凤凰山其实只是个丘陵，海拔69米，一直荒无人烟。20世纪50年代，山下村民为避洪水迁至山上。村民很快发现，山间有众多水潭，均深不见底，故这些水潭均被称为“无底塘”。水潭成了村民长年用水的水源；潭中有鱼，常可为村民佐餐。一次，一村民在水潭中捕得一条37斤重的鱼，此事引发了村民吴阿奶等人的兴趣：何不将潭中水抽干捕鱼！
1992年6月9日，吴阿奶等四位村民选中了水面面积仅20平方米的“洗衣潭”抽水。抽水机开始日夜作业，水在下降，一道石壁渐渐显露。然而越往下水面越往里倾斜，第4天，水面上露出一行台阶，水泵加至四台。第9天，两截巨大的鱼脊状石柱显露出来。17天后，水落洞出，一座气势恢宏的地下石室展现在他们眼前。此时谁也没有注意到，17天的劳作竟连鱼腥味都未闻到。
几个农民一鼓作气，共抽干了7个石窟（其中两个灌水回填），个个石窟紧挨着，排列工整，每个石窟均有石阶通向洞底，石窟内的石柱根据洞的大小1～4根不等，其布局符合力学原理；洞与洞之间的间隔，有些仅50厘米；令人惊异的是，这7个石窟的布局竟呈北斗七星的形状。
在1号洞的石壁上，农民发现了一幅神秘的图画：石壁上刻有马、鸟、鱼，而在另外的石洞里发现多处数米长的闪电状刻纹。在这7个石窟周边1千米范围内，类似的石窟共有24个，而沿衢江北岸还分布着更多的石窟。
显然，这是一个庞大的石窟群。
虽然同为石窟，但与蜚声中外的敦煌石窟、云閃石窟和龙门石窟相比，不管人们怎么不遗余力地把“世界第九大奇迹”之类的标签贴在它身上，龙游石窟群到目前为止还是知者寥寥。
不过名气虽小，价值却大：据专家称，在考古学、建筑学和历史学的意义上，这个距离杭州仅1个多小时车程的石窟群，至少可与三大石窟相媲美。
龙游石窟群包括大小24个洞窟，面积1000～3000平方米不等，分布在方圆0.38千米的小土丘上。此处石质属红砂岩。洞窟最高约30米，顶部成倒斗型，窟内留有3～4根鱼尾型石柱，石柱成熨斗型，有汉代造型的特点。在洞壁和石柱上凿有似乎是用来装饰的线条。均匀细密的斜向条纹布满石壁，每隔约40厘米由4～5根水平凿痕进行分割=整体庄重朴素又不乏美感。
从洞口顶部沿着石壁的一侧有长两米、高1米多的不规则锯齿形台阶，用来运出石材。洞窟之间的定位十分精确，石窟间的间隔有些只有5U厘米，最少仅有10厘米。石窟的建造工艺令人赞叹。
石窟的三大谜团
虽然距离石窟的发现已有十多个年头了，但到目前为止，人们对石窟的了解仍然停留在臆测的层面，而其中最大的谜团，也是争论最激烈的，有三个——
谜团一：石窟造于何年代
有人从石窟内壁的岩画来进行推断。岩画中鸟的形状，与1988年余姚反山出土的玉城上的一只长颈鸟比较接近，可能是良渚文化时期的作品。马的造型与内蒙古百岔河鹿岩画中的一匹马极相似。这说明了百岔河窟岩画和龙游石窟岩画的主题相同，都属于生活类，反映了放牧、狩猎内容，动物以马、鹿为主，在风格上都是现实主义作品。此外，百岔河鹿岩画手法除了平涂、单线勾勒以外，也有与1号石窟岩画采用的阻纹凿刻相同的手法。但中国是个岩画十分丰富的国家，岩画的创作可追溯到6000～3万年前，也就是说石窟中的岩画可能出现于3万～6000年之间。人类文明史也不过5000年，“伸缩幅度”如此之大，可信度不免要打上一个折扣。再加上这些推断多半只是基于一些只鱗片爪的相似点，而这些相似点极有可能只是偶然的。所以根据岩画判断石窟所造的年代，至少到目前为止还是值得商榷的。
也有人从石窟的用途入手，认为它的历史应当有2000余年，极有可能是春秋战国时代的作品。但是这些用途多半都是假设，没有足够的证据支撑。
谜团二：石窟是何人修建
如果说对第一个谜团的解答尚有些考古学上的凭据，那么对这一谜团的猜想就显得更加“天马行空”。有人认为是古代石工在此采矿；有人认为石窟是部落首领为自己修建的陵墓；还有人根据《越绝书》中的一句“越国有石室”，就得出结论说这是勾践卧薪尝胆时的藏兵洞；更有甚者，还提出龙游石窟是外星人在地球上的杰作……听来似乎都有几分道理，但细究起来，却都是“无根之木”。
谜团三：石窟有何功用
对于石窟的功用，主要的观点有采石说（为了开采石料）、仓储说（为了储存物资）、军用说（为了练兵、储藏武器装备）、皇宫说（为了用作皇宫）、陸寝说（为了做国王等人的陵墓）五种。
在诸多观点中，采石说是影响最大，也是相对最令人信服的一种。洛阳龙门石窟研究所副所长李文生、杭州师范学院区域文化研究所所长周少雄及浙江社会科学院历史研究所所长陈剩勇等专家均持这一看法。