康有为第一次觐见光绪皇帝后，改革变法的诏书便如同雪花般纷纷而至。首先，皇帝下诏废除科举制度。科举制从宋朝开始便源远流长，除了康熙时期有过短暂中断外，一直是朝廷遵行的祖制。现在光绪明令废除这一制度。皇帝在诏书中称，将来文科考试除了保留原来的古典科目为基础科目外，还要增加与实务相关的科目，考生若想要进入仕途，必须通晓其他国家的历史及当代政治知识。
就在此时，御史宋伯鲁和杨深秀联名参奏礼部尚书许应骙？，指责他阻碍变法，请求皇帝“示圣怒，贬许至四品，以儆效尤。”奏折内容如下：
仰见皇帝赫然发愤，图新自强，而尤垂意于学校外交两事，此诚储才之急务，包邦之远猷也。臣维礼部为学校总汇之区，总署乃外交铃键之地，必得人以为理，始措置之得益。窃见礼部尚书、总理各国事务大臣许应骙，品行平常，识见庸谬，妄自尊大，刚愎凌人。礼部为文学之官，关系极为重
注释：①一个广东人，也是一个不折不扣的保守主义者。大，国家学校贡举之制，多由核议。皇上既深维穷变通久之义，为鼓舞人才起见，特开经济特科、岁举两途，以广登进。而许应骙庸妄狂悖，腹诽朝旨，在礼部堂上倡言经济特科之无益，务欲裁减其额，使得之极难，就之者寡，然后其心始快。此外见有诏书关乎新政，下礼部议者，其多方阻挠，亦大率类是。接见门生后辈，辄痛诋西学，遇有通达时务之士，则疾之如仇。皇上日患经济之才少，而思所以养之。许应骙日患经济之才多，而思所以遏之，臣不知其何心也。
总理衙门为交涉要区，一话一言，动易招衅，非深通洋务，洞悉敌情，岂能胜任？许应骙于中国学问，尚未能十分讲求，何论西学？而犹鄙夷一切，妄自尊大，其伤邦交而损国体，所关非细故也。臣以为许应骙既深恶洋务，使之承乏总督，于交涉事件，有毫无所赞益，而语言举动，随在可以贻误，宜令即行退出总理衙门，实为慎重邦交之道。礼部总持天下学术，皇上方谆谆诫谕，今天下讲求实务，以纠空疏迂谬之弊。而许应骙厕乎其间，日以窒塞风气，禁抑人才为事，致圣意不能宣达，天下无所适从，宜解去部职，以为守旧误国者戒。伏请皇上天威特振，可否将礼部尚书许应骙以三四品京堂降调，撤去总理衙门行走，庶几内可以去新政之壅蔽，外可以免邻邦之笑柄，所系似非浅鲜。
批阅了这封奏折，光绪皇帝问许应骙对奏折中所言如何解释。许应骙于是写了以下奏折回复，彰显了他对康有为等人的不满和仇视，奏折内容如下：
俯思耿直之招尤，仰荷圣明之洞察，许自陈达，良深感悚。谨将被参各节，为皇上缕晰言之。如原奏谓臣腹诽朝旨，在礼部昌言经济科无益，务欲裁减其额，使得之极难，就之者寡一节，查严修请设经济科原摺，系下总署核议。臣与李鸿章等以其因延揽人才，转移风气起见，当经议准复陈。若臣意见参差，可不随同画诺，何至朝旨既下，忽生腹诽？夫诽存于腹，该御史奚从知之？任意捏诬，已可概见。至岁举中额，应由臣部妥议，会同具奏，恭候钦定。臣维事关创始，当求详慎，自古名臣著论，斤斤以珍惜名器为要图。况乡举一阶，胶庠所重，倘过为宽取，恐滥竽充数。鄙夫之所喜，即志士之所羞，人才何由鼓励？是以与同部诸臣熟商，定额期协于中，既不敢存刻核之见以从苛，更不敢博宽大之名以邀誉。且现未定稿，该御史竟谓臣务欲裁减，不知何据而言。向来交议事件未经覆奏以前，言官不得搀越条奏，今该御史隐挟成见，逞臆遽陈，殊非体例。原奏又称，诏书关乎开新，下礼部议者，臣率多方阻挠一节，近来迭奉明谕，如汰冗兵、改武科诸政事，均不隶臣部，岂能越俎代谋？此外，惟杨深秀厘正文体一摺，系奉旨交议。案之西学实务，无甚关涉，且未拟稿，何得云多方阻挠耶？原奏又称，臣接见门生后辈，辄痛诋西学，遇有通达实务之士，则疾之如仇一节，窃臣世居粤峤，洋务夙所习闻，数十年讲求西法，物色通才，如熟悉洋务之华廷春，精练枪队之方耀，善制火器之赖长，均经先后奏保。 及中东事起，三员业早凋谢，未展其才，臣深惜之。方今时事多艰，需才愈亟，凡有偏长片技，堪资实用者，臣断不肯失之交臂。平日接见门生后辈，无不虚衷咨访，冀有所益，并助以务求实际，毋尚虚华，初何尝痛诋西学？
该御史谓臣仇视通达实务之士，似指工部主事康有为而言。盖康有为与臣同乡，稔知其少即无行。迨通籍旋里，屡次构讼，为众论所不容。始行晋京，意图侥幸，终日联络台谏，夤缘要津，托词西学，以耸观听。即臣寓所已干谒再三，臣鄙其为人，概予谢绝。嗣又在臣省会馆，私行立会，聚众至二百余人，臣恐其滋事，复为禁止，此臣修怨于康有为之所由来也。比者饬令入对，即以大用自负，向乡人扬言，及奉旨充总理衙门章京，不无觖望。因臣在总署，有堂属之分，亟思中伤，捏造浮辞，讽言官弹劾势所不免。前协办大学士李鸿藻尝谓，今之以西学自炫者，绝无心得，不过藉端牟利，借径弋名，臣素服膺其论。今康有为逞厥横议，广通声气，袭西报之陈说，轻中朝之典章，其建言既不可行，其居心尤不可问。若非罢斥，驱逐回籍，将久居总署，必刺探机密，漏言生事。长住京邸，必勾结朋党，快意排挤，摇惑人心。混淆国事，关系非浅。臣嫉恶如仇，诚有如该御史所言者。
原奏又称，臣深恶洋务一节，臣自承乏总署，已逾一载，平日仰蒙召对，辄以商务、矿务、置船、置械等事，皆属当务之急，屡陈天听，请次第施行。臣是否窒塞风气，应亦难逃圣鉴。窃自胶事定议后，总署交涉事件，益难措手，倘徒争以口舌，断不能弭隐患，臣望浅才庸，自揣万难胜任，惟有仰恳天恩，开去总理差使，俾息谗谤而免陨越，实为厚幸。
许应骙在奏折中公开指责康有为，皇帝看完非常生气，但是，此时许应骙受太后的青睐和保护，光绪论帝不敢鼓起勇气与太后对抗，不敢罢免许应骙。
慈禧仔细读了这两份奏折，开始暗中关注许应骙奏折中提到的改革者过于激进的倾向。那日起，慈禧虽未公开反对变法，但她已经开始担心康有为对皇帝的影响过大。只是她依然选择默默地等待时机。
王文韶此前担任直隶总督，荣禄接管此职后，王便从天津返回京城，没过多久就受到慈禧特别召见。王文韶支持许应骙所言，认为对皇帝颁发的改革措施，朝廷应该慎重看待，小心审议为好。随后，皇帝又下一旨，允许许应骙保留原职，但告戒他在礼部和总理衙门任职应该尽职尽责。而在许应骙看来，在慈禧太后保护下，自己已经获得了决定性的胜利，自此之后，他反对革新之举日益猖狂，反对革新的态度也愈来愈张狂，再加上后来礼部同僚怀塔布（慈禧的表亲）公开表示支持自己，反对变法，许应骙反革新之心更加坚定。
之后，皇帝下旨，命令重整京城满族军队，并令全国以京师大学堂为典范，在各地区广开大小学堂。
一个名叫文悌？的御史上奏皇帝，称同僚宋伯鲁和杨深秀因为个人对许应骙的嫉恨，诽谤诬陷，故意在皇帝和太后间制造间隙。看过奏折，光绪帝注释：① 1901年， 正是这位官员在慈禧准备从开封府返回京城前，恳请慈禧不要回京，称蛮夷进京，污染了宫廷的风气。非常气愤，即刻革去了文悌的御史之职，称其摇惑朝堂，企图挑起党争。遭到这样的责难，文悌立即找到怀塔布，请求他到颐和园将此事告知慈禧太后，想要博得太后的同情。然而，没有想到，慈禧太后此时竟不为所动。