高昌回鹘政权的奠基人仆固俊时期，占有北庭、和州，包括今哈密以西，玛纳斯河以东广大地区，至巴而术阿而忒的斤亦都护在位时，辖境“北至阿木河，南接酒泉，东通兀敦石哈儿，西临西番”，占地比初期有较大增加。巴而术阿而忒的斤举国归附成吉思汗，大汗以其有功，允许继续领有辖地，并给予位在诸王之上的优待。成吉思汗在亦都护辖区除设达鲁花赤外，未派其他军政官员。亦都护随成吉思汗西征东伐，为蒙古汗国的统一事业做出了重大贡献。
太祖二十二年（1227年），成吉思汗在进攻西夏的战争中病逝，亦都护一职就开始发生变化。大汗在世时，将所有被征服的地方分封给几个儿子，即后世的钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国。其中窝阔台汗国和察哈台汗国从三面对亦都护领地形成包围之势。拖雷继其父业维持了一年的统治，窝阔台被推举为大汗，即由额敏河地区前往哈拉和林即位，原辖区交给其子贵由管理。此时，蒙元诸汗内部争权夺利的斗争已经开始，而且愈演愈烈。窝阔台在位十三年（1229～1241年）而死，争夺汗位继承权的斗争一直持续了5年，直到1246年才由贵由担任。此时，亦都护政权内部也发生了问题，巴而术阿而忒的斤死，传位其子怯失迈失。不久死，弟萨仑的斤嗣，萨仑的斤在宗教、政治的斗争中牺牲，玉古伦赤的斤继为亦都护。这场斗争无疑削弱了亦都护政权的力量。
贵由在位三年逝世，后来政权又落到拖雷之子蒙哥手中。蒙哥为了削弱窝阔台、察合台汗国的势力，采取分解政策，将领地分为若干小块，其中从窝阔台汗国分化出来的合丹领地就放在别失八里，直接占有亦都护的大片土地。蒙哥还以讷怀、塔刺海、麻速忽等充任别失八里等处行尚书省事，加强对该地区的控制。玉古伦赤的斤亦都护不得不接受这样的压力，把领地缩小到高昌一带。《西宁王忻都碑》记：“己而北庭多故，民弗获安，乃迁国火州”，正是指此。
玉古伦赤的斤死后，子马木刺的斤嗣。宪宗八年（1258年）蒙哥伐宋，马木刺的斤被征调，“将探马赤军万人从宪宗皇帝伐宋合州，攻钩鱼山（今四川合川）”。后还军高昌病死，亦都护政权的势力更加削弱。
元世祖忽必烈至元三年（1266年），诏令马木剌的斤之子火赤哈儿的斤即亦都护位，六年（1269年）就发生了蒙古贵族海都之乱，给高昌人民带来了沉重灾难。十二年（1275年），都哇、卜思巴等率军十二万（《西宁王忻都碑》作“二十万”）围攻火州，围攻六月不解。亦都护表示“忠臣不事二主，且吾生以此城为家，死以此城为墓”，以实际行动维护了国家的统一。
火赤哈儿的斤亦都护通过斗争保护了火州城池，恢复生产，重建家园，并“屯于州南（？）哈密力之地”。但在元气尚未恢复的情况下，都哇的大军又于至元二十二年（1285年）再次围攻火州。亦都护力战身死，火州失守。
火赤哈儿的斤死后，子纽林的斤年幼，遂率部众内迁至武威县北之永昌府地方。《西宁王听都碑》记忻都之父迁徙情形云：
亦都护来朝，挚家以从，跋履险阻，行次永昌，相其土地沃饶，岁多丰稔，以为乐土，因定居焉。
这说明纽林的斤之内迁是为了朝见元世祖，报复父仇。部众留居永昌，是因为看中了这块肥美土壤，有利于从事生产，重建家园。至元二十四年（1287年），忽必烈亲率大军征漠北叛王乃颜，命纽林的斤等在永昌待命。平叛很快取得了胜利，纽林的斤的兵力没有调动，这批高昌回鹘人就在永昌地方定居下来。
这个永昌不是现在的永昌县，而是今武威城北偏西的“永昌府”。
成吉思汗于二十一年（1226年）西征返回途中，占领了凉州（武威）。窝阔台继汗位后，就命其次子阔端开府于凉州，控制西部。太宗七年（1235年）阔端奉命出兵征秦、巩、石门（甘肃东南部），接着深入四川，凉州就留给其子只必帖木儿驻守。只必帖木儿用了37年的时间于至元九年（1272年）建立起新城，内有宫殿等建筑，忽必烈赐名为“永昌府”。
只必帖木儿为什么不驻历史悠久、建筑宏伟的凉州城，而于附近另筑新城呢，这与蒙古民族当时的生活习惯有关。凉州城虽然街道整齐，屋宇高大，但三面都是卵石河滩，北面是湖泊沼泽，不适于游牧民族放牧、狩猎的习惯。永昌府城周围当谷水（石羊河）上游，四面平坦，水草丰美，特别是由此向北达三百余里的谷水平原，更是游牧、狩猎的极好场所，不仅随从的蒙古牧民可以放牧，王公贵人也常去那里，因此别筑新城，更便于活动。蒙哥汗执政时期，曾先后将窝阔台之孙蒙哥都和窝阔台之后忽帖迁到永昌“阔端所居地之西”，这样在凉州、永昌一带就有大批蒙古人居住。纽林的斤率部众内迁，除其他原因外，还要寻求蒙古贵族的保护，而永昌府城地区，正具备这样的条件。
与此同时，亦都护家族还有其他人内迁。《元史·世祖纪》记：
二十二年五月，敕尕儿只招集甘、沙、速（肃）等州流徙饥民。
十月，遣雪雪的斤领畏兀儿户一千戍合剌章（云南大理）。
前条引文中的尕儿只，或即《元史·文宗纪》天历二年十一月“命尕耳只亦都护为河南行省丞相”者，文帝称其为“先朝旧臣”，年龄已相当大了。后一条资料中的雪雪的斤，大概就是上引任衢州路达鲁花赤伯颜不花的祖父。
纽林的斤留居永昌后，当时并无亦都护称号。《世勋碑》记：“会吐蕃脱思麻作乱，诏以荣禄大夫、平章政事、吐蕃宣慰使领本部探马等军万人（“万人”二字据虞集文补）镇吐蕃，威德信明，贼因欲迹，其民亦（以）安。武宗皇帝召还，嗣为亦都护”。纽林的斤约于至元二十二年和二十三年（1285-1286年）迁居于永昌，《元史·成宗纪》载：“元贞二年（1296年）二月诏驸马亦都护括流散畏吾而户”。驸马一词用于纽林的斤是符合历史事实的，据《公主表》记：纽林的斤曾娶窝阔台之孙女不鲁罕公主、妹八卜义公主和安西王阿难答之女兀剌真公主，前两公主是在世祖时娶过的，成宗时称其为驸马，合乎情理；唯亦都护之职为武宗时始封，不知何以如此称呼，或许是史家失误。
纽林的斤出镇吐蕃时，部众有本部探马等军万人，与宪宗时亦都护马木剌的斤攻宋合州时的兵力相同，说明元气已初步恢复。如果按这样的兵力推算，当时居于永昌一带的回鹘人约有四五万之多。出兵吐蕃后，大批居民仍留居该地。《西宁王忻都碑》记：忻都常训诸子，“若曹年少，不知稼穑之艰难，宜务农治生，当力行善事。”这虽是忻都家教之言，但对广大畏吾儿居民自然会产生影响。畏吾儿定居农户在永昌出现，对武威附近土地的开垦，农业生产的发展，从而人民生活的改善、社会的安宁起着积极作用。
元仁宗即位后，加封纽林的斤为高昌王，令其以“王印行诸内郡，亦都护之印则行诸畏吾而之境”。此畏吾而之境即指高昌回鹘王原来的辖地。纽林的斤为了返回故地行使亦都护的职权，曾领兵至火州，复立畏吾儿城池，但遭到失败。延佑元年（1318年）纽林的斤在永昌逝世，从此高昌王亦都护再未返回高昌。
纽林的斤返回高昌重建政权的行动所以失败，主要要从两个方面考察其原因。
第一，高昌地区的形势发生了变化。巴而术阿而忒的斤在世时，成吉思汗曾允许他保留原王国辖区的一切权利，蒙古大汗只派达鲁花赤进行监理，并不直接干涉其事务；元宪宗于别失八里置行尚书省，亦都护仍然行使自己的政权，影响还不很大。但到忽必烈继位后，蒙古贵族内部的斗争日益尖锐、激烈，亦都护的辖地逐渐被蒙古诸王蚕食，特别是至元六年海都等叛乱之后，亦都护政权就成了首当其冲的受害者。叛乱者首先占领天山北部，后两次围攻火州，波及哈密，亦都护战死，人民生灵涂炭，流离散亡，亦都护家族不得不向关内迁移，对辖地完全失去了控制。
忽必烈为了扶助高昌政权，曾采取了一系列措施。
1．增设官职：至元十五年（1278年），“初立提刑按察司于畏吾儿分地”；十七年（1280年）“立畏吾境内交钞提举司”。同年，“置北庭都护府于畏吾境，以脱脱木儿等领其事”。次年，“改畏吾断事官为北庭都护府”，由原畏吾儿官员处理的事务改为蒙古官员处理。又“自太和岭至别十八里置新驿三十”，加强交通联系，从此元朝派去的军队、官员不断增加。二十二年亦都护战死后，忽必烈根据枢密院的奏议，决定在别失八里、和州置宣慰司，“凡军行并听伯颜节制，其留务委孛栾带及诸王阿只吉官属统之”，阿只吉成了建牙于别失八里、兼统和州、哈密等地的重要官员，蒙古官员逐渐深入到亦都护辖地的各个地方。
2．救济难民，扶助其发展生产。海都叛乱初，“畏吾而之民遭难解散，于是有旨命亦都护收而抚之。其民人在宗王、近戚之境者，悉遣还其部。”第一次火州之围得解后，元政府曾于至元十五年发钞赈济别失八里、日忽思等饥民。十七年，“以秃古灭军劫食火拙（和州）畏吾城禾，民饥，命官军给驿马之费，仍免其赋税三年”。紧接着下诏“谕和州诸城，招集流移之民”。这次救济共“宝钞二十万锭”。二十二年的战争中，“都护府言：合刺禾州（哈拉和州）民饥，户给牛二头，种二石，更给钞一十一万六千四百锭，籴米六万四百石，为四月粮赈之”，以后还不断给以赈济。随着救灾赈济的不断扩大，元朝政府对当地居民的统治就逐渐加深，关系也就越来越密切了。
在救济难民的同时，元朝政府大批向高昌地迁移居民。至元十八年，元朝“命万户纂公直、宣慰使刘恩所将屯肃州汉兵千人，人别失八里”，从事屯田。至元二十三年，复“遣兵千人戍畏吾境”，“侍卫新附兵千人屯田别十八里”。十一月，“遣蒙古千户曲出等总新附兵四百人，屯田于别十八里”。次年，屯田扩大到哈密、玉速曲等地。
移民屯田人数的不断增加，不仅改变着原亦都护辖境居民的民族成分，而且使原来亦都护臣民的土地大量变成新迁居民的屯田了。