这场着名的失败最后被写成了畅销的商战案例。马云犹如当年的赵云，借此一战成名。
但免费是一把双刃剑，击退了对手，也终因自己流血过多，阿里巴巴不得不再次融资，这一次仍然是软银为首的8000万美元，创造了中国互联网企业融资的一个纪录。
2006年5月10日，淘宝网推出了“招财进宝”，这是愿意为付费的卖家提供增加值服务，但却遭到了大量卖家的反对，市场已经被马云培养成了免费的消费习惯。不得已，阿里巴巴最后只得取消了这个计划。淘宝网复制阿里巴巴B2B收费模式失败了。
直到今天，因为一直免费，淘宝网仍然无法找到一个清晰的赢利模式。马云就像银行的一个总管，天天数着钞票，却没有一张是属于自己的。天下没有免费的午餐，当年种下的果，终于轮到了自己品尝。
2006年6月16日，马云在和阿里巴巴干部交流时替自己辩解道：我理想中的商业模式是愿意付钱的就付钱，不愿意付钱的就不付钱。这是一个很高境界的商业模式，全世界还不多。
我们就是要用“招财进宝”测试一下这个市场。
后来他在央视一档创业栏目《赢在中国》语重心长地告诫一位选手说：记住，每一笔生意必须挣钱，免费是世界上最昂贵的东西，免费不是一个好策略。
“出来混，总是要还的”，电影《无间道》里的这句经典台词，可能是马云的锥心之感，任何市场的竞争，最终取决于它的服务和技术产品的提升，而不是一味单纯迎合消费者的消费习惯，否则，伤害的只是这个产业已经平衡的生态链。
2011年10月10日，淘宝单方面宣布提高技术服务年费，引起了众多中小业主的不满。11日，一场酝酿已久的十月围城的“暴动”开始了。后来在商务部的压力下，马云不得不亲自出面答应商户的要求才算暂告一段落。
当初为了和eBay鏖战到底，解决淘宝网的支付系统，2004年12月，马云决定推出独立于第三方的支付宝。
从支付宝出生的第一天起，它因为和淘宝网的天然血缘，一直面临是否能够独立成人的考验。
事实上，早在阿里巴巴推出这项产品之前，它的死对头eBay就推出过类似的产品。只是苦于一直无法找到清晰的赢利模式而半途放弃。
这一年底，马云荣获中央电视台“十大年度经济人物”，这一年，也无可厚非地成为马云年，各种关于马云的相关报道铺天盖地。一句话，马云真的红了。这是马云后来走上神坛的第一个官方台阶。
选择杨致远或许是一个错误
2005年5月16日，世界着名财经杂志《财富》论坛在北京召开。在这次会议上，马云见到了互联网界两位声名显赫的老总，他的死对头惠特曼和雅虎酋长杨致远。这两个人不约而同地向他抛来了橄榄枝。或合作，或合并，或投资。
权衡再三，马云最终选择了自己曾经的偶像杨致远。马云后来说，之所以选择雅虎，是因为他觉得阿里巴巴和雅虎的互补性更大。
2005年8月，杨致远以10亿美元的现金和雅虎中国的全部资产陪嫁到阿里巴巴。作为交换条件是，雅虎将拥有阿里巴巴集团39%的股权，以及一份未经公开的收购要约。这是当时互联网界最大的一桩并购案。
2007年11月6日，阿里巴巴B2B业务在香港上市，这份迟到的要约才在招股书予以披露。
根据约定：在2010年10月后，雅虎将获得阿里巴巴董事会的第二个席位，同时雅虎的投票权将由35%增至39%，马云等管理层则从35.7%降至31.7%，而软银保持29.3%不变。
这是马云和阿里巴巴的一个历史分界点。
马云以及高管团队占有集团不到三分之一的股份，马云失去了对阿里巴巴的最终控制权。一家中国人创立的互联网公司摇身变成由境外资本控制的高科技集团。
马云之前一直要打造中国最伟大的一家互联网公司的理想提前灰飞烟灭。
在一片镁光灯的惊艳中，在众人羡慕的眼神中，也许只有当这喧嚣的华丽场景一一散去，当他独自转身面对自己的时候，他才明白这一切对他来说究竟意味着什么。
马云应该不会忘记当初王志东和张树新从新浪和瀛海威的黯然出局。一方面，合并给他带来了暂时中国最大互联网公司的桂冠，但另一方面，公司控制权的丧失，也让他产生了强烈的危机意识，这是一个企业领导人与生俱来的不安全感。这种患得患失将在以后的岁月里和他如影相随。说不定哪天雅虎不高兴，一跺脚让他随时走人。
马云在创造中国互联网奇迹的同时，也埋下了一颗随时可以引爆的炸弹，这也为未来马云和阿里巴巴带来了一切发生的可能。
从这一天起，马云后来在外人看来一直都无法理解的种种怪诞语言甚至不可理喻的一系列手法，在这里都可以找到谜底。
这是马云的终点，也是他新的开始。
在现行的条件下，熟悉中国政治之道的马云当然明白，在丧失控股权的情况下，要继续保持自己对阿里巴巴的控制权，对外，他必须和雅虎和软银保持良好的私人关系，最差也不能撕破脸皮；对内，他必须随时保持足够的警戒，必须要保持他在阿里巴巴的绝对权威，要把自己塑造成无可替代的教主。否则他将帅位不保，因为他比谁都明白，这时候的阿里巴巴早已改名换姓了，顶着创始人的桂冠，他只是一个职业经理人，充其量也只是个合伙小股东。
于是我们看到了这一幕，在无数次面对媒体的公开场合，他一直在津津乐道地谈论着他和杨致远以及孙正义的私人友谊和对他的足够信任。
马云甚至这样说道：控制一家企业绝对不是资本，而是一个企业领导人的价值与理念。这大概也算是他内心里真实写照的一种自我安慰了。
这个曾经激励了无数创业人热情的小个子男人，他在迅速走向了人生顶峰的同时，也深陷于资本构筑成的华丽围城。他在成功与危机中交织，在梦醒与陶醉中反思，在踯躅与虚空中了悟。他在创始人与经理人之间交错。
事实上，雅虎中国加盟，并没有真正实现马云所说的互补，在当下的整个搜索版图上，雅虎甚至不值一提。
2009年1月，雅虎新任CEO巴茨一上台，就公开指责马云并没有把雅虎中国做好，甚至威胁她将进入阿里巴巴董事会。
马云也不甘示弱，再次祭起他擅长的舆论大旗，一场危机公关才让他暂时没有了下课之虞。
6年前的一场世纪大并购，在当时赚足了眼球，现在却不得不来还债。智者千虑，必有一失。这不得不算是马云的一个重大的决策失误。搜索应该是马云看重的一个方向，在收购雅虎中国不久后，马云表示，阿里巴巴在搜索领域既有决心更有信心，从今天起，在中国，“雅虎就是搜索，搜索就是雅虎”。
但是在2005年的互联网，百度和谷歌已经稳居这个市场的前两位，按照马云的理论，互联网行业只有第一和第二，没有第三。
马云如果真正从战略去考虑，选择的合作伙伴应该是惠特曼而不是杨致远。从同质性商业竞争角度来说，1+1显然大于2。
如果当初进行合作，也没有了后来因为竞争而带来的两败俱伤，也就没有了淘宝网到现在因为免费还一直没有找到赢利模式的困局。当然也没有了现在随时可以下课的命运担忧。十几年前一次对行业未来的判断，马云难道注定要一辈子来偿还？
互联网骗子还是教父？
2006年春天，创业成为那一个年度的关键词。中央电视台及时开启了一个不同以往意义的项目，大型励志创业电视活动——《赢在中国》，它绝不仅仅是一个电视节目，也不仅仅是一场活动，它以“励志、创业”为主题词。
随着这一档电视节目的走红，马云也以一个成功企业家特邀评委的身份，以别具一格的点评方式，用极具鼓动性的语言，借助于央视特殊的传播平台，一炮走红。
如果说人们以前记住马云只是在业界，在那高不可攀的神坛上，如今，马云开始从遥不可及的云端降落凡间。他以自己的亲身经历，传授给这些渴望一夜成功的热血亢奋青年，他在节目中信口说出的话语，都一再地被扩大演绎，最后成为他们的创业宝典。
坦率地说，马云是个深谙媒体公关的一流高手。在他早年创办中国黄页时，就可见一斑。如果没有《赢在中国》，很难想象，马云能有今天的知名度。
今天，马云在这档节目上所说的那些创业秘籍，还在不同的人群和不同的场合一再被人引用。只是没有人去计较，他的这些宝典到底从创业中得到了多少印证。
和他的偶像杨致远相比，杨一直小心翼翼，谦虚谨慎。当然马云也乐意担当这样的角色，这才应该是马云风格。在电视上，在报纸上，在论坛上，他经常马不停蹄地来回穿梭于各个场合。即便是现在，在新浪他自己的博客里，他还在乐此不疲地回答无数网友创业中遇到的困惑和问题。
这样带来的一个最直接的结果是，马云开始成为这个时代的真正代言人，成为这一代青年人在创业热浪中的教父级的人物。他也由此开启了马云时代的神话。一段属于马云时代的传奇开始演绎了。
但一个负面结果是，这些创业精英们，用夸张性的语言，一再地鼓动那些涉世未深的学子们，把自己当做救世主时，便会遭到众人的质疑乃至厌恶，甚至将为此付出惨痛代价。
2006年6月，美国权威财经杂志Business2.0公布其“全球50最具影响力商界人士排行榜”，阿里巴巴网站创始人马云作为中国大陆地区唯一的企业家入选，排名第15位，比微软公司创始人盖茨还要高出6名。
从几年前四处碰壁落魄被人当做骗子的马云，开始得到了世界权威媒体的认可，一跃成为中国企业的新明星。自然，马云的底气似乎也足了起来。
6月16日，马云在和阿里巴巴管理干部讲话时，再次把一个国家的发展和企业的发展进行了分析比较，他说：中国之所以这几年比西欧国家发展得快，一个重要的原因就是一把手讲话，从二把手开始，所有的人都要记笔记，回去以后全部传达。
这一年的7月19日马云作出了一个重大决策，在有着避税天堂之称的开曼群岛注册成立投资控股有限公司。9月20日，马云决定再在英属维京群岛注册成立阿里巴巴投资控股有限公司。
一家打着中国口号的公司，经过一番腾笼换鸟，阿里巴巴开始从血统和法理上和中国进行了切割。这看似是一着国内民营甚至是外资企业惯用的妙棋，但这也为阿里巴巴未来带来了不确定的政策风险。
同样是这一年的8月，着名经济学家，长江商学院教授曾鸣出人意料地加入阿里巴巴，任集团参谋部资深副总裁。两年后，接任集团“参谋长”。这个一般只有在国家军队序列中才有的职务，却是马云的企业政治化的一大发明。
巅峰状态下的危险时刻
2006年11月，百安居中国总裁卫哲闪电般加盟阿里巴巴，并出任集团资深副总裁兼企业电子商务(B2B)总裁。
卫哲1970年生于上海。1993年毕业于上海外国语大学，进入上海万国证券公司。历任万国证券资产管理总部副总经理、普华永道(PWC)高级经理、东方证券投资银行总部总经理。
《福布斯》杂志当时这样介绍这位年轻的少帅：卫哲加入阿里巴巴恰逢其时，他的角色有点像Google的CEO埃瑞克，将把一个处于火热发展中的企业带入更加快速的成长中。卫哲的到来对于阿里巴巴是一个关键的时刻。
马云则这样评价卫哲：“卫哲有着杰出的销售推广与零售管理经验，他把运营一家公司所需要的专业运营方法带入了阿里巴巴。卫哲是目前很罕见的专业人才，他既有很棒的传统管理经验，同时又具备了互联网精神。”
2007年11月6日，阿里巴巴网络有限公司B2B（股份代号：
1688）于香港联合交易所主板成功上市。全球发售集资总额为131亿港元，其中包括收市后行使的超额配股权的集资额，这使得阿里巴巴成为当时全球第二大规模的互联网公司首次公开发售。
马云以上市公司接近5%的股份，身家一夜暴涨，在随后的几年里，我们都可以从《福布斯》杂志财富榜的游戏中，看见马云的身影。
与此同时，两年前的一桩世纪大并购的部分要约罕见地公布在阿里巴巴的招股说明书上。这份迟到的约定一公开，业界和舆论一片哗然。马云5年期满，什么时候下课开始成为这家已经跻身世界级公司的最大悬念。
2007年12月11日，他在给跟了自己多年的部下交流时说：
你们疲惫了，我也疲惫了。真的很累。
12月24日，在毫无征兆的情况下，马云突然出手宣布：
对旗下高层进行调整，淘宝网总裁孙彤宇、阿里巴巴集团COO李琪、阿里巴巴集团CTO吴炯、阿里巴巴集团资深副总裁李旭晖将会辞去现任职位。与此同时，阿里巴巴集团副总裁、淘宝网副总裁邵晓锋将调任支付宝公司执行总裁。阿里巴巴新闻发言人表示，此调整是基于公司干部轮休学习计划。
这是阿里巴巴第一次爆发的人事大地震，在这场变局中，孙彤宇是18罗汉之一，从中国黄页开始就一直追随马云。
2003年5月，也正是他一手创建了现在的淘宝网。而吴炯则是马云和杨致远关系的直接见证人。孙等四人在整个公司中也占有不菲的股权。
孙彤宇能力超强，有较高的领导管理才能，深得人心，当孙在五分钟前被突然宣布轮休时，许多他的部下和他一起失声痛哭。几年间，已经离开了阿里巴巴的孙彤宇一直未就此事发表看法，只是表示过去一切都不想再提。
但在孙离去后的三年多日子里，并没有给淘宝带来多少好运。虽然淘宝在C2C领域拥有无可挑战的地位，但腾讯一直悄悄尾随其后，2010年的第三季度，其份额达到11.6%。此前，淘宝在B2C领域似乎不怎么积极，只是到了不久前才决定让B2C业务淘宝商城独立发展。而根据艾瑞的数据，此时京东商城的份额已经达到35.6%，紧随其后的是综合购物平台当当和卓越亚马逊均为8.9%及专注服装业的凡客诚品5.3%。
更要命的是，在刚刚的第三波人事震荡中，陆兆禧不得不两线作战。他被同时被任命为阿里巴巴B2B和淘宝网总裁。一向注重培养干部的阿里巴巴难道真的没有人才？这个答案也许马云可以回答。
2008年1月27日，上海市委书记俞正声在上海政协十一届一次会议上，面对政协委员，就“上海为什么没出马云”进行了反思。一个月后，广东省委书记汪洋也接过了这个话题。
马云以一个企业家的身份正式登堂，成功地走入了体制里的视野，成为媒体和官场的宠儿。阿里巴巴公司的股价也开始水涨船高，从上市初期的15港币左右一路攀升至接近50港币。
马云和他的阿里巴巴一道赢来了整个生涯中的巅峰时刻。