根据《企业年度检验办法》和国家工商行政管理局《关于贯彻实施（个人独资企业登记管理办法）有关问题的通知》，个人独资企业的年度检验时间为每年1月1日至4月30日。个人独资企业和个人独资企业分支机构应当在3月15日前向登记机关报送年检材料。但是，鉴于各企业具体情况不尽一致，有些企业在3月15日前提交年检材料确有困难的，经年检机关同意，可适当延长报送年检材料的期限，年检机关可免予对其处罚。
另外，当年设立登记的个人独资企业，自下一年起参加年检。
（三）年检应提交的文件
根据国家工商行政管理局《关于贯彻实施（个人独资企业登记管理办法）有关问题的通知》，个人独资企业申报年检应当提交下列文件：
1.年检报告书
年检报告书是个人独资企业和个人独资企业分支机构向登记机关提交年度检验材料中的重要文件，其格式和年检标识样式由国家工商行政管理局统一制定，主要内容包括：
（1）企业登记事项的基本情况。它是反映个人独资企业营业执照上载明的情况和个人独资企业到年检时的实际情况，通过对照两者情况，可以反映个人独资企业在本年度内其登记事项内容是否发生了变化，企业是否按规定进行了变更登记。
（2）投资人情况。它反映个人独资企业的投资人是否发生了变化，如投资人的姓名、居所是否发生变化等。
（3）投资人出资情况。它反映在本年度中个人独资企业投资人的出资额及出资方式的情况。
（4）分支机构情况。它反映个人独资企业是否增减了分支机构，增减了多少分支机构，在哪里增减了分支机构等情况。
（5）经营活动情况。它反映经过一个年度的经营活动，个人独资企业所取得的经营成果和资产变动情况，譬如说，个人独资企业的产值、营业额及资产总额、负债总额、净资产总额、税后利润或亏损额、纳税总额等。
年检报告书应当由投资人签署，才具有效力。
2.营业执照副本
是指个人独资企业在登记机关领取的全部营业执照副本。
（四）年检的内容
1.登记事项执行和变动情况
企业在生产经营活动中登记事项发生变化是正常的，但应及时申请变更登记。工商行政管理机关对年检中发现的个人独资企业不及时申请变更登记的行为，应区别不同的情形予以处理，对不懂或不知者，应向其宣传有关规定，督促其办理变更登记；对擅自改变登记事项的行为，一经发现，应依法予以处罚。
2.设立分支机构情况
个人独资企业设立分厂、分店等分支机构，应依法办理登记。
年检时应审查分支机构的名称、经营场所、负责人姓名和居所、经营范围及方式等情况。
3.审查个人独资企业是否有非法经营国家禁止或限制生产
经营的商品，制售假冒伪劣商品和涂改、出租、转让、伪造营业执照等违法违章行为。
（五）年检的基本程序
根据有关规定，个人独资企业年检的基本程序是：
（1）参加年检的企业应于每年3月15日以前携带营业执照副本，向工商行政管理机关领取《年检报告书）。
（2）参加年检的企业应于每年的3月15日以前向工商行政管理机关报送《年检报告书》和其他有关材料。
（3）工商行政管理机关根据个人独资企业提交的文件，作出受理决定并依法对个人独资企业进行审查。
（4）通过年检的企业按规定交纳年检费。
（5）工商行政管理机关应当在收到规定的全部文件之日起15日内，作出予以通过或者不予通过年度检验的决定。对通过的企业，工商行政管理机关在营业执照正、副本上粘贴年检标识，并将营业执照发还企业。
（六）年检时登记机关审查的内容
登记机关在接到个人独资企业提交的年度检验文件后，依照法定的程序对文件进行审查。审查的主要内容包括：
（1）企业使用的名称是否与核准登记的企业名称一致；（2）企业的住所与登记机关核准登记的住所是否一致；（3）企业是否按照核准登记的经营范围及方式从事经营活动；（4）投资人的姓名和居所是否发生了变化；（5）投资人申报的出资额和出资方式是否发生了变化；（6）企业是否增减了分支机构；（7）企业的登记事项是否发生变更，变更后是否进行了变更登记：（8）企业有无伪造、涂改、出租或者以其他方式转让营业执照的行为；（9）其他审查的事项。
通过审查，登记机关未发现个人独资企业和个人独资企业分支机构有违反法律、行政法规的行为，则在年检报告书上签署通过年检的意见，并在营业执照正本和所有副本上粘贴年检标识，以确认其继续经营的资格。登记机关在审查中，如果发现个人独资企业有违法、违规行为，则依照国家有关法律、行政法规的规定予以处罚。
（七）A、B级企业、不予通过年检的企业、免检企业
工商行政管理机关通过年检审查，对遵守工商行政管理法规良好的企业，定为A级。对有违反工商行政管理法规行为的企业，定为B级。A、B级企业均具有继续从事生产经营的资格，但B级企业不得办理增设分支机构和增加经营范围的变更登记，不得投资设立有限责任公司或股份有限公司。对有严重违法、违规行为的个人独资企业，作出不予通过年检的决定，并依法吊销营业执照。
为了集中精力做好重点企业的年检工作，国家工商行政管理局1998年12月发出《关于加强企业监督管理工作若干问题的通知》中规定，对部分企业试行免检制度。凡具备下列条件之一的企业，向工商行政管理机关提出申请，经批准后，可免予年检：
（1）长期遵纪守法，连续三年以上无违法违规行为，未受到工商行政管理机关处罚，且经营情况良好，商事信誉较高；（2）每年7月1日以后新设立的企业；（3）符合省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他条件。
企业申请免检，应于每年10月向工商行政管理机关提出书面报告。
企业免检，一是免除提交《企业年度检验办法》规定的除年检报告书以外的其他年检材料；二是免除审查程序。
免检企业的参检程序是：
（l）于每年年检截止日期前向年检机关送交填写好的年检报告书和营业执照正、副本；（2）年检机关根据预先确定的名单，直接在其营业执照正、副本上加贴年检标识；（3）企业交纳年检费后，年检机关将营业执照退还企业。
在实践中试行企业免检制度时应注意以下几点：一是免检企业应适当控制，比例不宜过大；二是批准免检期每次不超过两年；三是一旦发现免检企业有违法违规行为，立即取消其免检资格，三年内不得免检。
（八）违反年检规定的法律责任
根据《个人独资企业登记管理办法》第40条的规定，个人独资企业不依照本办法的规定接受年度检验的，由登记机关责令限期接受年度检验，处以3000元以下的罚款。个人独资企业在年度检验中，隐瞒真实情况，弄虚作假的，由登记机关责令改正，处以3000元以下的罚款。
八、重点检查和突击抽查
重点检查和突击抽查，是指工商行政管理机关根据管理工作的需要，针对某些行业、某些地区个人独资企业中存在的突出问题，而进行的一种不定期的、局部的监督检查方法。在现实经济生活中，由于个人独资企业涉及的经营行业、商品类别、经营方式、从业人员相当复杂，经营活动又极为分散，加之管理部门的人员紧张、力量不足，这就决定了很难经常对个人独资企业进行全面的、逐个的检查，而必须从具体情况出发，有针对性地对个人独资企业生产经营中出现的季节性、行业性、倾向性的问题进行专项监督检查或突击检查，以改进管理工作的实际效果。
重点检查或突击抽查的关键是要抓住重点，针对不同时期存在的比较突出的问题进行检查或抽查。例如，可以针对某些重点地区，如违法经营活动比较猖獗的地区、制假售假的源头地区、走私贩私的重点地区等；可以针对某些重点行业，如重要生产资料的生产经营、药品行业、饮食行业等；可以针对某些重要经营者，如新开办的个人独资企业、从事批发活动的经营者；也可以针对某些重点登记事项，如企业名称、经营范围等。只要抓住了这些问题比较集中、矛盾比较突出的重点区域、重点行业、重点经营者和重点登记事项，并依法进行专项整治，就能以点带面，推动全局的工作，从而较好地实现对个人独资企业的监督管理，达到事半功倍之成效。
当前，加强重点地区的监督管理，主要是指加强对繁华商业街、旅游景区、学校周边、车站码头以及城乡结合部等地区的监督管理，重点查处侵犯、损害消费者权益以及各种扰乱社会经济秩序的违法行为；加强对专业村中个人独资企业的监督管理，重点查处制售假冒伪劣商品的违法行为。强化重点行业的监督管理，主要是指对与人们生活和社会经济密切相关的餐饮、食品加工、印刷、旅馆、娱乐服务、居民服务业以及资源开采、废旧物品回收等行业进行重点监督管理，打击和查处以次充好、劣质服务、价格欺诈、非法印制以及浪费资源、破坏生态环境等违法行为。
九、联合监督检查
对个人独资企业的监督管理不仅是工商行政管理机关的任务，也是物价、税务、公安、交通、卫生、技术监督等部门义不容辞的职责。为了集中力量，相互协作，发挥管理系统的整体功能，可以由若干个管理部门联合起来，对个人独资企业的生产经营活动及其遵纪守法情况联合开展监督检查。对于在检查中发现的问题，由各个管理部门根据各自的职责分工及时予以解决，以弥补单个部门管理人员或执法手段不足的困难，进一步搞好对个人独资企业的监督管理。同时，各管理部门在各自的管理活动中，也要加强相互间的沟通和协商，经常交换情况，互通信息，互相支持，以便全面掌握和妥善处理个人独资企业发展中存在的问题，更好地引导和规范个人独资企业的经营行为。
十、违法案件查处制度
（一）违法案件查处制度的概念
是指工商行政管理机关依照法定的职责，对个人独资企业的违法违章行为，依法进行调查、取证和作出处罚决定的监督管理制度。
为了认真执行违法案件查处制度，必须对行政处罚有正确的理解。工商行政处罚，是工商行政管理机关依法惩戒违反工商行政管理法规的个人、组织的一种行政行为，属行政制裁的范畴。它具有如下特征：
（1）行政处罚的主体是工商行政管理机关，它们必须在法律规定的范围内，依法行使职权。
（2）行政处罚是行政执法行为，是一种具体行政行为，执法主体与被处罚的相对人地位不平等。
（3）行政处罚是对违反工商管理法规的企业、公民的处罚，它不同于对执法人员的行政处分。