当年青史赠刘向，此日苍生属谢安。
经国储胥群莫测，宅心冰雪物难干。
昌黎徒费千书纸，故怅修门未识韩。
翁文灏据其原韵，也作诗与其唱和：立志非徒在作官，愿供驽力列朝鸾。
曾勤学术廿年事，期获邦家百载安。
决计牺身终不惜，宅心如水岂能干。
欲求宏效臻旦夕，法治于今忆读韩。
从这首诗里，我们可以清晰地读到翁文灏的家国情怀。然而，事实并未如翁文灏所一厢情愿的那样。可以说，1935年翁文灏出任行政院秘书长，是实际参加蒋介石政权的开始，不过翁文灏还是没有就此丢下学术。他到南京后，立刻就把地质调查所也迁到南京。一晃七年过去了，翁文灏再也不必站在躺着吸大烟的老板面前筹款建房了。现在是以国家的名义盖的地质所，他自己则仍住在地质调查所内，以所为家，照常照料该所工作。
翁文灏是带着他的理想情操入阁的，一方面，他请了《独立评论》的主要撰稿人、清华大学教授吴景超出任了他的高级秘书；另一方面，他又延请了另一位清华大学的教授蒋廷黻出任了行政院的政务处长。当时以翁文灏为首的这批在政府中从政的学者，被人统称为“学者从政派”。
母亲，你只要想一想“学者从政派”这五个字，你就可以想象社会对他们的半首肯半嘲讽的态度了。这样一批学者文人一入政府，立刻就陷入了官僚体制下的巨大国家机器之中。行政院每天要接受文件900余件，发文500件，翁文灏就这样埋入了文山会海之中。被翁文灏形容为“瓷器店中的猛牛”的蒋廷黻，给胡适报告翁文灏的执政情况时说：你知道各部部长对咏霓兄的信仰甚大，他不大说话，说则有相当效果。于无形之中，他的用处很大。……他于政治很像他办地质调查所，于不露声色中，先责己后责人，准备费十年、二十年的功夫，在艰难困苦之中求成绩。所以他不愿大刀阔斧干。然而现在的局面，不大干不能成功，小干是无济于事的。
“猛牛”蒋廷黻代表的正是那个时代的主导情绪。灾难深重的中国人民不愿意再耐心等待下去了，翁文灏进入的是一个处在惊心动魄的时代中的内阁，国家临难，危如累卵，翁文灏小心翼翼如履薄冰，最担心的就是薄冰上砸下一块巨石。但最不愿意看到的偏让他赶上了，中国现代史上著名的一二九学生运动，以最迅雷不及掩耳的方式爆发。1935年12月9日，北平数千名学生，为救亡图存，发起了学生运动。翁文灏的次女燕娟投身其中，在与当局抗争中，竟然被军警打断了好几根肋骨，还是靠了老朋友胡适的搭救才送进了医院。
家国就此在政治上分裂，而此时的翁文灏根本顾不上爱女安危，他正忙着要去平息这场学生运动。这头自己的女儿被打得住院，那头，他还得代表蒋介石出面跟学生代表谈判，无非是表达抗日决心，希望学生继续安心读书。与此同时，一个不祥的消息从湖南衡阳传来——他的莫逆之交丁文江，因煤气中毒病危。他立刻禀报蒋介石并得到同意，乘坐蒋介石的专机赶到湖南。回想一年半前的1934年2月，当翁文灏遭遇车祸九死一生之际，是丁文江陪床始终，将其在死亡线上抢救过来，而此番丁文江陷入生命绝境，他翁文灏却因为12、9运动如火如荼，他这个行政院秘书长不能不在一线灭火，痛心疾首之后还不得不离开他生命垂危的最好的挚友，赶回南京。不料数日之后，噩耗传来，丁文江与世长辞，年仅48岁。
丁文江是翁文灏人生第一知已，他们在地质学领域的贡献可谓昆仲，而在政治上他们的立场又是颇为一致的。丁文江曾经与蔡元培等人为建立中国社会的“好人政府”而实践努力，最后以梦想的破灭而告终。翁文灏较之于丁文江，更具有艰忍不拔的政务能力。这两个莫逆之交，关于中国的未来，有过许多美好的设计，谁也不曾想到，在人生的中途，两人就这样人天永隔了。
丁文江指定翁文灏为遗嘱执行人之一。1936年5月4日，翁文灏赶赴长沙岳麓山，为这位中国现代地质科学的拓荒者举行了隆重的葬礼。
半年之后，中国历史上又一桩重大的事件爆发，西安事变爆发，翁文灏的政治伯乐蒋介石被张学良扣压了起来。事变之后，翁文灏前往宁波老家探望蒋介石，他那些励精图治的政治主张，亦在家乡美好的田园景色中一一向蒋介石禀报。
翁文灏在他的政治生涯中，曾经有过数度去宁波老家看望蒋介石的“殊荣”，我想，他们应该真的算是有乡谊的吧。然而，这和翁文灏与丁文江这样的友谊有着本质上多么巨大的差异。蒋介石是绝不会真正依靠这些中国知识分子力量的，权力才是一切的中心。翁文灏以为他的蓝图从此会徐徐打开，但事实完全不是这样，在那些政坛巨头的钩心斗角中，一切都付之东流。
翁文灏第一次感到他的理想与现实之间的南辕北辙。1937年，他出使欧洲，在漫漫海路上，他反思两年来他的执政生涯，前途茫茫，如何走向？他给他的好朋友胡适写了一信，初显退意，结果被他的老朋友一顿教育，说他如中世纪修士般严厉，又事必躬亲，这是不可取的，要他继续干下去。
此番出使中，他竟然还在希特勒的鹰巢里见到了这位法西斯元首。他也出访了苏联。最后得出的执政主张则是：中国当折衷取胜，以国防意义为中心，由政府多负责任，促进国营事业，奠其基本，管制民营事业以正其取向，方可殊途同归，速增国家实力。对于民生主要事业亦宜统筹管制，分配合理，市场不致紊乱。盖民生之利，必赖有这种国力以为保护，中国为复兴计，势非于最短期间认真建设不可，自须以政府为中心，舍短从长，领导前进。
这是他日后主持经济部的基本思想。
翁文灏懂政治吗？他不是不懂政治，但那是他所理解的政治。政者，正也，他是愿意成为有抱负的政治家的，但一个受过严格儒家学说教育和西方科学精神醺陶的学者，在骨子里容不下政客小人，从这个角度上说，翁文灏又是不懂中国政治的。二千年封建统治，半封建半殖民地的社会现实，一介清明书生，你要到哪里才能够找到“政者正也”的执政空间！1939年，他写下了一首诗，题目就叫《痛哭》，我们可以想见翁文灏内心的煎熬已经到了何种地步。诗曰：涕流太息贾长沙，此恨于今更有加。
天子多才重贵戚，王公有意植私家。
……
这个私家，翁文灏是有所指的，在国民党政府中，翁文灏最无法忍受的就是蒋介石的连襟孔祥熙。翁文灏与这个“私家”怎么也搞不到一块儿去，又不屑与这些皇亲国戚一争高下，这让他进入了两难境遇。和他们去斗，无疑就是跳进阴沟和他们抱成一团翻滚，最后搞得自己也漆黑一团；不和他们斗，这些人就往你身上泼脏水，照样蘸得你秽气一身。翁文灏只好用传统士大夫的修身养性来慰藉自己，并一再向蒋介石提出辞职。
让翁文灏最为痛心的还有一件大事，那就是“山顶洞人头盖骨”的失踪。“北京人”头盖骨化石自裴文中等科学家在周口店发现之后，便交由美国人控制的北平协和医学院负责保管。1941年底，太平洋战争爆发之前，时任国民党政府经济部长翁文灏从重庆给在北平负责“北京人”头盖骨保管事宜的裴文中写信，对“北京人”与“山顶洞人”头盖骨化石转移之事做了如下安排：先找美国公使馆对“北京人”转移之事，作个周密的计划安排，请他们委托有关部门将“北京人”化石标本运到美国，然后再交给国民政府驻美大使胡适先生。待战争结束后，务必再将“北京人”化石重新运回中国。
然而，随着珍珠港事件与太平洋战争爆发，日军占领北平，“北京人”在美国人手中从此下落不明了。翁文灏作为当年发现山顶洞人头盖骨的重要主持人，如今从了政，却保不住自己发现的国宝，怎能不仰天痛哭！
虽然痛哭，但未曾放下家国之责，痛苦中尤重建设。中华民族到了最危亡的时刻，为了战胜日本帝国主义，中国必须拥有自己的石油。抗战期间，翁文灏的工作重点是发展资源委员会的国营工矿企业，特别重视能源工业。为解决后方燃料短缺的燃眉之急、他一手抓煤，另一手伸向石油。
1938年国民政府由南京迁往武汉，翁文灏出任经济部长兼资源委员会主任委员时，决定由资委会前去探勘玉门油矿。资委会经过经济部把预算送到行政院，再转到国防最高委员会审议，由钱昌照报告玉门油矿开发计划经过和预算款项。没想到首先反对者便是江浙同乡湖州人氏、当时的教育部长朱家骅。
朱家骅本来倒是留学德国研究地质的，但纸上谈兵，并没有实际做过地质工作，此时因兼管着文化，曾去敦煌考察莫高窟文化古迹，在嘉峪关外路过玉门油矿，顺便看了探勘油矿情况，知道一点皮毛，便说：我去过玉门油矿，地方僻远，戈壁滩上不毛之地，四周一望无际，没有人烟，开发很难，抗战期内用不上。现在外汇主要用在抗战购兵工设备上，不要用在远水救不了近火的玉门油矿上去嘛。大家听了认为他是内行人，说话有理。此时行政院长兼财政部长孔祥熙没有出席，次长徐堪起来附和，陈果夫也反对，钱昌照再说也无用，翁文灏见此形势，一言不发。最终无结果散会。
翁文灏是不会就此放下这样重大的经国要事的，他有他的打算。会后他要孙越崎陪着他去见他们俩人都特别讨厌的孔祥熙，1938年孔祥熙从行政院副院长升为行政院长，同时继续担任财政部长和中央银行总裁的要职，成为领导抗战时期国民政府行政和经济事务的最高长官。向他说点好话，只要孔同意，其他的人就好办了。清高的大学者跑到“私家”那里，放下身段，互相配合，一通高帽子戴下来，保证三年以内汽油可供西北公路局和后勤司令部之用，院长如能同意，将对抗战胜利立下不朽之功，等等等等……
一通“麻油”浇下，孔祥熙听了自己将有“不朽之功”非常高兴，拉着孙越崎的手连连点头，这就算答应了。回走的路上，孙越崎对翁文灏说：向孔祥熙说好话，心里真难受。翁文灏笑说：我们是为公又不是为私，大事成功了，有什么可难受？有钱了，赶快派人去买机器吧。
事情就这样做起来了，书生不是为五斗米折的腰，是为中华民族的国难而低下高贵头颅的，值得。看来评价翁文灏是个只会做事不懂政治的人未必正确，在玉门油矿的问题上，翁文灏就是一个懂“政治”的人。
1942年底，玉门油矿已年产汽油180万加仑及其他煤油、柴油等油料，供应一部分抗战后方军用交通及民用等需要，同时也培养了中国第一代油矿技术和管理员工，成为中国开发石油工业的摇篮。
在翁文灏主持和推动下，抗战时期特别是抗战前期，西部后方工业出现了蓬勃发展的态势，各省经济获得了重大发展。以数量计，到1944年，后方四川、湖南、广西、云南、贵州、陕西及甘肃七省工厂数量，已占大后方工厂总数的88.63%，占实缴资本总数的93.52%，占币值资本总数的91.92%，占工人总数的85.61%。
在翁文灏的主持下，抗战时期西部现代工业获得了迅速发展，原本落后的西部省份获得重大发展，中国工业化畸形分布状态有所改变，西部原本薄弱的重工业取得巨大进步，民营工业得到相当发展，国营工业所占比重迅速上升。
家国之事实为堪忧。翁文灏家庭，与中华民族的诸多家庭一样，在此共赴国难之际，做出了自己最大的牺牲。
1936年翁文灏从政之后，曾在南京筑小舍，全家迁入新居。此时的长子翁心源，正在湖南参加粤汉铁路建设，而他的次子翁心翰，则在杭州笕桥接受军事飞行训练。抗战之后，举家入川，居于重庆，新居在沙坪坝，取名“蕉园”。他淡泊宁静，精忠报国，八个子女中，最看重的是唯一的军人、次子翁心翰。
翁心翰字凤书，1917年12月29日出生在北京。他从小由祖父母带大，备受宠爱，性情格外活泼开朗好动。学习成绩优异，且有很强的正义感。1935年，他报名参加北平黄寺驻军关麟征部举办的高中学生暑期军训，谁知军训刚开始不久，就因日方的威胁抗议而被迫中止，参加军训的青年学生无不感到奇耻大辱，悲愤万分。正是在那个时候，翁心翰对天起誓，一定要洗涤这一耻辱。他立志投笔从戎，以身保国，不久便瞒着最疼爱他的祖父报名投考南京中央军官学校，以空军入伍生从戎，被录取为空军军官学校第八期学员。
爱子的壮举使翁文灏无比欣慰，当时的翁文灏正由欧洲返国，想起身列戎行、即将驾机迎寇的爱子，在飞机上口占一诗，寄赠心翰，勉其英勇杀敌，报效国家，诗曰：飘然一叶入云霄，壮志英怀侪辈超。
报国心忠追往哲，献身志切在今朝。
千寻奋击空中斗，百世长垂勋绩昭。
歼灭匈奴当日愿，家风赖汝霍骠骁。
在这首诗里，翁文灏再次论及了家国之间的关系，认为儿子心瀚要发扬广大翁家的家风，就要以“匈奴不灭何以家为”的霍去病为榜样了。