另一方面，有些督抚采取貌似温和、实则更为狡诈的手段。张之洞为朝廷筹划“消弥之法”，提出“拔擢一二人，以塞喁喁者之望”《筹论停科》，《新民丛报》第34号。企图诱以利禄。湖南巡抚赵尔巽的表演最为老到。他一直做出“开明”姿态，拒俄运动中，曾到各学堂演说，并将陈天华的血书公之于众，允许学生领枪习武，以至于两湖和上海的革命党人也一度为其所迷惑，不无颂词。然而，他骨子里对民主主义却充满恐惧，认为既然“铁血”政策难以奏效，“若操之过急，则转遂其为渊驱鱼之计”。因此，他主张“暗加防范，明为开导，细为分别，庶期消患于无形”《沈祖燕、赵尔巽书信中所述清末湘籍留东学生的革命活动》，《湖南历史资料》1959年。第1期。。1903年。6月，他见高等学堂学生在文章中畅言民权自由，于是撰文对民权大加攻击，诬蔑“自由”二字，“天下古今之罪恶，皆假之以行”。并且以社会达尔文主义来否定民权的现实意义，声称西方社会已由“平权”进入“强权”时代，因此，民权自由之说“在今日为陈言”。公然叫嚷：“以今之时，行今之政，正宜利用专制。”《抚院赵晓谕高等学堂学生告示》，《湖南演说通俗报》第5期。赵尔巽的这篇奇文，代表了统治阶级中一批人的思想，一些官报也刊出类似文章。如《南洋官报》的《东译〈民约论〉书后》、《自由界说》，《江西官报》的《读南皮尚书建置存古学堂札文》等。这表明，在学界民主浪潮的冲击下，统治阶级已经不能仅仅用传统思想武器与民主力量正面交锋，而帝国主义的强权政治和侵略理论，成为反对殖民地半殖民地人民革命的重炮。统治阶级的代表从西方搜罗反民主的思想武器，据李伯元《南亭笔记》卷14：“赵巡抚湖南，一日，命驾至高等学堂，演说民权自由之理。诸生有驳之者。越宿，颁手书一道，洋洋数千言，其中引用华盛顿、拿破仑、卢梭、孟德师鸠、达尔文、斯宾塞尔、赫胥黎、玛志尼、克林威尔、林肯、加富尔、西乡隆盛等人名，填塞满纸。后其幕友告人曰：这位东家真是聪明，他买了二十六本《新民丛报》，看了半个月，就记得住许多疙里疙瘩的人名，我们可真赶他不上。”清楚地显示出辛丑和约后列强与清政府关系的反动本质。学生们从西方搬来的武器，不仅打不垮帝国主义，也不能从根本上打垮紧紧依附于它的本国专制主义。
这一时期进步舆论对待学潮的态度也有所变化。一些激进人士从反专制角度出发，继续支持鼓励退学。但是，退学不能从根本上动摇专制统治，没有统一领导和中心目标，带有很大的自发性和被动性。随着斗争的深入扩大，其消极面逐渐显露出来。由于清政府的严厉镇压和自建学堂遇到经费、校舍、师资等严重困难，退学生又存在种种弱点，爱国学社与教育会分裂，杭州蕙兰书院退学生的改进学社与浙江大学堂退学生的励志学社也发生摩擦，因而不少人从热烈赞颂中冷静下来，开始对退学提出异议。《苏报》改良后，集中力量宣传排满革命，放松了对学潮的鼓动，其他报刊在这方面的调门也渐趋缓和。这样，舆论对以退学为主要形式的学界风潮的支持明显减弱。
学潮缓退与学生运动的深入
1903年。底，拒俄运动高潮结束后，学潮并未戛然而止。正如当时人所说：“现今学界之风潮，既由浮动而趋静穆，学界之事业，复由言论而进实行。”初我：《记常熟公立校发起音乐科事》，《女子世界》第8期。其表面缓退实际深入表现在4个方面：1.各地退学风潮余波未尽，此伏彼起，有些地方声势更盛，频率更快。但就全国而言，声势已不及前一阶段。2．学生运动开始与收回利权运动相结合。3.学生团体增多，并出现一批跨学堂组织。4.排满革命思想在学界蔓延传播，在一些地方已发展为具体行动。
这一阶段在苏、浙、皖、赣、鄂、湘、粤、闽、豫等省和北京，因反对学校专制腐败或压抑学生民主倾向而起的学潮仍有数十次之多。在广东水师、鱼雷学堂和浙江、江西大学堂，由于学生们齐心协力的斗争，与之为敌的总办、总教、监督等或辞职，或革退，或遁逃。常熟官立学堂因风潮屡兴，无力管束，只得让学生立会自治。湖南临湘小学堂学生退学后，地方官为了卸责，诡称停办。《学务处批临湘县禀小学堂学生无理取闹教习辞退及拟暂行停讲改修寝室各情形由》，《湖南官报》第838号。广东武备学堂总办也不敢奉行上司严办学生的旨意，让学生自请留学了事。
福建大学堂的退学风潮声势较盛。该堂向称“福建学界之最黑暗者”，其“教育之方针，在使学生无粘合之性，而益以摧折其志气，使之英锐潜消，易服从于其肘腋之下”。头班监督黄运昭对学生“临之以狱吏之尊，畜之以奴隶之礼，恫喝凌侮之状，无所不至”，甚至污蔑学生团体为“扁体”。学生们对此十分愤慨，遂因黄无理斥逐学生而全班退学。二、三班同学闻讯响应，表示：“吾辈所贵，能养成坚健不屈之血气，将来为国民出力耳。公等受辱，吾宁独荣，公等皆去，吾宁独留！”一致退学，并提出改良教则、实行自治、撤换监督、学生可以随时演说、不得以退学故刁难学生等7项复学条件，总办被迫全部接受。消息传开，福州各学堂学生“多有跃然兴起者”《投函》，《警钟日报》1904年。5月29日、6月15日。有力地促进了福建学界的民主自治运动。
学潮趋于区域性联合，是这个时期出现的重要现象。1904年。福州各校学生因武备学堂招考作弊，录取大批程度甚低的官场子弟，“有聚议散学之说”《福建武备学堂》，《萃新报》第4期。。同年。春，广东潮汕因同文学堂事爆发了全潮学生联合罢学事件，广东官府大为震惊，委派专人进行查办。《论南海小唐埠商文》，《刘征君演说汇编》（广东，1905年。），第24页。这反映出学界力量正在进一步凝聚，孕育着更大规模的风潮。
反对教会和洋教习、洋奴的斗争显著增多，是这一阶段学潮的重要特征。清政府在办学过程中大量聘用外国人，到1904年。6月，仅在中国省立各学堂任教的日本教习就有159人。哈达拉：《论日本在华之教育势力》，《万国公报》第201卷。其中一些人不仅政治上为帝国主义侵略服务，而且凭借列强的势力，在学堂中兜揽大权，庇护洋奴，压迫学生。受到军国民主义熏陶，经历过拒俄运动洗礼的学生对此进行了坚决斗争。保定大学堂洋教习丁家立“视学生如奴隶牛马，唾骂凌辱，无所不至”《投函》，《警钟日报》1904年。6月4日。学生与之大起争执。教会主办的湖北文华书院和苏州东吴学堂学生因反抗体罚及饮食恶劣而退学。上海震旦学院学生反对法国教会干预校务，全体退学。该院学生“大半都是通人志士”，1904年。后，“东京的留学生，多有跑回上海，进入震旦学院”。《文明介绍》，《中国白话报》第6期。1905年。3月，因法国耶稣会调教士南从周任教务长，“尽变以前定章，学生大喧，相率离校”，另组复旦学校，“表示脱离震旦的独立精神”，“以谋脱离教会束缚”《二十世纪之支那》第1期，时事；《上海研究资料续集》（中华书局，1939年。），第344—345页。。福州师范学堂日本教习用日本国语课本授课，讲到中日甲午战争时，“语意骤侮，学生愤激，立将课本扯坏”。该教习大为恐惧，赶紧辩解道：“此书系日本学校原本，曾经陈总理认可应用，并非有意敢伤诸君之感情也。”《日本教习之肆侮》，《警钟日报》1904年。5月27日。说罢下堂，狼狈溜走。日俄战争中，日军在辽阳大败俄军，任教于贵阳师范的日籍教习闻讯，强迫学生与之宴饮同庆。学生们认为：“此正我等学生饮泣之时，非饮酒之时也”《贵阳师范学堂日本教习殴辱学生事件》，《新民丛报》第61号。表示拒绝。不料竟遭到日籍教习的殴打侮辱，大家义愤填膺，于是一齐退学，以示抗议。这些斗争有力地显示了中国人民不甘屈辱的决心和意志，维护了民族的尊严。
辛丑和约以后，清王朝媚外日峻，学生们特别憎恶那些卖国求荣、为虎作伥的洋奴，多次发动反洋奴斗争。保定大学堂学生谴责洋教习在堂中揽权太重，反对甘愿为洋人充当走狗的教习蓝道生，总办被迫“假学生以改良堂章之权利，风潮始息”《学界蟊贼》，《警钟日报》1904年。5月26日。。天津北洋大学堂体育教习王文楷和南京格致学堂教习冯阅模曾分别为英、日侵略者效力，参与镇压中国人民的反帝斗争，学生们斥之“为汉奸之尤，深痛恶之，而以受其号令为耻”。北洋大学堂学生要求撤换未准，“相率点名不到”《汉奸为教授》，《警钟日报》1904年。11月25日。并自行设立体操会，推举同学任教习。后王文楷被新学堂书院（教会学校）聘为教习，也遭到学生反对而被辞退。南京格致学堂学生逐冯不成，毅然全体退学。北京实业学堂学生在讲堂上公开质问谬论迭出的人伦教习道：“吾见中国官怕外国人如严父，此人伦学上有乎不有？教习之父可是外国人乎？”《谑骂教习》，《警钟日报》1904年。11月29日。该教习瞠目结舌，无言以对。学生反对教会、洋教习和洋奴的斗争，坚持了拒俄运动反帝爱国的方向。
湖南的学潮在一定程度上起到反抗清政府绞杀革命力量的作用。华兴会起义失败后，湘抚陆元鼎以血腥手段进行镇压，妄图根除革命火种。因为华兴会以学界为机关和依托，他首先从学堂下手。1904年。12月12日，陆向清廷提出全省学堂整肃方案，特别注意受华兴会影响很深、以长沙为中心的中路，说这里的学生“以激烈为宗旨”，“空谈盛而实学衰”，下令学务处严加稽查，“改良办法，树立风声”，以求“补偏救蔽”，“杜渐防微”《光绪朝东华录》（五），总第5257—5258页。。在他的亲自主持下，湖南的顽固势力杀气腾腾地向学界大举进攻，遣散师范学生，压制明德、修业等民办学堂，并削夺周震鳞教育长的职权，企图把他挤出高等学堂。革命党因新败受挫，元气大伤，不得不退避锋芒。高等学堂学生闻知此事，“乃群商议保全之法，一律签名停课”《湖南来函论现今学界之险状》，《警钟日报》1905年。1月19日。。经过反复较量，将王先谦的心腹、高等学堂监督彭绍宗赶走，使一部分革命火种得以保存，为革命力量的恢复和发展创造了条件。
这一阶段的学潮共有85堂次，显示出学生与专制制度的矛盾仍处于持续不断的激化过程。不过，除少数地区外，学潮缺少高峰期那种一呼百应的声势，影响也大为减弱。虽然1904年。在总量上仍有增长，但增幅较上年。度减小，而且到1905年。更出现下降趋势（参见下表）：省份堂次年。份江苏浙江湖北广东直隶安徽北京湖南福建江西河南广西贵州四川云南陕西甘肃总计1902年。45211111161903年。2065524412321121591904年。188104733551111671905年。612112211118总计4819161310998865222111160然而，风潮的平缓并不等于学生运动停滞不前，相反，它正在向纵深发展。表现之一，是各地出现了一批跨学堂的学生团体，加强和扩大了学界的团结与联系。1904年。6月，保定大学堂学生因堂内新旧两班素不融洽，筹建演说会，以联络感情。校方暗中阻挠，事遂中辍。但到是年。底，保定城内就出现了由师范、高等、将弁、武备等学堂学生共同组织的茶话所。在杭州，学生们“以工商社会皆有会馆公所，以为集合团体之地，惟士社会散漫无纪，故创议欲于省城建立全浙学生会馆”《学生会馆之建议》，《警钟日报》1904年。6月12日。作为联络机关，并负责招待外省外府来杭学生。南京的育志、溪山等学堂学生组建了群学会。广东学生成立了岭南学会，“以统一全省学人，结成一秩序巩固之大团体，以洗从前涣散凌乱之习为宗旨”，“目的专在联合大群”《祝岭南学会之成立》，《新民丛报》第46—48号合本。。湖南益阳学生亦设立自治会，不少学生签名加入，表示：“种种烦恼，皆为我练心之助，种种危险，皆为我练胆之助，种种艰大，皆为我练智练力之助。”《论湖南学务处严禁自治会》，《汇报》第8年。第46号。江苏青浦各学堂学生联合成立演说会，“发达民族主义，另求自治之进步”《青浦学堂之现象》，《警钟日报》1904年。10月28日。。常熟、无锡也组建了学生自治会。
福建学界的自治团体规模较大，活动也很有声色。几年。来，该省学生团体一直延续不断。早在1901年。就成立了开智学会，使当时处于“昏黑之域”的学界“风气为之顿开”《开智学会之中兴》，《警钟日报》1904年。9月25日。。1902年。林獬等人又创设女学会。次年。8月，侯官学堂首创学生自治会，成效甚著。特别是1904年。福建大学堂学生以退学争得成立自治会的合法权利，给福州学界以极大鼓舞。很快，除闽县学堂等3所学校为当局压制外，其余各校都组成自治团体。不久，又联合成立福建学生自治会，各校正式入会者达100余人，每月开常会一次，遇事则举行特别会议。该会与福州进步人士的教育会、魁辅里书报社、西城书报社，以及上海的福建学生会保持着密切联系。因此，它不但是福建学界的中心，而且成为与其他进步人士以及国内外学界联络的总机关。由于学生们的“程度思想，亦颇发达”《闽督奖励学生》，《萃新报》第6期。以至于闽浙总督李兴锐也不得不佯为赞叹。学生自治团体出现并争得合法地位，在专制统治秩序中打开一个缺口，导致紊乱失序，为民主力量的发展提供了便利。由于组织比较完善，福建学生在这一阶段十分活跃。学生团体的发展扩大，增强了学界的团结，使之在此后国内的公开斗争中，成为一支相对独立的激进力量。
学生运动深入的另一表现，是它开始与国内正在兴起的收回利权运动相汇合。福建华裕公司龚铭义盗卖3府矿产给法商，事发后，他所开办的矿务学堂学生纷纷告退，以示决裂。浙绅高尔伊出卖衢州等4府煤铁矿产，该省进步人士集会反对，各学堂学生闻风响应，风潮大起。京师学生也上书声讨盛宣怀渎职卖路的罪行。福建学界成为1904年。底该省争路权斗争的先锋和中坚。当时高等学堂学生获悉魏池洋行买办翁松村出卖路权事，立即与福建学生自治会筹商，召开各校学生与进步社团代表及其他各界人士大会，推举林觉民等16人组成争路机关，有力地促进了福建的保卫与收回利权运动。学生的加入，使国内公开斗争一开始就存在一股激进力量，推动它朝着有利于共和革命的方向发展。