当蒋介石提出组建“青年反共救国团”后，国民党中央改造委员会根据蒋的指令，拟订筹组原则，送请“行政院”核准后颁发，“行政院”转饬“国防部总政治部”负责筹组，并派蒋经国为主任，胡轨、谓f东闵为副主任，负责于最短期内筹备完成。
“反共救国团”于1952年8月1日在复兴岗设立了筹备处，并拟定了各项编制与计划。为使工作计划切实实施，筹备会一方面召开各界青年座谈会以寻求支持，同时开始训练干部。9月份还设立了指导委员会，“国防部”聘请张其昀、周至柔、郭寄峤、谷正纲、程天放、吴国桢、陈雪屏、沈昌焕、钱思亮、刘真、任陪道、蒋经国等12人为委员，并于1952年10月3日上午9时举行第一次团务指导委员会会议，决定多项重要议案。至此，筹备工作大致完成。
1962年10月31日，正值蒋介石65岁生日之际，由国民党中常委蒋经国主持的“青年反共救国团”成立仪式在台北举行。在成立仪式上，蒋介石说：
“青年反共救国团”的成立，“在反共抗俄救国救民的大道上，由此更迈进了一步”。他规定：“青年反共救国团”是一个“教育性的组织”、“群众性的组织”、“战斗性的组织”。
蒋在讲话中，句句不离“反共抗俄”，时刻企图“反攻”。他成立该会的中心目的就是使青年成为他“反攻大陆”的突击队。当然他还有密不告人的第二个目的：让蒋经国乘机网罗人才，培养班底，为其接班护航保驾。因此，他自兼团长，让蒋经国出任“青年反共救国团”主任一职。
蒋经国接受任命后，既有惟我独尊的感觉，又有诚惶诚恐的想法。他在成立大会上说：
“今天青年反共救国团成立了，并且由本人负责，我自己感觉非常惶恐，过去任何责任交给我，我都没有像这次的感受。因为这个责任的确是重大而极紧要的；过去办不好，还可以再来，这次办不好，便没有机会再来了，只许成功，不许失败”。
蒋经国还向新闻记者展示了“救国团”的团旗，并解释团徽的造型是以绿色为底，中为青天白日，两边横贯三根红线：青天白日代表“国家”的灵魂、三民主义精神和“救国团”的中心思想；三根红线代表青年勇敢、大无畏与牺牲精神。红色表示青年的热血与热情，绿色象征青年有活力、有生气、永远青春、永不衰老、永不灰心与永远胜利。蒋还说：“今天大家团结在‘救国团’的旗帜下，要擎着这面大旗，向大陆进军。”
“青年反共救国团”在其组织章程中，确定以下8款为该机构遵奉的信条： (1)“信仰三民主义”； (2)“拥护领袖”； (3)“服从命令”；
(4)“严守纪律”；
(5)“自立自强”；
(6)“实践力行”；
(7)“互助合作”；
(8)“服务牺牲”。
如果读者仔细研究一下，就会发现这8条纯粹是蒋介石讲话的翻版而已。它的基本宗旨就是要台湾青年为蒋氏父子效命，接受“反攻复国”的思想教育，成为国民党的预备队。
蒋经国还为“救国团”规定了四大原则：
(1)打破“个人利害为结合要素”的自私观念，消灭“为满足个人政治欲望而用干部”的卑劣作风；
(2)打破士大夫观念与升官发财的思想，转移青年的权利争夺为对大自然的战斗；
(3)打破鄙视劳动的落伍观念，培养青年热爱劳动、手脑并用的习性，在劳动中创造，在创造中成功；
(4)打破盲从和依赖的苟安心理，我们反对排外和媚外，要以自立自强的精神，为“国家”开辟光明的前途。
“青年反共救国团”除团长与主任外，另设两个副主任，由胡轨和邓传楷担任。总部下设秘书室，由蒋经国的嫡系大将李焕任秘书，其权限超越两位副主任。秘书室之外，设有5个组，分别管理组织、训练、文化、宣传、青年服务、青年活动及其他事务。5组之中，以一、二两组任务最重。同时，在每一县市，“救国团”设立一支队部，负责处理全县市有关事务，其下每一中学(有高中学校)设一大队，再下为分队、小队，和军队组织差不多。
蒋经国根据过去在赣南时期和重庆时期与青年接触、工作的经验，结合青年特点开展各项活动。
(1)出版大量图书、杂志。“救国团”第二组负责文化宣传。该机构成立有幼狮出版公司、幼狮文艺、青年写作协会等，共出版各类图书、杂志几百万册。
(2)利用寒暑假举办登山、探险、滑翔、航海、潜水、游泳、野营、文艺、体育、自行车、家庭工艺、民族舞蹈、徒步环岛旅行等青年喜爱的活动。
(3)组织交通实况、化学肥料使用、山地教育、古史遗迹等应用科学考察队。
(4)组织昆虫和动物标本、风土、植物病虫害标本、海产生物等采集队。
(5)组织航海、童子军野营实习队、水利测量队、风土写作队。
(6)为女团员举办车绣、缝纫、刺绣、编织、造花、打字、会计、家政、应用文等短期训练班。
(7）在总团部、支队部设立奖学金和助学金委员会，设立忠勇、仁爱、孝友、和平、救助、强身、勤俭、负责、礼节、博学等12种奖章，开展竟赛与奖励活动。
通过以上诸种活动，既满足了年轻人的好奇心和求知欲，又达到了掌握青年人心态、引导他们为“反攻复国”总目标服务的目的。
“救国团”始终把反共作为政治教育的核心。蒋经国在台北第一批“救国团”团员宣誓大会上，要求青年团员“应该和国军并肩作战，收复大陆，复兴国家”。他特别强调：“救国团与教育，是一体两面”。他认为这句话还是不够彻底，“救国团与教育，根本就是一体的工作”。他认为首先应该注意反共教育。他说：
“所谓反共教育，就是要团结革命意志，发掘民族精神。只有如此，才能创造今天的时代，也才能挽救我们的国家。”
蒋经国还强调要对“救国团”团员加强三民主义教育。他说：
“我们今后的教育应该要灌输革命性和民族性的思想”，尤其“三民主义，是我们教育的大道”。
为加强反共教育与三民主义教育，蒋经国要求用感化来教育学生。他说：
“所谓感化，就是用感情来教化青年，没有‘感情’就不能教化，但是我们今天学校里面却很少有感情。”
同时他要求“救国团”团员要对国民党充满感情，绝对服从国民党。根据蒋经国指令，“救国团”出版机构出版了《三民主义基本教材》、《领袖(蒋介石)对青年的训示》、《中国之命运教材》等书籍，强迫学生学习。对此，1954年《自由中国》第11卷第12期刊登一篇题为《挽救教育危机》的读者投书。投书谴责台湾教育当局与蒋经国负责的“救国团”，“假教育之名而行党化教育之实”，逼迫中学生“披星戴月”，“三更眠，五更起”，去背诵那些“连篇累牍，念之不尽、读之不竭”的“三民主义、总理遗教、总理训辞、青年救国团发下来的必读小册子”。该机构甚至强迫学生作《我对国民党的认识》等类的论文。文章呼吁“抢救教育危机”，“不能让青年在受教育的阶段就使他们对于民主制度有了全然歪曲的认识”。
为进一步贯彻反共教育，1953年7月31日，台湾“行政院”颁布了《台湾省高级中等学校及专科以上学校学生军训实施办法》，明确规定：凡是高中以上学校学生，一律接受在校军训。“救国团”提出军训的口号是：
“学飞战斗技能，充实战斗知识，培养冒险犯难精神，养成互助合作美德，树立守法习惯，锻炼坚强体魄和勇敢意志。” 军训内容是： “军事知识之传授，军事基本动作之训练，以生活管理军事化为重点，务求每一在学青年了解军事精神的真谛。”
按照蒋经国设想，台湾全体青年人在“救国团”领导下，都能成为军事保卫台湾的“反共青年军”。
对于“青年反共救国团”，蒋氏父子的背叛者、国民党元老雷震以及他主办的《自由中国》杂志，均认为此一团体是“经国的黑市机构”，“是第二个三民主义青年团”，是“国民党的预备队”，主张撤销。
《自由中国》第18卷第11期又发表社论，题为《再论青年反共救国团撤销问题》，除了重申“救国团”的成立破坏体制、浪费资金外，并提出撤销的两大理由：
(1)“救国团实施学校军训，浪费青年学生太多的时间和精力，妨碍了青年学生求学的机会”；
(2)“救国团假冒研究之名，进而控制学校教育，控制青年学生的思想和精神，而遂其政治的特殊要求，使纯洁的青年学生，成为一党一派争权夺利的工具和牺牲品”。