·元
元王朝的政治体制是蒙古草原游牧君主制与汉地传统的封建中央集权制度的融合体，又兼行省、宣慰司、路、府、州、县等地方行政建置多达五、六级，有元一代中央与地方的财政关系，呈现出与以往封建王朝不尽相同的新情况。它把被征服政权的几种临时的和永久的区划都叠加起来，所以就产生了一种复式的层级统辖关系。最简单的只有二级，如省领路或省领府、领州；五级则是省、路、府、州、县；一般实行的是三级和四级。“省”成为中国现行的中央政府直接统辖的第一级地方行政区划，是从元朝开始的。元代正式在全国范围内实行行省制度。蒙古人入主中原以后，置中书省总理全国政务，称“都省”，因统辖地域辽阔，根据全国地理形势，设立十个行中书省分治。首都所在的腹里地区（今河北、山东、山西及内蒙古部分地区）仍由中书省直辖，吐蕃地区由宣政院管辖。行省掌管所辖省内的钱粮、兵甲、屯种、漕运及其他军政事务，统领路、府、州、县；距省治较远或少数民族地区，另设宣慰司道，作为行省的派出机构。元代地方机构的官员为达鲁花赤（意即长官），由蒙古人或色目人担任，汉人任总管、知府、知州，品秩相同，而实权在达鲁花赤手中。元代在路、府治所在的城市内设置隶事司（上都、大都设警巡院），专门负责管理城区居民，这是中国地方行政机构明确区分城市与乡村之始。
·明明兴后减少行政区划，撤销路的建置，改路为府，将州分为直隶州与属州（也称散州）两层。其地方行政制度的第一级区划是两京十三布政使司（省），合称十五省：京师（北直隶）、南京（南直隶）、山东、山西、陕西、河南、四川、江西、湖广（今湖北、湖南）、浙江、福建、广东、广西、贵州、云南。每省机构分置三司：左、右承宣布使司，主管省民政，分领府州县，由中央六部统管；提刑按察使司，主管省监察司法刑狱，听命于刑部、督察院；都指挥使司，主管省军户卫所，听命于兵部和五军都督府。
其中，府与直隶州同为第二级，州为第三级，只有县或为第三级或为第四级，大大简化了元代繁复的多级行政区划。
明代还设巡按御史为监察官员负责监察各省三司，以防止地方专权。例如戏剧中的江南八府巡按的故事。但因地方三权分立，无统一领导，产生政权运转不灵的弊病，于是明中叶以后又有总督、巡抚之设。
巡抚：“巡守抚军”，以民事为主，设于各省。
总督：以军事为主，兼理民政，大都设在边区。另有专管漕运、河运的总督。总督、巡抚对清代及后世影响很深。
·清
清朝入关，定都北京，废南直隶（南京），清初沿袭明代十五省的划分，各省事务以巡抚为主，每省设一总督主军务，这是总督、巡抚成为地方行政官员之始。康熙六年（公元1667年）鉴于原明代南直隶（江南省）、陕西省、湖广省辖域过大，各分为两个省。全国为十八个省：直隶、江苏、安徽、山东、山西、陕西、甘肃、河南、四川、江西、湖北、湖南、浙江、福建、广东、广西、贵
州、云南。
乾隆二十五年（公元1760年）全国定为八总督，总督为地方最高长官。即：直隶总督；两江总督，辖江苏、安徽、江西三省；陕甘总督，辖陕西、甘肃二省；四川总督；闽浙总督，辖福建、浙江二省；湖广总督，辖湖北、湖南二省；两广总督，辖广东、广西二省；云贵总督，辖云南、贵州二省；河道总督，专责河防事宜；漕运总督，专事漕运。雍正年间直隶总督兼巡抚事，乾隆中叶，因军务日重，裁四川、甘肃二巡抚，统由总督兼理。这样，全国只有十五巡抚。山东、山西、河南三省未设总督辖区，由巡抚兼总督事。
光绪十年（公元1884年）新疆建省，置巡抚一人；十一年（公元1885年）福建分设台湾省，由福建巡抚改任，移驻台湾（治今台南），公元1895年中日战争后割让日本；光绪三十三年（公元1907年）增设奉天、吉林、黑龙江三巡抚和东三省总督，所以，清末共有二十三省九总督十五巡抚。清代省一级长官：总督总理大区域军政事务，职权最重。巡抚掌一省财政、民政、司法、乡试，地位略次于总督，二者常并称“封疆大吏”。
明、清及至现代，省制一直被承袭下来，数目增加了，省境有继承，也有变化。元明清时期省级地方行政区划最重要的特点：突破了按山川形势走向，自然区域划分的规律。
例如：元代秦岭以南汉水上游的汉中谷地划归陕西省。这是出于政治和军事的考虑，因为汉中盆地是四川在北方的天然屏障和缓冲之地，宋金、宋元之战，南宋皆凭借秦岭有利地形长期据守。古语：“天下未乱蜀先乱”，失去它，四川便不易形成完整的割据区，有利于对整个四川盆地的控制。汉中剑阁本为一完整形胜之区，汉中与蜀的联系比与关中便利和频繁，经济、文化、语言、习俗亦接近四川，这是有意将剑阁与汉中分属二省。
地方行政组织变迁的基本特点
复旦大学地理历史研究所周振鹤教授将地方行政组织变迁的基本特点概括为两条：由高降低，由虚入实。
关于由高降低这一点，周振鹤教授以州为例。东汉末年只有十三州，且为高层政区；而隋初，州数已达三百余之多，且级别已降为统县政区；至明，大部分州已与县相当，到清则散州与县无异了。
由虚入实，周振鹤教授是从高层政区及政区长官的演变这一方面来说的。历史上高层政区都是由非行政区，即监察区或军区演变而来，政区长官也由中央官员转变而来，周教授称此演变为由虚入实。
比如秦，监察区与行政区一致。秦始皇分天下为三十六郡，郡置守、尉、监，守、尉为郡长官，监为中央官员，每一郡成一监察区。汉郡数增加，而辖区缩小，于是郡上又设州作为监察区。由于监察对象是郡的官员，事务简单，故州必有数郡，这样，州作为郡的上一级行政区划有了地理基础。等到东汉末年，州牧掌财权、政权、军权之后，州转化为行政区就水到渠成了。
总之，中国专制王朝社会行政区的调整主要出于政治因素的考虑。目的是不使任何一个地区把握整个地区，据险以抗中央。人为地划分政区，使地形交错，互相牵连，便于控制。