马六甲很快恢复了往日的平静，贸易继续兴盛。
郑和下西洋前两年，也就是1403年，朱棣复置浙江、福建、广东三市舶司。因诸番来华渐多，明政府遂在三市舶司分别建造专门接待外国商使的馆驿，福建曰“来远”，浙江曰“安远”，广东曰“怀远”。
贡使团到达京师后，除朝见皇帝、进行“贡”与“赐”的礼品交换外，还被允许在隶属礼部的会同馆与中国商人进行一定规模的互市，这也属朝贡贸易的组成部分。
贡使沿途往返的车、船、食宿均由官府供给，朱棣要求各级官员对“远人来归者，悉抚绥之，俾各遂所欲”，尽管一些贡使有恃无恐，横行霸道，骚扰乡民不可胜言，但官民以为朝廷招怀远人，“无敢与较”。朱棣说：“朝廷取四夷，当怀之以恩。今后朝贡者，悉以品级赐赍，虽加厚不为过也。”
在郑和第六次下西洋后一年，有16国遣使臣1200人同时随郑和来华。整个永乐年间，各国贡使团来华多达318次。除了一些王子、王妃外，还有4个国家的国王8次来华访问，这也是前朝所不曾见过的。
贡使团附带来华贸易的商货被特旨免税，但照例有抽分，并由政府出高价收买其中的大部分。明朝永乐年间的朝贡不看重花销，不拘商税，尽在礼数与威严，这注定了郑和下西洋是中国朝贡史上最为辉煌和最为璀璨的一幕。《剑桥中国明代史》对永乐帝的文治武功作出了高度评价：
永乐帝留给明代后来的君主们一项复杂的遗产。他们继承了一个对远方诸国负有义务的帝国、一条沿着北方边境的漫长的防线、一个具有许多非常规形式的复杂的文官官僚机构和军事组织、一个需要大规模的漕运体制以供它生存的宏伟的北京。这只有在一个被建立帝国的理想所推动的朝气蓬勃的领袖领导下才能够维持，这个领袖能够不惜一切代价，并愿意把权力交给文官，以保持政府的日常职能。
维持频繁的朝贡贸易，并不仅仅取决于其继任者的执政素质和政治影响，更何况明朝具有文治武功的皇帝寥若晨星。因为是以和平的方式，所以郑和下西洋并未在南洋留下驻军及基地，仅满足于非常规的外交联络。尽管如此，明政府仍换来了在100多年间甚至更长时间内，在南洋若隐若现的政治影响力，直到葡西商人闯入。
马六甲是这种政治影响力的一个缩影，它犹如一面多棱镜，映衬出递次出现在这里的暹罗商人、明朝海盗商人、郑和下西洋船队、印度古吉拉特商人以及后来的葡萄牙商人的身影，他们构成了马六甲的古代史。
这些接踵而至马六甲的商人不约而同冲着一种商品而来：香料。它与中国的丝绸、瓷器及之后的茶叶一样，曾经左右着世界贸易的格局。马六甲特殊的战略位置，让它成为世界上最大的香料市场，每年从这里产出的香料被运往中国以及通过地中海转口到欧洲。
马六甲最初的主人是暹罗商人，这个又叫满剌加国的马六甲王国，在1405年脱离暹罗宣布独立，并于同年与明政府通好纳贡，寻求明政府的庇佑。永乐九年至宣德八年（1411~1433）间，马六甲王国的使臣来华朝贡达15次之多，国王更是5次亲自前来。规模最大的一次在1411年，拜里米苏拉亲率妻子陪臣540多人到南京面见明成祖朱棣。
郑和七下西洋，至少5次靠岸马六甲。依托马六甲作为中转站，郑和在马六甲设立仓库。法国史学家布罗代尔认为，中国在马六甲兴起及其在维护亚太——印度洋贸易网中发挥了作用：如果马六甲不是向中国输诚纳贡，“暹罗和爪哇无疑会一口吞掉这个因地方政治的偶然机遇而诞生的小城市”。
但在布罗代尔看来，中国在此地的影响力不比印度，马六甲的外国商人中以古杰拉特（现巴基斯坦东北部旁遮普省城市）和卡利卡特（现印度南部城市）的穆斯林商人居多。
古杰拉特是当时属于印度坎贝的另一名称，这是1406年郑和与1489年葡萄牙达·伽马两位东西方航海家共同登陆过，并最后去世的地方。古杰拉特的商人在苏门答腊、爪哇与马六甲同样站稳了脚跟，控制了转手销往地中海的大部分香料和胡椒。印度在对外关系方面远比中国开放，就这样再次显示了它潜在的优势，并与伊斯兰和濒临地中海的近东地区的商业网连成了一片。
作为当时最大的马六甲香料消费国，明政府以马六甲为中枢，保持与南洋、印度洋的畅通以符合国家利益，中国的兴趣也在于限制暹罗侵犯马六甲和爪洼向马六甲的扩张。暹罗政府也注意到了来自中国的压力，几乎每年都派纳贡使团到中国并从中得益。暹罗曾对马六甲动武，要求马六甲成为其藩属国但最终失败，以此为标志，明朝的朝贡贸易圈出现了漠视宗主国权力的离心力，此时马六甲王国只认中国为其宗主国，就遣使向明朝皇帝控告，明政府的保护到这时还有效果。古杰拉特商人黄雀在后，也分享了中国的存在给马六甲地区所带来的政治平衡与潜在利益。在1408年、1419年、1436年，明朝在协调暹罗与占城、苏门答腊、马六甲王国之间的纠纷上发挥了积极作用。
微小的关税：政府忽视的外贸需求
面对出手阔绰的明朝，朝贡国及其商人都看得精明透亮：毕恭毕敬是获取更多利益的最好办法，所以都竭尽所能地呈上朝贡物品，甚至是正常量的几十倍。明政府最初规定日本进贡刀不超过3000把，但之后日本进贡数量增加到9900多把，最多一次达到37000多把。会发生这种事情，原因就在于朝贡物品的利润丰厚，比如第三次的9900余把日本刀，明朝出价每把5000文，而这些刀在日本的售价每把不过800~1000文。
在朝贡贸易制度下，外国使团带来的商品分为“进贡品”和“附搭物”两类。前者与皇廷交易，朝廷对应有赐物；后者与中国官方交易，因讨价还价的余地较大，使得永乐以后的官僚可以为减轻明朝的财政负担而在减少附搭物数量和压低价格上尽职。
增加本朝与外番的感情及贸易联络，是郑和下西洋的初衷，但来华朝贡的繁杂及逾越规制程度偏大，又让明朝在财力上和精力上不胜其烦。胡椒和苏木利润惊人，但其在朝贡贸易中所占的比例和分量并不清楚，所以也不能说明官方在其中有利可图，否则车驾郎中刘大夏就不会上奏说：“三保下西洋费钱粮数十万，军民死且万计，纵得奇宝而回，于国家何益？”
明朝官员对朝贡贸易并不乐见其成。在这种情况下，郑和下西洋的收获，显然并不能用简单算经济账的方式来计算。
永乐时政府还有底子，在1412~1424年建造的1800艘海船中，有1700多艘是在前6年造成的，其中包括著名的宝船。造一艘大船的代价是近1000担（近60吨）大米。这对于当时每年有3000万担大米收入的明政府来说，尚可接受。在6年间制造1700艘船，即每年平均耗费28.3万担大米，不到国家全年大米收入的1%。南宋初，政府财政总收入不满1000万贯，市舶收入达150万贯左右，占财政总收入的15%；元朝建朝的前26年，市舶收入中仅黄金一项就达3400两，占岁入黄金之数的1/6以上。
也有官员提出要对附搭物征税，朱棣回答说，“商税者，国家抑逐末之民，岂以为利？今夷人慕义远来，乃侵其利，所得几何，而亏辱大体多矣”，征税之想遂作罢。
为什么朱棣不把征税看在眼里呢？张宇燕、高程从另一个角度给出了一种解读，那就是民间海外贸易在朱棣看来是鸡肋。他们在《海外白银、初始制度条件与东方世界的停滞》中对此予以解答：
根据达维南特的计算，17世纪的英国，在政府每年收入的330万英镑中，仅来自海外贸易的进口税就大约有130万镑，约占39.4％。光荣革命后，政府得自贸易和国内制造业的收入每年可达200万英镑，占政府总收入的相当比例。荷兰公民在战时缴纳给政府的赋税占年收入的比例超过1/3，和平时期的赋税约为年收入的1/4，其中大部分由商人承担。同时代的中国情况却大为不同。黄仁宇估计明末全中国每年总收入为3700万两白银，其中田赋收入在并入许多杂项税目后，总计约银2100万两，役银1000多万两，盐课200万两，杂色项目400万两。向长途贩运的大商人和海商主要征收钞关税和番舶抽分（列入杂色项目之内），分别为34万两和7万两，两项总和仅占全国总收入的1.1％左右，约为帝国来自土地收入的1/90！
此文的结论是，国家无法从商人集团的发迹中获得更多经济上的好处，因此出面支持对外扩张和贸易掠夺的“决心”和“意志”明显不足，当时在欧洲国家出现的重商主义风潮无法在中国形成气候，而这一风潮曾在西方兴起的进程中起到了重要的作用。
尽管继任者仍然坚持朱棣关于帝国的远见和他所奠定的政治基础，但《剑桥中国明代史》认为，永乐帝的直接继承者都不具备这种英勇的品质。最关键的是，每况愈下的经济已经不足以支撑讲究排场的朝贡贸易。
台湾地区中央研究院人文社会科学研究中心张彬村认为，郑和的航海活动就是永乐皇帝为实现朝贡贸易而推动的最昂贵投资。黄仁宇推测，郑和下西洋所需费用约在白银600万两，相当于当时国库年支出的两倍，而这还不包括造船等各地支出的费用。
明政府每年接待贡使的花费也在不断增大，甚至有应接不暇之嫌。于是明政府对朝贡间隔期、贡船数目、随船人数、进境路线及停泊口岸等都作出了较多限制性规定，譬如，限定占城、真腊、暹罗及西洋诸国每三年才可以到广州港一贡。日本定例10年一贡，入宁波港，人数不得超过300人，船不得超过3艘。琉球入泉州港，两年一贡，人数不得超过100人等，外国贡使团前来的次数也随之消退。
这种措施外宽内紧，很快就见到了效果。然而，张文德却发现了一个令人感到奇怪的事实：在弘治（1487~1505）统治的18年间，马六甲王国对外贸易兴盛，《明实录》却没有反映过一次马六甲王国使臣前来朝贡的信息。
1433年郑和航海活动中止后，马六甲王国继续兴旺昌盛，古吉拉特商人越来越多地来到马六甲。张文德推测，马六甲王国不来朝贡的原因，很可能是它更重视与印度西北各港口穆斯林的贸易，或者是它一时还顾不过来。
朱棣死后，文官们发动舆论攻势，竭力贬低、丑化郑和航海下西洋的活动。现在，有关郑和下西洋的档案很多都找不到了。这是一件让人欷歔的事，对此，史上有刘大夏藏匿和焚毁两说，但不管怎样，为数不少的文官集团成员与盐商或海商家族之间有着千丝万缕的联系，对制止国家垄断和控制海外贸易发挥了关键作用。
太监与文官之争：海外贸易“夹心化”
明朝对太监的重用，是从朱棣开始的。