1908年夏，慈禧太后身体大不如从前，在其遗诏中，亦提及此点，同时，泱泱大国的皇帝也身体抱恙，如此巧合不容小觑，之间必定有联系。光绪皇帝如何驾崩我们不得而知，这个疑问和紫禁城中其他秘密一起深藏在大太监李莲英及其亲信心中。身居高位的满汉大臣，也对此事各执己见。慈禧和光绪皇帝的相继离世，堪称离奇，眼下争议不断。
然而，要想考究此事，依然是有线索可寻的。例如，有人认为，光绪皇帝乃是被太监总管李莲英为首的反动派所谋害。因为于李莲英等人而言，光绪皇帝掌权对他们极为不利。与此同时，颐和园内这些阴谋叛变、谋杀光绪皇帝的逆谋，慈禧太后有可能完全被蒙在鼓里。那些料到她归期将至的叛变者，早早就做好了准备，为自己铺好了后路，这在中国这个东方大国很是常见。据当时的可靠目击者称，这种解释是极其可能的，若要找出切实的证据来却异常困难。
以下对太后临终前几日情形的描述，乃出自两位官员之口，一位是满族官员，一位为汉族官员，那段时期两人恰好在宫中当差。他们的证词和结论相吻合，所讲与可信赖、影响较大的报纸也是一致的（这些报纸的消息全部来自官方）。我们暂且接受他们的说法，但是依然有所保留，我们愿意保留这些评论中对太后的好评，但是我们仍然心存疑虑。太后与皇帝同时死亡也许纯属自然巧合，但是据有同情心的评论者称，那些太后身边的忠仆称皇帝的死讯传来时，太后表现出的不是悲伤而是安心。
去年秋天，光绪皇帝病情日益严重，祭祀大典需要下跪叩首，较费体力，因此去年祭祀大典皇帝便无力参加。人们渐渐认为，光绪皇帝所剩时日无几。史书记载，在此之前，慈禧老佛爷就已经下旨，特为1906年2月出生的襁褓之婴，载淳之子召集几位乳母。
这道旨意昭告天下，这襁褓之婴就是继光绪帝的下一任皇帝。许多大臣上奏请求太后自己称帝，但慈禧顾虑到此前诸事不顺，亦不愿如此。清朝律例规定，只有在当朝皇帝病危之时，才可宣布选立新帝。但是，慈禧太后选立1900年出生的端王载漪之子溥儁为太子时便已经违背了这个祖制？。
在这件事情上，我们有足够理由相信，是慈禧太后迷信的天性使然。想起御史吴可读尸谏，慈禧太后不禁为之前违背神意，选定光绪为皇帝后悔不已。近年来，慈禧太后多次为吴可读追封，抚慰其亡灵，以平息民愤。
在她执政接近尾声之际，遭受法军、日军与八国联军的频频进犯，大清国受到侮辱，慈禧太后不止一次表达后悔之意，认为正是自己罪孽深重，招致天怒引来了灾难。1888年，天坛毁于雷火。无独有偶，紫禁城的太和门被焚毁，慈禧太后认为，这皆为老天爷对她所作所为不满的表现。1898年，光绪帝和康有为及其党羽合谋发动政变，在慈禧太后看来，这是上天给她的又一次报应。因此，慈禧太后对义和团所称的法术和神力深信不疑，相信他们能够凭借神力将外国侵略者驱逐出境，不仅可以卫国，还可以抓住这个契机，博得老天爷垂怜，为过去所犯罪孽忏悔。
尽管立端王载漪之子溥儁为同治帝嗣子（暂且略过光绪帝），慈禧太后就已将大清律例抛之脑后。但她甘愿冒险，认为幼帝的生父，权力仅仅低于
注释：① 大清律例由乾隆皇帝制定，目的在于防止朝廷官员和皇储勾结，造成皇储之争。自己，是上天降来驯服可恨蛮夷之人，是整个大清国的救世主。慈禧太后承认了以往的过错，因此认为自己在民众心目中已然颜面尽失。为此，她暗下决心，为挽回颜面孤注一掷。后来，她从西安回京，意识到她此次的莽撞只是受到了误导，和之前的过失没什么两样。那些之前被她嗤之以鼻的改革措施，如今却被她欣然采用。另外，她还废黜了端王载漪之子溥儁的太子之位。种种迹象不仅彰显了她的灵活多变，而且还显示出了她大无畏精神。再后来，在旁人毫不知情的情况下，她断绝了和义和团的联系，而且，还令人销毁了其在位期间编年史上自己颁布的所有支持义和团的谕旨，其行为果断而又彻底。
在许多汉人看来，登基继嗣之事极其复杂，他们对此也是莫衷一是。据说如果太后令浦伦继承光绪帝之位，恢复嫡长子继承制，举国上下的正统士大夫将都为之动容，更能够抚慰御史吴可读的在天之灵，比她实质上采纳的决策有效得多。莫礼逊博士，在此之前也对此事发表了评论，称新立幼帝接替光绪皇帝（意味着长期的摄政时期），会令大清朝命运堪忧。无疑，眼下的情形执掌了大清权力达半个世纪之久的慈禧太后，一旦宾天，幼帝年纪小，大权必定会被摄政王把持，而监国摄政大臣又历来权居位高权重的皇室长支之下，他的权力必定会逐渐被削弱。慈禧太后已预料到选立醇亲王幼子为光绪帝接班人之后的情形，因此她一拖再拖，直到临终之时，才发布谕旨。
当时主要有两件事一直压在她的心头。第一是她对荣禄的承诺；第二是她对于庆亲王的不满，因为庆亲王总是为浦伦进言。同时，她想让自己心爱的侄女（光绪皇帝的遗孀隆裕皇后）坐上皇太后的宝座，毕竟多年来，她对自己忠心耿耿，照顾得无微不至，这实属人之常情，合乎情理之间。慈禧太后心中的杆秤明显有所偏移，她的个人偏好总是要重于大清祖制和自己的良心。
1907年冬和1908年春，慈禧太后身体如往常般安康。四月时节，和以往一样，她搬去了颐和园，在那里度过了整整一个酷夏。然而，天气炎热，她痢疾复发，八月又轻微中风。如此一来，这位七旬老妇依然年轻的面庞显露出了憔悴倦容。除此之外，慈禧太后一切安好，一如既往地忙于国事朝政。她经常声称要和自己欣赏的维多利亚女王一样长寿。慈禧太后经常召见宫中一位道士，其对她影响颇深。他曾预言说慈禧太后会比历史上任何一个皇后都要长寿。可是他的预言并未实现，历史上有三位皇后比慈禧活得更久。
1908年夏，慈禧老佛爷听说秋天达赖喇嘛即将来访，顿时精力十足。太监总管李莲英却恳请太后取消此事，称传言“活佛”和天子同居一城十分不吉利，两人之中一人必死。听罢，慈禧太后称，既然已经深知皇帝病入膏肓，无药可救，没有理由不让达赖喇嘛觐见。然而，七月，她召集了留洋归来的中国名医为皇帝医治，这时的光绪帝已是气息微弱，愈来愈消瘦。他们诊断后称皇帝患的是肾炎。可是，他们只能为天子粗略诊断，进行例行检查。因君臣有别，碍于礼节，无法精细检查。然而他们均确定光绪帝心脉极其微弱。南方报馆撰文毫不犹豫坦言，给光绪帝看病，纯属一出闹剧，只要皇权左右的人确定慈禧太后归期将至，光绪皇帝的驾崩之日也就不远了。
据京城的老百姓说，那段时间，老佛爷和皇帝的关系相当好。据说，在光绪帝病情恶化前几天，慈禧太后还让他多多参与政事，为朝廷选拔要员，太后下旨前必经皇帝过目。变法人士王照逃亡归来，向衙门投案自首。早在1898年，慈禧太后就誓杀此人。现如今，她却询问光绪帝应如何处置。沉思许久，光绪帝建议饶其不死。慈禧太后说：“当然可以，哀家本就打算放他一条生路，只是想听听你的意见。哀家十分清楚，你对康有为及其党羽恨之入骨，担心你执意要处死此人。”慈禧太后坚信，光绪帝已无反对自己之心。
皇帝的病情日益恶化，慈禧太后吩咐太监们，如若皇帝请安，即传，不要让皇帝久等。在朝堂召开军机会议，皇帝不必下跪迎送太后。一位满族高官亲口证实，以下事件，绝无半点虚假。
一日清晨，批阅一道奏折时，皇帝发现里面含有大量不实之说。光绪帝对军机大臣说：“我深知自己已经病入膏肓，可这奏折还说我的身体并无大碍。”太后插话道：“是谁如此放肆，敢欺君罔上？按律当斩。”听罢，光绪帝接着说；“朕现在身子一日不如一日，太后寿辰将至，儿臣恐怕不能叩贺。”慈禧老佛爷听罢，怜悯之心油然而生，说道：“皇帝身子要紧，哀家盼望你早日安康，你的健康比你叩贺要紧得多。”听罢，光绪帝立即叩谢太后悲悯，可就当叩谢时却昏厥过去，不省人事。见状，庆亲王举荐屈永秋前来诊断。屈永秋曾经在欧洲留过学，可庆亲王的建议迟迟未被采纳。次日，皇帝召那些遵循古法的御医进见，询问自己是否有救。光绪帝说道：“朕这心里七上八下的，很是不安。”听罢，一个名叫吕用宾的御医说道：“如今皇上尚无大碍，大可放心。皇上请安心，奴才们定尽心尽力治好皇上。”
慈禧太后中风后，外界有关太后病情的谣言四起。太后见外界言辞激烈，称与宪政有关，所以决定不再延缓，立刻执行宪政。八月初一下谕，宣布立宪期为九年，一切仿效日本当年的宪政，宪政精神也仿照日本。同时，皇帝下旨让各部执行新政。慈禧太后在谕旨中表达了希望能够亲眼目睹清朝议会召开之愿望。她还说，如果端亲王之子有所作为，依然是同治嗣子，光绪帝驾崩后的一切政事都将由他料理。太后已是春秋之年，愿意退居到颐和园安享晚年。只要朝廷国事没有改观，很多问题还需要征询太后意见才可作出决定，然而她却十分希望摄政的日子早点结束。
九月，前直隶总督袁世凯五十大寿，那时，慈禧太后仍然居住在颐和园。对于心腹，老佛爷可谓出手大方，以千金重礼相赠。不仅如此，当时朝中高官都来为他送礼贺寿。唯独醇亲王（当时的摄政王）不想参加袁世凯的寿宴，所以假借外出没有给袁世凯送任何礼物。
袁世凯寿宴上发生了一桩意外。当时许多朋友送来的贺联都被挂在墙上，有一幅引起了众人的注意，之后赶紧被撤掉。上面一边写着：“戊戌八月戊申八月（这是发动戊戌政变的日子，当时袁世凯向荣禄告密，导致光绪帝被废。），另一边写着：“我佛万年，我公万年！”“万年”一词除了皇帝，其他臣民皆万万用不得。而有人竟然用此称呼袁世凯，意指他称帝的狼子野心。袁世凯的对头送这幅贺联的用意昭然若揭，是要提醒袁世凯十年前背叛了君主一事，而这些匾很有可能是袁世凯的仆人佯装没看见或是真的粗心大意给装上去的。四个月后，袁世凯遭到罢斥，人们回想起寿宴上的闹剧，不禁怀疑这与醇亲王缺席有很大的关系。
九月，达赖喇嘛到京，却由于各种繁冗礼节争论不下，久未召见。最后议定，达赖喇嘛向天子叩拜，天子也应起身，赐座于旁藤椅。达赖喇嘛认为叩拜有辱自己的尊严，经过多次争论后，他们才最终勉强接受这样的安排。达赖带来了许多贡品，本想老佛爷会以礼相待，然而如此的安排令其大失所望。十月初，达赖喇嘛觐见。十月，慈禧太后还在颐和园接见了外国使者，十月二十日，她移驾西苑过冬。这是慈禧的最后一次行程。和往常一样，她从颐和园乘舟行驶在将颐和园和西苑连通起来的运河上，而万寿寺就坐落在岸堤边。据说，当她起驾离开颐和园时，对着西苑的高墙凝视了许久，望向万寿山，望向远方。她当时转身向身旁的瑾妃说，皇帝病重，恐怕自己很长一段时间不能来这个心爱之地了。