清代的官制，大体沿袭明代，但在官员的实际任务上，也有因时因地而变革出入、名同实异的。如清代的一省或几省的最高军政长官为总督，也即拥有一方的封疆大员，为常设的实官；明代却是临时性的差使，用关防（长方形）不用印（方形），任务完毕即回京师，期限不太久长。“总督”原指一种行为，如“总督蓟辽保定等处军务兼理粮饷”，其中包括管辖事宜。总督、巡抚奉派之前，皆先命为兵部尚书、侍郎及都御史，其本职（今所谓“编制”）为部院；所到之处，按钦差部院官之体制相待，也就是代天巡狩的钦差大臣了，略如民国后期的中央特派员。清代的总督，初期也是专派，后成定员，例兼右都御史衔，正二品，其兼兵部尚书衔的为正一品。清代总督以直隶及两江二缺最重要，故由重臣任之，而直隶总督居各省总督之首席。直隶本非正式省区，明以直隶于京师地区者称“直隶”；两江指今江苏、安徽与江西。直督驻保定，晚清时又授北洋大臣；江督驻江宁，授南洋大臣。总督有节制（调度管束）地方文武之权，明清皆通称制台、制军。
明代的巡抚，也指一种行为，如“巡抚浙江等处地方兼提督军务”。《明会要》卷三十四：“巡抚之名，起于（洪武二十四年）懿文太子陕西之行。其分遣大臣，自永乐十九年始。”按《明史·成祖本纪》：永乐十九年夏四月，“蹇义等二十六人巡行天下，安抚军民”，巡行、安抚，不等于官制上的正式巡抚。《历代职官表》卷五十，亦以王彰奉敕为明设巡抚之始，亦非[2]。宣德时，升监察御史于谦等为侍郎，巡抚两京、山东等地。自此一省乃有一名或数名巡抚，但仍是差使。
明巡抚本身无品秩，品秩皆依出差前的原官，如都御史、侍郎等，即是朝廷（中央）的派出大员。如海瑞出巡时的布告：“钦差总理粮储提督军务兼巡抚应天等处地方都察院右佥都御史海瑞为巡抚事。照得本院谬膺简命，督抚南畿。”其自称固为“本院”（都察院）。又如嘉靖十二年王相奏疏亦云：“都御史列衔内台，奉敕巡抚一方，非在外守土之臣可比。”
明代以举人而仕至巡抚者，隆庆朝只有一个海瑞，万历朝为张守中、艾穆。崇祯朝破格求才，得丘民仰、陈新甲等十人。
清代的巡抚为固定的地方实官。直隶地区初设顺天巡抚、正保巡抚、宣府巡抚，后并为直隶巡抚，然后裁撤，仅设总督，这以后直隶只有总督而无巡抚。清代中期，有八督十二抚，后期复有增减。如光绪十一年（1885），台湾建行省，乃改福建巡抚为台湾巡抚，兼学政事，其福建巡抚事归闽浙总督兼管。
巡抚的品级虽稍次于总督，但属平行，非上司与下属的关系。有些省份，有巡抚而无总督，巡抚固可自主大计，但若一省之内，有督、抚而又同驻一城，权限区分不甚明确，就容易相互摩擦。总督有提督军务之权，巡抚加兵部侍郎衔的同样有军权。据薛福成《叙督抚同城之损》所记，清代督抚同城者有四处：闽浙总督与福建巡抚同驻福州，湖广总督与湖北巡抚同驻武昌，两广总督与广东巡抚同驻广州，云贵总督与云南巡抚同驻云南府（故城在今昆明市。但至光绪十三年裁撤，由总督兼管巡抚事）。薛氏又云：“厥初总督不常设，值其时其地用兵者设之，军事既平遂不复罢，亦俾与巡抚互相稽察，所以示维制防恣横也。然一城之中，主大政者二人，志不齐，权不壹，其势不得不出于争。”总督官秩较尊，敕书中又有节制巡抚之文，巡抚之强硬或有后盾者间能相抗，余者虽隐忍自安，而意气未平，仍有龃龉。
同治五年，郭嵩焘有《督抚同城急宜酌量变通疏》云：“大致以兵事归总督，以民事归巡抚，此国家定制也。而巡抚例归总督节制，督抚同城，巡抚无敢自专者，于是一切大政悉听主持，又各开幕府，行文书，不能如六部尚书侍郎同治一事也（尧注：侍郎虽为尚书的副职，明清皆为正二品，与尚书同为堂官），而参差杌陧之意常多。”嵩焘于同治二年署广东巡抚时，因与总督瑞麟不合而被黜，此疏自有感而发。他罢官后曾作《由粤东归述怀留别》诗云：“积雨翻成曀曀阴，刺桐拂槛影萧森。粤台婴洞龙蛇窟，虞苑销沉草木林。无踪诡随民疾亟，是何濡滞主恩深。谁言肺腑戈矛起，惭愧平生感友心。”嵩焘与左宗棠为湘阴同乡。宗棠在湘幕被劾时，嵩焘营救甚力；至嵩焘被瑞麟所劾时，朝廷命宗棠核实，宗棠因避嫌不敢直白，嵩焘由是罢黜，遂成私憾。此诗末二句的“谁言”云云，即隐喻宗棠事。刘成禺《洪宪纪事诗本事簿注》卷二云：“叶遐翁（恭绰）先生曰：元代鉴于唐藩镇跋扈，宋州郡积弱，乃师古罗马制度，设各路中书行省（尧注：意即中央派出机构），统大权于中书省。明仍其旧，各省委主权于藩司，而以巡抚加其上，惧尾大也。明代设总督管兵，与巡抚同等。清设总督、巡抚于各省，而以兵部都察各衔领之，大权仍在中枢，可谓善师罗马制度者，辜说甚当云。”附录于此，亦可供谈督抚掌故者之助。