在荷兰人占领澎湖期间，中荷双方打打谈谈，一直没有结果，福建巡抚商周祚遭到撤换。1623年8月，主战派官员南居益出任福建巡抚，他在1624年2月下旬开始筹划进攻澎湖。因为双方势力差距较大，荷兰方面提出交涉。
南居益听从总兵俞咨皋的建议，通过许心素找到李旦出面调解。当年王直在死前的上奏中说，如赦其死罪，“倭奴不得复为跋扈”，“不战而屈人兵者”。这样的一幕在李旦身上实现了。对此，南居益记载说：
今镇臣俞咨皋言：泉州人李旦，久在倭用事。旦所亲许心素，今在系，诚质心素子，使心素往谕旦，立功赎罪，旦为我用，夷势孤可图也……而倭船果稍引去，寇盗皆鸟兽散……
台湾历史学家曹永和记载：“在李旦的斡旋下，俞咨皋‘保证’，若荷兰人移往明朝版图之外的台湾岛，则将获准与中国贸易，在此条件下，荷兰人不得不在1642年8月下旬撤出澎湖。”
撤出澎湖的荷兰人迁往台湾岛，这里成为荷兰人新的行政中心和其在东亚海域唯一控制的贸易港。之后，郑芝龙抵达台湾岛和颜思齐会合，领船加入荷兰人的船队，但俞咨皋并没有兑现他的承诺。
李旦以荷兰谈判代表身份前往中国交涉，争取福建当局发给荷兰人正式贸易许可证，但未果。1624年11月，李旦回到台湾岛，在转交给台湾岛的荷兰长官孙克的一封私人信函中他说：“关于贸易的事情还要上报。”荷兰人大失所望，指责李旦是个有害的人物，但许心素在此间获得了都督的执照和贸易代理权。
月港体制不允许外国人前往漳州贸易，荷兰人只能以台湾岛为基地，以福建商人为中介，采用预付资金、按样加工、期货贸易等方式开展贸易。荷兰东印度公司事务报告多次提到，许心素等人以承包形式独揽福建与公司的全部贸易，返还订货非常迟缓，有时甚至比商定的1个月或6个星期还要再拖后3个月，结果使得公司无法估计资金支付后何时能够得到供货，这使荷兰东印度公司运往日本的丝绸，比原计划减少了200~300担。不仅如此，福建商人往往临时提高商品价格，有些商品的购入价甚至高出一般价格的50%，造成经营成本增高。
1625年年初，李旦托荷兰船带了一封信给巴达维亚的苏鸣岗，7月便染病在身，他匆忙从台湾地区返回日本治疗，但病情并未好转，8月12日在平户去世。没多久37岁的颜思齐也在台湾地区去世，临终前，他召众人告之：“不佞与公等共事二载，本期创建功业，扬中国声名。今壮志未遂，中道夭折，公等其继起。”
最后的海商大佬
从1604年短暂占据澎湖开始，到1622年再次占据澎湖，再到1624年占据台湾地区，荷兰人一直游离在明政府的贸易体制之外。
当葡萄牙人学会以乖巧的方式取得合法贸易地位与明政府周旋时，荷兰人强硬有余，耐性不足，取代了葡西商人成为与中国东南沿海走私或海盗商人互为表里的外来商人。
漳州双屿的盛极而衰，是福建人李光头、林剪以及徽州人许栋、王直等与葡萄牙人里应外合的结果。之后，荷兰人又与层出不穷的刘香、李魁奇、杨六、杨七等海盗集团结成这种关系，但不同的是，明末最具实力的李旦及之后的郑芝龙海商集团都选择了比月港更具优势的厦门作为开展海外走私贸易的港口，厦门港逐渐取代了漳州月港，延续了汉唐时福州甘棠港、宋元时泉州后渚所承载的福建海商的历史命脉。
崇祯皇帝上台后，福建巡抚熊文灿为对付荷兰人和其他海盗商人，与明政府假手王直如出一辙，招抚海盗。为长远考虑，郑芝龙奉招归附明政府，从此拥有了在大陆的牢固基地，免去了遭受官兵的威胁与攻击，并集中力量对付荷兰舰队，将中国南海上的海盗集团一一消灭。
1640年，明政府擢升郑芝龙为福建总兵官，署都督同知。从此，郑芝龙集团确立了海上霸主地位，发展成为拥有3000多艘海洋贸易船只的庞大的海上贸易集团。几乎整个远东水域澳门、马尼拉、厦门、日本各港口之间所有的中国商船都悬挂着郑氏令旗，郑芝龙成为明朝最巅峰的亦商亦盗的海商代表。
17世纪中叶的远东水域完全变成了由中国海商一家说了算的天下，尽管荷兰人被称为“全世界的海上马车夫”，但在郑芝龙海上集团面前，荷兰人不得不每年向郑芝龙商的船队缴纳12万法郎的进贡，才可以保证荷兰东印度公司在远东水域的安全。
作为逆势而起的海商，徽州人王直的雄起不过10年左右，郑芝龙家族则达30多年。王直被招安之后却成为刀下鬼，郑芝龙只此一次招安经历，但郑芝龙这个叱咤风云的人物，在明清交替之际，最终因为儿子郑成功不愿接受招安及其他一些辱没感情的事情而身首两端。不过，他的出现，让荷兰人放弃了垄断中国海上贸易的野心，直至1661年被赶出台湾岛。
从某种程度上来说，中国海上走私商人集团的存在，不经意的成为英国、法国、美国等国家最终用鸦片肢解中国朝贡体系之前，最后一道不可逾越的屏障。也正是因为他们的存在，使得葡萄牙、西班牙、荷兰等国的殖民商人，在左奔右突几十年试图主导对中国的贸易中，终无所获。
当清朝再度开放国门时，荷兰、英国等东欧商人势力已经渗透、填补和控制了后郑氏家族时代的中国海上商人贸易航线。从此，明朝海上商人不再是海上强者，郑氏家族成为我们观察几百年前的中国海商最后、最辉煌的剪影。东南沿海民间海上贸易的兴盛，最终昙花一现。这种在政策不连贯和殖民者夹击环境中成长的机会，对于中国海商来说，如果算是春天的话，也只是一个支离破碎的春天。明末的海外贸易，就是中国海商从南洋、东南亚、印度洋全面萎缩的历史。
从这个角度讲，与西欧人小规模航海事业在全世界具有不同凡响的意义不同，明朝航海事业尽管捷足先登却最终无足轻重的原因还在于，私人海上贸易受到的阻截及王权与之的势不两立。
帝国央行搬到拉美矿山
月港等公私贸易港口的存在，有如神助般地让明朝白银确立了货币本位地位，这种局面创造了1550~1680年间以意大利和中国为中枢的白银统治期和全球经济体系（法国学者肖努语）。
一个缺银少铜的国家选择白银做货币，竟然还持续500多年，在日本学者滨下武志看来，这很荒谬。他的结论是，在国家发行信用（宝钞纸币）的努力失败之后，将货币出路委之于从海外白银进口，从此彻底丧失了国家货币主权，这是明清两朝败亡的一个长期被忽视的重要原因。
与郭沫若齐名的历史学家陶希圣早在20世纪40年代就系统地指出：“中国的闭关政策，基本动因乃是货币的保存。外藩进口的货物大多是珠宝香料，中国付出的代价乃是货币，货币乃是商人资本特殊发达的社会财富最高形式，于朝贡中流失，于中国乃最不偿失之事。”
在北京大学教授韩毓海看来，明清两朝经济最为致命的软肋就是白银问题。据魏德斐估计，在17世纪的前30多年中，每年流入中国的白银总量约在25万~26.5万公斤。这些从美洲和日本流入中国的白银，“等于把帝国央行从北京搬到了拉美矿山”。
在1620~1660年间，欧洲市场爆发了贸易危机，以西班牙的塞维利亚为中心的世界贸易体系遭到沉重打击，而在衰退的贸易来临之前，停泊在马尼拉的中国商船每年多达41艘，到1629年时降为6艘。
艾维泗在《1635~1644年间白银输入中国的另一种考察》中这样写道：
毫无争议的证据表明，1635年后中国与西班牙的贸易急剧下降，并不是因为中国的丝绸、瓷器和其他商品不畅销，而是因为马尼拉的商人得不到足够的来自新世界的白银来支付货款。
一位在菲律宾的西班牙官员在1638年曾说：“最近从中国来了一小批杂货商品，但对马尼拉的商人来说已经是最大的安慰了。在过去的两年里几乎没有货船来过。墨西哥运来的白银很少，这又使得他们担心今年中国人又不会来进行贸易。”
几年后，西班牙国王菲利普四世评价这段时期内西班牙在菲律宾的经济形势时说：“必须注意到，自从贸易仅靠赊欠进行后，马尼拉人所熟悉的贸易中有3/4被中国商人控制了。在1636~1637年，运到墨西哥阿卡普尔科的商品并没有给菲律宾人带来钱财，这些商品都是中国商人赊卖出去的，而在马尼拉的西班牙商人和官员又不能满足中国商人这些要求。因为这个原因，中国人已经不再来进行贸易了，他们已经损失了，不愿意再损失更多。”
从1630~1640年，或者说在1636年左右，亚当·斯密也发现，“美洲银矿的发现对降低白银价值的效果似乎已经完结。白银价值相对于谷物价值的降低，从来没有达到过这种地步”。
这一现象也出现在明朝。到明崇祯年间，金银比价与欧洲拉平，达到了1∶13。不仅如此，由于国际丝绸贸易萎缩，浙江北部的湖州等丝绸产地迅速衰落。1626~1640年，罕见的自然灾害席卷中国大地，严重的干旱和洪涝接踵而至。接连不断的饥荒，伴随着蝗灾与天花，导致人口大量死亡。有的学者提出，从1585~1645年，中国人口可能减少了40%。
这一切又导致通胀危机和银贱物贵，与以往比较，同样数量的小麦和劳务必须支付更多的白银才能取得。在这个过程中，明朝犹如患上慢性哮喘，白银就是那个氧气罐，一旦离开它，哮喘症状就会出现。总之，这是一个让明政府有气无力的病灶，偏偏这一病灶又遭遇“连阴雨”。
无论是在国内还是国外，白银的生产和流通量都在缩减，而此时正值长江下游地区高度商品化时期，市场急需更多白银以对付通货膨胀。1635年，一位英商的船停靠在澳门。这位英商注意到，他所遇到的中国人获取白银的急切程度已经“成为他们生命的一部分”，并对他们“获取白银的那种无止境的欲望”表示难以置信”。
但来自国际市场的坏消息一个接着一个：1634年后，菲利普四世采取措施限制船只从阿卡普尔科出口。1639年8月，两艘从阿卡普尔科驶往马尼拉的船在途中失事沉没，损失惨重。三个月后，西班牙和中国几年来政治经济间的紧张关系终于在菲律宾发展成公开的武力对抗。从1638年11月到1640年3月，据说武装精良的西班牙人在全岛屠杀了20000名中国人，毫无疑问这也导致了1640年和1641年马尼拉贸易的严重瓦解。
无独有偶，1640年，日本断绝与葡萄牙租住的澳门的所有贸易往来；1641年，马六甲落入荷兰人之手，葡萄牙占领的果阿与澳门间的联系也被切断。中国的白银进口量骤然跌落。
16世纪80年代，地方每年向太仓纳银，白银储备通常能保持在600万两。1618年辽东战争发生之时，除东御府储银还有300多万两，太仓储银只剩下12万两。5个月后，明政府议决，除贵州外，全国亩加征田赋三厘五毫，后又加征三厘五毫。1620年，再增二厘。三年内先后三次增赋，合计九厘，共得银520万两。这宗以“辽饷”名目加征的田赋，被明政府固定下来，成为常赋，之后加征的还有“剿饷”、“练饷”，合称“三饷”。对于这段历史，有御史称，“一年而括二千万以输京师，又括京师二千万以输边”，是亘古未有之事。
到了崇祯年间，则是内外库俱空，不得不依靠一宗又一宗的加派，明朝最终走到了终点。对此，魏斐德写道：
1644年明朝的灭亡和清朝的勃兴，是中国历史上所有改朝换代事件中最富戏剧性的一幕。虽然明朝皇帝于北京皇宫后的煤山自杀仅6个星期后，清军便占领了紫禁城，但明清两朝的嬗替，决非一次突如其来的事变。