平城天皇之变
延历二十五年（806）三月，桓武天皇病亡离世，享年70岁。继承皇位的是桓武天皇的长子安殿亲王，即平城天皇。即位后的平城天皇，虽然已有自己的儿子，但是选择了同母的弟弟神野亲王为皇位的继承人，立神野亲王为皇太弟。平城天皇本人识度沉敏，智谋贯通，在位期间，躬亲万机，克己励精，严整法令，群臣肃然。他即位不久，为了加强对地方行政的监察，设置了六道观察使。观察使由议政官中的参议兼任。大同二年（807），取消了参议称号，只设置观察使。诸道的观察使根据观察到的地方实情，陆续地向朝廷提出利于社会安定的策略，使得中央对地方的控制更为有效。此外，平城天皇还实施了精简中央官僚机构的措施，削减闲职，以减轻中央财政的负担。
平城天皇虽然致力治政，但是由于患有“风病”（疯病），因此生性多疑。大同二年（807），平城天皇怀疑自己同父异母的弟弟伊豫亲王以及伊豫亲王的母亲藤原吉子谋反，将二人幽禁在大和国的川原寺，不给二人饮食，最终导致伊豫亲王母子服毒自尽。伊豫亲王母子死后，当时的人们把平城天皇的残忍做法称为“淫刑”。
大同四年（809）四月，平城天皇深受病魔的困扰，寝食不安，于是决定让位给神野亲王。神野亲王即位，是为嵯峨天皇。登上皇位的嵯峨天皇，随即立平城太上天皇的儿子高岳亲王为皇太子。退位后的平城太上天皇为了养病，数迁住处，但最后还是决定回到他的出生地——平城旧京。平城太上天皇于宝龟五年（774）出生在平城宫。为了平城太上天皇迁居至平城旧京，朝廷命令畿内诸国的雇工及役夫2500人为其建造宫殿。他的宠妃藤原药子也随之到了平城旧京。
藤原药子原是中纳言藤原绳主的妻子，育有三男二女。在平城天皇还是皇太子安殿亲王之时，藤原药子的长女嫁给他，成为太子妃。由此关系，藤原药子以东宫宣旨的女官身份常常出入安殿亲王所在的东宫。藤原药子擅于妩媚，颇得恩宠，于是两人私通。此事被桓武天皇知晓后，桓武天皇大怒，遂将藤原药子驱逐出宫。但是，平城天皇即位后，又将藤原药子召回宫内，并任命她为尚侍女官。由于平城天皇的爱宠，藤原药子对于朝廷的政务要事，均可以畅所欲言，她所说的话，平城天皇没有不听从的。可以说，藤原药子是对平城朝政治具有很大影响力的女性。
移居平城旧京以后，由于逐渐恢复健康，平城太上天皇又有了参与朝政的欲望，加上藤原药子及其兄长藤原仲成的“小人之言”，使得平城太上天皇与嵯峨天皇之间产生了隔阂。平城太上天皇屡屡介入国政，例如大同五年（810）六月，废止观察使，恢复参议称号的诏令就是平城太上天皇发布的。由于政出二门，就形成了“二所朝廷”并存的局面。同年（810）九月，平城太上天皇命令嵯峨天皇从平安京迁都平城旧京。对于平城太上天皇的指令，嵯峨天皇表面上做出顺从的姿态，还特别为迁都平城旧京任命了造宫使。但实际上，嵯峨天皇却下令逮捕了滞留在平安京的藤原药子之兄藤原仲成，然后宣言平安京是“万代之宫”的所在地，迁都平城旧京是扰乱天下之举，并明言藤原仲成、藤原药子兄妹是策划迁都的罪恶的主谋者。
嵯峨天皇的强势，使得平城太上天皇大怒。平城太上天皇准备前往东国（畿内以东的诸国）举兵对抗，但是途中被嵯峨天皇一方的军队阻挡。在这种情势下，平城太上天皇明白大势已去，只好返回平城宫，遁入佛门。而藤原药子自杀，藤原仲成也早被嵯峨天皇一方射杀。这一事件通称“药子之变”或“平城太上天皇之变”。
平城太上天皇之变平息后，嵯峨天皇改年号为弘仁，废黜皇太子高岳亲王，同时改立同父异母的弟弟大伴亲王为皇太弟。嵯峨朝时期，对于律令制施行以来的诸单行法令，进行了整理、编纂，集成新的法典《弘仁格式》；同时，推行一系列的唐风化政策，弘仁九年（818），依照唐朝之法，对宫廷礼仪、男女服装等方面进行了改革，《内里仪式》、《内里式》等仪式书籍也相继编成。
弘仁十四年（823）四月，嵯峨天皇让位，离开了平安宫的内里，迁居到冷然院。皇太弟大伴亲王即位，即淳和天皇。嵯峨天皇在让位之际，主动放弃了天皇的称号，将自己并入臣下之列。其后，淳和天皇尊封嵯峨为“太上天皇”，表现出天皇位于太上天皇之上的权威。让位后的嵯峨太上天皇，吸取“平城太上天皇之变”的教训，没有直接干涉国政，表面上完全退出政治舞台，不过在当时的皇室和贵族社会，嵯峨太上天皇的权威依旧存在。
天长十年（833）二月，淳和天皇让位，嵯峨太上天皇的儿子正良亲王继承皇位，是为仁明天皇。仁明天皇登上皇位后，随即立淳和太上天皇的儿子恒贞亲王为皇太子。此时，仁明天皇实际上已有一子（道康亲王）。恒贞亲王被立为皇太子，显示出嵯峨系与淳和系二血统似乎是轮流坐皇位。承和七年（840）五月，淳和太上天皇亡故，结束了嵯峨太上天皇、淳和太上天皇、仁明天皇三者并存的“一帝二太上”时期，同时也意味着皇太子恒贞亲王失去了一个强有力的支持，政治上的力的均衡关系开始被打破。
承和之变
承和九年（842）七月十五日，嵯峨太上天皇辞世。两天之后，即发现春宫坊带刀伴健岑、但马权守橘逸势的“谋反”。实际上在七月十日，当嵯峨太上天皇已经处于危笃状态时，伴健岑力邀阿保亲王（平城天皇之子）拥立皇太子恒贞亲王一同前往东国，纠集兵力进行谋反。阿保亲王将此事密告橘嘉智子太皇太后（嵯峨天皇的皇后），橘嘉智子马上召唤藤原良房，让其上奏仁明天皇。仁明天皇接到消息后，即刻命令六卫府（左右近卫府、左右卫士府、左右卫门府）加强宫门和内里的警卫，同时派出军兵抓捕了伴健岑、橘逸势等人。经过拷问伴健岑、橘逸势，朝廷最后判定这是一起由春宫坊（侍奉东宫的官司）主谋的谋反事件。受此事件的牵连，皇太子恒贞亲王被废，春宫坊官人、舍人等约60余人被流放，大纳言藤原爱发、中纳言藤原吉野、参议文室秋津等上层要官或被免官，或被左迁。另一方面，藤原良房新晋为大纳言，源信为中纳言。翌月（八月），仁明天皇立自己的儿子道康亲王为皇太子，嵯峨系、淳和系两血统轮坐皇位的默契画上了句号，开始了嵯峨直系血统独占皇位继承权的时代。这一事件发生在承和九年（842），因此一般称之为“承和之变”。
“承和之变”以后，大纳言藤原良房的权势不断扩大。皇太子道康亲王是藤原良房的外甥，也是他的女婿。承和十年（843）七月十五日是嵯峨太上天皇的周忌斋会日，但是此日的干支是壬寅。按照当时的朝廷行章规定，周忌斋会如果遇到有寅的日子就应该回避，改日举行。不过，嵯峨太上天皇的遗诏中有“勿拘俗事”的指示，也就是说不需要拘泥俗忌，即使遇到寅日，也可以举行周忌斋会。究竟是依照嵯峨太上天皇的遗诏，还是依照朝廷行章规定予以行事呢？事关太上天皇与天皇的权威孰轻孰重，因此仁明天皇敕令藤原良房与众公卿们议定此事。结果，在藤原良房的主导下，嵯峨太上天皇的遗诏的权威性被漠视，周忌斋会改在十四日（辛丑日）举行。承和十五年（848）正月，藤原良房升任为右大臣，其地位相当于议政官的首席。
嘉祥三年（850）三月，仁明天皇离世，皇太子道康亲王即位，是为文德天皇。这一年的五月，橘嘉智子太皇太后也去世了。至此，文德天皇之前的所有前代的权力者都离开了人世，藤原良房成为独揽大权之人。仁明天皇下葬之日（嘉祥三年三月二十日），藤原良房的女儿生下了文德天皇的儿子惟仁亲王。同年（850）十一月，只有8个月大的惟仁亲王被立为皇太子。
文德天皇即位后，倾心于政事，识辨好恶，一心思考天下太平之事，不喜好巡幸游览之事。其在位期间，整顿纲纪，宪法严峻，明政天下。然而，由于身体羸弱，文德天皇屡屡无法日理万机，政务上的处理不得不依靠藤原良房。自即位后，直至仁寿三年（853），文德天皇一直居住在皇太子时代的东宫，齐衡元年（854）四月，又搬出平安宫，移居到离宫性质的冷然院。
齐衡三年（856）十一月，文德天皇派遣大纳言藤原良相、右大弁清原岑成、左京大夫菅原是善、右中弁藤原良绳等重臣到河内国交野郡的柏原野，“设蕝习礼，祠官尽会”，举行祭天仪式。此举的动机，显然是为了强调皇权统治的正当性。天安元年（857）二月，右大臣藤原良房跳过左大臣一职，直接升任为太政大臣。这是藤原氏的第二位太政大臣。太政大臣是天皇的师范，“佐王论道，以经纬国事，和理阴阳”，是“有德之选，非分掌之职”。藤原良房就任太政大臣之位，实际上是为其日后的摄政地位铺平了道路。
文德天皇于天安二年（858）八月去世，死时年32岁。皇太子惟仁亲王继承皇位，即清和天皇，年仅9岁。文德天皇共有4子，惟仁是第4子，而文德天皇最钟爱的皇子是长子惟乔亲王。惟乔亲王比惟仁亲王大6岁，文德天皇去世时，惟乔亲王年15岁，已经长大成人，但是在藤原良房的意志下，他的外孙惟仁亲王最终越过惟乔亲王等三位兄长，登上皇位。年幼的清和天皇，自然是无法处理朝政的，身为其外祖父、任职太政大臣的藤原良房大权在握，总揽朝政。
清和天皇即位后，直至贞观六年（864）元服时，都与他的母亲藤原明子一起居住在东宫，贞观七年（865）十一月才搬入内里。清和天皇的元服，意味着他已经成年，有能力亲理国政，辅佐幼帝的藤原良房所代行的大权理应交还给清和天皇。此时，藤原良房已年逾60岁，在当时来说，已经是高龄的老人。除了藤原明子以外，藤原良房膝下没有其他子女，虽然将兄长藤原长良的儿子藤原基经收为“犹子”（养子），并把他带入政界，以参议的身份成为议政官的一员，但是清和天皇元服以后，藤原良房的弟弟藤原良相的女儿藤原多美子嫁入了后宫，并且得到清和天皇的专宠。如若藤原多美子生下皇子，必然会对藤原良房的外戚地位有所威胁。然而，此后发生的应天门之变加固了藤原良房的权势。
应天门之变
贞观八年（866）闰三月十日夜晚，平安宫内的朝堂院正门——应天门发生火灾，火势延烧棲凤、翔鸾两楼观，应天门及两楼观尽被烧毁。因为大纳言伴善男与左大臣源信有过节，火灾发生后，大纳言伴善男告发应天门之火的主谋是源信，并在右大臣藤原良相的许可下，准备派兵包围源信的住宅。藤原良房听说后，出面阻止了此事。但是事情并未结束，同年（866）八月，左京人大宅首鹰取告发说，伴善男父子才是应天门火灾的真正主凶。于是，伴善男被抓捕。尽管伴善男本人否认与应天门之火有关，但是伴善男的从者生江恒山、伴清绳等人在拷问中，皆招供承认伴善男父子就是应天门之火的主谋。结果，朝廷宣布对伴善男等人的处罪：
大纳言伴宿祢善男、善男男右卫门佐伴宿祢中庸，同谋者纪丰城、伴秋实、伴清绳等五人，坐烧应天门当斩，诏降死一等，并处之远流。善男配伊豆国，中庸隐岐囯，丰城安房国，秋实壹歧国，清绳佐渡国。
另外的连坐者8人也被判以远流之刑。伴善男等人的资财田宅均被没收。这一事件被称为“应天门之变”。
“应天门之变”是涉及议政官上层的权力斗争的政治事件，表面上看，似乎事件的最终结果只有大纳言伴善男一人退出了政治舞台，但实际上，在该事件中，左大臣源信、右大臣藤原良相的政治地位都受到波及。应天门之变事件以后，源信和藤原良相都曾相继向清和天皇上表请辞，但是清和天皇没有准允。另一方面，太政大臣藤原良房的权势却得到了巩固，事件之后不久，清和天皇即敕令藤原良房“摄行天下之政”。由此，藤原良房的摄政的政治地位，得到了成年后的清和天皇的认可，而且藤原良房的养子藤原基经也从参议升至为中纳言。贞观十二年（870）正月，藤原基经进一步升任大纳言。藤原基经的妹妹藤原高子进入了清和天皇的后宫。贞观十年（868）十二月，藤原高子诞下贞明亲王。贞观十一年（869）二月，只有3个月大的贞明亲王被立为皇太子。
贞观十三年（871）二月，清和天皇在内里的正殿——紫宸殿听政。这是清和天皇的首次听政，但并不意味着藤原良房的权势有所衰弱。同年（871）四月，清和天皇发布敕令宣布说，“朕在襁褓，赖其保生，养为君臣，恩过父母，盖有不世之功，须受非常之宠”，故赐太政大臣藤原良房“准三宫”待遇。“三宫”也称“三后”，即太皇太后、皇太后、皇后的总称，即藤原良房的待遇等同宫内三后的待遇。
贞观十四年（872）九月，由于69岁的藤原良房亡故，清和天皇虽然始得亲政，但在藤原良房临终前，任命藤原基经为右大臣，令其辅佐朝政，助理万机，因此藤原基经实际上涉及朝廷的大小政事。贞观十八年（876）十一月，27岁的清和天皇以频繁发热，致使身体疲弱、不胜听朝政为理由，让位给9岁的皇太子贞明亲王，同时，敕令新天皇的舅舅、右大臣藤原基经“保辅幼主，摄行天子之政”，在年幼的新天皇未亲政期间，摄政行事。翌年（877）正月，贞明亲王举行正式的即位仪式，是为阳成天皇。在被清和天皇委任为摄政之时，藤原基经曾经上表推辞：“代天治民者，人君也；导君从天者，人臣也”，建议由幼主的母亲藤原高子临朝处理朝政。但是清和天皇并没有采纳藤原基经的建议，最终藤原基经以右大臣的身份，“当国重任，摄行万机”。
元庆三年（879）五月，清和太上天皇出家。翌年（880）十二月四日，清和太上天皇病亡。就在清和太上天皇弥留之际，阳成天皇依从清和太上天皇的意志，任命藤原基经为太政大臣。清和太上天皇死后，藤原基经虽然几番上表推辞太政大臣一职，但因为是清和太上天皇的旨意，所以藤原基经的请辞没有被准允。元庆六年（882）正月，阳成天皇元服。其后，藤原基经也曾上表期望成年后的阳成天皇能够亲理万机。对此，阳成天皇以“复辟之事”非其所能承受为由，仍让藤原基经继续摄政。翌年（883）七月以后，藤原基经又频频请求阳成天皇免去其摄政一职，甚至累月不处理政事。
藤原基经之所以一而再地执意请辞，并不是真的想放弃手中握有的权力，而是因为他与阳成天皇之间存在着矛盾。日本正史所描写的阳成天皇是一位行为粗暴的天皇。元庆七年（883）十一月，阳成天皇甚至在宫中杀死了他奶妈的儿子。这件事发生后，藤原基经进入内里，驱逐了阳成天皇身边的人。元庆八年（884）二月四日，藤原基经收到阳成天皇的一封信，信中说：“朕近身病数发，动多疲顿。社稷事重，神器叵守，所愿速逊此位焉。”表示愿意即刻让出皇位之意。阳成天皇此举，正是藤原基经所望。藤原基经迅即以天皇之意不能忤背为由，让阳成天皇即日搬出平安宫，并拥立仁明天皇的三男时康亲王接替皇位，是为光孝天皇。
阿衡事件
新天皇光孝即位时，年已55岁。据正史记载，光孝天皇“少而聪明，好读经史，容止闲雅，谦恭和润，慈仁宽旷，亲爱九族，性多风流，尤擅长人事”，是具有执政能力的成年的天皇。光孝天皇也深知自己之所以能够登上皇位，全靠藤原基经的力量，因此如何定位藤原基经的权势，是摆在光孝面前的首要政事。当时，藤原基经的官职已是太政大臣。前已叙述，在律令规定中，太政大臣一职并无具体的职掌内容。为此，光孝天皇召集文人官僚以及法律方面的专家讨论太政大臣的具体职掌。众人讨论的最终结果是，太政大臣相当于唐王朝的“三师三公”，位于亲王之上，“无所统职，亦无所不统”。于是，光孝天皇敕诏宣布：太政大臣藤原基经坐太政官的官厅领行万政；入内里，辅弼朕躬；出朝堂，总领百官。应奏上之事、应下宣之事，必先咨禀基经。在这里，光孝天皇赋予藤原基经的权限，虽然不像摄政那样可以代行天皇大权，但是却能介入天皇对国政的决定及其实施，与以后的“关白”的职能非常相同。
握有国政大权的藤原基经，非常重视政务礼仪和宫廷年中行事的复兴，用以树立、强调天皇的君主形象与地位。仁和元年（885）五月，藤原基经献上写有年中行事纲目的“年中行事御障子”（屏风），立在内里的清凉殿，向参殿的诸臣告知宫廷年中行事的日程。宫廷年中行事举行时，藤原基经本人也是作为臣下的一员参加其中。政务礼仪或年中行事的举行，天皇与官人之间的君臣关系得到确认和强调。因此或许可以这样说，反复强调天皇与官人的君臣关系，对藤原基经权势的维系是非常重要的。
光孝天皇即位后，有两件事值得注意，一是藤原基经的妹妹藤原淑子进入后宫；二是在此之前出生的光孝天皇的所有子女全都被降为臣籍，赐姓源氏。前者，或许反映了藤原基经期盼光孝天皇和藤原淑子之间能够有皇子诞生，借以保持藤原氏的外戚权势。后者的用意，依照光孝天皇的诏书所言，是为了“诚节国用，息民劳之计”。仁和三年（887）八月，光孝天皇亡故。光孝天皇临终前，选定他的第7子、21岁的源定省为皇位的继承人。于是，源定省即刻从臣籍恢复亲王的身份，被立为皇太子。光孝天皇弥留之际，右手握着藤原基经，左手拉着定省的手，嘱咐藤原基经要辅弼定省。光孝天皇死后，定省于仁和三年十一月即位，是为宇多天皇。
即位后不久，宇多天皇诏令赋予藤原基经“关白”的权限，宣布：“万机巨细，百官总己，皆关白于太政大臣（藤原基经），然后奏下，一如旧事。”从宇多天皇发布此诏令直至藤原基经接受“关白”的任命，期间发生了不小的周折。
“关白”一词源于中国，意为通达百官的上奏事宜和天皇的下宣事宜。宇多天皇的诏令，实际上是认可了藤原基经继续握有其在光孝朝的所有权限。对于宇多天皇的诏令，藤原基经于闰十一月上表推辞关白一职，以自己“性固庸疏，器亦灌落，期以早退”，“况亦耄随老及，病乘衰侵，筋骨难支”等作为理由。藤原基经的推辞并非真心，只是形式上做做姿态而已。对此，宇多天皇让近臣——参议、文学博士橘广相起草了敕答，再次请藤原基经辅弼宇多天皇。但敕答文中，有如下文字：
朕愚未学政，孝何改道，卿秉钧奕世，佐命受遗，所谓社稷之臣，非朕之臣，宜以阿衡之任为卿之任。先帝右执卿手，左抚朕头，讬以父子之亲，结以鱼水之契，宛如在耳，岂而忘乎。
敕答文中没有使用“关白”一词，而是出现了“以阿衡之佐为卿（基经）之任”的用语。此敕令一出，藤原基经对“阿衡”的具体职掌提出了疑问，质问“阿衡”之任是否等同于关白？并且再次拒绝了宇多天皇的任命。
“阿衡”一词源自中国，在《毛诗》、《尚书》、《仪礼》等古籍中皆有记载，本指殷代的宰相伊尹，后被用作三公的官名。
自藤原基经提出责问后，围绕着“阿衡”的职掌，朝内的文人们分成了两大阵营，双方都引据中国王朝之例，阐述自己的观点。其中一方以藤原佐世为代表，指出“阿衡”之任自殷周以来就是没有典职（具体职掌）的，具有不干预政事之义；另一方的代表就是橘广相，认为“阿衡”虽是三公称号，但只在周代没有职掌，后代三公的职掌是无所不统的。在学者们对“阿衡”的职掌没有定论的情况下，宇多天皇派遣左大臣源融去劝说藤原基经，答应按照第一个诏令行事，期望藤原基经能够辅佐朝政。然而，藤原基经却声称“未定阿衡之趣者，不能行政”。无奈之下，宇多天皇做出妥协，于仁和四年（888）六月，再次发布诏书，其中有以下内容：
去十一月廿一日下诏书云：“万机巨细，皆关白于太政大臣，然后奏下。”而上表固执闲退之志，爰即令左大弁橘朝臣广相作敕答而下之。其结句云：“以阿衡之任为卿之任”，而尚持疑，不肯视事，天下之务皆尽拥滞。于是使明经、纪传之道人人等勘之。申云：阿衡者是殷世三公官名。三公坐而论道，无典职。然则以三公之贵，更不在烦碎之务。然而朕本意万政关白，欲赖其辅导，下前诏。而奉旨作敕答之人广相引阿衡，已乖本意。弥固辞退，颇惊，更重述御意宣：太政大臣自今以后，众务辅行，百官统赐，应奏之事，应下之事，如先谘禀，朕将垂拱而仰成。
由天皇发诏公开承认“阿衡”确实是无典职之任，重申关白万政，欲依赖藤原基经辅导之意，反映了藤原基经的威势。同年（888）十月，负责起草敕答文的橘广相，以“今引无典职阿衡，已乖敕本意”之理由，被问罪、遭免职。藤原基经终于如愿以偿，确保了关白的政治地位。同时，藤原基经之女藤原温子也进入了宇多天皇的后宫。此事件，史称“阿衡事件”，通过这一事件，藤原基经既加强了权势，又排斥了与己政见不合的朝中之人。
昌泰之变
宽平三年（891）正月，藤原基经亡故，宇多天皇终于可以自主地行使天皇的权力。宇多天皇亲政的时代，一般称之为宽平之治。为了强化自己的权力和权威，宇多天皇着手整顿朝政和加强对地方的统治，重用良吏藤原能则、文人菅原道真等有能之士，组成以自己为中心的近臣集团。此时，藤原基经之子藤原时平虽然也是议政官的成员，但其权势尚处在积蓄阶段。
宽平五年（893），宇多天皇立自己的长子敦仁亲王为皇太子。敦仁亲王的母亲是藤原高藤之女藤原胤子。藤原高藤属于藤原冬嗣系的旁支。当时，宇多天皇的后宫中，除了藤原胤子以外，既有藤原基经之女藤原温子，也有菅原道真之女菅原淑子，还有橘广相之女橘义子。立敦仁亲王为皇太子，是宇多天皇与菅原道真商量的结果。两年后，宇多天皇欲让位给敦仁亲王，并与菅原道真商量，受到菅原道真的谏止：“如是大事自有天时，不可忽、不可早。”直至宽平九年（897）的七月三日，13岁的皇太子敦仁亲王元服，宇多天皇才让位予他，是为醍醐天皇。虽然让位后的宇多太上天皇搬出内里，但实际上他依然遥控着朝廷的政治。
宇多天皇在让位之际，曾传诏时任大纳言的藤原时平和权大纳言的菅原道真二人，要求他们在少主醍醐天皇成长的期间，处理朝政。与此同时，宇多又嘱咐醍醐天皇一定要重用藤原时平、菅原道真二人。其理由是：藤原时平是功臣之后，虽年少，但熟知政理，又是宇多在位时的“第一之臣，能备顾问，而从其辅道”；菅原道真则是鸿儒，深知政事，对宇多天皇从不阿谀奉承，而是“或上封事（呈奉给君主的密封意见书），或吐真言，不顺朕言，又又正论也”，而且在醍醐天皇继承皇位之事上，功不可没，可谓是醍醐天皇的功臣。
遵从宇多太上天皇的教诫，醍醐天皇于昌泰二年（899）正月，任命大纳言藤原时平为左大臣，权大纳言菅原道真为右大臣。学者出身的菅原道真升为右大臣，是前所未有的事例。由此招致其他贵族、文人的嫉羡和不满，尤其是被左大臣藤原时平等视为政治上的威胁。文学博士三善清行预感到菅原道真的政治命运将起波澜，于昌泰三年（900）十月，给菅原道真送去了一封书信，劝说菅原道真辞职、退隐。但是，菅原道真未听三善清行的劝告。不久，菅原道真果真受到了排挤。因为菅原道真将女儿嫁给了齐世亲王（醍醐天皇的弟弟），醍醐天皇、藤原时平等怀疑他欲策划拥立齐世亲王。延喜元年（901）正月二十五日，醍醐天皇突然宣布“以右大臣、从二位菅原朝臣任为大宰权帅”，其右大臣一职由大纳言源光接任。已出家的宇多法皇听说菅原道真被左迁的消息后，马上前往醍醐天皇所在的内里，企望能够改变醍醐天皇的决定，但是他被卫士拒在宫门外，最终未能阻止菅原道真的左迁。菅原道真被护送至大宰府，其家人、同党也被流放。延喜三年（903）二月，菅原道真死在大宰府，时年59岁。菅原道真被左迁后，左大臣藤原时平掌控朝政大权，其妹藤原稳子进入醍醐天皇的后宫，目的是再建外戚关系。
延喜九年（909）四月，年仅39岁的藤原时平亡故。当时的世人把藤原时平早逝的原因归结为菅原道真的怨灵作祟。延喜二十三年（923）三月，21岁的皇太子保明亲王病亡，坊间也在传说是菅原道真怨灵在宫内的作祟。对菅原道真怨灵的恐惧，困扰着当时的朝廷。同年（923）四月，朝廷撤销了对菅原道真左迁的诏书，恢复他的右大臣称号，并追赠为正二位。保明亲王死后，他的儿子庆赖王被立为皇太子。可是，延长三年（925）六月，庆赖王也夭折了，时年仅有5岁。此后，醍醐天皇与藤原稳子所生的宽明亲王被立为皇太子。
藤原时平死后，他的同母弟弟——藤原忠平的政治地位不断提升。昌泰三年（900），藤原忠平曾一度被任命为参议，但是不久他就辞任参议，把机会让给他的叔父藤原清经，自己则担任右大弁一职。延喜八年（908），藤原忠平重新出任参议，此后历经权中纳言、中纳言、大纳言的官职变迁，并于延喜十四年（914），升任为右大臣，成为太政官的首席。
延喜十四年（914），醍醐朝廷向公卿、大夫（四位、五位官人的统称），广泛征求对国政的意见。其中，文人官僚三善清行提出了“意见十二个条”，对重振律令制国家，提出了建议。三善清行“意见十二个条”的要点如下：
a应消水旱，求丰穰事；
b请禁奢侈事；
c请敕诸国随见口数，授口分田事；
d请加给大学生徒食料事；
e请减五节妓员事；
f请依旧增置判事员事；
g请平均充给百官季禄事；
h请停止依诸国少吏并百姓告言诉讼，差遣朝使事；
i请置诸国勘籍人定数事；
g请停以赎劳人补任诸国检非违使及弩师事；
k请禁诸国僧徒滥恶及宿卫舍人凶暴事；
l重请修复播磨国鱼住泊事。
上述“意见十二个条”的内容涉及当时的土地状况、贵族的奢侈、中下级官员的待遇、地方的政治与治安等方面，既体现出三善清行对重振律令制国家的热情，也反映出当时自然灾害频繁、奢侈成风、地方统治不力、官人待遇不公允等现实状况。
延长八年（930）六月二十六日，朝中发生雷击事件。当时，天皇和朝臣正在清凉殿，落雷击中清凉殿，大纳言藤原清贯、右中弁平希世当场被雷震死。醍醐天皇受到惊吓，一病不起。同年（930）九月，醍醐天皇让位，年仅8岁的皇太子宽明亲王即位，是为朱雀天皇。醍醐天皇在让位诏书中，敕令时任左大臣的藤原忠平，保辅幼主，摄行政事。数日后，醍醐天皇病亡。
朱雀天皇为醍醐天皇的第11子，其母藤原稳子是藤原忠平的妹妹，朱雀天皇本人就是在藤原忠平的宅第出生的。朱雀天皇即位时，只有8岁，时任左大臣的藤原忠平以摄政的身份，代行天皇大权。
承平六年（936），藤原忠平晋升为太政大臣。翌年（937），朱雀天皇元服。天庆四年（941），藤原忠平被任命为关白，其地位、权限直追他的父亲藤原基经。朱雀朝（930—946）期间，日本国内的治安不稳，群盗、海贼此起彼伏，东国的平将门之乱（935—940）和西国的藤原纯友之乱（936—941）都发生在此期间。在藤原忠平的主导下，朝廷成功地平息了内乱。
天庆九年（946）四月，朱雀天皇突然让位，皇太子成明亲王即位，是为村上天皇。村上天皇与朱雀天皇二人同为皇太后藤原稳子所生。村上天皇即位时，年已21岁，是成年的新天皇。藤原忠平依然作为关白辅弼新天皇，藤原忠平的儿子藤原实赖、藤原师辅分别就任左、右大臣。天历三年（949），藤原忠平去世。此后，村上天皇没有再任命关白，而是实行亲政。左大臣藤原实赖、右大臣藤原师辅二人主导太政官的政务，他们与其父辈同样，也是利用联姻的手段，紧密与天皇家的关系。尤其是藤原师辅，其女藤原安子成为村上天皇的皇后，生有宪平、为平、守平三位亲王，其中宪平亲王出生不久，即被立为皇太子。
村上天皇亲政时期，政权安稳，宫廷文化繁荣，《后撰和歌集》以及仪式书《清凉记》、《新仪式》等都是这一时期撰定的。
摄政·关白之位的争夺
康保四年（967）五月，42岁的村上天皇去世，在位21年。皇太子宪平亲王即位，是为冷泉天皇。冷泉天皇即位时，时年18岁，其外祖父藤原师辅、母亲藤原安子都已去世，因此任命左大臣藤原实赖为关白。同年（967）十一月，藤原实赖升任为太政大臣。
冷泉天皇有两个同母弟弟，一是为平亲王，一是守平亲王。冷泉天皇即位的时候，为平亲王16岁，守平亲王9岁。关于冷泉天皇即位后的皇太子人选，村上天皇在世时，藤原实赖曾经询问过村上天皇的意见，当时村上天皇的回答是守平亲王。以此为由，守平亲王被立为皇太子。
安和元年（968），冷泉天皇的后妃藤原怀子诞下了师贞亲王。藤原怀子是藤原伊尹（藤原师辅的长子）的女儿。翌年（969）三月发生了“安和之变”。左马助源满仲、前武藏介藤原善时等人密告中务少辅源连、橘繁延等人谋反，引起了宫中的骚动。橘繁延等人被抓后，伏罪，最终被流放。在这场骚乱中，左大臣源高明受到波及，被怀疑有拥立为平亲王谋反之嫌，继而遭到贬职，被左迁至大宰府，其左大臣一职由时任右大臣的藤原师尹（藤原师辅的弟弟）接任。源高明是醍醐天皇的皇子，深得村上天皇的信任。源高明的女儿嫁给了为平亲王，而为平亲王是皇位继承人的有力竞争者，因此，藤原氏设法排除源高明也是可以想象的。
“安和之变”以后不久，即安和二年（969）八月，在位只有两年的冷泉天皇让位，11岁的皇太子守平亲王即位，是为圆融天皇。太政大臣藤原实赖以摄政的身份，辅佐幼主。年仅2岁的师贞亲王被立为皇太子。翌年（970）五月，摄政藤原实赖以71岁高龄逝去，圆融天皇的外祖父、时任右大臣的藤原伊尹继任摄政。天禄三年（972），14岁的圆融天皇元服，就在这一年的十一月，摄政藤原伊尹因病而亡。翌年（973）二月，藤原兼通（藤原师辅的次子）就任关白，同时他的女儿藤原媓子进入圆融天皇的后宫。5个月后，藤原媓子被立为圆融天皇的皇后。
贞元二年（977）十一月，藤原兼通病亡，临终前，他把关白之位让给了时任左大臣的藤原赖忠（藤原实赖之子），并免去藤原兼家（藤原师辅的三男）的右近卫大将之职，以防止藤原兼家就任关白。天元元年（978），藤原赖忠之女藤原遵子、藤原兼家之女藤原诠子相继进入圆融天皇的后宫。天元二年（979），皇后藤原媓子亡故。翌年（980），藤原诠子诞下怀仁亲王，但是在天元五年（982）三月，圆融天皇却立藤原遵子为皇后。
永观二年（984），圆融天皇让位，皇太子师贞亲王即位，是为花山天皇。圆融天皇之子、藤原兼家的外孙怀仁亲王被立为皇太子。花山天皇即位后，虽然太政大臣藤原赖忠名义上继续就任关白，但实权却掌握在花山天皇的舅舅藤原义怀（藤原伊尹之子）的手里。
宽和元年（985）七月，花山天皇因为宠妃藤原怟子病亡，悲痛之至，有了出家的想法。于是，藤原兼家乘机策谋花山天皇退位、怀仁亲王即位之事。藤原兼家的四男藤原道兼当时是近侍花山天皇的官人（藏人），他极力鼓动花山天皇出家。宽和二年（986）六月二十三日晚，藤原道兼秘密地带花山天皇出宫，奔向山科的元庆寺，一路上有源氏武士的保护，以确保花山天皇的出家不受阻碍。翌日（二十四日），藤原义怀等人发现花山天皇不见踪影，寻迹至元庆寺之时，花山天皇业已出家，无奈之下，藤原义怀等人也追随花山天皇出家。就这样，藤原兼家用计将自己的外孙怀仁亲王推上了皇位，是为一条天皇。当时，一条天皇年仅7岁，藤原兼家出任摄政，代替天皇处理朝政。
以往的每一位摄政或关白，在律令制下的大臣体系中，最终都成为太政大臣。但是藤原兼家成为摄政之时，他的官职只是右大臣，其上还有太政大臣藤原赖忠和左大臣源雅信二人。对于藤原兼家来说，等待太政大臣之位的空出，似乎需要相当长的时间。于是，在就任摄政后不久，藤原兼家辞去了右大臣一职，同时将摄政的政治地位提升至相当于三宫（太皇太后、皇太后、皇后），高于三公（太政大臣、左大臣、右大臣）的程度。由此，摄政不仅脱离了律令制的大臣体系，而且其地位超越了所有的官职。
藤原兼家就任摄政以后，大力发展自己一族的势力。永祚二年（990）正月，11岁的一条天皇举行了元服仪式。同年（990）五月，藤原兼家辞去摄政，同时就任关白。不久之后，藤原兼家出家，把关白之位让给了他的长子藤原道隆。此后，藤原兼家一族作为天皇的外戚，长期独占摄政或关白之位，以摄政、关白为中心的政治体制达到了顶峰。其中，藤原兼家的儿子藤原道长作为一条天皇、三条天皇（藤原兼家的外孙）、后一条天皇（藤原道长的外孙）三代天皇的外戚，盛势无比。
长德元年（995），疫病肆虐，尤其是四、五月间，仅中纳言以上的公卿就多人病亡。刚刚就任关白之位10余天的藤原道兼（藤原兼家的四男）也未能幸免。藤原道兼死后，藤原道长与藤原伊周（藤原兼家的孙子，藤原道隆的儿子）成为关白之位后继者的强有力候选人。藤原道长是藤原兼家的末子，出生于康保三年（966），与藤原道隆、藤原道兼、藤原超子（冷泉天皇的女御）、藤原诠子（圆融天皇的女御）为同母所生。藤原兼家执权以后，藤原道长的官位不断高升。永延二年（988）正月，只有23岁的藤原道长，没有经过参议一职，直接晋升为权中纳言，3年之后，即正历二年（991），又升为权大纳言。藤原道长的背后，有其姐姐藤原诠子（一条天皇的母亲）的支持，这一点是藤原伊周无法与之相比的。同年（991）十一月，藤原诠子从宫中搬出，没有回到自己的私宅（东三条殿），而是住进了藤原道长的宅第。长德元年（995）五月，在藤原诠子的推动下，一条天皇赐予藤原道长内览权限，即太政官所申的文书，先由藤原道长审阅。同年（995）六月，藤原道长升任右大臣，位高于内大臣藤原伊周。藤原道长与藤原伊间矛盾渐次表面化。据史料记载，这一年（995）的七月二十四日，“右大臣（藤原道长）、内大臣（藤原伊周）於仗座口论，宛如斗乱”。3日后，藤原道长的从者与中纳言藤原隆家（藤原伊周之弟）的从者之间，在平安京的七条大路上发生了对战。其后，更出现藤原道长的随身护卫被藤原隆家的从者杀害的事件，以及高阶成忠（藤原伊周的外祖父）请阴阳师诅咒藤原道长的事件。就在藤原道长与藤原伊周的矛盾日益激化之时，发生了藤原伊周、藤原隆家兄弟二人袭击花山法皇事件，藤原伊周自断了自己的政治前途。
藤原伊周兄弟之所以袭击花山法皇，是因为藤原伊周与已故太政大臣藤原为光的女儿交好，但是他认为花山法皇也与藤原为光的女儿有染，一直心怀嫉恨，并寻机报复。长德二年（996）正月十六日，花山法皇巡幸藤原为光的宅第，乘此机会，藤原伊周、藤原隆家为了恫吓，策划了箭射法皇的行动。他们让自己的从者用弓箭射花山法皇，结果箭射穿了花山法皇的衣袖，射死了花山法皇的两个童子。二月十一日，一条天皇敕令明法博士勘申藤原伊周、藤原隆家的罪名。三月末，又传说在东三条院藤原诠子住处的地板下发现了人偶诅咒物（厌物）。四月一日，法琳寺（位于京都市宇见区）报告，藤原伊周私自修行太元帅法（密教修法）。这一连串事件最终导致藤原伊周、藤原隆家等人被左迁，四月二十四日，朝廷宣布藤原伊周贬为大宰权帅，藤原隆家为出云权守。藤原伊周躲进中宫（相当于皇后）藤原定子（藤原道隆的女儿）的御所，称重病拒绝前往大宰府。数日后，朝廷派人强行搜查中宫御所，藤原隆家被抓，藤原伊周逃逸。但是数日后，藤原伊周返回平安京，遵旨前赴谪所。
同年（996）七月，藤原道长升任左大臣，开始其执权时代。长保元年（999）十一月七日，藤原道长的长女藤原彰子进入一条天皇的后宫。恰在这一天，一条天皇的中宫藤原定子诞下了一条天皇的长男敦康亲王。翌年（1000）二月，藤原彰子成为中宫，原中宫藤原定子改称为皇后。宽弘五年（1008）九月，在藤原道长的宅第，藤原彰子诞下了敦成亲王。翌年（1009）十一月，藤原彰子又生下敦良亲王。
一条天皇（986—1011）时期，藤原道长一直居于左大臣之位，没有成为摄政或关白，他与一条天皇的关系也是协调的。长保元年（999）六月，内里发生火灾，一条天皇搬进位于宫外的一条院。七月十一日，朝廷决定重建内里。内里的建设需要人力与物力，也需要加强平安京内的社会稳定，因此一条天皇在征得藤原道长的意见之后，宣布了“新制十一条”，主要条项是：
a应慎神事违例事；
b应重禁制神社破损事；
c应重禁制佛事违例事；
d应加修理定额诸寺堂舍破损事；
e应重禁制僧俗无故住京及号车宿京舍宅事；
f应重禁制无故任意触秽辈事；
g应重禁制男女道俗着服事；
h应重禁制以金银薄泥画扇、火桶及六位用螺钿鞍事；
i应重禁制六位已下乘车事；
g应重禁制诸司、诸卫官人飨宴、碁手辈事；
k应重禁制主计、主税二寮官人称前分勘料、多求赂遗、抑留诸国公文事。
从上可知，新制十一条的内容以肃正纲纪，强调身份秩序以及节俭为主。宽弘八年（1011）六月十三日，病重的一条天皇让位给36岁的皇太子居贞亲王。居贞亲王即位，是为三条天皇。当日，一条天皇的次男敦成亲王被立为皇太子。数日后，已经落发出家的一条太上天皇病亡。
三条天皇的父亲是冷泉太上天皇，母亲是藤原超子（藤原兼家的三女）。因此，藤原道长是三条天皇的舅舅。三条天皇即位后不久，授予左大臣藤原道长内览职权，即“太政官所申内外文书，先申左大臣可奏闻”。此外，还赋予藤原道长乘牛车出入平安宫待贤、上东两门的特权。藤原道长的女儿藤原妍子也进入三条天皇的后宫，宽弘九年（1012）二月，成为中宫。但是同年（1012）四月，三条天皇不顾藤原道长的反对，将藤原济时（藤原师尹之子）的女儿藤原娍子立为皇后。显然，三条天皇与藤原道长之间存在着矛盾。三条天皇本身患有眼疾，于是藤原道长几番敦促三条天皇让位。最终，三条天皇迫不得已，于长和五年（1016）正月让位，9岁的敦成亲王即位，是为后一条天皇。同时，身为后一条天皇外祖父的藤原道长就任摄政，而三条天皇与藤原娍子所生的敦明亲王被立为皇太子。
宽仁元年（1017）三月，藤原道长上表，将摄政之位让给他的儿子内大臣藤原赖通。五月，三条太上天皇病亡。稍后，敦明亲王就辞去皇太子之位，后一条天皇的同母弟弟敦良亲王被立为皇太子（弟）（后为后朱雀天皇）。同年（1017）十二月，藤原道长升任为太政大臣。藤原道长曾自我夸耀地说：“斯世我所有，一如我所思”。
宽仁二年（1018）正月，11岁的后一条天皇元服。二月，藤原道长辞去太政大臣之职。三月，藤原道长的三女藤原威子进入后一条的后宫，十月，藤原威子被立为中宫。至此，藤原道长“一家立三后”，前所未有。身为三代天皇的外戚，藤原道长的势力无人比拟。治安元年（1021），藤原道长的四女藤原嬉子嫁给了皇太子敦良亲王。万寿二年（1025）八月，藤原嬉子诞下亲仁亲王（后为后冷泉天皇），进一步巩固了藤原道长一族的外戚权势。
万寿四年（1027）十二月，62岁的藤原道长，因为背疮的毒气侵入全身而死亡。他死后，其子藤原赖通先后作为后一条、后朱雀、后冷泉三朝的摄政或关白，近50年间保持了藤原道长一系的政治地位。治历四年（1068）四月，后冷泉天皇亡故，后朱雀天皇与贞子内亲王（三条天皇之女）所生的尊仁亲王继承皇位，是为后三条天皇，由此藤原氏的外戚摄关政治画上了句号。