1950年10月16日，公安部召开了全国公安高级干部会议，具体部署贯彻执行中央的镇反指示。随即，一场以打击特务、土匪、恶霸和反动会道门头子为重点的镇压反革命运动，在全国展开。
12月19日，毛泽东看到中共湖南省委书记黄克诚送来的综合报告。报告反映，在湘西地区的镇反中，先是存在着不敢"开杀戒"的问题，在开了杀戒以后，又出现了杀人过快过多的问题。报告对这些错误倾向提出了批评。
毛泽东复电黄克诚，肯定湖南省委的方针是正确的，并对全国镇反运动提出了指导方针："对镇压反革命分子，请注意打得稳，打得准，打得狠。"在"稳、准、狠"这三个字中间，他强调最重要的是"准"。只有打得准，才能做到稳，也才能打得狠。
1951年1月，抗美援朝战争第三次战役胜利结束，朝鲜战局大势已定。毛泽东放手让彭德怀指导第四、第五次战役，自己只在最必要的时候，在关键的问题上，提出指导性的意见，或者隔一段时间，向彭德怀问一问朝鲜战场的情况。他的主要注意力从朝鲜前线的军事斗争转到了国内的镇反工作。在短短的几个月内，就起草了一两百份这方面的批语和文电。
镇反刚开始，有些地方的领导人对这项工作认识不足，优柔寡断，行动不力。这时，毛泽东特别强调要放手发动群众，大张旗鼓地镇压反革命。
1951年1月17日，他看了中共中央中南局转报的湘西解放军第四十七军关于镇压一批匪首、恶霸、特务的报告，立即转发各中央局、分局负责人，充分肯定四十七军的做法，指出："只有如此，才能使敌焰下降，脱离群众。""所谓打得稳，就是要注意策略。打得准，就是不要杀错。打得狠，就是要坚决地杀掉一切应杀的反动分子（不应杀者，当然不杀）。"1月23日，毛泽东转发广西镇反报告时又指出：广西军区在剿匪工作中，曾经犯过右倾错误，宽大无边，"以至匪祸猖獗，达于极点，土匪越剿越多，人民受害极大"。后来他们纠正了这种错误，"情况就完全改变过来，匪焰大降，民气大伸"。
毛泽东在注意纠正宽大无边的同时，又及时地提出镇压也应当有边，无边是不对的。这样，就可以防止在纠正一种倾向的时候可能出现的另一种倾向。
1951年2月中旬，毛泽东主持召开有各中央局负责人参加的中共中央政治局扩大会议，讨论决定抗美援朝、土地改革、镇压反革命等重要事项。在毛泽东起草的会议决议要点中，对镇反运动作了五项规定："(一)判处死刑一般须经过群众，并使民主人士与闻。(二)严密控制，不要乱，不要错。(三)注意'中层'，谨慎地清理旧人员及新知识分子中暗藏的反革命分子。(四)注意'内层'，谨慎地清理侵入党内的反革命分子，十分加强保密工作。(五)还要向干部做教育，并给干部撑腰。"
从此，镇反就分为外、中、内三层区别进行。外层，指社会；中层，指军队和政府机关内部；内层，指党内。
镇压反革命的对象，主要是土匪、恶霸、特务、反动党团、反动会道门等五个方面中的反革命分子。1951年2月21日，中央人民政府公布《中华人民共和国惩治反革命条例》，使镇压反革命斗争有了法律武器和量刑标准。这方面的政策，被概括为：首恶必办，胁从不问，抗拒从严，坦白从宽，立功者受奖。
镇反工作全面铺开以后，各地进展情况很不平衡，北京、上海、南京、广州等大城市相对滞后。
毛泽东在转发北京市委镇反计划的批语中指出："各大城市除东北外，镇压反革命的工作，一般说来，还未认真地严厉地大规模地实行。从现在起应当开始这样做，不能再迟了。这些城市主要是北京、天津、青岛、上海、南京、广州、汉口、重庆及各省省城，这是反革命组织的主要巢穴，必须有计划地布置侦察和逮捕，在几个月内，大杀几批罪大有据的反革命分子。"
3月13日，一个严重事件在山东军区发生了，军区政治部主任黄祖炎在一次会议上被惠民军分区政治部的一名副科长刺杀。经查，这个副科长在历史上曾向敌人告密出卖过两名共产党员，镇反中被群众检举，因而行凶报复，并当场自毙。
这一事件，在党内引起了震动。这样的高级干部被党内暗藏的反革命分子所刺杀，为过去所少见，在新中国成立后更是首例。3月18日，毛泽东为中共中央起草关于黄祖炎被刺杀事件的通报，要求党和军队的各级领导务必注意：（一）严防反革命的报复。（二）必须认识党内、政府内和军队内已有少数反革命分子混进来，绝不可认为太平无事。现在就应开始注意这个问题。要采取有效措施，保障党、政、军各级领导机关的纯洁和安全，"绝不可优柔寡断，姑息养奸"。
毛泽东及时而周密地作出部署，这对于保证党政军首脑机关和公安部门在镇反运动中的安全，十分重要。自此以后，再没有发生像山东军区那样的事件。
镇压反革命，采取了放手发动群众的方针，在城市在乡村都大张旗鼓，广泛宣传，努力做到家喻户晓。广大人民群众控诉、检举和自动捕捉反革命分子的活动，是这一运动的显著特点。许多潜伏特务、血债累累的恶霸分子被群众检举揭发出来，纷纷落入法网，受到严厉惩处。镇反运动很快在全国形成高潮。
但在运动中，出现了量刑不准，有些不该杀的杀了，不该抓的抓了，以及扩大了镇压范围等"左"倾偏向。这种情况，一经发现，毛泽东就及时提出，引起各地注意。1951年3月30日，毛泽东在一个批语中写道："山东有些地方存在着劲头不足的偏向，有些地方存在着草率从事的偏向，这是全国各省市大体上都存在的两种偏向，都应注意纠正。特别是草率从事的偏向，危险最大。因为劲头不足，经过教育说服，劲头总会足起来的，反革命早几天杀，迟几天杀，关系并不甚大。唯独草率从事，错捕错杀了人，则影响很坏。请你们对镇反工作，实行严格控制，务必谨慎从事，务必纠正一切草率从事的偏向。"
谨慎收缩
从1951年5月起，毛泽东和中共中央决定实行谨慎收缩的方针，集中力量处理积案。为实行这一方针而采取的首要措施，是收回原来下放给下级的捕人批准权和杀人批准权。
为实行谨慎收缩方针而采取的另一重大措施，是对犯有死罪的反革命分子大部采取判处死刑缓期执行的政策。
在前一阶段镇反工作中，逮捕并迅速处理了一大批犯有死罪、民愤极大的反革命分子。群众拍手称快，对嚣张一时的反革命破坏活动起到了震慑作用，有效地维护了社会治安，巩固了新生的人民政权。但是，杀人多了，即使都是犯有死罪的反革命分子，也总会在社会的一部分阶层中引起不安，甚至会丧失社会同情。
对犯有死罪的反革命分子大部采取判处死刑缓期执行的政策，就是为解决这个矛盾而提出来的。"死缓"，在古今中外的法典里，找不出这样一种刑名。它虽然仍属于死刑，但与死刑有重要区别。这是毛泽东的一个创造。后来，"死缓"就作为一个重要的刑名，写入法律，在中国实行。
上述两项重大而有力的措施的提出，从根本上防止和纠正了镇反高潮中曾在一些地方发生的乱捕乱杀的"左"的偏向，从而保证镇反运动的健康发展。
为了贯彻落实毛泽东提出的两项重大措施，1951年5月10日至16日，在北京召开第三次全国公安工作会议。会议作出一系列重要规定：关于杀反革命分子的数字，必须控制在一定比例内，农村不应超过人口的千分之一，城市一般应低于千分之一，以千分之零点五为适宜。凡介在可捕可不捕之间的人一定不要捕，如果捕了就是犯错误；凡介在可杀可不杀之间的人一定不要杀，如果杀了就是犯错误。严格掌握捕人和杀人的批准权。对于犯有死罪的反革命分子，大部实行判处死刑、缓期两年执行、强迫劳动、以观后效的政策。认真清理反革命罪犯的积案。抓紧对外国反革命分子的打击。普遍组织群众的治安保卫委员会，农村以乡为单位，城市以机关、学校、工厂、街道为单位，经过人民选举组织之。
这时，全国范围的镇反运动已进行了7个月，形成了一套明确的工作路线，这就是："党委领导，全党动员，群众动员，吸收各民主党派及各界人士参加，统一计划，统一行动，严格地审查捕人和杀人的名单，注意各个时期的斗争策略，广泛地进行宣传教育工作，打破关门主义和神秘主义，坚决地反对草率从事的偏向。"
1951年9月，第四次全国公安工作会议在北京召开。会议估计，全国及大部分地区，镇压反革命的斗争已经进行得彻底或比较彻底了。毛泽东审阅会议决议草案时，又加写了一句话："在镇压反革命确实已经达到了彻底程度的县、区、乡及某些市区，即应结束镇压反革命的运动，转入经常的对暗藏反革命分子作斗争的工作。"
到1951年10月，全国规模的镇压反革命运动基本结束。它以大规模群众运动的方式，打击国民党政府在大陆的潜伏力量和各种流氓、黑社会势力，安定社会秩序，发动并教育群众，这对巩固刚刚建立不久的人民政权起了不可缺少的重要作用。
镇压反革命，采取了大规模政治运动的方式，集中解决国民党反动派在大陆上的残余势力以及各种匪患、黑社会势力等等。这是在新中国刚刚建立、政权尚未完全巩固、法制基本没有建立的特定历史条件下的必要选择。运动中出现过一些偏差，包括错杀、错捕等。这些偏差一经发现，便及时地加以纠正，基本上保证了运动的健康进行。