蔡元培进而对学生的状况概括分析：“虽然，吾非欲以此一派概学生社会者。吾尝分学生为三派，第一派前所举者是矣。第二派则其人稳练而坚忍，以为世界强权，必当在学问家之手，我辈惟当以学问为目的。诚知吾学之成，不保不在国墟人奴之后，然吾之不学，则决非可以救此墟焉奴焉者。是故我孜孜为学而已。外界之冲因，苟非于我目的之学问有直接大关系者，或应之而反［于］我所目的之学问有障碍者，我皆慎避之而不为所动。至第三派则无目的无意志，盲从而动，盲从而静，凡各学校佹出佹入者皆是也，可以无论。吾故即前之两派，以甲乙别之，而论究其效用及性质及陶铸之所。吾尝譬之于铁道营业，其所最要者在轨道汽车之材料固也。虽然，车轨所经，或阻以巨岩，则不可不先求爆裂之药轰去之。制造爆裂之药，决非可假诸轨材车材之工若器者也。使其为之，则微特其药不成，且将并其所以为轨焉车焉者，而悉受其累。故其事不可以不分职。吾前所谓乙派者，犹造轨造车之材料也，其性质喜专一，喜研求，喜守规则，喜循课程，得寸得尺，日知而月无亡。若此者，于兹之公学为最宜。不观外国之苦学界乎？其充苦工也，受屈辱夺时间，其与吾国学校之所谓压制凌侮者何如乎？而然且为之。故其人不难于位置。
至于甲派之学生，则爆裂之材料也。其性质喜理论恶实验。喜涉猎恶记诵，喜顿悟恶训致，喜自检束，不喜受人检束，喜自鞭辟，不喜受人鞭辟。此其人宜自集其同志为一学社，延其所心服若吉田松荫、西乡南洲之流而师之，不拘拘于学科之常例，而要以淬厉其志气，增长其识见为主义，则他日必当为我国革新之先导者。吾窃怪此派之学生不审量于选择学校之始，乃于既入以后，愤愤于学校之不适我意，欲撺取其学校之权力而把持之。顾不知官立学校与政府一致，既不能倾政府，何以倾学校之政府？至于私立学校，其出资费者既不能如孟尝、信陵之流倾家财养死士，为义声之首唱，而仅仅出其岁入若干分之一，以立一普通学校，其意固可知矣。学生非社会党员，恶能占据其所有权而处置之，此其希望之必不能达者也。而各学校之收录学生也，亦往往不问其程度。其中有甲派者若干人，则日日以其政治思想、权利思想，欲小试之于学校之中。其人必工文词，长舌辩，能鼓动非甲派之学生以盲从之。而政界之影响，即非甲派之学生亦受之，而不能不微动者也，以故恒不免为所鼓动。此各处学校冲突之大原因也，吾得断之以学校与学生程度不合。吾尝于日本留学界之冲突持此议，于南洋公学之冲突持此议，今及此而三矣。”蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。
蔡元培的分析，以南洋公学风潮的前车为鉴，紧扣学界的脉搏。庚子以后，海外留学生和华侨因为勤王运动失利的刺激，试图跨越保皇樊篱，发出一片“言革”呼声。以至并不情愿“革命”的徐勤也不得不附和，并且告诉康有为：“今日各埠之稍聪明者，无一人不言革命，即现在同门同志，同办事之人，亦无一人不如是。即使强制之，口虽不言，而心亦终不以为然也。至于东中、米中游学诸生，更无论矣。”1902年。4月《徐勤致康有为书》，上海市文物保管委员会编：《康有为与保皇会》，上海人民出版社。1982年。版，第200页。青年。学生目睹中国内忧外患日益加剧，朝不保夕，而所受学理与社会现实又彼此冲突，理想难以实现，加上海外流亡者和留学生乃至国内的新知识人大量译书办报，鼓动变革，将激进情绪广泛传播，国内学界也出现了政治情绪普遍激进化的趋势。《教育界之风潮》所收录的南洋公学学生演讲记录，“革命”、“共和”、“破坏”、“自由”、“流血”等等，已成口头禅，几乎人人都有天下己任，时不我待的豪情壮志。浔溪公学学生同样受到外界和舆论的感染刺激，黄远庸其时便读福泽谕吉论集，对所论为人当独立自尊之说颇有感悟，“因译写其训条十余于壁”。其大病将死之际，竟能以劝人“尽其国民天职之机会”而得消除病苦。
青年。学生的反清革命倾向，很大程度上带有青春期逆反心理和躁动性格的情绪化。而两种因素进一步加强了情绪化的色彩。其一，学生聚居为小群体，其角色内化的偶像并非造轨造车材料的乙派，而是有嘉言懿行的甲派，功课好远不如自立自强受人尊崇。黄远庸所佩服的两位同学，便是能够独立自尊和沉毅刚强之人。黄远庸本人也是“文笔颇佳，尤工辩论，其科学程度则未得为第一流”，却成为群体领袖。其二，社会舆论对学界风潮的赞誉鼓吹。上海的政论风潮对于助长学生习气起了推波助澜的作用。黄远庸后来承认：“此时学生，正讲革命自由民权种种，余辈羡慕南洋公学学生闹学之风潮，为报纸所赞叹，即为电贺之。”黄远庸：《忏悔录》，《远生遗著》卷1，上海书店1984年。版，第127—128页。该校第一次风潮，虽然被视为学界革命之举，但先则“施种种野蛮之手段，而后无佳闻矣”《南洋公学学生退学意见书》，《选报》第35期，1902年。11月20日。为舆论所诟病，这也促使学生不达目的誓不罢休，冲突很难以妥协方式解决。
四调停失败
针对学潮的起因，蔡元培提出具体的解决办法：“日本留学界之事，中国教育会拟函劝留学者回国，而于上海设一学校以待之。论者或曰：留学者必不尽归，吾之学校亦决不足以厌其意。吾曰：是不然。吾之学校，于形式上不特不及外国之学校而已，即以吾国各学校科较而量之，亦未有以远胜。虽然，吾之精神教育则可以当仁而不让。且吾所欲待者，甲派之学生而已。彼其非甲派者，吾且避之不遑，吾何希冀为？及南洋公学之冲突也，退学二百人，公议有共和学社之设，是真甲派学生之善于自处者。据宗仰山人（黄宗仰）《爱国学社开学志》（《选报》第35期，1902年。11月20日），蔡元培在爱国学社开学之日曾代表中国教育会致祝辞，可见其对于培养甲派学生的期望：“近今吾国学校日月增设，其所授科学诚非可一笔抹杀者。然其精神上之腐败之卑猥决不能为之讳。此如人之有官体而无神经，则土偶傀儡之类耳。吾辈今既以制造神经为主义，则有三希望焉：一曰纯粹其质点，则沉浸学理以成国民之资格是也；二曰完全其构造，则实践自治以练督制社会之手段是也；三曰发达其能力。则吾学社不惟不以为雏形，而以为萌芽，以一夫不获之责，尽万物皆备之量，用吾理想普及全国，如神经系之遍布脑筋于全体是也。呜呼！吾学社果能达此希望乎？则微特学社之光荣，微特吾教育会之关系，吾中国之前途，实大被其影响焉。”其时回学者亦已数十人，学生社会中痛恨而惋叹焉。吾晓之曰：‘彼等佹出佹入、无目的无意志之辈，留之于社会，是腐败吾社会之微生物也，吾愿其速去。’今浔溪公学之冲突尚未决裂，吾意当于决裂之先，沟画而刃劙之，引去其甲派者，留其非甲派者。于是公学之规则可以不破坏，学生之志气可以不夭阏，是诚离之而两美者。吾意学校冲突之风潮既起，学生社会之公德渐明，手段渐高，其后冲突之事，将不可胜纪。各处腐败之学校，将鉴于此而有所改良。然决非可厌甲派学生之希望者。惟吾此论可为各学校普通之调停法，将于浔溪公学一试之。即使以吾此论而公学学生无一留者，则解散全学之罪在吾一人，而于总教、总理、总董之名誉固无损焉。”
对于蔡元培的建议，杜亚泉表示认可。翌日，蔡元培以告总理，后者亦表示同意。蔡元培是日决计返回上海，而庞青城尚未起，问总理曰：“子知总董之以吾言为然乎？”曰：“必以为然。”于是蔡元培至演说厅，集学生而告之如告杜亚泉之言，详言杜与诸分教交涉之事，以示其可谅。并招司事与学生对质，杜亚泉并无自支分教脩金之事，以示学生所以诋总教习者，“皆假借之词柄，非本意。即使学生有所误会，亦其助因，非主因，而主因则在外界之冲动力”。蔡元培于是申告学生：“诸君以吾言为然者，请自审甲派与非甲派。甲派者可决去，此公学决非可达甲派诸君之希望者，宜别自为计；非甲派可决留。吾观吾国各官私学校，殆未有如此公学之善者。”学生代表人黄为基避席而言曰：“诋总教恣私意，为某一人误会，某一人任其过，与诸同学无弊。惟蔡某之言，诸同学既悉闻矣，请诸同学决去留，愿去者举手。”蔡元培道：“举手不易明了，此事人人有自主权，非以多数决者，不如各签名注去留。”于是签名注去者二十九人，注留者六人。蔡元培复重申：“诸君之去者留者，皆吾国所必不可少之材料也，吾皆所敬佩。去者必当有自达其希望之建设，无佹出佹入，贻同学羞；留者当潜心于所目的之学问，无再多事夺目力。”众人称：“善！”蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。
关于这一情节，学生的记载大体相同，但掺入主观意见：“蔡公徘徊审慎，遂布告学生曰：‘学生之情事，吾知之，总董、总教之意见，吾知之。然吾知汝等此举，非故与总教为难，实为外界风潮所刺激使然也。事已如斯，不得不为汝等决之。学堂庞氏之私校也，教习总董所延请也，学生总董所招集也，故诸事当听其命令。吾观总董之意，是教习而非学生，决不听学生自由。若不愿受其压制，欲自由者可去；若愿受其指挥，而以学问为重者可留。去者择自由学校入之，留者须听总教总董之节制，无稍违。何去何从，诸生其自决之。’当时学生半假归，在堂仅三十五人，除六人为父兄所抑制不得自主外，无不欲去者。皆相庆相贺，谓自今以后，脱离专制学校，与南洋公学退学生不妨方轨齐驱矣。”《南浔浔溪公学之冲突》，爱国青年。：《教育界之风潮》。《浔溪公学学生第二次散学始末记》（《政艺通报》第21期，1902年。12月14日）记为：“次晨，蔡登演说堂，申言主决绝主义者请举手。时学生凡三十五人，除六人为父兄抑制不得自主外，无不举手者。蔡乃更出名簿，令各签去留字以为准则，签去字者仍如前。”
其时庞青城适至校，见学生群集于演说堂，问办事者以何为。答曰：“蔡登堂而演说也。”又问：“学生奚若？”答曰：“去之者占多也。”《浔溪公学学生第二次散学始末记》，《政艺通报》第21期，1902年。12月14日。庞以为如此则公学失体面，欲留之，亦演说曰：“蔡公言与吾意相违。诸生其稍留，毋急行。”学生认为总董既不直我等，又欲强事挽留，姑留一宵，以俟后命。《南浔浔溪公学之冲突》，爱国青年。：《教育界之风潮》。蔡元培告诉庞青城：“子欲留之，则慎无回护吾。言当日蔡某之言，我不以为然，诸生无为所动，我今自表明我意。”又告学生曰：“吾之言全用自然淘汰之例，毫不含勉强迫激动意。吾调停之职已完，诸君与总董自有交涉，慎无以注去字于吾前为意，恐为吾讥笑，吾决不尔。”遂结束调停，返回上海。蔡元培：《浔溪公学第二次冲突之原因》（录《苏报》来稿），《选报》第35期，1902年。11月20日。庞青城乃请张弁群出为调停。张曾游历东西洋，于浔溪镇举办一小学堂、一阅报社。是夜约总教杜亚泉及学生至其家，谓杜亚泉曰：“请勿辞。”又谓学生曰：“请勿去。学堂之事，自今更始改良之何如？”杜亚泉离坐道：“我即留。然以后辞聘教习若一切事，请惟总董命是听。”《浔溪公学学生第二次散学始末记》，《政艺通报》第21期，1902年。12月14日。“学生皆曰：‘生等既表去志而负之，是自欺以欺蔡公也。人而无信，不知其可。纵有九牛，不能挽生等之行也！’翌晨，相率至宜园撮影，各治装返。而浔溪公学几等诸黄叶空山，罕有人迹矣。”《南浔浔溪公学之冲突》，爱国青年。：《教育界之风潮》。退学生29人：“黄为基黄金铸庄庆鹏顾思忠吴锡葆陶冕郭国平蒋武森华承绚张嘉麟曾荫计宗型王绍良杨光耀高恭安郑侠传张维鳌张文慰宗麟祝见百钱□□秦邦荣彭周鼎郑赓螽萧则林张文耀王海槎□□□”。
五影响深远