消息传开，确实震惊全美国乃至全世界。但是跟代顿社区领袖们所指望的相反，代顿虽然出名了，却是臭名昭著。全美报刊连篇累牍地嘲笑、攻击代顿人的愚昧。各地记者接踵而至，包括《巴尔的摩太阳报》的传奇记者门肯也亲临代顿，而他毫不掩饰其倾向性：他宣布，《巴尔的摩太阳报》将为斯考普斯付罚款。
支持和反对进化论的名流也纷纷参与了这场活剧的演出。当布莱恩宣布他志愿担任公诉律师时，已造成了轰动，而达娄随即也表示愿意义务为被告辩护，更增加了公众对这场决斗的期望。ACLU并不愿意让达娄担任辩护律师，担心他众所周知的无神论立场会产生负面影响。但是斯考普斯本人选择了达娄。
7月10日正式开庭。主持审判的法官劳尔斯顿（John T.Raulston）是一名卫公理会兼职教士，虔诚的信徒，随身带着《圣经》，每次开庭都要由教士先做祷告。达娄抗议该祷告仪式，但法官不予理睬。在过去，陪审员由警长挑选，达娄对此也提出了抗议，要求采用抽签的方式。这一点倒被法官接受了，由法官的女儿抽出了十二名陪审员，其中十一名是教会成员，十名是未受过多少教育的农民。而且，在审判过程中，法官都不允许陪审员听取被告证人的证词。可以说，这场官司还没打，进化论这方就已输定了。
但是大家关心的其实并不是这场官司的输赢，而是它提供的宣传、表演机会。第一天开庭，就有近千名听众到场聆听，其中有三百多人是站着的。法庭之外更是热闹。方圆六个街区被圈起来当成游乐场，张灯结彩过起节来。在游乐场中，有传教士在狂热地布道，也有马戏团带来猴子当“证人”。
原、被告律师的开场白已相当精彩，让听众觉得确实有一场好戏可看。布莱恩宣称：“如果进化论赢了，基督教就完了。”达娄则指控：“不是斯考普斯在受审判，而是文明在受审判。”这次审判“正为一个与中世纪一模一样的盲信时代打开大门”。
审判因周末而休庭。布莱恩星期天在代顿的卫公理教堂布道，劳尔斯顿法官和他全家都坐在前排聆听。门肯评论说：
“简单地说，这是一个严格的基督教社区，其法律公平、公正和合理的观念也不过如此。……它的居民根本无法想象会有人拒绝《圣经》的权威。他们在憋得脸发红之后所能设想的，不过是一个人搞错了这句或那句话的意思。因此，在他们之中有人被指控信奉异端邪说，就像是在马里兰有人被指控将母亲煮了制造肥皂。”
星期一重新开庭的时候，达娄要求法庭宣布该案违反宪法，如意料中的，被法官否决。但达娄乘机发表了他在该案中最重要的演说：
“如果今天你能给在公立学校教进化论定罪，明天你就能给在私立学校教它定罪，明年就能给在讲坛或教堂教它定罪。下一步你就会禁书和报纸。不久就会让天主教反对新教，让新教反对新教，并试图将你自己的信仰塞入人心。如果你能干这件事，就能干别的事。无知和狂热总是忙碌和需要满足的。它总是贪得无厌，永不知足。今天是公立学校的教师，明天就会是私立学校的。后天就会是传教士和演讲、杂志、书籍、报纸。法官大人，然后就会是人反对人，教义反对教义，直到我们高举战旗、敲打战鼓，列队退回到16世纪的光辉年代，那时盲目的信徒点燃柴火烧死那些胆敢给人类心灵带来智能、启蒙和文化的人。”
一场让这些原教旨主义者丢尽脸面的好戏，就这样开场了。
第四天，“猴子审判”进入了实际审判阶段，由原告提出指控，当地校监、斯考普斯的7名学生、药店的店主依次作证斯考普斯曾经在课堂上教进化论。对这一事实双方没有异议，案情看来简单明了。
第五天，被告方开始辩护，要求传唤已到场的8名科学家为进化论辩护，原告方则以与案情无关为由，反对让科学家作证。在争辩中，被告律师之一梅隆（Dudley Malone）发表了激动人心的演说：
“从不存在与真理的决斗。真理战无不胜，而我们并不怕它。真理不是懦夫。真理不需要法律。真理不需要政府的力量。真理不需要布莱恩先生。真理是不可磨灭、永恒和不朽的，不需要人类力量的支持。我们准备宣告我们所理解的真理，我们并不害怕可被列为事实的所有真理。我们已准备好了。我们感到我们与进步同在。我们感到我们与科学同在。我们感到我们与智能同在。我们感到与美国的根本自由同在。我们并不害怕。哪里有恐惧呢？我们遇见它。哪里有恐惧呢？我们蔑视它。我们请求法官大人为了正确的法律、合理的程序和对该案被告的公平，承认证据。”
这个简明的演说，据门肯的评论，“甚至征服了原教旨主义者”。全场听众起立为之鼓掌，掌声之响，“至少是布莱恩所赢得的4倍”。法庭听众的气氛，开始偏向进化论这方，使得站在原教旨主义者这方的法官也不得不作了妥协。他要求在陪审团离场的条件下，先由他听取被告一位证人的证词，再决定是否与案情有关。约翰斯·霍普金斯大学的动物学家梅特卡尔夫博士（Dr. Maynard Metcalf）出庭作证说：“进化是一个已完全确立的事实，就像地球围绕着太阳转的事实一样。”“与生物有关的任何领域的教育，如果删除了对进化论的强调，不仅是可耻的，而且是犯罪。这样的教育将犯渎职罪，正如一位医生因为害怕被无知的邻居起诉，而未能遵循已确立的可靠的治疗方法。”
第六天，法官判决说，这些科学家证人都与本案无关，不得出庭作证。达娄对此判决提出强烈抗议，被判蔑视法庭。这是达娄担任律师以来受到的第一个蔑视法庭指控。这时候听众越聚越多，法官担心二楼的听众席将会坍塌，命令将以后的审判转移到外面的草地上举行。在草地上，面对着陪审团，悬挂着一幅“读你的圣经”的标语，达娄要求或者将此标语取下，或者悬挂一条同样大小的“读你的进化论”的标语。法官下令将这条标语取下。这时听众仍不断赶来，达到了五千多人！被告律师以为以后的上诉留下记录为由，宣读了8名科学家和4名宗教学专家的证词。这些专家证词经记者们的报道，传遍了全美国。达娄按原定计划成功地利用这次审判向全美国上了一堂进化论的入门课。
这一天的审判结束后，大家都觉得该案已经无戏可看，包括门肯在内的众多记者纷纷离开了达顿，结果错过了被《纽约时报》称为“盎格鲁撒克逊历史上最令人惊讶的法庭一幕”。
第七天的审判依旧在草地上举行，也一样是人山人海。法官问被告一方是否还要出示证据时，达娄亮出了他的王牌：他要求原告律师布莱恩作为专家证人出庭作证。布莱恩明知这是被告方想要当众攻击原教旨主义，不顾其他原告律师的反对，傲慢地接受了挑战。法官同样命令陪审团退场，先由他听取证词后再决定证人是否在陪审团面前作证。达娄将布莱恩盘问了两个小时，如一位目击者所言：“知识和宽容的提倡者达娄与无知和盲信的主要鼓吹者布莱恩的决斗，进入了最后的短兵相接。”
达娄首先问道：“布莱恩先生，你对《圣经》很有研究，是不是？”布莱恩回答：“是的。我已花了约五十年的时间研究《圣经》。”然后达娄开始要求布莱恩解释《圣经》中的自相矛盾、错误之处：《圣经》说起初只有亚当、夏娃一家，那么他们的儿子该隐的妻子从何而来？《圣经》说约书亚让太阳停止运行以延长时间，但是如果真要延长时间，应该让地球停止自转才对，而地球一旦停止自转，地球上的一切都将被摧毁熔成一团……在达娄的一再盘问下，一开始声称对《圣经》的每一句话都只能按字面理解的布莱恩，不得不不断地以“我不知道”、“我从未想过”搪塞，最后被迫承认，对《圣经》的记载没法都按字面意义解释。布莱恩作为“原教旨主义教皇”的形象，在这两小时之内被彻底摧毁。新闻报道将他描述成与达娄在智力上不属于一个层次的“可怜的、乱挥拳头的、醉醺醺的武士”。
第二天早上重新开庭时，法官宣布布莱恩的证词与本案无关，应从记录上删除。达娄这时站到陪审团面前，又做出了一个出人意料的举动：他要求陪审团判定斯考普斯罪名成立。他说，既然法庭已经认定教进化论是犯罪，而被告对教过进化论这一事实并不否认，那么罪名成立就是顺理成节的。而只有判决罪名成立，被告才能上诉到高级法院，要求高级法院判决反进化论法违宪。然后，达娄宣布他不做最后的陈述。根据当时的法律，被告方不做最后的陈述，原告方也不能做最后的陈述。布莱恩又受了一次沉重打击，他为了这最后的陈述已准备了好几个星期。
陪审团仅用了9分钟就达成判决，认定斯考普斯有罪。法官判决罚款100美元，然后问双方是否要总结几句。布莱恩总结说：“在这里我们为一个几乎不会有影响的小小案件而战，但是全世界都对此感兴趣，因为它提出了一个问题，这个问题总有一天会被正确地解决，不论是偏向我们这边还是另一边，它将会被正确地解决……”而达娄则针锋相对地说：“这个案件将会被牢记，因为这是美国人民停止审判巫术以来的首个同类案件，因为我们在这里尽我们所能抗拒那股试图压制现代世界、以宗教教条检验每一科学事实的潮流。”另一位被告律师问法官是否愿意收下达尔文著的《物种起源》和《人类的由来》，在全场大笑声中，法官说“愿意”，然后宣布休庭。世纪审判至此结束。
6天后，还在达顿的布莱恩在吃了一顿丰盛的午餐后，午睡时去世，享年65岁。当记者问达娄，布莱恩是否因为身心交瘁而去世时，达娄回答说：不，是吃得太多撑死的。
1年后，田纳西高等法院以罚款金额不应该由法官决定（而应该由陪审团决定）为由推翻了该案判决。但是高等法院却不将该案驳回重审，而是撤销了该案：“延长这个荒唐案件的寿命将一无所获。”
达娄在1938年以80岁高龄去世时，未能如愿以偿地看到反进化论法被判违宪。但是反进化论的逆流在“猴子审判”后的确受到了一定程度的遏制。在1925年虽然有15个州同时提出反进化论法，在“猴子审判”后，只在其中的两个州（阿肯萨斯和密西西比）获得通过。
在审判之后，斯考普斯得到了一份奖学金，到芝加哥大学攻读地质学，后来成为一名石油工程师。他在1970年去世，活着看到了进化论在法律上的胜利：1967年，田纳西州议会撤销了反进化论法。1968年，阿肯萨斯小石城的一位高中生物教师挑战该州的反进化论法，官司一直打到了美国最高法院，由最高法院判决这样的法律违宪。
但是进化与反进化之争，在法庭上远没有结束。反进化论者改变策略，不再公开禁止教进化论，而用较隐蔽的方式。1987年，路易斯安那州通过法律，要求在公共学校给“科学神创论”同等教育时间。它并不禁止教进化论，但是要求如果教进化论，就必须以同等的时间教神创论。由于生物教师都不愿教神创论，所以这条法律实际上也是在禁止教进化论。路易斯安那的科学教师们挑战这一法律，官司同样打到了美国最高法院，“同等时间法”也被判违宪。
1999年8月，堪萨斯教育委员会以6票对4票将进化论从该州教学大纲中删除。这是目前几起与进化论有关的案件中，最引人注目的一件。对其法律后果，我们拭目以待。
2000年7月29日
附记：2001年2月14日，堪萨斯教育委员会投票决定推翻以前的决定，进化论重新进入该州教学大纲。2005年8月9日，该委员会批准科学教学大纲草案，要求给予进化论和“智能设计论”（神创论的一种）同等的教育时间。但是在2007年2月13日，该委员会以6票对4票表决推翻2005年的决定，只限于教进化论。
科学与自由的交融
美国《独立宣言》是在235年前由托马斯·杰斐逊起草，再由本杰明·富兰克林略作修改而成的。这两个人有一个在当时很罕见的共同点：他们对科学都有近乎狂热的热爱，都是业余科学家。当时的美国并不存在职业科学家，所以他们也就代表着同时代美国人在科学上所能达到的高度。富兰克林在电学方面的贡献，特别是用风筝把雷电引下来的实验，是众所周知的。杰斐逊也有不少发明创造，也许他对科学的贡献比不上富兰克林，但是对科学的痴迷则是有过之而无不及，甚至到了偏执的程度。就在通过《独立宣言》的当天，杰斐逊还和往常一样记录了四次气温，并在第二天去买了气压计。他的某些科学观念完全是现代的，例如他认为印第安人和黑人的体质和智力与白人完全一样，这在当时是个惊世骇俗的观点，为此受到了很多攻击和嘲笑。