浔溪公学第二次风潮以学生散学而告结束，带给相关各方的影响却相当深远。
就公学而言，其主办者和管理者均为社会开明进步人士，可是公学有名于时，却以其在学界风潮史上占据重要位置。该校既是首次近代学堂退学风潮的发源地，又率先起而响应影响广泛的南洋公学退学风潮。南洋公学退学生所编《教育界之风潮》和《选报》的南洋公学学潮专号分别刊登《南浔浔溪公学之冲突》、《浔溪公学第二次冲突之原因》等文章，正是将其视为南洋公学风潮影响的结果。自此，学界风潮风起云涌，一发不可收拾，对既定统治秩序产生了巨大的冲击。而浔溪公学自身也成为反抗专制秩序的牺牲。经过两次风潮的震荡，浔溪公学虽然没有像蔡元培所说“遂尔停办”蔡元培：《杜亚泉传》，高平叔编：《蔡元培全集》第7卷，第169页。勉强维持，却再也无法平静下来。1903年。10月，章炳麟致函柳亚庐称：“昨闻浔溪公学又以小衅分裂。自兹以往，私设诸校，益凌迟衰微矣。”汤志钧编：《章太炎政论选集》上册，中华书局1977年。版，第249页。“后此校果以管理不得法而败。”叶瀚：《块余生自纪》，《中国文化研究集刊》第5辑，第485页。1904年。8月《警钟日报》特派员对南浔学界进行调查，于“浔溪公学”项下标明“今改述志医院”本社特派员调查：《南浔学界》，《警钟日报》1904年。8月21日。。
总董庞青城风潮之后逐渐走上反清革命道路。1906年。冬，杨笃生创议收回《神州报》馆，向庞青城募资3千元，庞慨然应之。1907年。庞青城加入同盟会，镇南关之役，接济军饷5千元，又出钱请律师为被捕同志辩护。次年。秋，与排名“四象”次席的同乡张静江共设东益昌票号，欲为革命金融机关，并捐万金倡办《民呼日报》。该报主笔于右任因披露当道劣迹被捕，庞以4千金延律师，救其出狱。1910年。东益昌为经理李燧生盗吞巨款14万，庞青城从此破家资之半，但次年。仍以千金接济广州起义，以5千金接济武昌起义，又抵押家屋得3万金，助蓝天蔚北伐军军饷。1911年。11月，他和章炳麟、伍廷芳、沈缦云、李平书、马君武等人响应武昌军政府临时代表的建议，组织中华民国联合会，促成临时政府的建立。《中华民国联合会开会通告》，《民立报》1911年。11月19日。1912年。又和戴季陶等人组织中国同盟会本部于上海，担任评议员。《上海同盟会大会》，《民立报》1912年。5月5日。辛亥革命中，这样毁家赴难的资本家的确罕见。难怪戴季陶感慨万端道：“喜安恶危，人之常情，处和平之局，而致力于危险之事，非有卓识者，其孰能之哉。自胡虏肆虐，炎黄声教，沦胥几尽。及乎西潮东渐，革命思想，入人日深，而同盟会于以创焉。吾乡中人抱革命之思想，而得列于健儿班中者，以南浔之张静江、庞青城为最早。然静江少游欧美，久居巴黎，羡自由之乐，读革命之史，而回顾祖国，奄然待毙于胡氛蛮障之中，思想之起步，脑筋之刺激日益甚，自非伏处专制政府下之盲民所可同日语者。青城以富家翁生长于华屋之里，未能如静江之乘风破万里浪也，而始则从事社会事业，继则投身革命团体，不惜毁家以促成共和之新国焉，可谓人杰矣。”并特述其生平事迹，“以为新国史之资料”天仇（戴季陶）：《庞青城事略》，《民权报》1912年。5月8日。。
风潮冲击对象的杜亚泉，本属急进派。任教绍兴中西学堂时，除治数理化外，“亦喜研究哲理，对于革新政治、改良社会诸问题，常主急进”蔡元培：《自写年。谱》，高平叔编：《蔡元培全集》第7卷，第287页。因而与旧派常有冲突。不过他很快便放弃了激进的倾向。蔡元培说：“先生既以科学方法研求哲理，故周详审慎，力避偏宕，对于各种学说，往往执两端而取其中，如惟物与惟心，个人与社会，欧化与国粹，国粹中之汉学与宋学，动机论与功利论，乐天观与厌世观，种种相对的主张，无不以折衷之法，兼取其长而调和之。”蔡元培：《书杜亚泉先生遗事》，高平叔编：《蔡元培全集》第6卷，第361页。关于杜亚泉转向的原因，蔡元培有所推测。1901年。1月，杜亚泉来函谈及上海国会答张之洞书，蔡元培认为：“南皮书迂鄙无理，答书则义正辞严，非邃学人不办。而亚泉乃谓南皮书甚合我意，……又谓答书多牵强，只以见党人穷苦失败之状”，觉得杜氏的态度“殊不可解”。杜亚泉又说：“上海通日文者，往往自谓通教育、哲学两科，凡理化动植无不当行，辄挟所知以难人，诚无法待之。”蔡元培据此揣测：“亚泉专心西艺，于哲学家言不甚寻绎，或偶为此流所傲，故恶之耳。其薄国会党人，亦此意也。”中国蔡元培研究会编：《蔡元培全集》第15卷，浙江教育出版社。1998年。版。
1900年。11月，杜亚泉在《亚泉杂志·序》中批评甲午以来国论重政治轻“艺术”的偏向，认为“艺术者固握政治之枢纽矣”，“政治学中之所谓进步，皆借艺术以成之”。“设使吾国之士，皆热心于政治之为，在下则疾声狂呼，赤手无所展布，终老而成一不生产之人物。在朝则冲突竞争，至不可终日。果如是，亦毋宁降格以求，潜心实际，熟习技能，各服高等之职业，犹为不败之基础也。”《亚泉杂志》第1期，1900年。11月29日。1902年。2月，他在浔溪公学开学式上发表演说，一方面主张：“吾辈今日正宜摧陷廓清，尽去已败之文明，而后可以输新进之文明”，另一方面又认为：“所谓新者，无非为腐者之改良，所谓腐者，又未始不可为新者之材料也。”“化腐朽为神奇，正今日以后可图之功业。”引自高力克：《杜亚泉学术年。谱简编》、谢俊美：《杜亚泉与〈普通学报〉》，均见许纪霖、田建业编：《一溪集》，三联书店1999年。版，第236、249页。
为了让浔溪公学学生“韧性朴学，别树一帜于政论风潮之外”，杜亚泉对于那些“高明偏宕之材，不能不以渐裁抑之”。然而，内忧外患的局势和学界政治激进的普遍趋向，令他的苦心经营显得不合时宜，难以收效，在外界激动之下，“一旦付之水泡”。此后他虽然并未撒手教育，也没有不惜牺牲名誉，著书专攻击若辈助长学生气焰之议论的举动，但在商务印书馆尤其是主编《东方杂志》时期，坚持折中调和，不肯偏于一端，的确实践了诺言。所谓“固不免若辈唾骂，然数十年。后，必有思余言者”，不仅成为事实，甚至在黄为基身上也得到印证。
鼓动风潮、不肯妥协的学生代表黄远庸看似达到目的，但他从事件中获得的不是胜利的喜悦，而是遗憾终身的教训。蔡元培说：“学生黄君远庸，为学潮主动者，其后得志游历欧美，有书致其友，谓曩时年。少气盛，不受师训，杜师之言，皆内含至理，切中事情，当时负之，不胜追悔云。”蔡元培：《杜亚泉传》，高平叔编：《蔡元培全集》第7卷，第169页。黄远庸致友书今不见，1915年。11月10日，他在由杜亚泉主编的《东方杂志》发表《忏悔录》，对于当年。鼓动浔溪公学退学风潮深感懊悔：“以小故与学校寻闹，全体罢学，以余为代表，迄今思之，余实此一大罪恶主动之人。罢学后，同学或赴海上而嬉，或即赴南洋公学投考。此时公学完全官办，余即投考之一人。昔日电贺他人之脱离专制，今乃自己脱去自由之校，而欲求入专制之校，且不可得，无主义，无理想，无节操，自余少时盖已然矣。”这也可以说是对杜亚泉本人公开道歉。
黄远庸的忏悔不仅止于其亲历的学潮，他对辛亥时期的学界风潮整体乃至学潮对革命的影响也作出深刻的反省：“此时学生风气，以罢学为一大功名，自南洋公学发起后，穷乡僻壤，皆受影响，几举全国之学校而破坏之，蔓延及于海外，日本留学生之罢学者，年。必数起，最后以留学生取缔风潮为归宿。余自南浔罢学后，深以此为大戒，故在东京，即以不肯服从取缔风潮，几被殴辱。……由今思之，革命者亦即罢学风潮之放大影片而已，综自革命后种种政界现象，凡系革命派所主持者，无一不与取缔风潮相似。革命之后，不从政治轨道为和平进行，乃一切以罢学式的革命之精神行之，至于一败涂地，而受此后种种恶果。余后此既悔其罢学，今日党人，当亦自悔其革命。然余自悔其罢学之后，过恶丛集，盖以余太无学力，只有感情而无理性，故非极端走入激狂，即极端走入腐败，稳健和平，以谋建设作人之基础，乃非吾所能也。吾国民无此建设性，则国家已矣，吾个人无此建设性，则吾个人已矣。”黄远庸：《忏悔录》，《远生遗著》卷1，第128—129页。时间才过了一轮，杜亚泉当年。欲言又止的话，就被黄远庸和盘托出。
调解人蔡元培一生与教育有缘，他虽然对于激发学界风潮的社会原因有清醒的认识，并有针对性地提出分别学生性质，设不同学校以造就不同材料的具体解决办法，但在社会危机迫在眉睫，矛盾冲突日益加剧的氛围中，青年。学生和教育家的理性很难协调一致。专为甲派学生而设的爱国学社，很快也与中国教育会发生冲突，导致解体，两全设想不能奏效。此后，如何对待学潮，一直是困扰蔡元培的两难课题。他承认学生运动有唤醒国民的作用，但只是“一时之唤醒”，若要“永久之唤醒”，“不能不以研究学问为第一责任”《告北大学生暨全国学生书》，高平叔编：《蔡元培全集》第3卷，中华书局1984年。版，第313页。。学生从事政治运动，为社会作出牺牲，既有功效，又有损失，相比之下，“实在是损失的分量突过功效”。要想根本解决中国的大问题，必须“专心增进学识，修养道德，锻炼身体”，用余暇服务社会，指导平民，以备将来。《去年。五月四日以来的回顾与今后的希望》，《蔡元培全集》第3卷，第385页。他体谅学生的躁动情绪，源于社会空气的恶劣，学生欲以改革学校为改革社会政治的起点，并在1922年。10月北京大学讲义费风潮平息后返回北大的演说中特别提到：“我还记得二十年。前革命主义宣传最盛的时候，学生都怀着革命的思想，跃跃欲试，就在学校里面试验起来。说是学生是学校的主人翁，譬如一国的国民；教职员是学生的公仆，譬如国家的政府；国民可以革政府的命，学生就可以革教职员的命。那时候长江一带，这种试验革命的学校，不知多少。他的导火线都很简单，大半为记分不公平或饭菜不好等小问题，反对一个教员或一个庶务员，后来迁怒于全体教职员，闹到散学。”这显然包括浔溪公学的风潮。但他不赞成用学校来比国家，希望学生自制，作社会的模范。《北大十月二十五日大会演说词》，《蔡元培全集》第4卷，中华书局1984年。版，第274—275页。这在某种程度上，也可以说是附和杜亚泉当年。的主张。
教育管理，本有权威与自治两种形式，孰是孰非，或各有利弊，还存在争议。分别情形，因地制宜，才能优势互补，变消极为积极。而学校与社会有别，适宜于社会者，未必适用于学校。因学生尚在社会化的过程之中，不能对自己的行为负完全责任。但学校与社会如果实行两套趋向相悖的制度，难免造成紧张与冲突。大变动时代，社会流行思潮与既有制度精神常相反对，所以革命时期，学潮往往是社会动员的开端，而且从大背景看，有不得不然的潜因。但以改革学校为改革社会政治的起点，牺牲的却是教育和学生自己。具体追究学潮的起因，不一定具有明确的“革命”性，有时甚至因为革新势力的先锋与本体尚未协调，或者本身利益不一致，因而出现激进与稳健倾向相互矛盾的冲突。只是学界革命主义风起云涌的时代氛围，令诸如浔溪公学之类的自发风潮产生冲击震荡既有统治秩序的作用。面对学潮这柄双刃剑，如何利用其不得已而为之的积极意义，并抑制其包含的盲动因素对“革命”带来负面影响，使革命循着近代的轨道走上建设之路，让情绪的宣泄得到理性的结果，而不致重复旧日造反的一味破坏，政治和教育的领导者不免有因时因地因人而异的两难取舍。研究者只有回到历史现场，体会前人的苦心孤诣，才能得出合情合理的判断。