延历十三年（794）十月，桓武天皇迁都平安京。与奈良时代平城京内寺院林立不同，平安京内只设置了新创的东寺、西寺二寺，分列于罗城门的左右。从寺院的数量及其在平安京布局的位置可以推断，桓武天皇意欲寻求不同于前代都市寺院佛教的新佛教。
最澄与天台宗的创立
平安佛教的代表性人物是最澄和空海两位名僧，他们分别创建了天台宗和真言宗。最澄出生于神护景云元年（767），近江国滋贺郡人。自幼崇信佛道，12岁时，进入近江国分寺，成为近江大国师行表的弟子；15岁时，补国分寺僧之缺，得度出家；20岁时，在东大寺受戒，成为正式的僧侣。受戒之后，最澄登上位于京都东北方的比睿山，在山中结草为庵，开始了山林修行。身在山中的最澄读《法华经》、《金光明经》等大乘经典，尤其关注《大乘起信论疏》、《华严五教章》等华严的章疏。由于华严宗的学说中内含大量的天台宗的学说，因此最澄通过披览华严的章疏，知晓天台学说的存在，并以天台的释义为指南。延历十六年（797），最澄被任命为内供奉十禅师之一。《法华经》是天台教学的基本经典。延历十七年（798）十一月，最澄在比睿山创立法华十讲法会。此后，该法会每年举行。奈良时代，南都（平城京）的七大寺（东大寺、兴福寺、元兴寺、大安寺、药师寺、西大寺、法隆寺）是三论宗、成实宗、法相宗、俱舍宗、华严宗、律宗六宗学派（即所谓的南都六宗）的教学研究活动中心，聚集着各宗学派的博达之人。延历二十年（801）十一月，最澄邀请南都七大寺的10位高僧到比睿山讲演法华等经典，“听闻六宗之论鼓”。由此可以推想，在最澄的思想形成过程中，南都佛教各学派起到了重要的作用。
延历二十一年（802），和气氏在高雄山寺（和气氏寺）举行法会，最澄作为法会的讲师之一，应和气弘世（和气清麻吕之子）的邀请，在法会上讲说法华经。以此为契机，桓武天皇开始关注最澄的天台教学。奈良时代后期以来，三论宗和法相宗之间相互争理，各自坚持己说，批评他说。最澄的天台学说让桓武天皇感觉耳目一新：“所说甚深妙理，七个大寺，六宗学生，昔所未闻，曾所未见，三论法相久年之诤，焕然冰释，照然既明，犹披云雾而见三光矣。”最澄在给桓武天皇的上表文中，阐述了天台与三论、法相的不同，即“三论与法相二家，以论为宗，不为经宗也”，而“天台独斥论宗，特立经宗”，“论”与“经”的不同是“论者此经末，经者此经本。舍本随末，犹背上向下也；舍经随论，如舍根取叶”。同年（802）九月，桓武天皇就可否兴隆天台教学一事，询问和气弘世。于是，和气弘世与最澄相商，二人终日计议“弘法之道”，最后由最澄上表文给桓武天皇，请求派遣留学僧前往唐朝学习天台宗的妙义。在上表文之际，最澄自己并无赴唐求法之意，但是桓武天皇却认为最澄是前往唐朝学习天台的不二人选，诏令最澄亲自赴唐求法。由于最澄从未学习过汉音，不懂唐朝语言，因此为了学习天台义宗时便于咨询，最澄上表桓武天皇，请求让“幼学汉音，略习唐语”的弟子义真随他一同去唐朝。延历二十三年（804）七月，最澄一行携带金字妙法莲华经1部（8卷，外标金字）、金字无量义经1卷、普贤观经1卷以及屈十大德疏10卷、本国大德争论2卷、水精念珠10贯、檀龛水天菩萨1躯等物，乘坐遣唐使团4条船中的第2船，从肥前国出发，九月抵达明州（宁波）。
明州上岸之后，最澄身体不适，待到病好痊愈，于唐贞元二十年（804）九月十五日，出发前往台州。九月二十六日，最澄一行抵达台州，谒见刺史陆淳，并赠送金15两以及筑紫的斐纸、笔、墨等物。陆淳推辞金物，最澄通过翻译请陆淳以金买纸，抄写天台止观。于是陆淳命令天台宗第七祖兼天台山修禅寺座主的道邃组织人员抄写天台经典。道邃是天台第六祖湛然的弟子。同月（九月）下旬，最澄一行巡礼天台山国清寺，受到了群僧的欢迎。当时，台州刺史陆淳邀请道邃在台州龙兴寺讲说天台的“摩诃止观”等。从国清寺返回台州的最澄不仅亲耳聆听了道邃的讲学，而且还师从道邃学习天台教学，之后，道邃给最澄授菩萨戒。此外，湛然的弟子、天台山佛陇寺的座主行满感叹最澄不远万里来唐求法的精神，亦向最澄传授天台之法，并赠送天台法华宗疏记82卷。在接受道邃、行满的正统天台学的传授并求得天台法华宗疏记102部（200余卷）经论以后，翌年（805）三月下旬，最澄一行从台州出发返回明州，等待归船回日本。在等船的间隙，四月初，最澄以“台州所求目录之外，所欠一百七十余卷经并疏等，其本今见具足，在越州龙兴寺并法华寺”为由，前往越州。当时，泰岳灵严寺镇国道场大德、内供奉的顺晓和尚恰在龙兴寺附近修行。顺晓和尚是密宗的正统传人，其师父新罗僧义林是密教大日经系的创立人——印度僧善无畏。在越府峰山顶道场，最澄入灌顶坛，接受顺晓和尚的灌顶传法，其时，作为传法的证明，顺晓和尚授给最澄三部三昧耶的印信，由此，最澄成为顺晓的弟子，也就是善无畏的法曾孙。在越州龙兴寺，最澄求得真言等并杂教迹等102部（115卷）以及种种的密教灌顶道具。此后，最澄从越州回到明州，继续等待返回日本的船。五月十八日，遣唐使的第一船、第二船从明州同时出发，驶向日本。来唐之时，最澄乘坐的是遣唐使船队中的第二船，但是在返回日本时，遣唐大使藤原葛野麻吕安排最澄乘坐第一船。六月五日，第一船到达了对马岛下县郡。
回到日本后，最澄向桓武天皇复命，献上从唐朝求得的经疏等物。桓武天皇欣喜，立即命令为南都七大寺抄写最澄将来的天台经典。同年（805）八月，桓武天皇请最澄在内里举行悔过读经仪式，最澄献上了唐朝的佛像。同月（八月），在桓武天皇的旨意下，高雄山寺建立了日本最初的灌顶道场。九月，遵循桓武天皇的敕令，在高雄山寺设立毗卢遮那都会大坛，道证、修圆、勤操、正能、延秀、广圆等来自南都六宗的8位高僧，接受最澄的灌顶传授三部三昧耶。此外，桓武天皇还命令最澄在内里行毗卢遮那法。灌顶传法和毗卢遮那法都是密教的仪式，对于志在弘扬天台宗的最澄而言，桓武天皇对密教的注目恐怕是出乎他的意料之外的。
延历二十五年（806）正月三日，最澄向桓武天皇上表，请求朝廷正式承认新法华宗（天台宗），提出将年分得度者的人数定为12人，其中“华严宗二人；天台法华宗二人；律宗二人；三论宗三人，加小乘成实宗；法相宗三人，加小乘俱舍宗”。不言而喻，最澄的上表是将天台宗的地位提至与南都六宗相提并论的高度。对于最澄的上表，朝廷反应迅速，翌日（四日）即询问僧纲的意见；五日，僧纲上表同意最澄的意见；二十六日，朝廷宣布诸宗年分度者数及各宗学业内容，其中，各宗年分度者的人数依如最澄的上表文。天台宗的两名年分度者的学业分别被规定为：一人读大毗卢遮那经，一人读摩诃止观。大毗卢遮那经是密教的经典，摩诃止观是天台宗的主要论书。显然，密教被纳入了天台教学的体系之中。对于最澄来说，密教只是其赴唐求法时的意外收获，而且由于时间仓促的缘故，其所掌握的密教修法也是不完全的。因此随着与承袭正统密教的空海的关系破裂（后述），弘仁七年（816）以后，最澄开始专心致力于弘扬天台教学。
弘仁四年（813）以后，最澄与南都六宗之间的教义对立日益激烈化，其中最为有名的是与法相宗高僧德一之间的理论之争。弘仁八年（817），最澄前往东国布教，聆听最澄讲法的东国民众人数以成千上万计。其时，德一住在奥州会津的惠日寺。最澄主张一切众生成佛论，即一乘说。对此，德一撰书《佛性抄》批判最澄，阐述法相宗的三乘说，即众生分为声闻定性、缘觉定性、菩萨定性、不定性、无定性五类，其中只有声闻、缘觉、菩萨可以成佛。最澄则著书《照权实镜》予以反驳。由此，拉开了最澄与德一之间的旷日持久的争论战，即所谓的三一权实争论。在这场争论战中，双方你来我往地撰书反论对方，德一著有《佛性抄》、《中边义镜》、《慧日羽足》、《遮异见章》等；最澄著有《照权实镜》、《法华去惑》、《守护国界章》、《决权实论》、《法华秀句》等。
从东国返回比睿山以后，弘仁九年（818）三月，最澄召集门人，宣布舍弃其在东大寺戒坛所受的戒律（具足戒，小乘戒），要在比睿山建立大乘戒坛。五月，最澄上呈“天台法华宗年分学生式”，奏请嵯峨天皇准允天台宗年分得度者受大乘戒，即天台的年分得度者首先受十善戒，成为菩萨沙弥，其度缘盖官印；然后在得度之年，受佛子戒（大乘戒），成为菩萨僧，其戒牒盖官印；成为菩萨僧之后，须在比睿山居住12年，不出山门，修学两业（遮那学业和止观学业）。八月，最澄上呈“劝奖天台宗年分学生式”，再次请求嵯峨天皇允许天台宗年分得度者的得度、授戒同时在比睿山举行。关于最澄的奏请，嵯峨天皇交给僧纲审议，然而基于南都六宗立场的僧纲却提出了反对的意见，因此朝廷没有给最澄答复。翌年（819）三月，最澄又上呈“天台法华宗年分度者回小向大式”，明确表示要在比睿山建立大乘戒坛，天台宗年分得度者不许受小乘戒。对此，僧纲集中南都七大寺的意见，上表嵯峨天皇，反对最澄建立大乘戒坛，并且由于最澄的上奏没有通过僧纲和玄蕃寮，因此僧纲依据僧尼令的规定，还要追究最澄的违法行为。于是，最澄著书《显戒论》，痛批僧纲的上表文。弘仁十三年（822）六月，最澄在比睿山的中道院圆寂，终年56岁。不久，嵯峨天皇敕许在比睿山设立大乘戒坛，最澄生前的夙愿得以实现。
空海与真言宗的确立
空海出生于宝龟五年（774），赞岐国多度郡人（今香川县善通寺市），俗姓佐伯直。15岁时，跟着舅舅阿刀大足，读习《论语》、《孝经》以及史传等，并兼学文章。18岁时，进入大学，学习《毛诗》、《尚书》、《左氏春秋》，博览经史。就在这一时期，有一沙门向空海呈示《虚空藏求闻持法》，“其经说，若人依法，读此真言一万遍，乃得一切教法文义暗记”，于是空海“信大圣之诚言”，弃学从佛，周游阿波、土佐等国修行佛道，“自此慧解日新，下笔成文”，于延历十六年（797），著成《三教指归》一书。空海在《三教指归》中，引经据典地对比儒学、道家和佛教，最后得出佛教真理胜于儒、道二家的结论，决意皈依佛门。31岁之时，即延历二十三年（804），空海得度出家。
延历二十三年（804）七月六日，以藤原葛野麻吕为大使的遣唐使团的船队从肥前国出发，空海搭乘藤原葛野麻吕所在的第一船前往唐朝留学求法。最澄也是随同此次遣唐使前往唐朝的，不过最澄乘坐的是第二船。八月十日，空海搭乘的第一船抵达福州长溪县赤岸镇以南的海口，但因为从此地去福州的路“山谷险隘，担行不稳”，于是船向福州，十月三日，到达福州。其时，空海为大使藤原葛野麻吕起草了“大使与福州观察使书”，阐述使者的来意。此外，空海还撰写了“与福州观察使入京启”，声明自己的留学期限只有20年，期望唐朝的官员能够让自己早日前去长安，寻求名师。
同年（804）十一月初，空海随同大使藤原葛野麻吕一同从福州出发前往长安城，经过1个多月的日夜兼程，终于在十二月下旬，抵达唐代政治中心——长安城。翌年（805）二月，大使一行离开长安前往明州，踏上回国之途。空海则留在长安，住在西明寺，并周游长安城中的诸寺，历访名德高僧，偶遇青龙寺的惠果和尚。惠果是不空的弟子，兼得密教两大体系——金刚顶经系（金刚界）和大日经系（胎藏界）的修法。惠果乍见空海，就含笑欢喜地说：“我先知汝来，相待久矣。今日相见，大好大好，报命欲竭无人付法，必须速办香花入灌顶坛。”于是，空海从师惠果，学习密教。六月上旬，空海入学法灌顶坛，受胎藏法；七月上旬，再受金刚界法；八月上旬，受传法阿阇梨位的灌顶，兼请真言教文，胎藏、金刚两部曼荼罗道具种种法物等。惠果在授法之后不久，即劝空海早日归国，弘扬密教，“以奉国家，流布天下，增苍生福，然则四海泰，万人乐，是则报佛恩、报师德。”在以惠果为师主之前，空海还以罽宾国僧般若三藏和北印度僧牟尼室利三藏为师，学习梵语和教法等。同年（805）十二月，惠果圆寂。空海撰写了惠果的碑文（《大唐神都青龙寺故三朝国师灌顶阿阇梨惠果和尚碑》）。翌年（806），实现了留学目的的空海，途经越州归国。
大同元年（806）四月，空海到达越州，收集内外经书（儒、道、佛的经律论疏等）；八月，从明州乘船出发回国。十月，空海将从唐朝带回的经律论疏章传记216部（共461卷），以及两部曼荼罗（三昧耶曼荼罗、法曼荼罗）、传法阿阇梨肖像、法具等物编成目录（《请来目录》），上呈朝廷。在《请来目录》中，空海提到“顿教之中，有显有密，于密藏也，或源或派。古之法匠，泳派攀叶。今之所传，拔乎枑竭”，强调其所承的不空—惠果法系的密教是不同于以往的新密教。此外，空海还对比了显教与密教二者的不同，即“夫显教则谈三大之远劫，密藏则期十六之大生。迟速胜劣，犹如神通跛驴；仰善之客，庶晓其趣矣；教之优劣、法之滥觞，如金刚萨埵五秘密仪轨及大辩正三藏（空海）表答等中广说”，强调显教的成佛需要经过三大阿僧祇劫的修行，其速度仿佛跛驴，而密教则是即身成佛（十六之大生），如同神通，可谓是“顿中之顿，密藏当之”。然而，归国后的空海，似乎并没有马上得到朝廷的重视。大同二年（807），空海远离平安京，住在筑前的观世音寺，直至嵯峨天皇即位的大同四年（809）。
大同四年（809）二月，空海登上比睿山，与最澄相见，此后二人来往密切。与空海的长期留学不同，最澄在唐期间短暂，而且求法的重心是天台教学，密教只是意外的收获。不过，正如前面所述，最澄回国后，反而是密教更受到朝廷的重视。因此，为了弥补其所承密教的不足，最澄向空海借阅大量的密教经论进行誊抄，并派弟子前往空海门下修得真言秘法。不仅如此，最澄在给空海的信件中，常常落款署名是“弟子最澄”、“求法弟子最澄”或者“永世弟子最澄”等自谦用语，显示出在密教方面，最澄自认是空海的弟子。
大同四年（809）七月，依据嵯峨朝廷的安排，空海住锡高雄山寺（后改名为神护寺）。前已叙述，高雄山寺也是最澄受到朝廷瞩目的出发点。弘仁元年（810）十月，空海上表文“奉为国家请修法表”，请朝廷允许其率领诸弟子，自来月（十一月）一日起，在高雄山寺念诵《仁王经》、《守护国界主经》、《佛母明王经》等经，修“护国护家”之法。弘仁三年（812）十一月，空海在高雄山寺开灌顶道场，举行金刚界灌顶仪式，最澄由于其在唐时未学真言法，也从比睿山来到高山雄寺，入坛接受灌顶。一个月后，在高山雄寺，空海又举行了胎藏界灌顶仪式，共有145人接受灌顶，最澄及其诸弟子也在其中。由于梵文真言的学习比较难，最澄问空海：几个月可以学得大法仪轨？空海回答：“三年毕功。”于是，最澄决定先回比睿山，以后再来学真言。翌年（813）正月，最澄派遣圆澄、泰范等诸弟子前往高山雄寺受学真言教法。圆澄等人未修得大法即返回比睿山，只有泰范一人决意留在了空海的门下，不再返回比睿山。
泰范是最澄极其器重的弟子之一，弘仁三年（812）五月，最澄患染病疾，写下一份遗言，在遗言的起始部分，首先就指定泰范为山寺总别当。但是也就在这一年（812）的六月，由于寺内的纷争，泰范有了暂离比睿山之意，曾向最澄请暇。弘仁四年（813），泰范受最澄之命，与圆澄等同门，前去空海之处受学真言教法。令最澄万万没有想到的是，泰范决意留在高雄山寺，不再返回比睿山。弘仁七年（816）五月一日，最澄给泰范写了一封信，强调“盖舍劣取胜世上常理，然法华一乘真言一乘，何有优劣”，即空海的真言教学并没有胜出天台教学，劝说泰范能够回心转意，再回到比睿山。对于最澄的这封信，泰范本人并没有回音，而是由空海代笔给最澄写了封回书，予以拒绝。针对最澄的天台、真言二者之间没有胜劣的说法，空海反驳道：“虽然法应之佛，不得无差，显密之教，何无浅深，法智两佛，自他二受，显密别说，权实有隔，所以耽执真言之醍醐，未遑噉尝随他药”。显然，最澄和空海二人不仅在泰范问题上存在分歧，而且在对天台教学和真言教学的基本认识上也是立场不同。最澄曾向空海提出借请《理趣释经》的请求，但是空海断然回绝。在“答睿山澄法师求理趣释经书”中，空海措辞严厉地写道：“显教一乘，非公不传，秘密佛乘，唯我所誓，彼此守法，不遑谈话”，“夫秘藏兴废，唯汝我。汝若非法而受，我若非法而传，则将来求法之人，何由得知求道之意。非法传受，是名盗法，即是诳佛。又秘藏奥旨，不贵得文，唯在以心传心。文是糟粕，文是瓦砾，爱糟粕瓦砾，则失粹实至实，弃真拾伪，愚人之法。愚人之法，汝不可随，亦不可求”。空海与最澄之间的友好关系走向终焉。
弘仁七年（816）六月，为了能在高雄山寺建禅道场，空海上表朝廷请求准允，得到了肯定的回答。弘仁十四年（823）正月，嵯峨天皇将平安京的东寺赐给空海，让其建立密教道场。于是，空海从高山雄寺移居东寺。同年（823）十月，朝廷又明文规定居住在东寺的真言宗僧侣的定员数为50人，并强调东寺是密教的道场，“若无僧者，令传法阿阇梨临时度补之”，“莫令他宗僧杂任”。这一年，旱疫猖獗，年谷不登，平安宫内也是频频发生火灾。十月，在皇后院，空海行息灾之法，三天三夜。十二月，空海又在平安宫中的清凉殿，与大僧都长惠、少僧都勤操等高僧一起，行大通方广之法。此后，空海还在神泉苑行法祈雨。天长元年（824），淳和天皇任命空海为少僧都。天长七年（830），空海升任大僧都。承和元年（834）十二月，空海上奏朝廷，请求在每年正月宫中举行的讲读金光明经的御斋会，允许真言宗的僧侣结坛修法。对此，仁明天皇敕令准允，并将密教修法定为御斋会的恒例仪式。承和二年（835）正月，朝廷应空海的请求，批准真言宗年分度者的人数为3人。由此，真言宗得到了与南都六宗以及天台宗相提并论的地位。同年（835）三月，空海于高野山圆寂，终年62岁。