显微镜是由一个透镜或几个透镜的组合构成的一种光学仪器，是人类进入原子时代的标志。主要用于放大微小物体成为人的肉眼所能看到的仪器。显微镜分光学显微镜和电子显微镜：光学显微镜是利用自然光线为光源，经过光学玻璃透镜聚焦之后使物体形成物象的；电子显微镜是利用波长极短的电子束为光源，经电磁透镜聚焦，使极小的物体成像。现在的光学显微镜可把物体放大1600倍，分辨的最小极限达0．1微米。
早在公元前一世纪，人们就已发现通过球形透明物体去观察微小物体时，可以使其放大成像。后来逐渐对球形玻璃表面能使物体放大成像的规律有了认识。第一架显微镜约在1590年由一位荷兰眼镜工匠杨森发明。后来许多科学家对显微镜进行了改进。17世纪时，荷兰人列文虎克研制成功高质量、高倍数显微镜。
1665年前后，虎克在显微镜中加入粗动和微调焦机构、照明系统和承载标本片的工作台。这些部件经过改进，成为现代显微镜的基本组成部分。1932年德国人鲁斯卡发明了更加先进的电子显微镜，将物质微观世界的研究带入了新纪元。