则是让他成为自己忠实的合作伙伴，以取代张居正曾经起到的作用。万历要倒冯倒张，自然先要拿下他们的利益代言人潘晟。不过，就在浙江道试御史雷士祯上疏弹劾潘晟之时，万历皇帝却以潘晟是张居正遗疏特荐为由，不准其辞职。但随后，给事中张鼎思、王继光，御史魏允贞、王国等接二连三地上疏弹劾，潘晟在舆论压力下不得不提出辞职。万历趁机令他以新衔，即内阁首辅的职务致仕。万历此举似乎表明他对已故的张居正还是十分尊重的，但究其实，作为张居正和冯保利益组合的代理人，潘晟已经彻底出局了。
潘晟的出局对冯保打击很大。他当时正因病告假，潘晟被勒令退休后，冯保闻讯破口大骂，称：“我小恙，遽无我耶？”过后不久，冯保想封自己为伯爵，代替潘晟而为首辅的张四维则以朝廷向无先例为由加以拒绝。冯保闻讯后又大怒，称：“尔由谁得今日，而负我！”
冯保两次的勃然大怒，其实只说明一点：张居正去世后，他的势力正在衰退。不过万历皇帝要真正拿下冯保，还需要一个冠冕堂皇的理由。万历十年（1582年）十二月，一个机会不期而至。曾经被冯保驱逐出宫的太监张诚重新回到宫中，向皇帝揭发冯保的恶行，说其家里的金银财宝超过内府积蓄。十二月初七日，山东道监察御史江东之上疏揭发冯保家奴徐爵的罪行。次日，江西道御史李植上疏弹劾冯保利用权势侵吞大量私人财宝等十二条罪状。万历得疏后大喜道：“吾待此疏久矣！”随后下旨：“冯保欺君蠹国，罪恶深重，本当显戮。念系皇考付托，效劳日久，故从宽着降奉御，发南京新房闲住。”冯保就此败亡，被发配到南京孝陵种菜。后被抄家，查出“金银百余万”，奇珍异宝不计其数。
但是很显然，万历的目的不在于冯保的金银珍宝。当已经退隐的李太后得知冯保被发配南京后，很有些不舍，向万历追问原因，万历皇帝告诉她：“老奴（指冯保）为张居正所惑，无他过，行且召还。”—有意无意地将冯保的败亡与张居正联系在一起，为下一步清算张居正埋下伏笔。同样，李植在上书弹劾冯保的十二大罪中也为接下来进一步清算张居正埋下伏笔，他说“冯保密迩辅座，掌握中枢”，意思正是冯保勾结张居正为所欲为。