武则天在接连不断地废黜太子以后，受到了来自李家宗亲以及部分臣子的强烈谴责和质疑。甚至有人发动叛乱反抗武则天的统治。武则天为了铲除这些势力，进行了一系列的平叛活动。叛乱被平息后，武则天登上了皇位。
李旦的悲哀
早在龙朔二年八月，武则天的第四个儿子出生了，取名李轮，他是武后最小的儿子，遗传了高宗文人方面的特质，自幼喜爱文学、书法。因为是老小，很少想做皇帝的事儿，所以把大部分的精力都用在了做学问上。高宗和武后原本并没有指望他能承担起皇帝的大任，也就没给他过多的政治教育，但也并未亏待他。先是封了个豫王，接着改做冀王，后来又封为相王、右卫大将军。到了凤仪二年又改封豫王，改名为李旦。
多年来的宫廷争斗，使李旦看清了母亲对待威胁她统治的人绝不手下留情的现实。于是，处处小心，以免引火烧身。唐中宗被废以后，武皇太后就剩下这么一个亲儿子可以立了。虽然他对政治不敏感，但自己好控制些。如果说武皇太后之前就想要做皇帝的话，她不会在高宗死了之后还迟迟不肯动手。而反复废立自己的儿子，定会引起人们的怀疑，武则天不会这么没有脑子。她可能在某一个时刻曾经有自立为帝的想法，但时至今日她还是更多地偏向于做操纵者，而非名副其实的君王。
在中宗被废的第二天，李旦即位了，就是唐睿宗。睿宗被立为皇帝之后，不能在正宫听政议事，武皇太后临朝称制。李旦只顶着皇帝的虚名，在宫中读书写字。朝廷上的事都由武皇太后一个人说了算。
接下来发生了后面我们要提到的扬州叛乱一事，武皇太后在平乱的同时要还政李旦。李旦知道自己的半斤八两，料定母亲也不会这么轻易放手权力，所以坚决不同意武皇太后的还政要求。武则天也没过多推辞，继续临朝听政。第二年，武皇太后为了安抚李旦和朝臣，将李旦的几个儿子封为亲王，这是向朝臣表明自己不会称帝。睿宗看着自己母亲所做的一切没有丝毫办法，他现在只是个傀儡而已。
公元689年（有资料显示为690年，我们取多数资料记载的时间。），武则天开始使用周历。与此同时，改元为载初。武则天还给自己取了一个新名——兆。为了避讳，自此，所发布的诏书改称“制书”。之后有人上万民表，请求武则天实施改朝换代。当时，很多宗室和大臣因为反对武则天都惨遭灭门。
这个时候睿宗不能不说话了，他也上书给武则天，请求武则天登基，并赐自己武姓。皇帝做到这种地步也够窝囊的了。武则天自然求之不得，一番谦让之后，高高兴兴地同意了儿子和臣民的请求。公元690年九月九日，武则天登基，赐皇嗣武姓，李旦将名字改回“轮”，迁出东宫，没有帝位继承权，刘氏降为妃。睿宗这次在位没有任何动作，更别说是作为了，他只是保住了自己的性命。然而，想做个逍遥人也是不容易的。
武皇太后宠信的户婢韦团儿喜欢上了这个曾经没有实权的皇帝，想要与他建立情人关系。李轮知道自己正处在水深火热之中，这个时候若发生什么，对自己十分不利，所以就拒绝了她。韦团儿心怀怨恨，在武三思和武承嗣的指使下，她在李轮的妃子刘氏和德妃窦氏住所埋了一根木头人，告发她们诅咒武皇太后，是为厌胜。公元693年，刘氏、窦氏被武皇太后处死，偷偷地埋在了宫中。两个妃子突然失踪，睿宗不会不知道，但是睿宗不敢声张，因为他知道是武则天所为。这就是睿宗的聪明之处，他知道无法与母亲斗，便在武则天面前装作没事儿人似的，以此来保全自己。即使有人出面为刘、窦两位妃子鸣冤，睿宗也默不作声。
睿宗的沉默保全了自己的性命，也为以后的再次登基保存了实力。但是这段时间，睿宗是相当悲哀的，二十好几的人了，顶着个虚名在宫里行走，谁见了都暗地里腹诽，睿宗的心里也不会好受吧！
扬州叛乱
李敬业扬州起兵
公元684年，睿宗带着王公以下的文武百官在武成殿为武皇太后上尊号。自此，武则天亲自临轩执政，而皇帝则住在别殿，不问政事。武则天临轩称制后，百官朝贺。一时间，祥瑞之说甚嚣尘上。什么“瑞鸟”、“瑞麟”、“瑞云”全出来了，这表示大家对武则天执政的拥护。武则天以为自己执政没有太大的阻力了，谁知才高兴到一半就杀出个程咬金来。这是怎么回事呢？原来嵩阳令樊文又献了一块“瑞石”，武则天拿着这块玉石让百官观赏。尚书左丞冯元常上书说这是谄谀欺骗的说法，武则天意识到朝廷中还有一部分人对自己执政不满，于是把冯元常赶到陇州做刺史去了。
武则天临轩执政后，将大唐的旗改为金色，东都洛阳为神都，官名进行了一次大改换，官服也改了颜色。在以后的叙述中我们可能用到官职名，为了不至于混淆，我们将改动的官职列举一些：尚书省改为文昌台；左右仆射改为左右相；吏、户、礼、兵、刑、工六部依次改为天、地、春、夏、秋、冬六官；门下省改为鸾台、中书省改为凤阁；改侍中为纳言，中书令为内史；御史台改为左肃政台，增加一个右肃政台。其余的省、寺、监、率名称，都按各部门的职权另改名称。正在武则天花样翻新地折腾官职的时候，一件叛乱发生了。发动这场叛乱的是扬州大都督李勣的孙子——李敬业。
李勣是高宗时期的老臣，为高宗和武则天的朝廷立下过汗马功劳，高宗和武则天很是器重他。但是李老丞相的孙子却不怎么争气，整天就知道吃喝玩乐、贪赃枉法，后因东窗事发被贬职。他打着恢复李氏江山的旗号，聚众谋反。参与这次谋反的还有一个叫魏思温的监察卸史，这个魏思温因为犯法被贬为盩厔尉，他有些政治头脑，因此成为这次叛乱的“军师”。
按照李敬业和魏思温事先商议好的计策，先让同伙监察御史薛仲璋请求出使江都，等薛仲璋到了江都后，再让韦超告发扬州都督长史陈敬之谋反。这样一来，薛仲璋便可以用中央派遣出使御史的身份逮捕陈敬之，薛仲璋可以轻而易举地控制扬州。薛仲璋等依计行事，果真掌握了扬州的军权。接着宣布叛变，改回嗣圣元年中宗的年号。武则天千方百计想要杜绝的事还是发生了，这些人果然打起了自己儿子的旗号来反对自己。叛军找了一个酷似李贤的人来冒充已死的太子，到处宣扬说，李贤没有死，而是逃到了扬州，在扬州招兵买马，任命李敬业为上将军，兼扬州大都督。紧接着在扬州设立了三个府衙：匡复府、英公府、扬州大都督府。又任命了一些官员，其中最著名的是“唐初四杰”之一的骆宾王，他写了一篇留名千古的《代李敬业传檄天下文》后收到《古文观止》中改名为《讨武瞾檄》。大肆宣扬武则天的罪行，号召人们起来反对武则天执政。
武则天对叛乱是有所准备的，当听到扬州发生叛乱时，她并不十分惊讶。之前不是有冯元常被贬之事么？现在发生这样的事早在意料之中。当她读到骆宾王的《讨武氏檄》后，还大赞骆宾王的才学渊博、妙笔生花。她说像骆宾王这样的人不用，是我们帝王的过失，可见武则天的帝王之器。关键时候还能为敌人送上赞美，这是需要胸怀和智慧的。对于武则天的泰然自若，大臣们从心底佩服起来。
武则天在赞完了骆宾王之后，放下手中的檄文，命令左玉钤卫大将军李孝逸领兵三十万前往讨伐。武则天认为这样还不能彰显出自己的威严，于是把李勣的官职给剥夺了，还派人挖了他的坟墓，捣烂了他的棺材，接着又恢复了李勣的原姓。武则天要让天下人看看反叛自己的下场。
李敬业不通兵家之事，临到阵脚便六神无主，只好找大家来一起商议该怎么办。军师魏思温说：“您还是以匡扶李室为名，率领着众人击鼓行进，直捣东都洛阳。这样的话，天下人就知道你是为了李家江山在打拼，那么就会群起响应。”薛仲璋不同意出兵洛阳，他坚持守住金陵，就是现在的南京，再渐渐向北进军。魏思温反驳说，山东有粮有兵，就等着我们到那里去呢！如果不趁着这个形势立功，而是自顾自地保存已有的领地，那么，起兵的人听了，谁还会响应我们呢？
李敬业没有谋略和胆识，没有听进魏思温的建议继续进攻，而是兵分几路，攻占江都周边的地区。魏思温叹了口气说：“兵力集中力量就会强大，分散了就会弱小。敬业不渡过淮河，收取山东进而夺洛阳，我们的失败就在眼前了。”之后李敬业带领着叛军主力攻下了润州。
守润州的是李敬业的叔叔李思文，李敬业原本想拉着李思文一起造反，但李思文拒绝了，接着向武则天告急。李敬业占领润州之后，魏思温提出用李思文的脑袋祭旗，李敬业不肯。润州司马刘延嗣被抓后，李敬业要杀了他，魏思温说这是他的旧相识请求赦免其死罪。就这样，两个人都被关进了大牢。
李孝逸的大军赶到后，李敬业着急了，赶忙从润州退出来守江都。他在高邮县屯兵，命令自己的弟弟敬猷守卫淮阴，韦超、尉迟昭守卫梁山。李孝逸因为初战失利而不敢继续进攻，担任监军的殿中侍御史魏元忠对李孝逸说：“现在天下的安危在此一举了，原本天下太平，是贼子先叛乱，搅动得天下不安，人们都盼着尽快平定叛乱，而今将军只守不攻，不是令天下人失望么？如果朝廷知道了这件事，必定会改派其他的将军来剿灭叛乱，将军你打算怎样应对呢？”李孝逸一听，可不是这回事么？我这里不进攻，朝廷迟早会知道，到时我没法交代啊！于是，下令进攻，结果斩杀了叛将尉迟昭，这人有时候真得有点压力才行啊！如果李孝逸不是被魏元忠吓了一下，怎么会下令攻打叛军呢？
十一月，武则天果然派左鹰杨大将军黑齿常之为江南道大总管，统领大军增援李孝逸。李孝逸听到消息后，再次攻打梁山，而叛将韦超坚持不迎战。李孝逸拿不定主意是攻是战，大家在阵前开始讨论起来。魏元忠建议先攻打李（徐）敬猷，其他将领不赞同这样做，他们认为要先进攻李敬业。魏元忠说：“我们应该先进攻李敬猷，李敬业人多，又凭着显要的位置死战，如果我们失利，那么，我们就危险了。李敬猷没有什么能力，根本不懂打仗是怎么一回事，再加上势单力薄，大军一到就会被攻克，因此李敬业必定会想办法来救自己的弟弟，到时必定来不及。现在我们舍弃好攻的，去攻打难攻的，是下策啊！”李孝逸听了魏元忠的意见，先攻打韦超，接着攻打李敬猷，李敬猷大败。接着，挥军进攻李敬业。
李敬业借着河水死守，李孝逸几次攻打都没有成功，想退到石梁。魏元忠接着劝说：“这个时节芦苇都干了，又是顺风，不如用火攻，此时是不能后退的。”李敬业的军队此时也精疲力尽，失去了斗志。李孝逸采用火攻的计策，将李敬业的大军烧得七零八落。
李敬业一看完了，大势已去，于是率领着轻骑兵进入了江都城，带着一家老小准备从润州入海，投奔高句丽。结果逃到海陵界，被大风阻住，无法渡海。其他的将领看到没有什么希望了，便杀了李敬业和李敬猷兄弟，带着他们的头去投降。叛将唐之奇、魏思温也被活捉了，只是骆宾王下落不明。李敬业叛乱被平定了。
武则天平定了李敬业的叛乱后，对李敬业一家进行了处置。只有李文思被留了下来，并提拔为司仆少卿，赐武姓。
平定李敬业的叛乱只用了四个月的时间，而且战争只在扬州和楚州范围内进行，因此对百姓没有构成大的危害。大唐的安定以及社会经济生活还在继续发展。武则天之所以能平定李敬业的叛乱，与中下层的官员和百姓的支持是分不开的，她在位时所实行的政策得到了下层人民的拥护。扬州叛乱平定以后，武则天的统治进一步加强了。
裴炎之死
裴炎是绛州闻喜人，自幼勤奋好学，在学校里是个乖学生。在弘文馆学习期间，一直刻苦努力，每到节假日，同学们都外出游玩，他却留在弘文馆里读书。他的老师很喜欢他，想直接推荐他去做官，相当于现在的保送生。裴炎却推辞说自己的功夫还没到位，还想学一些东西，其实是他自己不想被保送，他想凭真才实学进入政府部门，这样腰杆子才硬啊！经过一番拼搏，裴炎一下子“明经及第”登上了仕途。
裴炎也是一步一步从基层管理员上干上来的。他先在濮州做司仓参军，就是管理粮食的官。后来调进京城，担任御史、起居舍人等职。这些职位虽然都不是重要的职位，但是与皇室的接触比较多。因为有接触皇帝的机会，所以他的才能很容易被发掘。公元680年，他被封了“同中书门下三品”的官衔，成为当朝的宰相。后来还当过侍中和中书令。裴炎的工作能力很强，就是有一点，为人太骄傲了。这样的性格很容易得罪人，裴炎的祸端就是他这种性格造成的。
公元681年，定襄道行军大总管裴行俭打败了反叛的突厥，招降了可汗阿史那伏念。裴炎却说伏念是在大军威逼下“计穷而降”的，难保他以后不再反叛，坚持要把他给杀了。这让裴行俭大丢面子，因为裴行俭曾经保证不杀伏念，裴行俭也因此没有得到赏赐。裴行俭是代表国家许下的诺言，而裴炎却违约把人给杀了。高宗和武则天也没办法，反正是个败军之将，又是突厥人，杀就杀了吧，难道还因为一个叛将得罪自己的大臣不成。但高宗、武后、裴行俭都对裴炎不太满意。
裴炎当宰相以后，倒是得到了高宗的信任。公元682年，高宗去东都洛阳，留下太子李哲（李显）守京师长安，特命裴炎协助太子处理政务；第二年，高宗病重，又让裴炎护送太子到东都来探候；临终前，高宗还命裴炎与两位侍郎刘奇贤、郭正一为辅政大臣，这可是再大都没有的信任了。中宗继位后，裴炎作为“顾命宰相”更是权高位重。
高宗死后，宰相裴炎做出了一些不同寻常的举动。高宗曾经有遗诏：军国大事有不决者，取天后处分。所以裴炎在高宗死后第三天，也就是太子在灵柩前即位后第二天上奏说，嗣君没有被正式封为皇帝，也没有听政，不应该“发令宣敕”，所以建议一切政令从武则天出。裴炎的建议是不是武皇太后指使，我们不得而知。但是这样的建言对武则天是十分有利的，她顺理成章地取得了国家大事的决定权，所以武则天对裴炎感恩不尽。