以台湾地区被清政府收复为标志，郑氏海商家族覆灭，清政府宣布废止沿海“迁界令”，于1684年开放海禁，并在第二年指定广州、漳州、宁波、云台为对外通商口岸，设立粤、闽、浙、苏四海关，这标志着中国自唐朝以来1000多年的市舶制度的终结，以及近代海关制度的开始。
与明朝时太监掌揽外贸大权不同，四口通商口岸的管理机构由司礼监改为户部，监督人由满族人或者巡抚大人兼任，但一开始，广州港的地位并不明显，在经历了80年的历史演变后，才逐渐显赫起来。
从塌房、官牙到十三行
“牙”字，在古代也被用来指交易中介人。有关这方面的记载，始见于唐朝开元年间。两宋时期，牙人必须从政府手中领取“付身牌”，才能成为合法的经纪人。为经营与辽、西夏之间的榷场贸易，两宋时官府招募了许多出色的牙人做官内牙人，而关于“牙行”的最早记载，则始自元朝。
明初时官方禁止“牙行”贸易，试图建立一种被称做“塌房”的商业经营模式。“塌房”初设于京师，它的定位是“以蓄四方客货，富实京师”，具有一统京城商业的意图，是一套官营贸易体系。
但商人们认为，“买货无牙，称轻物假；卖货无牙，银伪价盲”，官方遂同意设立牙行，但要置于政府的监控之下，“官牙制”应运而生，牙商成为官营贸易体系之外唯一的中间贸易合法商人。它的出现，意味着对“塌房”官营贸易体系效果的否定。景泰（1450~1457）以后，“塌房”之名，逐渐消失于史书记载之中，这说明以“塌房”经营模式为主体官营贸易体系已经严重衰落。
嘉靖时，广东市舶司中的客纲、客纪等都属于官牙，市舶司所属的保舶牙人逐渐发展成为牙行。“凡外夷贡者……其来也，许带方物，官设牙行，与民贸易，谓之互市。”
从明朝至清初海禁解除之前，还有一批被称做“揽头”的人，来往于广州澳门之间，不但直接与外商交易，而且跟随政府官员参与对外交涉，并对外商的行为负责。当外商有违法行为时，揽头即便没有过错，也要承受连带责任，这是古代政治上的连坐政策在经济领域的体现。
1685年，延续千年的“市舶司”制度寿终正寝。这意味着由官吏直接介入与外商交易的行为不再被鼓励，官方开始指定商人，在今天的广州十三行路设立“洋货行”，统称“十三行”，来进行进出口贸易。这样，以“十三行”为代表的牙行商人登上历史舞台。
这些牙商在登台之初，就兼具官商气质。首次遴选商人参与牙行贸易的招商，由广东巡抚李士祯在康熙二十五年（1686年）4月组织，在其发布的《分别住行货税文告》中说：
今公议：设立金丝行、洋货行两项货店，如来广省本地兴贩，一切落地货物，分为住税报单，皆投金丝行，赴税课司纳税；其外洋贩来货物，及出海贸易货物，分为行税报单，皆投洋货行，候出海时，洋商自赴关部纳税……嗣后如有身家殷实之人，愿充洋货行者，或呈明地方官承充，或改换招牌，各具呈认明给帖，即有一人愿充二行者，亦必分别二店，各立招牌，不许混乱一处，影射朦混，商课俱有违碍。此系商行两便之事，各速认行招商，毋处观望迟延，有误生理。
大意是说，凡是身家殷实之人，只要每年缴纳一定数量的白银，就可作为“官商”包揽对外贸易，但招商情况并不理想。一年后，李士祯与两广总督吴兴祚在会奏中说，“今货物壅滞，商人稀少”。
广州外港：从澳门到黄埔
明末清初，中国的海外贸易中心一直在浙江宁波双屿与福建漳州月港、厦门一线。尽管广州离南海更近，但厦门、漳州更接近中国的生丝、丝织品、茶叶产地。在四口通商之初，广州港的优势并不明显。
1613年，传教士曾德昭来到南京，自此在中国待了22年。期间，他写了一本书，叫《大中国志》。在他看来，“论富庶它（浙江）超过许多其他省，可以称做中国商品潮流的最佳源头。它的特产是丝绸，无论生丝还是成品，也不管是茧还是原料，都运往各地。总之，中国输出的丝绸，都产自该省”。
1679年12月，清政府准许澳门与广州之间开展陆路贸易，到1684年，澳门都一直是清朝唯一的海外贸易通道。因考虑到澳门历来是广州外港，1688年清政府在澳门设立粤海关澳门总口和4个税口，并宣布澳门隶属广州府香山县管辖，澳夷视同为子民。对澳葡商船，只征收与中国商船相同标准的船钞，只及其他国家的1/4，葡商不仅可抵广州交易，还随时可进入关闸，与香山县牙行直接交易，这是其他国家商人无法得到的贸易自由。
1607年，荷兰从澳门运茶到印度尼西亚万丹，然后于1610年带回荷兰，这是西方人来中国运茶的最早记录，揭开了中国与欧洲茶叶贸易的序幕。由荷兰人所开创的中欧茶叶贸易，牵引着新一轮中欧贸易的发展。1688年，荷兰人率先将商船开到澳门港，这是荷兰商船少有的以和平通商姿态进入中国的门户。
之后，其他国家船只也进入澳门港，但在澳门的葡萄牙商人认为，澳门历来是葡萄牙人独处之地，所以竭力阻挠其他国家商船进入澳门。尽管葡萄牙商人几乎垄断了澳门乃至中国对外的茶叶输出，但从1709年起，澳葡商贸仍陷入困境。到1716年，葡萄牙商人已负债累累，极度衰落，澳门议事局接二连三向里斯本告急。
对此，郑永常在《晚明（1600~1644）荷船叩关与中国之应变》中这样分析：
葡萄牙对东南亚的海外贸易由王室所垄断，是一种“单边性贸易”，葡萄牙人拿不出物产与东方交易，王室要用大量黄金和白银才能购买东方的胡椒、香料及丝绸，因此债台高筑。为改变这种局面，早在1570年葡王室就放弃了对胡椒及香料的垄断权，允许葡萄牙商人从事这类贸易，但是白银出口仍为王室所垄断，所以葡萄牙商人的经营规模一般不大。事实上，葡萄牙人在军事上和宗教方面的花费太多，超过了他们在商业活动中获得的利益。因此，葡萄牙在东亚的贸易并没有为国家带来大量的收益。
在被逼无奈的情况下，其他国家商船只得驶入黄埔，这直接推动了广州贸易地位的提升。1715年后，各国商船再也不进澳门港，这种情况到1724年时成了定例，黄埔取代澳门迅速上升为广州外港，广州又回归到中国对外贸易的中心地位。
四口争胜
1715年，当各国商船不再入澳门港时，发生在厦门的一起武装冲突，让英商再度把目光投向了广州。《谭康官与顺德籍行商》一文这样描述了当时的经过：
起因是中国商人欠了英商的2600两货款，不愿还，反而勾结当地官员一道，设法赖账，要将英船“安尼号”赶出厦门港。英商自然不干了，他们把一艘要开往巴达维亚载货的中国帆船扣了下来当“人质”，以此逼中方发还欠款。这边，中国水师受命，派船去夺回被扣下的中国货船，从而与“安尼号”发生炮战，打了个昏天黑地。这一事件发生后，（英国）东印度公司下令，所有前往中国的船员，全部转向广东口岸进行贸易。
第二年，正当在澳门的葡萄牙商人接二连三地向里斯本告急之时，三艘英国东印度公司的商船抵达广州，他们的到来，受到粤海关监督的热情欢迎。在1716年，有11艘外国商船到广州贸易。
1717年，茶叶已经替代丝绸成为中国对英贸易的主要出口物，垄断英国对华贸易的是东印度公司。1702年的广州，外贸并不兴盛，捐资白银4.2万两就可以成为皇商，但1704年来自英国的5艘商船上的商人却拒绝与皇商做买卖，他们通过行贿，与行商进行了私下交易。
从18世纪初开始，十三行商自感势单力薄，一直寻求建立一个组织，以与垄断对华贸易的英国东印度公司及荷兰东印度公司相抗衡。福建籍的十三行行商凌官（一种商名，每个行对应一个商名）和安官，在1720年前曾垄断对外贸易。1720年，凌官突然去世。对十三行具有深远影响的事件，出现在他去世的这年年底，十三行行商组织成立了十三行历史上首个商业行会团体——公行。安官、谭康官等十三行的行商在神前杀鸡歃血，结为同盟，并制订了13条“公行制度”，这是十三行贸易史上行商们第一次正式公开结盟，而且制订了共同执行的“商贸天规”。
“天规”规定，手工业品如扇、漆器、刺绣、国画之类，交由普通商家任意经营贩卖，茶、丝等大宗商品，只能由行商经营，各行商要以一个拳头对外，共同商议货价，包括外省商人到广州与外国商人交易时，公行也要介入协定货价，以避免大家进行竞争，让外国商人“买贱卖贵，则行商必致亏折”。而对公行负责最重及担任经费最大者，其所揽得的贸易份额也相应最大。
虽然之前并没有正式、公开的组织以及白纸黑字的约定出现，但公行所要达到的目的——对公行外成员的贸易限制，共同议价，贡献大者具有贸易优先权等，恰恰也是先前的皇商所心照不宣的目的。
两种商人立即反对公行的成立，一是没能进入公行的商人，二是外国商人。当时英商与中国的贸易量最大，他们从中看到垄断的迹象，就以停止到华贸易相威胁，迫使看重税收的广东当局撤销公行。
英国“麦士里菲尔德号”轮船的商人站了出来。20年前，正是这艘商船打开了中英贸易的大门。其站出来的原因有二：一是由公行商人垄断市价，不符合自身利益；二是非公行商人也向英商大班诉苦，公行不得不作出一些让步，让非公行商人有限制地参加瓷器与茶叶生意。之前，非公行商人与外国商人从事瓷器和茶叶生意要给公行交纳20%~40%不等的货价。
当时广州港的地位尚不稳固，如果广州当局无视英商的要求，外国商人可以选择到厦门、宁波或者松江贸易。最终，广州公行在建立半年多后解散。广州十三行商人心有不甘，甚至跑到厦门成立了一个公行，但同样面临与广州类似的情形。
1727年，一艘由各国的联合公司派来的“奥古斯塔斯王子号”的商船来到珠江口。它停泊在广东香山鸡颈洋面，这是一个离澳门不远的停泊地，既不归葡萄牙管，中国人也管不了。该船大班向前来贸易的行商提出从陆路或水路到厦门交易，并在厦门签订运送丝织品的合约，但得到了否定的答复。
如果是以前的行商可能会遵照外国大班的意思行事，但这时，广州十三行商人对这种行为说了“不”。外国大班将信将疑，就又与另一位行商谭康官提出这种要求。《谭康官与顺德籍行商》中记录说：
他们劝说谭康官同去厦门，因为他们得到“秘密命令”，如在广州受到勒索，这一年就上厦门，但谭康官告诉他们，英国人久已不至厦门了，装运、办手续会有不少困难。还是不去的好。末了，大班找了一位官商，一位满大人，而且刚刚从厦门调来，谁知这位官商也拒绝了，并说，你们不可以再劝诱任何一位行商同去厦门，因为他们如今已经不再受前任巡抚兼海关监督的敲诈勒索了。
文中所说的前任巡抚兼海关监督就是杨文干，他在处理外事上与大班不甚投机。此时，他因“丁忧”不得不回老家，新任代理巡抚则相对温和一些，并提出要见大班。本来大班借口要上厦门而不去见他的，但后来还是去了，并受到礼遇。经过一番争论并权衡利弊之后，英商留在了广州。不管怎样，经济发展环境对于招商和外贸的影响，在当时已经可见一斑，外商最终用脚投票决定了去留。
对于广州港收费的不合理之处，《谭康官与顺德籍行商》在转述马士在编年史中的记录时说：
我们在这一天内同时交付通事1950两，由谭康官担保，当做我们的船送给道员(Toyen)总督及其他大官员的规礼；按照现行的惯例，它已被视为和船钞相同的课征。
这是在已缴的1320两法定船钞费后，又再次缴纳的白银。对于“礼银”，外商一直心存芥蒂，这成为未来100年内中外磋商和讨论的一个特别事项。徐中约在《中国近代史》中提到，1689年英国东印度公司一艘商船驶入广州港交了300两礼银，到此时要交1950两，海关监督官员的胃口越来越大。