值得注意的是，由于学生们紧密团结，学界风潮形成强大压力，有些斗争在一定程度上取得了胜利。湖南师范馆学生以退学抵制馆长王先谦委派“学界之蠹”刘佐辑充任监督，王斥逐其中4人，“同学四十余人，皆大愤麻（即王先谦）之无状，复控之”《湖南学界风云》，《国民日日报汇编》（二）。。巡抚赵尔巽不得不改派他人，并招回被开除的学生。江苏清江江北大学堂、上海广方言馆和南京陆师学堂学生在斗争中坚决顶住了当局的阴谋破坏，甚至武力镇压，“务期忘私利明公理，求合天演之旨”《广方言馆风潮始末记》，《苏报》1903年。5月10日。提出改良规章、课程、撤换监督等议案，“誓以去留争之”。并且表示：“如改章不良，则破坏益烈矣。”《广方言馆风潮》，《选报》第50期。当局尽管调来军警弹压，但“慑于学生之动力”《陆师学堂之进步》，《俄事警闻》1903年。12月22日。被迫同意“一切章程，权从学生之议”《江北高等学堂大冲突记》，《国民日日报汇编》（三）。。这表明，在运动高涨的形势下，学潮冲动了学校一级的专制秩序。
随着学潮的深入，退学本身也经历了一个发展变化过程，起初只是作为反抗压迫的应战手段，后来被有目的地用来改革旧的管理制度，争取合法权利。这样，退学也就由自发的反抗变成自觉进攻的武器。一些学生还有意识地鼓吹以退学冲击旧秩序。江苏吴江江震学堂风潮中，有3名原浔溪公学学生声言自己“尝呼吸自由之空气”，不愿“伣伣屈服野蛮专制之下”，“但见种种衰败之象犹不即去者，亦欲招昔年。浔溪同学，济济入校，合群力群智，移浔溪之手段于江震，以为江震光，且为支那学界光也”。《江震学堂学生退校始末记》，《国民日日报汇编》（二）。有的退学生还通过书信鼓动在校同学发动退学。南京陆师退学生林蛎致书水师学生张兆宣，要他联合同学驱逐顽固监督，“不获则必冲决此奴隶之奴隶之范围，以图独立”。《苏报》1903年。6月3日。爱国学社每当听说发生退学风潮，“必发电贺之”蒋维乔：《中国教育会之回忆》，《辛亥革命》（一），第488页。。一时间各地有志青年。纷纷退学来投，“校舍为之不容”参见1903年。5月3日《苏报》所刊爱国学社特别告白。。
拒俄运动的兴起凸现出学潮的反帝性质，引起帝国主义分子的恐慌。《万国公报》攻击学生的爱国行为是“蠢动”，诬蔑其“不但害教，亦足以害国”《学生军之平议》，《万国公报》第173卷。。在北洋大学堂任总教习的美国传教士上堂训话，要学生“勿涉国是，致干位卑言高之讥”《教习名言》，《江西官报》癸卯（1903年。）七月。。学生们用实际行动给予迎头痛击，“乃至教会中之青年。亦为风潮所鼓荡，有倡编军队之说”《学生军之平议》，《万国公报》第173卷。。上海梵王渡约翰书院学生“夙锢于见闻”，“不知平等自由为何义”，“革命独立为何事”，这时也有人“以新书新报提倡风气”，使学生“如拨云翳而见青天，眼帘为之一明”《蕙兰书院学生退校始末记本志附志》，《浙江潮》第4期。。福州东文学堂是日本东亚同文会在福建的重要据点，经费和师资主要来自日本，社会进步人士说它“实欲笼络吾民以为爪牙之用”《福建之现势》，《黄帝魂》（台北，1968年。影印），第197—198页。学生们把它比作“第二等之奴隶圈”，发誓“不得脱，无宁死耳”。拒俄运动中，日本代理监院桑田丰藏指使人暗中破坏学生组织的海滨公会，又阻挠学生开会悼念蹈海死事的同学陈鲲（即仇满生），开除为此事请愿的学生代表。学生们大为愤慨，“各议退校”，并提出裁止为“养伥而设”的同文会款，改聘教习等项条件，要求摆脱外来势力的控制。“总董不得已，毕如所请。”《福州东文学堂学生退校及入校事件》，《国民日日报》1903年。8月8日。杭州蕙兰书院退学风潮在很大程度上还是出于反抗压迫的自发行动，而福州东文学堂学生公开要求收回教育权，反对为侵略者培养洋奴，已经含有自觉抵抗侵略的意义了。这次斗争的胜利发生在被日本视为禁脔的福建，狠狠打击了它的侵略野心。
1903年。6月，《苏报》由新任主笔的南京陆师退学生章士钊等人大加改良，公开提出排满革命口号，把在清政府压制之下濒临绝境的拒俄运动引向革命轨道。不久，爱国学社脱离教育会，为解决经费问题，“将《苏报》全行归其编辑，日日倡言革命”《鹪居日记》癸卯闰五月二十九日（1903年。7月23日）。号召国民“乘是而流一点万世不磨之鲜血，造一个完全美备之政体，荡清胡氛，强我种类”无名氏：《杂感》，《苏报》1903年。6月11日。。《苏报》改革以及由此引发的《苏报》案，成为拒俄运动从爱国走向革命的转捩点。
不少论者认为，拒俄运动同时也是青年。学生由爱国转向革命的关键，这是值得讨论的。
毫无疑问，“拒俄”是一次反帝爱国运动，其斗争矛头主要指向帝国主义而不是清政府，学生们甚至宣称服从清政府的统制。然而，公开表态并不足以体现许多人的内在思想。在此之前，一批激进分子就已经开始或实现了思想上由爱国到革命的转变。第一阶段的学潮表明，学生们充满了对皇权专制的仇恨和对民权共和的向往，他们正在激进民主思潮的推动下，朝着革命的方向迅跑。南洋公学学生大声疾呼：“昔日者不过爱国！爱国！！爱国！！！而已，今者靡不曰革命！革命！！革命！！！”并且断然宣称：“行革命则国存，不行革命则国亡。”《教育界之风潮》第4章。他们的爱国也是以反对专制和追求民主为核心的，因而不能以此概括其思想全貌。拒俄运动兴起后，学生们发扬民族大义，委曲求全，希望清政府能以国家民族的生死存亡为重，抵御外侮。爱国学社中的陆师退学生甚至表示：“以国仇为重”，“义旗所指，志在勤王，与从前各省团练之兵殆无二致”。《陆师退学生与陆师毕业诸君函》，《苏报》1903年。5月3日。安徽爱国会章程也规定“遵守国家秩序”《安徽爱国会拟章》，《苏报》1903年。6月7日。。但追根寻源，学生们的主要目的还在于广泛吸引群众，争取开展爱国活动的合法权利。正如安庆学生所说：“一切办法，务要妥贴，不要那些大官说我们是造反，是康党，不生枝节，于事方能有济。”《安徽爱国会演说》，《苏报》1903年。5月27日。他们的言论和行动，在不同的场合有着明显的变化。运动初期，爱国学社学生坚持革命立场，在报刊和演讲中宣传革命，批评保皇派和东京军国民教育会的上层路线，但是对上书请愿活动，则又采取了默许的态度，在公开的呼吁书中还附和了接受清廷统制的论调。
另一方面，清政府对于外强压迫历来奴颜婢膝，而学生们对于专制制度则充满仇恨，因此他们对清政府始终持有戒备之心，不把救亡的希望寄托在统治者身上。在学生们的爱国呼声和行动中，处处显示出与清政府相离异的倾向。20世纪初，国内学生对于民族危机高度敏感，有时甚至带有几分焦躁情绪，来源于他们已经清楚地认识到清政府根本不能抵御外侮，相反，正是它的专制腐败，造成了中国的落后软弱。清政府为了一己之私，往往不惜牺牲民族权益，因此学生们并不奢望它能够站出来领导斗争，而是力图排除其干扰，由自己来担负爱国的重任。这一点统治阶级中的某些人也有所察觉。湖南巡抚赵尔巽对学生说：“彼知忠君爱国之本，何以我们学生动将上二字抛去，专讲爱国？甚至有排政府、排满之谈？”张篁溪：《沈祖燕、赵尔巽书信中所述清末湘籍留东学生的革命活动》，《湖南历史资料》1959年。第1期。学生们起来关心国家民族的安危存亡，并且争取国民代表的地位，使得统治者大为恐惧，拼命压制。在争取合法斗争权利已成泡影的情况下，学生中的革命分子很自然地抛开温和的外衣，与改良派分道扬镳，打出革命的旗帜。
由此可见，拒俄运动转变为革命运动与参加拒俄运动的学生转向革命，是两个相互交叉，但不能等同的过程，在时间上，后者的发端早于前者，不少学生在“拒法”、“抗俄”前已经进入倡言革命排满的新阶段，整个学界也出现了革命化的趋势；在原因方面，许多学生是在学潮过程中由反对学堂专制上升到反对国家专制政权的，民主与专制的尖锐矛盾以及学生们对专制制度的深恶痛绝，是促使他们走向革命的内在原因。拒俄运动有别于前此一切爱国运动之处，就在于学生们对清政府名义上尊奉，而实际上则不依赖，甚至离异排斥。清廷镇压爱国运动，只是加速和扩大了学界的革命化，并且促使他们从一般地反对专制、追求民主逐渐转向排满革命。当然，由于环境的限制，学生的思想转化不可能立刻在行动上普遍直接地体现出来，但这种潜移默化的变动使他们成为共和革命的重要社会基础。
这一阶段共发生各种类型的学潮43堂次，南洋公学、南京陆师和广东大学堂的学生虽一再更换，斗争仍延续不断，广东武备学堂风潮也经久不息。不少学生对于当局用来威胁恫吓他们的“革命”、“自由”等等罪名，不仅坦然受之，而且引为自豪。南洋公学学生王怀沂面对提调“革命自有朝廷否决，不容尔等革命”、“慎无蹈谭、唐之覆辙”的威吓，坚定地回答：“今日中国内乱外患，无时或息，政府因循苟且，难以图存，非革命无以自立。欲以改革属之朝廷，则吾恐地为人割，民为人奴，彼犹文恬武嬉歌舞于小朝廷之上尔。南宋其事也。”并且表示：“苟牺牲吾一身吾一家而有利于我四万万同胞者，则沂唯知有国不知有身家。”《南洋公学学生王君怀沂启》，《苏报》1903年。4月30日。江北高等学堂监督指责学生为“自由”，学生们齐声答道：“说我们自由就是自由。”《江北高等学堂大冲突记》，《国民日日报汇编》（三）。爱国学社附属蒙学学生发表《革命书》，公开声言，就是“要劝人革命”《童子世界》第23号。。有的学生还高唱：“青年。儿辈倡革命，不能破坏非英雄。”亚侠：《苦学生》，《国民日日报汇编》（二）。显然，学潮的这个高峰阶段虽然以拒俄为中心，其特征却是爱国与革命相互激荡，相互推动。
随着运动的发展，国内学界对于统一领导、协调组织的要求也愈加迫切。各地斗争表明，学生团体的有无强弱，与学潮成败息息相关，因此学生团体越建越多，仅据江苏、浙江、江西、广东、福建、河南等省的不完全统计，就有各种名目的小型学生团体20多个。此外，苏、浙、闽、湘等地学生还与进步人士联合组织团体。随着斗争的发展，进一步提出了建立全国性组织的要求。安徽爱国会成立时，“拟与上海爱国学社通成一气，并连络东南各省志士，创一国民同盟会”《安徽爱国会之成就》，《苏报》1903年。5月25日。。1903年。5月，邹容鉴于各地学潮此伏彼起而不能持久，发起创立中国学生同盟会，计划各省设总部，各府、县设分部，“其目的在于学界成一绝大法团体，以鏖战于中国前途竞争逼拶之中者也”，得到国内外学生的热烈响应，“全体学生皆要求入会”，欢呼“同盟会其成立矣，而中国兴矣！”《论中国学生同盟会之发起》，《苏报》1903年。5月30日。虽然这个计划未能付诸实现，但它反映出国内学界的共同愿望。后来，不少地方出现了跨学堂的学生团体，显示了强劲的趋势。
学界风潮日益高涨，民主主义广泛传播，以及学生们以天下为己任的爱国热忱和反抗专制的无畏精神，使统治者大为震惊。1903年。6月，张之洞视察京师大学堂，“在座中所论，深以学界风潮为忧，谓庚子时此风尚不过汉沪一隅，乃不过三年。已遍大陆，可畏实甚！”《筹论停科》，《新民丛报》第34号。《苏报》案后，清政府四出缉捕爱国学社学生，张之洞派人到京师大学堂检查学生有无与爱国学社来往信件，翻箱倒箧达6小时之久。两江总督魏光焘“严禁诸生阅看新报新书，以免思想发达，致肇祸端”。购阅者“以会党匪人例重治其罪”《江督仇视新学》，《国民日日报》1903年。8月16日。。浙江大学堂总理劳乃宣密报护理浙江巡抚翁曾桂，“谓各学堂中学生惑于平权自由诸邪说，致谋不轨，往往结党，自立私会，民间不肖少年。踵而行之，上中下城，所在皆是”。《杭州来函照录》，《苏报》1903年。5月27日。于是翁下令查禁。江西大学堂闭门搜查学生所购《饮冰室文集》、《苏报》、《新民丛报》等，付之一炬。风声远扬，连西南亦受波及。四川各级官府“于防范上海爱国会党持共和主义入川运动者，甚形骚扰”，邻近7省官员也纷纷致函询问，并下令本属州县“严密查访各学生行为”，特别注意“外客之来堂者”。“遇有形迹可疑者，即当拿办。”《党狱事件》，《国民日日报汇编》（一）。
各省官员还采取措施，对学堂严加整顿。安庆、福建大学堂以“渐染习气”的罪名，勒令“稍明公理”的学生退学。招考新生时，又将那些流露出新思想的考生一律剔除。更有甚者，南京陆师学堂总办钱德培不仅将“稍微有点智识的学生都斥退了”，还设立发审所，“专审问学生”《把学生当牛马》，《新白话报》第7期。。湖北则把思想激进的学生送去留学，企图以此消弭民主思潮。清廷的《学务纲要》规定：须将被开除学生的“姓名籍贯事由，呈报本省学务处，详请督抚咨行本省外省各学堂存案”，“概不准更名改籍，另投别处学堂”舒新城编：《中国近代教育史资料》（人民教育出版社。1961年。）上册，第216页。。