抽水马桶是谁发明的，连许多专家也说不清。一种说法是1596年英国贵族约翰·哈灵顿发明了第一个实用的马桶——一个有水箱和冲水阀门的木制座位，在此之前，不少人总是去最近的大树下和小河里就地解决。尽管哈灵顿发明了马桶，但由于排污系统不完善而没能得到广泛应用。1861年，英国管道工托马斯·克莱帕发明了一套先进的节水冲洗系统，废物排放才开始进入现代化时期。
英国发明家约瑟夫·布拉梅在18世纪后期改进了抽水马桶的设计。他采用了一些构件，诸如控制水箱里水流量的三球阀，以及保证污水管的臭味不会让使用者闻到的U形弯管等。他在1778年取得了这种抽水马桶的专利权。抽水马桶的一个重要特征是S形管，或者说下水道的存水弯，它总是保存一些水。这些水相当于一个密封垫，将臭味盖住。
马桶的发明真可以算得上是人类生活文明中的经典之作，在近几十年更是不断地推陈出新，有“行动马桶”、“非接触式马桶”、“电脑监控节水马桶”等等。随着高新科技的应用，现代马桶甚至可以检测使用者的血压、脂肪、心率和分析尿液，这些检测出来的数据还可以通过与马桶相连的网络，直接传送到医护中心。