呼吸是气功疗法的重要环节。呼吸方法比较常用的有以下几种：自然呼吸法——这是每个人出生后具备的生理呼吸，丝毫不加意念支配，呼吸时自然，柔和均匀，但缺点是不够深长；顺呼吸法——吸气时膈肌下降，腹部外凸；呼气时隔肌上升，腹部内凹；腹肌上下移动幅度大，腹肌前后运动量大，逐渐练成腹式呼吸；逆呼吸法——与顺气呼吸正相反，但它较顺呼吸法的运动的幅度和强度大；停闭呼吸法——这种方法有两种：鼻呼口呼法——呼吸道有病，内腔变狭，呼吸不畅时采用此法；气通任督脉法——采用逆呼吸法，用鼻吸气，同时以意领气，意想气到脐丹田，然后下至会阴；呼气时以意领气，意想气由会阴循脊椎至百会（头顶），由鼻呼出，故名小周天呼吸法；潜呼吸法——是在练顺呼吸法或逆呼吸后自然出现的一种呼吸法。其特点是吸气绵绵，呼气微微，息息均匀，呼吸出入用手试之于鼻，没有明显感觉，故又名叫做潜息法；真息法——古人云：“盖凡息即停，而真息自动”。所谓息停。不是强闭不出，而是虚极静笃，心愈定而息愈微，神凝气结，止此一息，此时从外表来看呼吸好像停止，但实际上仍在用肚脐呼吸，腹中的旋转跳动，故又叫做“胎息”。此乃功夫较高阶段。
以上8种呼吸法中，顺呼吸法和逆呼吸法对防治心血管和脑血管疾病疗效较好；停闭呼吸法对防治消化系统疾病疗效较好；鼻吸口呼法对防治呼吸系统疾病疗效较好；气通任督脉对防治神经系统疗效较好；但各种呼吸法应根据病情和功法要求辩证采用，以免发生偏差。