公元679年五月，明崇俨从洛阳到长安去办事，结果在路上被杀了。天皇、天后十分气愤，派人到处捉拿嫌疑人，查来查去就是查不出来是谁。过了一段时间后，武后让李贤到洛阳去随王伴驾，李贤心里害怕，认为武后要对自己下手了，所以就故意拖延时间，不动身。武后见李贤很长时间还不来，心里便起了怀疑。等到李贤实在没有办法赶到洛阳之时，武后看到李贤心事重重、惊慌不定的样子，更加深了自己的疑虑。于是就查起太子来，这一查就查到了太子的同性恋赵道生胡作非为的事。接着太子的各种劣迹全都曝光了，在太子宫中还搜出数百套的武器、盔甲。在审问太子男宠赵道生的过程中，赵道生指控太子派他杀死明崇俨。人证、物证俱全，可以定罪了。无论是国法还是家规都不能宽恕这样的太子。谋反、杀人足够废掉李贤。
躺在病榻上的高宗知道李贤犯下这样的罪行之后，差点儿没背过气去。这是最有希望、最有能力继承王位的儿子，这个儿子再被废了，自己百年之后，谁来打理这个江山啊？李治看着怒气冲冲的武后说到：“太子的事我也听说了，他是我们的儿子，我们能不能放他一马呢？”武后看着病重的高宗叹了口气：“皇上，不是我不想宽恕他，只是这样忤逆不孝的儿子，我们不大义灭亲，将来还怎样管理天下呢？后人会怎么说我们啊？”高宗也没有办法，于是问武后如何处理李贤。武后说：“就贬为庶人，流放到巴州去吧！我们与他断绝关系。”
这一年的八月高宗颁布了诏书，李贤被流放到巴州，后来死在了流放地。这个最有希望继承皇位的太子就这样陨落了，唐中宗继位后追封他为章怀太子。李贤的党羽在李贤离开洛阳那一天全部被斩杀，当然最先斩杀的就是李贤的情人赵道生。从太子宫搜出的数百套兵器，全部运到洛阳的洛河南天津桥边焚毁。高政被高宗交给了他的父亲高真行处置，高真行用私刑把儿子给解决了，高宗听了这件事很生气，把高真行贬为睦州刺史。
李义琰是个忠正的老臣，说太子犯下这样的罪行是自己的责任。高宗、武后没有责怪他，这在当时成为一种美谈。
旧有大臣希望李氏掌握政权，一直非议武后，说武后捏造了太子的罪名，企图独揽大权。武后也明白，高宗和旧臣们一样，是不愿意废除李贤的。为了缓和与高宗以及大臣的矛盾，武后上书给高宗，请求免了与李贤有关联的杞王李上金和鄱阳王李素节的罪，任上金为沔州刺史，素节为岳州刺史。义阳、宣城二公主被武后指婚给下级卫士官，曾经被放于外地，武后也请奏将他们召回，封给官职。这样，宫中以及朝廷的气氛逐渐缓和下来。
永隆元年，就是公元680年，天皇、天后又立李哲为太子，就是我们前文提到的李显，他是在即位时改的这个名字。
高宗归天
高宗病重
高宗的身体健康总体来说，是呈下降趋势的，但因为照顾得周到，这段时间还算平稳。李哲即太子位没多久，武后的女儿太平公主就出嫁了。因为婚事比较费神，高宗的病情急转直下。
太平公主的性格很像她母亲，睿智、果断、大方。因为武后只剩这么一个小女儿，加上太平公主比较讨人喜欢，所以很得高宗和武后的喜爱。
公元680年，文成公主逝世，吐蕃愿意与大唐再次结亲，于是派使者不辞辛劳地来到大唐求婚。原本吐蕃是想把太平公主娶回家的，谁知道高宗和武后舍不得，当然，太平公主也不愿意。这怎么办才好呢？使者都到眼皮子底下了，总不能不给个说法呀！武后想了一个办法，就是抬出自己的母亲做挡箭牌。说当年在自己母亲去世的时候，太平公主为了尽孝道，已经入道观做了道士，发誓不嫁人了。武后为了把戏做得真些，还为太平公主改建了个太平观，让太平公主搬进去住。吐蕃使者没有办法，只好无功而返。
太平公主是比较有主见的女孩子，一方面遗传了武后的基因，一方面比较受宠，所以连在婚事上她也会自己做主。她想嫁个武官，又不好直接说，于是穿了武官的官服，带了武官的配饰，在自己父母面前表演。天皇、天后知道太平公主的意思，就着手为她选驸马。
皇帝家的女儿也愁嫁，虽然选中了三品光禄卿薛家，但是薛家人却不怎么愿意。尤其是薛绍的哥哥薛顗，他觉得太平公主是武后唯一在世的女儿，一定娇生惯养，娶到家里肯定不好相处。薛绍觉得这个可能性很大，于是找人商量，商量来商量去就被武后知道了消息。武后心里这个气呀！我们皇家没有挑你们，你们倒还挑起我们来了，简直岂有此理。但是婚姻的事不能下诏勉强，武后只好放出话去：“薛家的媳妇都是平民百姓，我们还不愿意和他们做妯娌呢！”薛家人一听也紧张起来，这可不是闹着玩的，不答应真就变成平民了。赶紧同意了吧！婚事就这么定了下来。
办婚事本来就是折腾人的事，更何况是皇家的女儿。这场婚事的盛况是可想而知的。高宗自然高兴，又是宴饮，又是接受朝贺，不知不觉体力有些透支，病又重了许多。
高宗归天
高宗病重期间，向武后提出建议：希望立李哲的儿子为皇太孙，意思就是将来的太子。武后没有反对。人老了更加惦记自己的子孙，李治知道自己的时日不多了，就想方设法为儿孙争利益，他想给李哲的儿子设置府署和官属。武后有些不愿意了，这是干什么呢？是在防范自己么？怕我害自己的三儿子家破人亡么？对于这个不合常理的要求武后还真不好说什么，她找来吏部郎中王方庆故意询问这件事，王方庆说：“晋惠帝和齐武帝都立过皇太孙，但是皇太子的官属本身就是可以做皇太孙的官属的，没有另立太孙宫府的先例啊！”高宗一听急了，“我死了不就行了吗？”实际上，李治知道他这样做是有悖常理的，但是他知道武后不会轻易放权，所以想借此把李家天下安排好，以免武后一直把持朝政，甚至取而代之。武后感觉到高宗的不放心，她的生活再一次被别人给安排了，武后实在恼火。
高宗身体越来越弱，最后连下床都困难了。头晕目眩，四肢无力。高宗自知大期不远，于是想要游遍五岳，嵩山封禅，最后看看他的大唐江山。这是可以理解的，人到生命的最后一刻总会想不留遗憾地走。高宗在政治上没有大的成就，但是怎么着也要看看自己曾经统治过的江山吧！
武后劝高宗不要这样做了，高宗就是不听，是啊，人如果连最后的心愿都不能达成是多么不甘呐。武后没办法只好找来大臣商议，大臣们自然表示反对，监察御史李善感上书说：“皇上你已经封了泰山，宣告天下太平，置下了众多的福瑞，可以与三皇五帝相提并论了。你看，这些年来，我们国家庄稼收成不好，到处是饿死的人，边境又不太平，每年都要打仗。皇上您要考虑用为政之道来消灭灾祸才是，这几年又不断地建设宫殿，百姓劳顿，人们没有不失望的。我听到这样的事情，私下里很是担心啊！”
这道奏折说得很严重，简直有指责高宗的意思了。有人说这是武后授意李善感写的，是想制止高宗的行为。上这道奏折时，有这样的情况：洛阳暴雨连连，城内外的人家被冲陷了很多家。而且，全国普遍受灾，灾情严重，饿死、病死的人尸横遍野。武后对自己有危害的人，经常是残暴的。但是对待天下的百姓，还是能站在明君的角度去考虑问题的。她命令后宫削减开支，省下钱充实国库。武后在这个时候不愿意高宗去嵩山，也是想节省些耗费。谁知，高宗就是想去，大概他知道，泰山封禅实际的获益人是武后，而不是自己。在死之前要为自己做一件事，武则天最后还是同意与高宗一起嵩山封禅。
公元683年十月，在诏书下了又改，改了又下之后，高宗和武后终于做好了封禅准备。封禅进行到一半时，因为高宗病情加重，实在没有办法主持封禅大礼，所以只好停了下来。高宗头疼得厉害，眼睛也即将失明。于是找来御医秦鸣鹤给自己看眼睛，秦鸣鹤想用针灸的方法为高宗治疗。武后听了大怒说：“岂有此理，这个人应该拉出去砍头，竟要向天子头上插针！”秦鸣鹤吓得扑通一声跪地求饶。高宗实在禁不住疼痛，便对武后说：“刺就刺吧，说不定会好呢！”经过秦鸣鹤反复针灸，高宗真就感觉有所好转，高兴地说：“我的眼睛能看见了！”武后很高兴，赏赐秦鸣鹤一百匹彩缎。但秦鸣鹤的治疗只是治标不能治本，高宗已经病入膏肓，在稍有好转之后，他的病还是不可逆转地恶化了，武后只好回洛阳。
武后为了祈求上苍保佑，再次改元为弘道，大赦天下。在大赦这一天，高宗勉强听完宣诏，他问大臣百姓们高兴么，大臣们说很高兴。他对大臣说：“百姓虽然高兴，但是我的命就快终结了，老天若是肯给我一两个月的生命，让我回到长安，我也就死而无憾了。”当天晚上，高宗召来裴炎立遗诏。遗诏说：“皇太子柩前即位，军国大事有不决者，取天后处分。”接着，高宗就断了气。