顺治十一年（1654）三月十八日，爱新觉罗·玄烨生于紫禁城内景仁宫。他的父亲顺治帝，就是历史上有名的少年天子。他的母亲佟氏是顺治皇帝的庶妃。顺治帝为缓和民族矛盾，改变在蒙古贵族中选妃的旧俗，开始在汉军中选妃后，佟氏被选入宫。但由于顺治帝独宠妃子董鄂氏，佟氏备受冷落。由此及彼，顺治帝也少与玄烨相处。也就是说，康熙并不是一个很受宠爱的皇子。
但是历史总是让人感到庆幸，玄烨的祖母孝庄皇太后对玄烨格外的疼爱，一心想将他培养成未来的君主。她派顺治的乳母朴氏为保姆，照顾玄烨起居；派自己的侍女苏麻喇姑，教玄烨读书写字。
她还经常亲自对玄烨进行教诲，从各方面培养他良好的习惯和高尚的情操。更值得庆幸的是，康熙的保姆和侍女都做的非常的不错，应该说是非常的称职。
尽管孝庄皇太后对玄烨用心良苦，但顺治却一心要让宠妃董鄂氏所生之子做太子。谁曾想董鄂氏所生之子出生后3个月便因出天花夭折了。从此改变了顺治对玄烨的态度。其实玄烨也出了天花，但他并没有在天花中死去，因祸得福，他成了下一代天子的最佳人选。
康熙在很小的时候就表现出了非凡的天子意识。一天，6岁的玄烨和7岁的皇兄福全、3岁的皇弟常宁一起去向父皇请安。看着三位满脸稚气的皇子，22岁的顺治十分高兴，向儿子们发问道：“你们长大以后，各自有何志向？”
常宁太小，不能回答，只是胆怯地望着父皇。少年老成的福全首先说：“我愿做一个贤士。”接着，玄烨则高声说：“效法父皇，励精图治。”6岁幼童竟有此举，折射出培养者十分明确的施教方针。顺治非常清楚这是太后的心意，从此便有了由玄烨继位的想法。
顺治十八年正月初七，顺治帝因痘疹去世。由于孝庄皇后的极力坚持，顺治帝便在弥留之际遗诏令玄烨继位，并命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。
年仅8岁的玄烨在孝庄皇太后的亲自主持下，正式登基坐殿，并改次年为康熙元年。历史从此翻开崭新的一页。幼年登基的康熙，虽经从小就经祖母悉心培养，但担负国家的重任还为时过早。好在顺治在遗诏中已命索尼、苏克萨哈、遏必降和鳌拜辅佐朝政，而且还有祖母鼎力相助。四大臣在顺治帝的灵前曾立下誓言：“竭尽忠诚，不谋私利，不结党羽，不受贿赂，忠心仰报皇恩，全力辅佐君主。”
孝庄皇太后在玄烨登基之初，便向王室宗亲、文武大臣发出谕旨：要报答我儿子顺治皇帝的恩情，就要偕四大臣同心协力共辅幼主，这样才能名垂万世。辅政之初，四大臣遇事协商，凡遇奏事，一同晋谒皇帝或太后，待太后决策后，再以皇帝或太后的名义发布谕旨。辅政大臣虽无决策权，但他们可以入值、草拟并代幼帝御批，后来鳌拜专权乱政就是利用了这一权力，也从另一个方面成全了康熙的文治武功。
我们来看一下四大臣的具体情况。鳌拜是镶黄旗人，父辈乃清朝的开国元勋。此人野心勃勃，善于玩弄权术，骄横跋扈，别人大多害怕他。索尼是正黄旗人，四朝元老，德高望重，但这时已年老体弱，力不从心。遏必隆与鳌拜同属一旗，为人怯懦，少有主见，常附鳌拜亦步亦趋。苏克萨哈是正白旗人，虽在四大臣中位仅居索尼之次，且与鳌拜有姻亲关系，但资浅望低，又与索尼有隙，与鳌拜也经常反目，所以常常处于孤立无援的境地。
这样，四大臣共同辅政的局面不久便被打破，大权逐渐旁落到鳌拜手中。他任人唯亲，广置党羽。大学士班布尔善、吏部尚书噶褚哈、工部尚书济世都是他安插在宫廷中的亲信。凡遇政事，他们常常私定对策，然后才上奏皇帝，甚至拦截奏章，阻塞玄烨同臣下的联系，以便把持朝政。
孝庄皇太后当然能看出这其中的问题来了。鉴于四大臣的所作所为，特别是鳌拜的专权行径，孝庄皇太后急于让幼孙举行大婚，以作为玄烨亲政的过渡性措施。康熙四年九月初八，年仅12岁的玄烨遵照祖母慈旨，在紫禁城内坤宁宫，与索尼之女赫舍里氏举行大婚典礼。玄烨大婚不久，即开始直接处理政务，其广泛接触满汉大臣的机会进一步增多，这无疑为鳌拜等人的专权，设下了不可逾越的障碍。也使康熙得到了锻炼的最好机会。
康熙六年三月，鳌拜内心极不情愿地与索尼等人上奏：世祖章皇帝于14岁亲政，如今主上年龄功德与先皇相同，对天下事务应付裕如，恳请亲政。玄烨往奏太皇太后允准后，遂于同年七月七日在太和殿举行亲政大典。与此同时，玄烨特宣诏天下，意为“政在养民”。
玄烨虽然亲政，但辅臣们“仍行佐理”，权势依旧。这一年六月，索尼去世，七月苏克萨哈被杀，鳌拜终于独掌辅政大权，其种种专权行径，进一步恶性发展，如公然抗旨、拦截奏章；一切政事，先在家中议定；随意呵斥部院大臣，打击不肯依附于自己的官员，以致“文武各官，尽出门下”。玄烨此时几乎被架空了。
对鳌拜种种专权行径，玄烨已忍无可忍。在祖母的支持下，他拟定了清除鳌拜集体的全盘计划，并逐步付诸实施，显示了一个少年皇帝的聪慧才智。
万般举措，舆论为先。针对鳌拜把持下朝政紊乱、吏治腐败现象，玄烨令科道等言官“据实指参”，鼓励朝臣各抒己见。玄烨求言，打破了朝中万马齐喑的局面，使大臣们耳目一新，人心振奋，鳌拜则因此坐立不安。为最大限度地减少动荡和不必要的损失，彻底地解决问题，玄烨做出智擒鳌拜的具体部署。
他从各王府中挑选了上百名亲王子弟做自己的侍卫，组成善扑营，由索尼之子索额图统领。接着又将鳌拜的部分党羽，先后如往外地办事，以分散其力量。一切准备就绪后，玄烨才迈出最后、也是最关键的一步。康熙八年五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被善扑营擒拿，其主要党羽，随后也被陆续逮捕归案，鳌拜一党被处。
玄烨公布了鳌拜结党专权的30条罪状。因为鳌拜曾经搭救过清太宗并且有很大的功劳，就赦免了他的死罪。让他在监禁中度完了余生。玄烨还依据罪行轻重惩处了鳌拜党羽，罪大恶极的被处死，其余的则被革职降级。
年轻的玄烨还为遭诬陷的苏纳海等人平反昭雪，让他们的子嗣承袭了他们的爵位或世职。另外，玄烨还将各级官员大规模进行了调换，并下达《圣谕十六条》，意为刷新朝政，彻底清除鳌拜的恶劣影响。仅仅16岁的玄烨在战胜鳌拜集团的斗争中，运筹帷幄，成熟冷静，显示出惊人的魄力和才智。从此，他便将朝政牢牢掌握在自己手中，并在此后的几十年中开始充分施展自己的政治才能。
玄烨是一个很勤政的帝王，他亲政后，日理万机，其中首要的则是解决三藩的问题。三藩，是指明朝降将吴三桂、尚可喜、耿仲明三人。他们在明末清初先后降清，为清朝入关定都北京立下了汗马功劳，分别被清朝封为平西王、平南王和靖南王，并分别拥有云南、广东、福建三个省区。
机会终于来了，康熙十二年春，平南王尚可喜以“年老多病”为由上书，请求回辽东老家养老，早已有撤藩之心的玄烨遂命令撤掉尚藩，将其全部士兵撤回原籍。消息传出，平西王吴三桂和已承袭靖南王封号的耿精忠（耿仲明之孙）都惊恐不安，他们也上书假意要求撤藩，来试探朝廷的动向。
此时的玄烨内心是非常坚决的，他召集众臣再三议论撤藩之事，其中大部分人持反对意见，只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人坚决主张撤藩。玄烨最后裁决：“从其所请，将三藩全部迁到山海关以外。”理由是：三藩王手中都握有重兵，已经形成了尾大不掉之势，吴三桂等人怀有野心，蓄谋已久，如果不及早除掉三藩，势必养痈成患，危害天下。于是，玄烨派侍郎折尔肯和学士傅迈礼赴云南、户部尚书梁清标赴广东、吏部传郎陈一炳赴福建，催促办理撤藩之事。
没有把年轻的帝王放在眼中的吴三桂接到撤藩令之后，非常的气急败坏。他原以为玄烨接到撤藩的上疏，一定会对他劝慰挽留，世守云南。哪里想得到会弄巧成拙、弄假成真，使自己骑虎难下，他是看轻了年轻的玄烨。
吴三桂事明叛明，降清后又心怀异志，镇守云南后，不断扩充势力，是三藩中力量最为强大的一个。如今玄烨决意撤藩，吴三桂则自恃势力强大，决定起兵谋反。
康熙十二年冬天，吴三桂起兵造反，自封为“天下都招讨兵马大元帅”，举起“兴明讨虏”的旗帜，公开叛乱。随即杀害了坚决执行撤藩令的巡抚朱国治，又将反对叛乱的官员全部投进监狱。
“吴三桂公开叛乱后，他分布在各地的党羽纷纷响应，其他两藩也步其后尘策兵谋反。各地的告急文书频频传至京城，举朝震惊。有的大臣公开提出要追究撤藩之人；有的鼓吹用招抚妥协的办法，反对出兵讨叛；更有不少汉宫偷偷地把家眷迁回原籍，连西藏的达赖喇嘛也修书玄烨，建议“裂土罢兵”。真可谓形势严峻，时局艰难。年方20岁的玄烨临危不惧，严厉驳斥了各种护藩论调。同时指出：“三藩势焰日炽，撤亦反，不撤亦反，因此决不仿效汉景帝诛晁错以平七国之乱的做法。”随后，玄烨下达了武装平叛的命令。
刚开始平叛的时候，玄烨把吴三桂作为重点打击的对象，他认为：吴三桂是三藩祸首，灭掉吴，其他叛军则会不打自散。他命勒尔锦由湖南进剿叛军，严防叛军东犯湖广；命瓦尔洛进驻四川，断绝叛军入川之路；命经略莫洛兵驻西安阻止叛军进兵。但八旗兵的不堪任使和满洲统帅的怯懦畏战，致使叛军进驻四川、拥有陕西、危及湖广。面对此情此景，玄烨及时调整部署，大胆破格提拔了一批汉将，利用绿营兵为主力，剿灭三藩叛军。其中最成功的便是起用河西三将军张勇、赵良栋、王进宝。也使康熙朝是整个清王朝中名将最多的时期。结果，清军于康熙十五年收复陕西全境。在这同时，康亲王杰书消灭了江西、浙江境内的吴军，迫使耿精忠投降。清军乘胜进军，又于康熙十七年（1678）收复了测阳、平江。
这个时候、曾经嚣张一时的吴三桂见大势已去，急急忙忙地演出了一幕登基的丑剧。康熙十七年即1678年三月二十八日，吴三挂在衡阳以匆匆修建的几间草舍作为皇宫举行登基大典，改国号为周，年号为昭武。正值此时，风雨大作，草舍大殿被刮得东摇西晃，恰似这刚刚建立的吴氏周朝。此时，清军攻势更加锐不可当，年已67岁的吴三桂惶惶不可终日，患中风噎嗝症而死，仅仅做了不到5个月的“皇帝”。吴三桂死后，其孙吴世继承皇位，继续进行抵抗。
这个时候的玄烨又表现出了难得的清醒。为了瓦解叛军，玄烨下令对参与叛乱的协从者宽大处理，如能及早反正，不只将功折罪，还可论功行赏。这样一来，叛军的士气就更加低落了。只有少数顽固分子还主张向北进攻，与清军决一死战。吴世只得率领残兵败将退守云贵，做最后的垂死挣扎，但已成强弩之末了。
康熙十九年，玄烨下令清军分兵三路进军云南，向叛军发起总攻。第一路大军由章泰率领进军贵阳，吴世被迫逃往昆明，清军乘胜收复了贵州全境。第二路大军由赖培率领从广西进兵云南，同第一路大军会合后，分兵攻打昆明，此时的昆明已处在风雨飘摇之中，但吴世仍拼死顽抗，他修书一封要求四川援军和达赖喇嘛的人前来解围。殊不知求援信被刚刚收复了四川的第三路大军的首领赵良栋截获。接着，三路大军齐集昆明城下，猛攻昆明。食尽援绝的南门守敌首先向清军投降，清军攻入城内，吴世被迫服毒自杀。康熙二十年，历时八年、祸及大半个中国的三藩之乱终于平定了。
年轻的康熙并没有因此而停下自己的脚步，三藩之后，康熙把目光转移到了台湾。
台湾是顺治十八年由民族英雄郑成功率领大军，从荷兰殖民者手中收复的。郑成功和他的儿子郑经长期坚持拥明反清，在大陆失败后，便将台湾作为继续反清的根据地。康熙初年，清廷与郑氏之间经常发生一些小的军事冲突，但总的说来，双方处于胶着状态、郑氏方面是因势单力薄，清廷则是因无得力水师可用。在此情况下，清廷意欲用招抚的方式解决。
康熙元年至八年，玄烨先后4次派人与郑经进行谈判。但郑经自恃天险，坚持按照朝鲜事例称臣纳贡，不削发易服，要求自成国家。由于郑经没有回归祖国的诚意，玄烨和平统一台湾的愿望未能实现，但康熙没有把台湾忘记。
平定三藩期间，玄烨又派人与郑经进行了5次谈判。康亲王杰书曾致书郑经，允许郑氏“如朝鲜故事”，不削发易服，保持台湾自主局面，但需对清称臣纳贡。但郑经并不以此为满足，提出：郑氏占据台湾，由福建供应军饷。结果，谈判破裂。
三藩基本平定后，玄烨接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑经死、郑氏内讧之机用武力统一台湾。
收台湾的功臣姚启圣是浙江会稽人，平叛中曾在康亲王杰书帐中供职，屡建奇功。康亲王对他十分器重，荐举他升任福建总督。姚启圣上任后，与地方官员和各路军队通力合作，将乘藩乱之机一度控制闽省一些州县的郑军赶回台湾。在从军事上打击郑军的同时，姚启圣全力贯彻玄烨招抚郑经军民的谕旨。他广贴告示，宣传保护沿海百姓，欢迎岛上投诚人员。由于姚启圣的积极努力，郑军思降投诚者与日俱增。康熙十八年初，郑军大将廖碘等率部一万余人归降，甚至连台湾来使傅为霖也被姚招抚，暗中为清军传消息作内应。姚启圣的招抚政策，对风雨飘摇中的郑氏集团无疑于釜底抽薪。为表彰姚启圣的杰出贡献，玄烨授予他兵部尚书衔。
三藩的全部平定，使康熙进一步坚定了用武力统一台湾的决心，而最适当的将领施琅出现了。解决了康熙的当务之急。
施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师，并据郑氏设防的实情，制定了具体的进剿方案，可谓万事俱备只欠东风。
康熙二十二年七月，玄烨下达了迅速进剿台湾的命令。施琅率领两万多名官兵，分乘230多艘战船，直指澎湖列岛这一台湾的门户。大战之初，由于潮落风逆，清军陷入重围，施琅身先士卒，拼死指挥突围。突围后，施琅对清军进行了短期的休整，遂又与郑军展开了决战。清军船队以5只船为1个作战单位，时称“五梅花”战术，相互配合默契，以5打1的优势进攻敌船。
战斗进行的很激烈，从清晨一直持续到傍晚，最后郑军主力丧失殆尽，只有守将刘国轩带部分随从逃回了台湾。而在此时，固守孤岛的郑经的继承人郑克，不得不派人向清军送上降表。收到降表后，康熙谕准郑军投诚，并决定对投诚的官员加恩予以安置。康熙的谕旨打消了郑克的疑虑，遂于八月十三日率属下列队恭迎清军登上台湾岛。至此，台湾又回到了祖国的怀抱。为加强对台湾的控制，玄烨决定设置台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，并向台湾派遣8000名驻兵，向澎湖派遣2000名驻兵。这样就大大加强了东南海防，并且促进了台湾经济文化的发展。
清朝的巨大版图注定了会是一个战乱纷争的国家。对北方的沙俄，康熙早就注视着了，他只是抽不出手来而已。现在三藩和台湾都得到了根本的解决。康熙考虑到了沙俄。
而东北地区是满族祖先的发祥地。在17世纪，正值明清交替之际，沙俄乘虚而入，把侵略的魔爪伸向了这块肥沃的土地。到17世纪80年代初，也就是康熙十九年至二十四年年间，沙俄进一步加强了对黑龙江地区的侵略活动，建立了以尼布楚城为中心的东进据点，补充兵力，扩大征税区，还组织俄国移民，先后在乌第河至精奇里江等很多地方建立城堡，其中以接近额尔古纳河的雅克萨最为重要。对沙俄的侵略，玄烨一直视为心腹之患。他亲政后，曾于康熙八年、九年先后两次派出使者，到尼布楚与沙俄进行交涉。沙俄也曾派人到北京，与清廷交涉。但均无任何效果。康熙十四年，沙俄派出了以尼果赖为团长的使团来华，玄烨在大和殿接见了他们，指出：沙俄应停止边界侵扰，归还通逃。而尼果赖除大谈两国自由通商，要求中国释放俘虏外，对玄烨提出的要求，一概不予理睬。不久，从黑龙江传来了沙俄无故烧死20余名中国猎人的消息。对此，玄烨感到十分震惊，决心严饬守备，不惜采取武装手段驱逐沙俄侵略者，保卫边疆安宁。康熙有所行动了，在康熙二十一年四月，玄烨以三藩平定，借祭告祖先的名义出关巡行，在吉林乌喇检阅水师，接见宁古塔将军巴海、副都统萨布素等。巴海曾长期戍守边疆，熟悉边情，还曾率兵与俄国军队交过手。萨布素世居吉林，了解东北边疆的山山水水。玄烨多方面询问他们情况，目的在于为武装抗俄进行相应的部署，在战争之前有一个充足的准备。
康熙二十二年，玄烨设了黑龙江将军，加强东北地区的统治，并任命萨布素为首任将军，从宁古塔调兵1500名，从盛京调兵600名驻戍，在吉林乌喇遣船舰100余艘建立水师营。接着萨布素又在黑龙江处建额苏里城和呼玛儿城，以加强攻守。为了保持黑龙江与吉林、盛京及京师的联系，玄烨发三藩降为站，设置驿站，开辟驿道；派人勘察黑龙江、松花江和辽河水道，沟通东北三大水系的水运。为了解决军粮问题，调遣兵了进行屯垦，教导索伦、达斡尔人屯田耕种。玄烨所采取的这一系列措施，极大地稳定了东北边疆各族人民的民心，为以后的战争作了很有用处的工作。
玄烨一面扎扎实实地进行各项基本部署，同时又遣人侦察俄罗斯方面的动静。郎谈等奉命后，依计而行，一直到达雅克萨城下，然后再由黑龙江顺流而回。根据郎谈的报告，玄烨大体了解了雅克萨及周围地区的俄军情况。自康熙二十二年至二十三年间，清军在当地各族人民的配合下，先后荡平了除雅克萨以外黑龙江地区的俄军各军事据地。攻打雅克萨的时机已经到来，康熙这时候的目光是坚定的。
根据俄方的建议，谈判原定于贝加尔湖东南的楚库柏兴（色楞格斯克）举行。康熙二十七年三月，玄烨派领侍卫内大臣索额图、都统公佟国纲及尚书阿喇尼等前往参加谈判。行前玄烨谕旨：“尼布潮（楚）、雅克萨、黑龙江上下，以及通此一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯”，一要求照此“划定疆界，准其通使贸易”。六月，由于噶尔丹叛乱，索额图一行赴楚库柏兴受阻。后清廷于俄方商定于次年元月在尼布楚举行谈判。此次，玄烨又密谕索额图：“彼使者若恳求尼布潮（楚），即可以额尔古纳（河）为界”，在领土问题上较前有很大松动。正是由于玄烨的这一切实的让步，才使谈判最终取得成功。
清廷与俄方经过紧张激烈的谈判，于康熙二十八年七月二十七日正式签约，这就是历史上著名的《尼布楚条约》。条约中明确规定，以外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国国界，确认了黑龙江流域和乌苏里江流域都是中国的领土。中国将尼布楚割让给俄国。条约还就两国贸易、边民等事宜做出明确规定。条约的内容曾用满、汉、蒙、俄、拉丁五种文字刻成界碑，高高矗立在中俄边界上。它带来了中俄东部边境100多年的和平，成为玄烨抵抗沙俄侵略、维护国家主权的历史记录，也是康熙在其位时的有名的功绩之一。
西北方的领地也并不太平，康熙十年，噶尔丹夺取了准噶尔部的统治权后，便用武力吞并了厄鲁特蒙古的其他各部。当时，我国蒙古族除了漠西厄鲁特蒙古外，还有漠南蒙古和漠北喀尔喀蒙古。漠南、漠北蒙古分别居住在内蒙和外蒙，早就归顺了清朝。为了吞并喀尔喀蒙古，噶尔丹与沙俄相互勾结。康熙二十七年，噶尔丹在沙俄军队的配合下，发动了对喀尔喀蒙古的战争。一时间，喀尔喀蒙古战火纷飞，民不聊生。这时沙俄乘机胁迫喀尔喀蒙古的上层人物叛国投俄，遭到了宗教首领哲布尊巴丹等人的坚决抵制。在哲布尊巴丹率领下喀尔喀蒙古又一次归附了清朝，被玄烨谕旨安排在科尔沁草原。康熙二十九年，噶尔丹以追击喀尔喀为名，率2万叛军杀进了内蒙古地区，其前锋一直打到了距北京900里的乌珠穆沁。
噶尔丹的叛乱，玄烨在规劝的同时，积极准备了平叛的举措。当时朝野上下对平定噶尔丹叛乱意见不一，玄烨认为噶尔丹一日不除，西北边垂就一日不宁，遂决定率军亲征。
康熙二十九年元月，玄烨亲临塞北，指挥大军迎战噶尔丹，由裕亲王福全和皇长子率左翼军从古北口出击，由大将军常宁率右翼军从喜峰口出击。右翼军出师不利，玄烨遂决定改由康亲王杰书率领，驻守归化，截住叛军退路。八月，清军在乌兰布通与叛军展开了一场血战，大败噶尔丹。噶尔丹左右拼杀，好不容易才突出重围。为了获得喘息的机会，他派人假意向清军乞和。噶尔丹的乞和正中了怯懦无能的福全等人的下怀，他擅自同意同叛军讲和，结果使噶尔丹得以东山再起。鉴于叛军已经远逃，玄烨又身患重病，清军遂班师回京。
噶尔丹逃回老巢后，表面上对清廷恭顺，实际上在养精蓄锐，意欲卷土重来。果然，康熙三十四年，噶尔丹又率3万大军在沙俄的支持下，在克鲁伦河畔发动叛乱。康熙三十五年，玄烨决定第二次亲征噶尔丹。
他依旧分三路进兵，命令萨布素、费扬古分别率领东西两路大军，自己统帅中路军，约定三路大军在翰海之地会师，夹击叛军。由于路途遥远，中路军失去与其他两路大军的联系，玄烨临危不惧，率军继续向克鲁伦方向进发，结果与噶尔丹相遇。慑于玄烨的威严，噶尔丹未敢交锋。即率军加速逃遁。
很幸运的是，在昭莫多附近，叛军遇到了先期到达的清西路军。西路军以逸待劳，将叛军团团包围，致使叛军几乎全军覆没。最后，噶尔丹只率几十名残兵逃走。昭莫多一战，清军给叛军以沉重打击，噶尔丹从此一蹶不振。
但被打得溃不成军的噶尔丹，并没有因此而悔改，他首先欲投沙俄，遭拒绝后又对玄烨的招抚置若罔闻。
康熙三十五年，玄烨进行了第三次亲征，依旧是三路大军。此时的噶尔丹仍负隅顽抗，他派使者面见玄烨，表示愿意投降，但为了征得部属的同意，希望玄烨将投奔清军的噶尔丹部众发还。玄烨当即识破了噶尔丹的缓兵之计，决定对叛军穷追不舍，噶尔丹在绝望中急病而死，其部从纷纷向清军投降。
经过三次亲征，延续10年的噶尔丹叛乱终被平息，粉碎了沙俄分裂中国的阴谋，使西北边疆得以巩固。后来，噶尔丹的侄子妄阿拉布坦又在沙俄的支持下在西藏发动叛乱，玄烨遂派皇十四子前往平叛，结果一举取胜。为此，玄烨亲自撰写碑文，在西藏立碑纪念。
几次成规模的战争，充分显示了康熙的雄才智慧。他在治理国家方面也有很成功的措施。
玄烨深知，“民生安危视吏治”，贪官污吏的勒索和压榨是激起民变的直接原因，因此他十分重视整饬吏治，主要表现在以下诸方面：
第一，玄烨非常的注重充实对官吏的各种考核制度，清入关定都北京之初，沿用明例对文职官员实行“京察”、“大计”。京察就是考察在京官员及三品以上的地方官；大计则是针对地方州县至府、道、两司官员的考核。但由于种种原因，考核有名无实，致使吏治敝败不堪。鉴于此，玄烨决心严申考核，并整顿“京察”、“大计”制度。
第二，玄烨注重惩治贪官污吏。他认为，对那些被纠劾出来的贪官污吏，必须严惩。
第三，玄烨重视选拔官员，其中对大员，更是慎而又慎。他认为：督抚清廉，下面的属员就会交相效法，皆为良吏。为了考察各地官员的实际政绩，玄烨还常常通过派遣到外地去的钦差大臣，或借外官升迁调动、来京朝觐等机会，向他们打听各地督抚等官的表现。
第四，玄烨注重奖掖廉洁、表彰清官。认为，为官之人“德胜于才，始称可贵”。这种“德胜于才”的官即为清官。玄烨在位时，他曾多次训谕臣下，要向朝廷多荐举清官。因此，一大批清官得以施展才华。玄烨不仅要臣下荐举清官，自己也亲自表彰清官。据粗略统计，经他亲口称赞的清官就有230人之多。如他称赞于成龙为“今时清官第一”；彭鹏“居官清正，不爱民钱”；称道陈宾“从古清臣亦未有如伊者”。
玄烨整饬吏治，构成了他整个政治生活中的重要组成部分。尽管在很多具体作法上，并没有超出传统的封建统治者所倡导的范围，他所处的地位又使他不能看得更深更远。但是，玄烨整饬吏治所收到的效果则是明显的。从康熙二十年至四十年中，贪风有所抑制，官场也比较清明，达到了一个盛世就局面。
玄烨处于一个非常特殊的历史时期，而清朝的制度也使他这一时期的治理非常的困难，几乎所有的汉族文人都不愿做清朝的官员。他亲政后，否定了辅政四大臣独崇满洲、贬抑汉臣等错误作法，目的在于缓和满汉民族矛盾，消除对清王朝的潜在威胁。他认为，士为四民之首，要争取民心，扭转汉族人民的反清情绪，关键在于笼络汉族知识分子。因此，他采取了种种措施争取和使用知识分子。
玄烨南巡时，曾多次拜谒明太祖的陵墓，并亲笔书就“治隆唐宋”的匾额，悬挂在祭殿之上。他还曾提出要查访明室后人，授予官职，让予官职，让其看守陵墓。后来由于没有查到，便改派清朝官员按时致祭。他还亲自到孔庙祭孔，对孔子的后代广施恩宠，从感情上对汉族士大夫进行笼络，这种做法从后来看出，是非常的可取的。
玄烨还于康熙十七年特设“博学鸿词科”，千方百计吸引明代的遗老和各种人才。玄烨要求各级官员将品学兼优之士荐举给朝廷；以便他亲自考察录用。但应试的这些人也只是当时汉族学者中的二三流人物，如顾炎武、黄宗羲、李颐等人始终拒绝参加应试。康熙对他们也采取了宽容的态度。关中大儒李颐托病拒绝应试，被人强行抬到西安，李颐便连续六天汤米不进，以示抗议。清朝官员无可奈何，只好又派人将他送回家乡。后来，玄烨巡幸西安，点名要见李颐，李颐托病推辞。康熙不仅没有降罪，还亲题了“志操高尚”的匾额赐给他的儿子，以示褒扬。
玄烨对汉族知识分子的怀柔政策是有前提的，这便是要有利于巩固清王朝的统治。一旦汉族士大夫的言行被认定危及了清王朝的利益，就会遭到残酷镇压。
康熙一朝发生10多次的文字狱，其中最典型的则是康熙五十年至五十二年的戴名世一案。戴名世，晚年身居故里，整理了记载南明诸王史事的《南山集》一书，不料被人告发为诽谤清廷之书。结果，戴名世被处死，戴氏家族中16岁以上的男子全部被处斩，女子及15岁以下的男子被没为家奴，平时与戴有交往的几百人受到牵连。出于巩固统治的需要，玄烨确实为清王朝笼络了一批人才，而他对汉人的防范也是缜密的。
康熙初年，广大农村满目疮痍，农民不得温饱，国家财政收入入不敷出。于是，康熙采取了一系列措施恢复和发展农业生产。
玄烨曾先后三次明令禁止圈地，并要求将圈占的土地还给农民，使农民能够在自己的土地上安居乐业。
减免了地钱粮，是玄烨为了恢复生产采取的又一项重要措施。康熙二十六年，玄烨第一次下令免去江宁等7府及陕西全省600多万两白银的钱粮，后来又先后减免过其他各省的钱粮，且数额在不断增多。尽管得到减免政策实惠最多的是钱多地广的富户，贫苦农民相比之下获利甚微，但是不能否认，减免在一定程度上减轻了农民的负担，得到了农民的肯定。
清初的赋役制度沿袭明制，随着农业生产的发展和人口的增多，已经不能适应实际情况。康熙五十一年，玄烨对赋役制度进行了重大改革，规定：以康熙五十年的全国丁银数为标准，以后“滋生人丁，永不加赋”。后来，玄烨又在广东试行了“摊了入亩”的征税方法，即把全省丁税全部归入田赋。“地了银”的实行和“摊丁入亩”的采用，在一定程度上改变了赋役不均的现象，使四处流浪的农民，重新回到了土地上来。
治河和漕运都是玄烨十分重视的大事，而漕运的恢复又在于治河的成功，因此，玄烨在兴修水利上倾注了许多心血。玄烨在位期间治理的河流主要是黄河、淮河和运河，尤其注重治理黄河。为根治黄河水患，他任命水利专家靳辅为河道总督，全权负责治河工程。靳辅沿用明人“以堤束水，借水攻沙”的方法，又采用开中河、修堤坡等方法作辅助。一年之后，饱受水患之苦的7个州县的土地便得以重新耕种。后又经过十几年努力。水归故道，漕运畅通。
由于玄烨采取了一系列重农贵粟的措施，因而促进了农业生产的恢复和发展。至康熙末年，耕地面积和人口大幅度增长，国库收入十分充裕，国库存粮达几千万石。
在恢复和发展农业生产的同时，在商业和手工业方面，玄烨提出了“恤商”和“利商便民”的口号。他禁止关津渡口对商人征收名目繁多的杂税，反对官吏克扣勒索商人。他将“不亏行户”定为整饬吏治的标准之一，严厉查处了一批违令的官吏，从而使商业开始恢复和发展起来。
康熙二十三年，玄烨一改清初寸板不许下海的禁令，废止了禁海令。清政府在广东澳门、福建漳州、浙江宁波、江苏云台山四处开设海关，管理往来商船，征收关税。开放海禁30余年，南洋的药材、香料、棉花，西欧的呢绒、自鸣钟、玻璃、仪器源源不断地流入中国，而中国的茶叶、生丝、绸缎、陶瓷也大量输入世界各地。海外贸易的发展，使清政府获得了相当可观的财政收入，促进了东南沿海地区手工业的发展，涌现出来一批如南京、广州、佛山、厦门等新兴的工商业城市，使资本主义的萌芽在这些地区得以发展。
当封建经济发展到一定水平，玄烨认为开海、开矿在政治上的危害远远大于经济利益时，他又做出了禁矿、禁海的决定。康熙五十四年，玄烨以矿产采尽、矿工难以遣散及矿工造反为由，禁止任何人再兴开矿。这样，刚刚发展起来的矿业重新衰落下去，云南的钢产量下降到每年100万斤。康熙五十五年，玄烨又以防止海盗骚扰为由，一概禁止商船前往南洋各地，只允许去东洋贸易。这样，曾经开启的古老帝国的大门，最终又关闭起来，玄烨的功过是非是很明显的。
玄烨爱好读书，一生好学不倦。他所读之书涉猎的范围极广，从中国的四书五经、词章、历算等传统文化到西方的天文、地理、医学、几何等自然科学知识，无不进行研读，尤其注重研究儒家的经典子集。
除了系统研究儒家学说，玄烨对传统中国文化的其他方面也有相当造诣。他能诗善文，写得一手好字，历史知识也很丰富。他的舅父佟国纲出征噶尔丹时战死，撰写祭文的翰林院学士用典不当，而负责审查的翰林院掌院学士也未发现。但玄烨却发现了这一失误，结果两学士受到了重罚。类似的例子在玄烨的一生中比比皆是。
对于自明末始传入中国的西方先进的科学技术，玄烨表现出了极大的关注，对于只要不犯法度而又精通科技的西洋人，都积极加以信用。他任用比利时传教士南怀仁作为自己学习天文和数学的启蒙教师。南怀仁专门为玄烨编写了教材，玄烨从中学到了天文历算的基础知识，了解了当时天文学的最新研究成果，还学会了使用天文仪器。玄烨还曾向法国传教士白晋、张诚学习过几何、代数三角等课程，进步极快。后来，玄烨组织数学家编写《律历渊源》和《数理精蕴》，为传播西方科学技术做出了贡献。
对西医学玄烨也注意留意学习。他曾令传教士们在皇宫内试制了一些西药，并谕旨将这些药装在用白银制成的旅行药壶里，时常作为御药供自己或赐给臣下使用。有一次，玄烨得了疟病，御医们都束手无策，幸亏服用了传教士研制的奎宁才转危为安。从此，玄烨对西药更加信服了。他素来信任的曹寅得了疟病，康熙即派人星夜赶送奎宁。
玄烨对音乐、美术也很感兴趣。根据法国传教士白晋回忆，玄烨曾经学习过西洋乐理，能演奏西洋乐器。他仿效法国科学院，在宫中建立了有画家、雕刻家、制造钟表和天文仪器的工匠等人参加的科学院，还举办过西方美术作品展览。他兴趣高雅，善于识别绘画的不同风格，玄烨博览群书，学而不倦，在封建帝王中可谓是一位博学多才的佼佼者。遗憾的是，他对西方科学文化知识的学习仅仅是停留在个人的爱好阶段，并没有影响到他治理国家的政策，没有对中国的封建史作出什么大的调整。
玄烨自8岁即位至69岁去世，在位长达61年之久。在这60余年的岁月里，玄烨殚精竭虑、勤勉为政，在封建帝王中是非常突出的。他有奏必签，即使深夜得到急报，也要披衣起身批复。因此，玄烨曾经自豪地说：“各处奏折所批朱笔渝旨，皆出朕手，无代书之人。”
有感于明代奢侈亡国的教训，玄烨很注意节约俭省。据史书记载，玄烨在生活上要求极为俭朴，龙袍上必须有补丁，圣履上也要打着包头。满朝文武为了迎合他的心意，纷纷穿起了旧袍旧靴。一时间，京城里出现了不少专卖旧官袍带履的商店来，买卖十分兴隆，旧的价钱比新的要贵几倍。玄烨时宫廷费用与明代相比大大减少。据玄烨自己讲：明代一日之费，可抵今一年之用。这话显然相当夸张，但从另一个角度说明玄烨节约俭省的效果还是很显著的。
玄烨为政极重实效，一贯反对浮夸虚饰。他所提出“满招损，谦受益”的名言，是他反对浮夸虚饰的最好写照。在玄烨60多年的皇帝生涯中，他的臣下曾先后多次请为他上尊号，结果都被他一一拒绝。他曾对臣下说：“无视无听，视乎民生，后人自有公论。若夸耀功德，取一时虚名，大非朕意，不必敷陈。”他还一再拒收朝臣晋献的生日贺礼，他婉言道：我的诞辰，你们这样晋献，各省督抚也一定会仿效，所以我决定不能接受。在他去世前不久，他最后一次拒绝了群臣为他第二年举行“万寿七旬”贺礼的请求。玄烨作为一个封建皇帝，能够在内政外交都取得重大胜利后保持清醒头脑，拒绝臣属的颂扬，使虚饰浮夸之风无以自立，也是非常难能可贵的。
玄烨皇帝虽然大半世雄才大略、勤勉为政，但晚年则保守宽怂，对官吏的贪污行为也不像以前那样严加追究。他曾说：“所谓廉吏者，亦非一文不取之谓。若纤毫无所资给，则居官日用及家人胥吏何以为生。”由于玄烨晚年的放纵，因而就使清朝的吏治一日不如一日，引起了人民群众的反抗。
玄烨晚年，统治阶级内部的斗争日趋尖锐，其中尤以建储一事表现最为突出。玄烨作为一个封建帝王，拥有众多嫔妃。众多的嫔妃又给他生养了众多的子女，仅皇子就有35个之多。众多的子女本来是皇族兴旺的一大标志，但却成了玄烨为之心力交瘁的一大难题。
康熙十四年，21岁的玄烨一改满洲统治者不立储嗣的习惯，采用了汉族统治者的嫡长子皇位继承制度，册立嫡子胤礽为太子。十二月，举行了隆重的立储大典，并颁诏天下。当时胤礽只有1岁多，因他是中宫孝诚仁皇后所生，所以玄烨舍长立幼。随着胤礽年龄的增长，玄烨便派太子师傅开始对他精心培养，既系统给他讲述儒家学说，又教他骑射武功。同时，玄烨还经常带他外出巡行，也曾让他处理过一些政务。玄烨的心愿就是将胤礽培养成一个理想的君主。胤礽勤学上进，能文能武，只是从小养成了骄纵任性的性格，特别是他的不忠不孝不仁常常使玄烨大为恼火。
到了康熙四十七年，玄烨在去木兰围场秋猎途中，便突然当众宣布废掉时已33岁的太子胤礽。当时诸皇子都已渐渐年长，各自招揽门客，结交权贵，觊觎皇位。早在康熙四十二年，亲附胤礽的元老重臣索额图就因“结党妄行”的罪名被幽禁。玄烨认定胤礽辜负了自己的谆谆教诲和悉心指教，品行不端，与索额图朋比为奸，不废掉他，自己难免不知今日被毒死，还是明天遭杀害，很可能重演隋文帝的故事。想到这里，玄烨老泪纵横，悲愤欲绝。胤礽被废后，玄烨仍然愤懑不已，连续六昼夜不能安睡。
太子胤礽废掉后，并没有使其他的皇子平静下来，相反，诸皇子争当太子的欲望更加强烈起来，活动相对也加剧了。这时，皇八子胤祀积极活动，授意大臣们推举他为太子，受到玄烨斥责。胤礽急不可耐，唯恐玄烨回心转意，复立胤礽为太子，便设法谋害胤礽。事情败露后，玄烨极为震怒，拔出佩刀想杀死胤祀，幸亏皇五子胤祺在旁边抱住玄烨哀求，这场父子相残的悲剧总算没有发生。随后，胤祀被革去了贝勒的封号。皇长子胤礽是则以巫术诅咒胤礽，结果也被玄烨革去王爵，终身监禁。另有其他几位皇子也都在不同程度上参与了这场争斗，结果都受到了惩处。面对这样一种错综复杂的局面，素称圣明的玄烨也难以决断。他痛心地对皇子们说：“等我百年之后，你们必定把我丢在乾清宫内，只顾自己束甲相争去了。”
遍读史书的玄烨对历史上残酷的皇位之争自然洞若观火，他的十几个儿子都很出色，究竟谁堪担当大任，康熙一筹莫展，迟迟拿不出主意。
康熙四十九年三月，玄烨一方面觉得胤礽有了悔过的表现，另一方面也想断了诸子争立的念头，复立时已35岁的胤礽为太子。事前，玄烨曾当着群臣的面，泪流满面地对胤礽提出忠告、鼓励和殷切希望。胤礽则当众表示要纠正错误，痛改前非，不记仇，不报复。
胤礽复立为太子，未能真正解决皇储矛盾，形势反而愈加严峻。胤礽复立后，为保住自己储君的地位，进一步收罗党羽，扩充实力，使皇储之间的矛盾进一步激化。这一切迫使玄烨不得不再度考虑对胤礽的去留问题。经过一段时间的深思熟虑，康熙五十一年九月，玄烨以皇太子“行为乖戾”、“大失人心”为由，再次宣布废黜皇太子胤礽，并且宣布将其永远禁锢在咸安宫内。六十多岁的玄烨是不比从前了，按理应对立储之事早做安排。但是上书要求立储的事屡遭训斥，有的差点被砍了头。最后他不得不表示：准备在临终前留下传位遗诏，暗立继位人。他晚年最中意的皇子是十四子，他特地任命十四子为抚边大将军，派往西北边垂扭转关系重大的西北战局，以让他建立功绩，提高威望，为继承皇位创造条件。
康熙六十一年十一月十三日，玄烨病逝，享年69岁，庙号圣祖，安葬于遵化马兰峪，名景陵。
玄烨8岁即位，16岁亲政。他北巡51次，六下江南，一生之中不断东巡西察，大部分时间在马上、民间度过，他勤勉为政，外御侵略，内平叛乱，重农贵粟，整饬吏治，虽非开国皇帝，但却用他的文韬武略亲手勾画了清帝国辽阔的版图，实为帝国繁荣局面的开创者，实在是一个很有作为的皇帝，被称为千古一帝，也实不为过。