1993年蒋纬国赴加拿大出席一个国际会议时，他以《如何统一中国》为题发表演讲。他说台湾当局奉行的“三不政策”已形成两岸的僵局；其中最关键的政策是“不妥协”，因为“不妥协”所以“不谈判”，因为“不谈判”所以“不接触”。他提出只有变更“三不政策”两岸关系才能得到发展，统一才有可能。他认为：要打破两岸僵局，应首先找出两岸的共识。蒋纬国认为双方共识应是：
“两岸人民都认为自己是中国人，所以只要‘一个中国”’；
“两岸要追求中国人能够‘过好日子’及机会，任何不能使中国人过好日子的障碍，两岸应联手排除”；
“两岸要追求一个‘受国际尊敬的理想新中国’，此一共识，要有两个前提：一是自己要能富强，其次是要能尽国际义务’’。
蒋纬国还声称：这三个共识之下，谁要不承认自己是中国人要闹分家，谁就是两岸的公敌。对于邓小平倡导的“一国两制”，蒋纬国基本同意。他多次宣称要回大陆看看。他说是他第一个发起纪念郑成功，并铸造了一座郑成功铜像，面对大陆，就是表示自己一心想回大陆。
为了促进两岸关系的进一步发展，蒋纬国于1996年7月8日在国民党中央直属第六组会议上，提出蒋介石、蒋经国灵柩移大陆临时动议案。蒋纬国提出的移灵理由有三：
一、台湾在“国际压迫，国内不安状况之下，不意之暴动仍有发生之可能”。
二、蒋介石在各地的铜像，被破坏和污损已有数起；台北“总统府”前的介寿路被改名；蒋介石生前的官邸，被挪作他用。
三、“对慈湖与大溪灵榇厝基，已有随时被突击之可能，此时绝不许作‘万一’之苟且!必须作‘万全’之策划与准备。尤其中正先生之遗灵如遭不意，本党将难辞其咎。”
蒋纬国提议成立“移灵奉安委员会”，先作一切原则性及行动研讨，与大陆方面沟通，候时机成熟随时行动实践。对于蒋氏父子安葬之地，蒋纬国选了两个地点：一是南京紫金山中山陵旁，一是溪口附近四明山顶的妙高台。蒋纬国曾征询宋美龄意见，宋说如果蒋介石的灵柩安葬在紫金山，则她希望葬在上海她母亲的墓旁，因为紫金山先后葬了总理与总裁，不是她可以随便安葬的；但如果蒋介石葬在溪口的妙高台，则她愿与蒋葬在一块。蒋孝勇说爷爷生前希望死后能葬在溪口家乡奶奶毛氏墓旁。
对于蒋纬国提案，社会各界反响强烈。国民党“立法院”党团书记长施台生称：叶落归根是现阶段中国人传统的风俗习惯，大家应该尊重蒋家后人的决定。新党“立院”党团召集人朱高正指出，“这件事纯从法律上来看，蒋家应有权来处理两位故‘总统’灵柩的事情，因为我们是法治‘国家’，蒋家的后代有权这样做”。连民进党“立院”党团干事长沈富雄都表示：“两位故‘总统’的灵柩要返回大陆，就应该让他们移回去，民进党乐观其成”。也有舆论认为：蒋纬国的提议与岛内政治斗争表面化联系起来，认为蒋纬国利用此事为李登辉出难题。还有人指责蒋氏后代以前人遗骸玩政治游戏。
国民党高层人士表示：对于蒋纬国主张将蒋介石、蒋经国灵柩奉安大陆之事，牵涉的问题相当多，必须考虑到各方面的影响，并且尊重宋美龄与蒋方良两位遗孀的意见，因此还需要进一步审慎研究。国民党高层原则决定由3位前中央委员会秘书长张宝树、马树礼、蒋彦士等人组成筹划委员会，就蒋纬国提议进行研究。蒋彦士明确表示：“两位蒋‘总统’奉安不是简单的事，站在‘国家’和国民党的立场，奉安是‘国葬’，不是一般民众归葬家乡，应好好研究。”又说：“国家统一之后再谈移灵比较适当”。他认为，“目前时机不宜处理两位蒋‘总统’的奉安事宜，应等两岸统一后．处理”。
就在国民党当局对蒋纬国所提移灵案采取低调处理时，蒋纬国于8月24日十四届四次中评委会上重提移灵案，并且：有国民党元老陈立夫与夏功权的连署。在提案中，蒋纬国提出五项说明，并建议三点处理意见：
第一，目前移灵时机因未成熟，但开始策划、筹备奉安，以及和各方沟通的时机已见迫切，建议将中央成立之奉安研究小组，尽速改组为移灵筹备委员会，认真研究相关事项，逐步采取行动，以催化移灵时机早日到来。
第二，在行动之前，慈湖和头寮之安全必须绝对保证，移灵之时起，至奉安之地问，沿途安全细则亦应有专组筹划以便洽定。
第三，两岸恢复会谈时，或密派专使，作有力之诚恳要求。
陈立夫对蒋纬国的建议深表赞同，他称：国民党中央对各地“总统”像遭破坏都不置一词，是令蒋家要求移灵的主要原因。⑨
就在蒋纬国重提移灵案的同日，蒋孝勇也强烈质疑国民党对蒋家父子俩移灵事宜的做法。他是以国民党中央委员身份出席四全会开会典礼后的记者会上发表的不满意见。蒋孝勇指出：“移灵应是很单纯的事，但现在似乎把它太政治化了。各地有各地的习俗，中国人讲入土为安，他不希望变得如此政治化。至于国民党中央奉安小组成员，他认为蒋彦士不够资格处理奉安事宜；至于章孝严，也不够资格，因为“入门都没有入，而且这件事是蒋家的事，不是章家的事”。移灵案最终以时机不成熟暂告搁浅，但它说明蒋纬国的确想通过移灵来推进海峡两岸关系的进一步发展，其用意是 积极的。但其结局也表明蒋家风光不再，就在这一年，蒋纬国连 “总统府资政”的聘书都没有得到。
就在这一年年底，81岁高龄的蒋纬国因长期洗肾加上糖尿病 引起胃肠功能病变，食欲不振，体重下降到50公斤，须靠静脉注射 补充营养。蒋纬国过去有高血压、慢性肾炎、糖尿病肾病变、急性 胸腹部主动脉剥离造成肾缺血等病史。1996年11月7日，因尿 毒症开始接受长期血液透析治疗。1997年9月23日，蒋纬国因 呼吸问题和内出血而病情恶化，终于不治身亡，享年82岁。蒋纬 国病逝当天，海协会会长汪道涵致电台湾海基会称：“惊悉纬国先 生不幸病逝，甚感哀痛。纬国先生坚持一个中国，反对‘台独’。值 此谨致哀悼!”
10月19日，台湾各界人士为蒋纬国举行公祭仪式。其后，蒋纬国的遗体被安葬在台北县五指山示范公墓二区。
蒋纬国不仅对参政有浓厚的兴趣，而且特别关注大陆情况。 当云南地震发生后，他曾参与组织“台海爱民会云南救灾小组”，派 人携款前往灾区救助。同时他还宣称：在卸下公职以后，“绝对的， 当然要回大陆”。
第三代独木支撑
在蒋氏家族中，第三代在台湾社会颇引人注目。在蒋家第三代中，本来蒋孝武最有政治行情。由于江南命案的影响，蒋孝武被外放新加坡任商务副代表。台报认为：蒋孝武“是否即永远真的与权力核心疏离呢?恐怕并不见得”。从蒋氏家族长期以来的影响力及中国传统的政治习气而言，蒋孝武对于中国国民党内部的党政军首脑，相信仍有一定影响力，蒋孝武的动向依然不可轻视。
国民党十三大召开之际，台报认为这是蒋孝武问鼎中委的最好契机。有台刊推测，蒋家第三代成员中(主指蒋孝武、蒋孝勇、章孝严、章孝慈)可能只有两人当选中央委员，两人当选为候补中央委员。蒋孝武一向偏重政治方面的发展，同时他又与李焕关系良好，挤入中央委员行列，自属顺理成章。然而在国民党十三大召开前，台湾岛内翻案风大行其道，许多翻案事件都涉及蒋介石与蒋经国。蒋孝武非常激愤地说：
“我的祖父对‘国家’的贡献，有目共睹，不容抹煞。我可以容忍对我的诽谤与诬蔑，绝不能容忍对我祖父与父亲的诽谤与诬蔑”。对于所谓翻案事件，“是经过法律程序而定案的，现在纵使要‘翻案’，要‘澄清’，要还‘历史真相’，也要遵循法律程序”。
由于蒋氏家族声誉、地位急剧坠落，蒋孝武愤激之下公开声明不参加中央委员的竟选，然后赴新加坡上任去了。
1990年“总统”大选前夕，李登辉任命蒋孝武出任‘驻日代表’。李登辉此举明显地具有向老“国大代表”拉票的效果，同时也想堵住那些拥蒋派的口。在日任职期间，蒋孝武密切注视岛内政治动向。因“总统”、“副总统”选举发生党内政争后，于3月8日回到岛内，并发表了一篇致中国国民党诸领导的一封信。信中主要批驳非主流派的做法。具体内容为：
“孝武长年奉派驻外，虽常有思亲念乡之苦，总能以工：作回报获致慰藉。惟近来眼见……台湾内部衍生出一股逆流，破坏一切规范，从中央到地方政争不断，法律规章传统伦理的丧失．社会秩序失控，敌象到处可见……本党的领导群在争谋权位，互不相让，置本党理想于不顾，置民族大义于不顾，置‘国家’前途于：不顾，岂不令人痛心?而现今党内夺权斗争，也许可藉妥协暂时平息，但妥协并非和谐，只是下一波的伏笔；如此派系与派系之间，人与人之间，周而复始的倾轧，不但使伦理与纪律荡然无存，40年来奋斗成果也将毁于一旦”。十三大以来，“名位之争愈演愈烈，而其层面愈来愈广……假民主程序之名，图夺权之谋，藉法规漏洞从事政治投机，明明想当却扬言不竟选，透过所谓咨商形式，从事权位分赃。这样的党内民主，难怪造成这种党不党，政不政，有选票，却无民意的乱象”。“我将终生是三民主义的忠实信徒，个人已再无所求，面对眼前情景，今天以一个中国人的身份，衷心呼吁中国国民党领导同志们捐弃一己之私，尽速推动党的第二次改造，为创建统一的新中国共同奋斗”。
蒋孝武发表该信后曾受到李登辉的接见，同时举行了记者招待会，再一次申明信中所谈的对台湾政局的基本看法。正在美国访问的同父异母兄弟、海工会主任章孝严认为蒋孝武的勇气与态度“是值得赞赏的”。
蒋纬国对《中国时报》记者称：孝武发声明“我一点也不奇怪。也不责怪他。因为孝武是个病人，他的身体一直不好。病了很久，利用一个人的心理和身体的弱点做政治工具，这种人太残忍……这件事造成孝武失去他正常的形象，对孝武本人是非常残忍的，对蒋家也是。但我对孝武一点责怪的意思也没有……因为他做出那件事，是非常反常失态的……那是真正懂得利用人心弱点的人出的一招，这样的人心，真是令人不齿”。1991年5月，蒋孝武请辞“驻日代表”返抵岛内。7月1日，因急性心脏衰竭逝世于台北“荣民总院”，终年46岁。当天，台湾中央社发布如下讣告：