作为占卜术中特殊的一类，对疾病的认识和治疗无疑是《发病书》的中心目的和核心内容，所以理当涉及病因、病症、治疗诸方面。从内容构成角度看，应该说这些内容在《发病书》中都涉及到了。由于其中病因和治疗主要是宗教内容，所以对病症的描述当最能反映《发病书》对疾病的认识。在P.2856写卷中，对病症的描述比较多的有“推年立法”、“推得病日法”、“推初得病日鬼法”三项，“推得病时法”、“推十二祗得病法”、“推四方神头胁日得病法”三项则略微涉及到一些病症。在P.3402V卷中，与P.2856卷对应的内容有三项，其中恰恰是“推得病时法”、“推十二祗得病法”病症描述较多，而“推年立法”仅有的一则内容中恰好没有症状描述，两卷对病症的详略情况正好相反。
“推年立法”云年立寅，忌正月、七月，带此符大吉。年立寅，青色人衰，正月寅日，七月申日，若其日得病者十死一生，非其日时不死。病惟苦头痛，胸胁满，矩（短）气，见血，恍惚不食。祟在山神、树未(木）、狂死鬼、及断后兵鬼、不葬鬼所作，宅中有独鼠怪，忧小口，及水上神明丈人，急解之吉。忌正月、七月寅申日。”该项十二条的内容结构基本如此。综合考察整个内容所涉及病症，所看到的往往是一些相同的情况，重复性极强，有些症状文字表达略有不同，实际内容基本相同。从统计中可以看出其基本情况如下。在十二个年立中，头痛者占十二，饮食不下者占十一，心腹胀满者占九，手足四肢烦疼不宁者占九，吐逆者占六，咽喉不利者占五，乍寒乍热者占四，短气者占三。另外还有见血，恍惚，腰背、腰脊强，咽项强，不眠、卧不安，胸胁痛，耳目痛，股中急，心腹热闷，孔穴不利等。再査核P.2856和P.3402v卷其他各项中的病症描述，可以看出，其在文字表述上有时有所不同，但出现频率最高的病症状况与“推年立法”中反映的情况基本相同，另外还见有五脏不通大小便难，心中恍惚狂言，身体生疮，见血，口噤，不别亲疏，水肿大腹，半身不遂，失溺，水不利，多语言，足冷，吐血，心腹、百节痛，狂颠，痴哑，耳聋，下部闭塞，背痛，惊恐之类。
以上涉及症状大致有三十余种，从出现频率高低的不同似乎可以看到当时敦煌民众常见病症的一些情况，如头痛、饮食不下、心腹胀满、手足四肢烦疼等最多，这应该说是基本符合常见病情的；但其中没有看到诸如腹泻下利、头昏头晕之类常见病情，这也颇值得引起地方病、疾病史研究的注意。我们这里最为关注的是，从这些症状描述来看，都显得非常直观，没有从医学方面更为详细的症状描述，不涉及真正的医学病理学、生理学的术语，没有关于气血、荣卫、脏腑、经络等专业知识的内容，也看不见四诊、八纲诊断方法的运用。整个描述似乎仅仅是一些缺乏医学知识的病家的主诉。显然，这种描述与我国古代医学自汉代以来已经相当发达的水平相比较，是大相径庭的。这充分说明，《发病书》各项内容的作者缺乏基本的医学知识，对疾病的认识相当肤浅，乃至与毫无医学知识的普通民众几乎没有什么区别。
关于病因，从《发病书》总体内容来看，应有两个方面的因素，其一为年命运程因素，即命运中在某一个特定的时段必然遭际厄运而受病乃至性命该绝，这一点主要反映在“推男女年立算厄法”和“推人十二支生人受命法”中。其二为鬼神致病因素，而且具体致病因素均可以落实到鬼神方面，有时还附带一些动物为怪。鬼神致病又可具体分为两种情况，一种是六壬十二神使人得病，一种是其他鬼神为祟致病。
从前文引《发病书》内容看，六壬十二神属于天上之神，专门掌管人的生死命运，所以人所得疾病的轻重缓急也自然与之相关。从《推得病日法》内容看，与六壬十二神相关的病之吉凶首先是命运吉凶的表现，在这一前提下，进一步追究具体的致病之由，就要落实到其他鬼神为祟方面。如“辰日病者，困。辰者天罡之游激，主收人命，故知之困，十死一生。为人黄色、头痛、心腹胀满。祟在丈人宅神、土公许之不赛，东南西北有鬼字小光阿仙……”o在“推得病时法”中，六壬十二神也使人得病，但表述方法与其他鬼神致病者明显不同，只是说“病之”，而不说“祟在”或者“为祟”，这充分说明六壬诸神灵使人得病正是属于执行掌管生杀权力的行为，随之便有鬼来“收人魂魄”（也不叫“为祟”），或送天曹、天庭，或送太山，或送五道。遇上这种情况，病家并不是静听命运的安排，而是需乘魂魄尚未离去时，急速求某方位之“师”解之，如酉时病者，男轻女重，天罡病之，恐困。何以言之？天罡者天之狱吏。病者大重，鬼吏在寅地收人魂魄，欲送天庭未去，宜使乾上师解之。”
六壬十二神之外的其他鬼神作祟的内容是整个发病书的主体部分。它们具体为祟的情况比较复杂，有时是所谓神灵亲自出马为害于人，如“推五子日病法癸丑日病，至丁巳日差，祟在天神，解丙辰日病，至庚申日差，祟在灶君、土公丈人。”有时是鬼类作祟，如前法中有“甲子病者，至庚午差，星死鬼所作，求之吉”；“丁丑日病，至庚寅日差，祟在客死鬼。”有时是神灵与鬼类联手作祟，如“推四方神头胁日得病法”：白虎胁日“病者不死，丈人将他外鬼为祟。解，五日差。”更多的则是由神灵派遣各种鬼类作祟。如“推年立法”：年立午，病者“祟在社公、灶君、天神不赛，北君有言，遣绝后鬼、丈人独鼠为怪。”“推得病日法申日病者祟在北君、丈人遣星死鬼、断后鬼为祟。”也有神灵联合病家先亡灵魂为祟的，如“推四方神头胁日得病法”曰：朱雀日“病者，司命为害，犯北君、外神、祖父母所作。谢之吉。”形成不同的组合为害于人。也有家神不安或不喜，勾引外鬼为祟的，如“推十二祗得病法”：“成日病者，家中斗诤，咒诅相向，宅神不安，遣断后鬼为祟，急解送，时日差。收体病者，家灶君、宅神，宅神不僖，遣不葬鬼为祟，解之，八日小差，十日大愈。”也有纯粹属于已故亲属的鬼魂为祟的，如“推四方神头胁日得病法”曰：白虎足日病者，“兄弟鬼所作，急解之吉。”另外，在以各种鬼神作祟为主的情况下，还有动物为怪致病的情况，如鸡狗为怪、独鼠怪、飞虫走兽为怪、西方釜鸣为怪等。
关于鬼神为祟的具体原因，主要是因为人没有按时奉献祭品，及时讨好他们，如“推年立法”：年立辰，黄色人衰，病者“祟在树神、北君、司命、丈人、兵死鬼、无后鬼、东南土公不赛，令人失魂。”或者没有及时实现给神灵许下的诺言，如年立亥，病者“祟在西北髙贵大神久许不赛，遣客死鬼、女详鬼病之。”或者是欠下了宿债，如“推十二祗得病法”曰：“执日病者，天神下有宿债不赛，丈人将外鬼与人为祟。”或者是由于自己的行为不慎触犯了神灵，如“推十二抵得病法”曰平日病者，西南有所作，犯触树神，遣不葬鬼为祟，宜须急解，五日小降，七日大差。”或者是因外人来而冲犯了神灵，如“推得病日法”：子日病者，“有黄色男子从外东南来惊动宅神。”或者是鬼神饥饿，欲得饮食，如“推十二祗得病法”曰：破日病者，“土公丈人欲得饮食，遣死鬼为祟。急解送，五日差”；“推四方神头胁日得病法”曰：青龙胁日病者，“丈人时(将)他狱死鬼来，来欲得饮食。解之吉，八日差。”因家中争斗引起的家神不喜而致病邪的情况已见前文所引。
至于“推初得病日鬼法”则按十二支日每天对应了一位凶鬼，不管碰到哪一天得病，总会有一位日辰之鬼负有作祟的责任。而它们的作祟害人，并非受命于大神，也不是有求于人，只因为他们的存在就是置人于病患乃至置人于死地。在《发病书》中所见鬼神中，以这十二位恶鬼最为凶险，形象也最为丑陋，所以该法中对这十二位恶鬼的形象作了较多的刻画，其大概形象是：子日病者，鬼名天贼，四头，一足而行；丑日病者，鬼名天（罡加刀），青身赤面，手执气(不识），一足而行；寅日病者，鬼名同炉，黄头赤身；卯日病者，鬼名老目离，青头赤身；辰日病者，鬼名铁齿，赤身，头上有一角，好食生血；已日病者，鬼名强郎，头戴半月，一足一手，青翅赤身，员转而行；午日病者，鬼名文卿，青身黄面；未日病者，鬼名喔(挤)，独头蛇身，两翅一足，朱红面；申日病者，鬼名铜聋，绿身翼戴鱼；酉日病者，鬼名（上老下目），绿面非(绯）身，待气俄吐舌而行；戌日病者，鬼名石系机（？），眉生两翅，手持刀，而逢人即斫。亥日病者，鬼名东僧，赤面黄身，倒脚向上，吒（托）地而行。这些恶鬼不惟面目狰狞，而且一旦作祟，往往导致重病乃至致残，更严重的是直接置人于死地。如令人狂颠、狂言，半身不遂，痴哑，乃至暴死，或者“逢人即斫”等。
综观整个《发病书》写卷，作祟致病的鬼神主要有以下一些：属于神灵的有司命、灶君、北君、土公、社公、丈人、宅神、树神、天神、高贵大神；属于鬼类的有司命鬼、客死鬼、星死鬼、无后鬼、断后鬼、溺死鬼、狂死鬼、狱死鬼、女子鬼、女祥鬼、兵死鬼等。而这些神鬼，既有符合道教特征的一面，同时又有符合民间宗教信仰的一面。从道教的角度看，关注鬼神姓名以防其作祟干犯本来就是道教的重要内容之一，如《太上三五正一盟威箓》曰：“百鬼皆畏人，人知大鬼姓名，则悉不为害也。”[33]《道要灵只神鬼品经》曰：“后有道士男女生官见吾秘经，知鬼姓名，皆保元吉。”[34]而当这些鬼神信仰被置于道教北斗神、南斗神、六壬十二神体系之下，又与道教的解谢、用符诸法融为一体时，无疑其道教的意味更加浓厚，从而将这些民间宗教中的鬼神信仰导向道教信仰。从民间宗教的角度看，除北斗、南斗、六壬十二神这些道教正神以外，其他神灵经常和鬼魂一道“作祟”。这样的神灵完全失去了传统的也是正统的认识中“神，聪明正直而壹”[35]的意义，堕落为邪神或鬼类了。比如司命、灶君不是行使掌管人的生命寿夭等神界权利，根据人的善恶行为增减或夺其寿算，所谓“故言司命，近在胸心，不离人远，司人是非，有过辄退，何有失时，辄减人年命”。[36]“月晦之夜，灶神亦上天白人罪状。大者夺纪。纪者，三百日也。小者夺算。算者，三日也。而只是为了一己之私而施其淫威，直到获得人间的礼品供奉。同时作祟队伍中还有所谓“天神”，他不在天上享受神仙之乐，而是留恋人间烟火。凡此均显示了神灵品格的蜕化和低俗。当然，这些鬼神的索求及神灵品格蜕化的原因自然不在原本虚无的“神灵”本身，而在于“神灵”的造作者一人。马克思所说的“宗教即颠倒了的世界观”，[w]恩格斯所说的“一切宗教都不过是支配着人们日常生活的外部力量在人们头脑中的幻想的反映，在这种反映中，人间的力量采取了超人间的力量的形式”，[39]其某些内涵在这里表现得相当直观。人世间战争连绵，多有杀身疆场者，于是阴间有兵死之鬼；人世间灾难重重，致使子女罹难、或养育未成，祖宗血脉因此断绝，于是阴间有无后之鬼；人世间多有背井离家、客死他乡者，阴间便有客死之鬼；人世间多有死而不葬、露尸于野者，阴间便有不葬之鬼；老百姓常常倍受饥饿熬煎，故而鬼神也因饥饿索食为祟。这一切只能是陷于衣食之忧、疾病之忧、性命之忧的下层民众的心理意识的折射。显然，这种神灵信仰只能属于民间宗教信仰之列。而这两个层面的相互交织正好展示了在广大民众层面，道教与传统民间宗教信仰的融合和渗透。
进一步来看，《发病书》在鬼神致病的说辞方面，存在着一些明显的矛盾，那就是从若干项推占术出发，同一天得病可以找到几种不同的鬼神作祟的说法。因为《发病书》中的很多推占法都囊括了每一天。比如“推得病日法”酉日病者头痛，胸胁腰背痛，断（短）气，吐逆，四支（肢）烦乱，不别亲疏。祟在天神，丈人、司命、土公、星死鬼”，但放在“推年立法”中，则按不同年份而为祟者有差别，如年立在卯，病者亦有头痛、吐逆等症，“祟在丈人、灶君、客死鬼，家有先怪，飞虫野兽人宅为怪，犯东方土公及门户树木神”；如年立在酉，病者亦有头痛、两胁痛、吐逆、手足烦疼等症状者，其祟却“在大神、丈人，从外得之，北方有人惊动宅神，无后鬼、狱死鬼令人魂魄分散。”若根据“推得病时法”，则当据时辰而论，不同时辰对应不同的六壬十二神和相应的鬼神作祟。若根据“推十二祗得病法”，则又是另一套说法，等等。如此不同的说法必然导致互相之间的冲突，但《发病书》的辑录者似乎没有关注这些自相矛盾的问题。这一方面说明了这些不同的占病之说各有来历，原非一人之作，而是由《发病书》的辑录者不问青红皂白地堆积在了一起。所以从其文本的角度来说是十分粗疏的。另一方面，由于致病因由说法不一，在实际运用中只能一面广泛地向各路鬼神祈求，一面更加注重宗教手段主要是道教方术的运用。如号称敦煌王的归义军节度使曹延禄所进行的醮祭活动正是这样。[40]
关于治疗之法，除“推男女年立算厄法”和“推人十二支生人受命法”属于从禄命的角度推人算厄内容，不具体涉及病因、病状和治疗外，其他八项均涉及这方面内容。在治疗法中最鲜明的主要是用道符之法和用“解”之法，另外还有“厌”、“送”、“谢”等法。道符以其特殊的、神秘的形式和优先使用的威力而引人注目，明确使用道符的有三项；“解”法即是解除、解谢的方法，其运用最广泛，贯穿于其中六项。具体情况如下推年立法”主要是佩带道符与解法的综合运用；“推初得病日鬼法”主要是病人吞符和门户贴符及作鬼形厌鬼之法的综合运用；“推五子日病法”主要是吞符和解法的综合运用。这些内容从前文中均可以看到。“推十二祗得病法”对鬼神为祟均用解法，或曰“解之"，或曰“急解之”，或曰“急解送”等。“推四方神头胁日得病法”七条内容中六条要求“解之”或“急解之”，一条要求“谢之”。“推得病时法”是针对一些病症和将要离去的魂魄以及鬼神为祟的情况进行的救治，其中或直接用解法，或者要求病家从一定的八卦方位请“师”来“解”或“治”；但看到的应该属于“治”法的均为服某种颜色的药物，并无具体药物药方；同时这种治法中也当不排除解谢之法。如夜半时病者，男重女轻，大吉病之，恐厄。何以言之？大吉之史收人魂魄送付天曹未去，争呼选（巽）上师治之。三日小降，七日大差。”“午时病者男重女轻，北君不赛，宜使兑上师，服白药、解，七日大愈。”“推得病日法”卯日病者指出对所犯鬼神应“急解之”，但每一条内容中最主要的解除手段是用米面或麻蒲、腊等做成的假人及香火遣送为祟鬼神，如“卯日病者，不死。卯者太冲，天使者，主生人命，男轻女重，故知不死。青色人患胸胁头及手足痛，祟在养鬼、灶君，所犯东方，急解之。鬼字仪光，一名（原文下缺）。在人舍西北戌地，去舍六步，错腊代人香火送。未日差，酉日大愈。”这大致是由于得病与掌管人之生死的六壬十二神有关，。“推十干日病法”的五条内容极简单，最后只指出了头的卧向，或者向东，或者向西。