10月10日，兴中会召开了会员大会，选举会长，也称伯理玺天德（Prsident），意即总统。结果，孙中山当选。大家都来到孙中山面前，同他热烈握手，表示祝贺，并预祝起义取得圆满成功。孙中山握着那一双双温暖而热情的手，感到自己肩上的担子更重了。但他义无反顾，他无所畏惧，勇往直前！
首义失败
孙中山当选为伯理玺天德之后，决定偕陈少白、郑士良等返回广州，主持起义。
这时，杨衢云忽然害怕起来，畏葸不前，不肯去广州冒险。孙中山与其他人都鼓励他，最后他才答应在阴历九月初八的晚上，带领三合会三千人搭夜船到广州，天亮到岸，便立即发动起义。孙中山于是把银行里的存款和在香港的所有军械都交给了杨衢云，让他起义时带往广州。
又隔了一天，杨衢云忽然又对孙中山说：“前天商议的办法，都是很好的。但我在香港主持一切，不可以没有一个名分。因此，我想请你把总统的名义让给我，以后到省城把事情办好了再让给你，你看如何？”
孙中山听了十分惊讶，也很不高兴，觉得事情还没开始，同志之间就有了地位之争，一时不知道如何回答。
但孙中山毕竟是个无私而坦荡的人，他沉思了片刻，回道：“这有什么不可以的呢。可是，这个总统的名义是大家推举的，所以你要当，也还是得请大家来商量才行。”
“那什么时候开会商量？”杨衢云迫不及待地追问。“就今天晚上吧。我先去同其他几位说一声。”
孙中山马上约见了郑士良、陈少白，同他们商量这件事。郑士良听了非常恼火，大声嚷道：“这是不能答应的。让我一个人去对付他，非杀了他不可！”
陈少白却很冷静，他摇摇头，不紧不慢地说：“怎么能这样做呢？杀了杨衢云，在香港就出了人命案件，我们还能起事吗？依我看，不如我们先去省城办事。办成功那就没有问题了。假如不成功，随便什么人做总统都是无所谓的。”
孙中山点头称是，觉得陈少白的意见很符合自己谦让的打算。郑士良见陈少白说得有理，心里虽是愤愤不平，也不再说什么。
当天晚上，兴中会再一次召开联席会议。孙中山从革命大局出发，主动提出把总统让给杨衢云，因为事前已同大家商量好，自然没遇到障碍，一致通过了。
第二天，即10月13日，孙中山便先行赶到了广州。过了两天，郑士良、陈少白等数人也抵达广州。在香港，只留下杨衢云主持工作。
10月25日晚，广州附近各路队伍，打着大书某族省墓灯笼，云集广州。陈清率领的炸弹队，在城内要道埋伏。他们准备在各要点施放炸弹，各路人马听到炮声即同时发动。
10月26日，天刚蒙蒙亮，好几路会党、绿林、民团首领已经在起义总机关等候命令。他们准备以青天白日旗为旗帜，以“除暴安民”作口号，以红带缠臂做标志，大举进攻。卫队的一百多名战士身藏利器，在起义总机关的四周待命。
就等孙中山一声令下，起义队伍即刻就出击了。可是，孙中山却没有按时回到起义总机关。陈少白、郑士良等兴中会同志一个个焦急万分。
原来，孙中山忽然接到汕头、西江两军报告；道是“官军戒备，无法前进。”这一突变情况使孙中山预感到事情出了问题。问题到底出在哪里呢？
孙中山正在紧张地思考，又接到杨衢云电报：“货不能来，延期两日。”
杨衢云之所以发这份电报，造成这种不能如期率队伍参加起义的结果，完全是因为他的私心所造成的。
杨衢云取得了总统的名义后，首先编了一支总统卫队，规定卫队队员与各队领队待遇一样：即先发饷，给手枪，又每人发与钟表。这样做引起各队领队的不满。在偏僻地方试枪时，各领队又发现他们的枪支有好有坏，而卫队的枪支，却是支支精良。领队们本来就有意见，这下更是议论纷纷，吵吵嚷嚷的要求更换坏枪，否则，初八晚上决不带队开赴广州。到了这时，杨衢云哪里再有枪支可换？而领队们又不肯让步。一时间，杨衢云急得像热锅上的蚂蚁。无可奈何，只得电告孙中山。
孙中山哪里知道这些情况！他只知道问题更为严重了。他赶忙拿着两份电报，急匆匆赶到起义总机关。这时已经是上午8点多钟。
陈少白看了电报，大惊失色，连忙说：“凡事过了期，必然走漏风声。假如还硬要发动起义，是一定要失败的。我们只能暂时把事情压下去，等待以后的机会了。”
孙中山觉得陈少白说得有道理，便当机立断，把钱分发给各路首领，叫他们回去等候命令。接着，又发急电给杨衢云，称“货不要来，以待后命。”
孙中山意识到形势十分危险，但他首先想到的并不是自己的安全，而是同志的安全。他连忙对陈少白说：“你赶快走吧，我留下来处理一些事情。”
当晚，陈少白匆匆忙忙搭轮船回香港了，孙中山则同郑士良赶到咸虾栏张公馆焚毁文件，贮藏枪械弹药，布置同志转移。在处理这些事情的整个过程中，孙中山始终镇定自若，临危不乱，给郑士良以很大的鼓励，使郑士良感到孙中山“毕竟不愧为领袖”，一副大将风度。
却说这时的两广总督已经是谭钟麟。这是个年迈昏聩的宫僚，对兴中会的革命活动始终没有察觉。重阳节这天上午，他接到香港总督密电：有人从香港私运武器进入广州，请留神。
谭钟麟看罢，并不在意，只是一笑了之。心想：英国人连是谁私运武器都没弄清，岂不是捕风捉影？
谭钟麟正在暗自好笑，又见省缉捕统带李家焯气喘吁吁地跑来报告：市面上外地人突然大增，行迹可疑，听说可能是要造反。
“党首是哪一个？”谭钟麟并不相信，以一种自负的口吻问道。
“孙文！”
“孙文？”谭钟麟仰面大笑起来，边笑边说：“孙文乃狂士，好作大言，岂敢造反？”
李家焯尴尬地站立在一旁，不知如何是好。他闷闷地退出总督府，心里并不服气。于是，他派了一些侦探去监视孙中山。
这一天，孙中山仍和平常一样，镇静自如。他同区凤墀老师准时去参加一个朋友的娶媳宴会，途中见兵弁很多，知道情况异常，但他依然谈笑自如，旁若无人。
区凤墀却很诧异，向孙中山问道：“今天的兵弁为什么这样多？”孙中山微微一笑，说：“是来侦探我的行迹的吧！”区凤墀大吃一惊，忙问：“为什么？”
孙中山反而问他：“行人都说我孙文举事，你没有听到吗？”
到10月27日，事情终于败露了。
事情出在朱淇的哥哥朱湘身上。朱湘是清举人，主持西关清平局事务。朱淇起草了起义的《讨满檄文》，朱湘得知后，生怕连累到自己，便冒用朱淇的名义向李家焯告发。
李家焯连忙报告谭钟麟。谭钟麟一听，惊得汗如雨下，一副狼狈相。呆了一阵才缓过神来，连忙调兵遣将，加强广州防卫，并派李家焯领兵搜索双门底王家祠和咸虾栏张公馆，把守各处关口和码头。
这时，孙中山和陆皓东正在河南一个秘密机关里，听到清兵出动搜索的消息，连忙布置转移。陆皓东自告奋勇，要去云岗别墅焚毁兴中会名册，以免落入朝廷之手。孙中山同意他前往处理，并与陆皓东约定：事完之后，黄昏在水鬼潭埠头会台，然后一同离开广州。
陆皓东立即渡江赶到北岸的云岗别墅，焚毁了兴中会名册。正要撤离，清兵已把云岗别墅重重包围了。
除了陆皓东，被捕的还有程耀宸、程奎光、程怀、刘次、梁荣等人。这天黄昏，化装成商人的孙中山到了水鬼潭埠头。他等了很久很久，仍不见陆皓东的影子。他知道好朋友凶多吉少了，迫于风声越来越紧，只好独自登上一只事先备好的小汽艇，在弯弯曲曲的小水道里拐来拐去，终于躲过敌人的盘查，朝香山县唐家湾方向驶去。
杨衢云虽是接到孙中山“不要再来”的电报，但七箱军械早已经交给“保安”号轮船，若是起回，又怕事情败露。于是只好硬着头皮，仍派朱贵全、丘四带领二百人随船赶往广州，同时复电孙中山：“接电太迟，货已下船，请接。”
28日清晨，“保安”号轮船刚刚抵达广州，等候多时的南海县令李征庸及巡勇管带李家焯即挥兵上前截缉。起义者们的七箱枪支，全被杂货积压在下面，临时根本无法拿出，朱贵全、丘匹等四十多人无奈，束手就擒；木箱内的二百多支手枪和弹药，也尽被查获。
广州起义至此即告彻底失败。陆皓东被捕后，被押到南海县县衙，县令李征庸亲自审讯，严刑拷打，妄图逼使陆皓东供出同党而一网打尽。然而，陆皓东坚强不屈，横眉冷对李征庸，嘲笑似地对他说：
“你虽严刑加之于我，但我肉痛心不痛，你将奈我何？”
11月7日，谭钟麟令营务处将陆皓东、朱贵全、丘四三人绑赴刑场杀害。广东水师统带程奎光，在营务处受责六百军棍，病死狱中。闻知陆皓东牺牲，孙中山极为悲痛，称他是“命士之英才”，“为中国有史以来为共和革命而牺牲者之第一人”。接着，清政府下令对孙文、陈少白、杨衢云、朱浩、汤才、王质甫、李杞、侯艾泉、夏百子、莫亨、吴子材等十余人悬赏捉捕。
孙中山被列在缉捕名单的最前面，赏银也最高，为花红银一千两。另外，清朝总理衙门向亚洲、美洲、欧洲各国清使馆发电，通缉孙文。
再说孙中山于10月27口晚上到达唐家湾之后，马上改坐轿子赶到澳门。过了两天，从澳门搭船去了香港。
到了香港之后，孙中山与陈少白、郑士良会合，搭船前往日本，终于摆脱了清廷的追捕。
伦敦被禁
广州起义失败以后，清政府悬赏花红银一千两通缉捉拿孙文，在通缉令上还把孙文的“文字”加上三点水，故意写作“汶”，把革命家当作洪水猛兽，以示痛恨。两广总督谭钟麟还打电报通知香港，日本、新加坡、伦敦等地的驻外使馆，密切注意孙文的行踪，相机捉拿归案。
孙中山此时并不气馁，斗志更坚。但国内已经很难呆下去，他被迫逃亡国外。在一个月黑的夜晚，他乘船悄然离开了广州，经澳门到达香港，后来，又匆匆与郑士良、陈少白等人一起会合，抵达日本，在神户上岸后，他买了一张日文报纸，看见上面有一条日文新闻，标题是“支那革命党首领孙逸仙抵日”。当时，反清起义并不用“革命”两字。孙中山颇感新奇，边看边小声念叨着“革命，革命，革命党”。他碰了碰坐在身边的陈少白：
“你看，日本人称我们为革命党。”少白凑过来看了这则新闻说：“这不比以往用的‘发难’‘起事’一类的词更好吗？”孙中山思忖片刻说道：“革命二字，出于《易经》中的‘汤武革命，顺乎天而应乎人’一语。日本人称我们为革命党，意义甚佳。”
“那我们以后就称为革命党吧，这比‘会党’一词更有战斗性。”陈少白建议道。
“好吧，称为革命党。”孙中山点头微笑。
1895年11月，孙中山到了日本横滨。这时，他毅然剪去了头上的辫子，换下了清朝的服装，表示与清朝反动政府的彻底决裂。在横滨，孙中山组织了兴中会横滨分会，有几十名华侨参加。
年底，孙中山离开日本，重赴檀香山。檀香山本来是兴中会的创始之地，但是由于广州起义失败，不少会员灰心丧气，会务也基本陷于停顿。孙中山虽然竭尽全力加以整顿，不辞劳苦地奔波鼓动，也重新发展了一批新会员，并且成立了“练兵会”，作为训练武装干部的组织，但最终由于革命风气不盛，因而进展迟缓。
为了扩大兴中会的力量，孙中山考虑到在檀香山暂时难有大的发展，便将注意力移向了美洲大陆，因为美洲大陆的华侨，远比檀香山群岛的要多，孙中山决定前往开展宣传工作。
在准备启程前往美洲的前夕，孙中山漫步在檀香山街头。这里气候温和，树木葱笼，奇花烂漫，碧波荡漾。但美丽的风景提不起孙中山的兴致，他一边走，一边想着去美洲大陆的计划。突然，一辆载着四五人的马车，迎面奔驰而来。孙中山一惊，仔细一看，车上坐的竟是他在香港读医科大学时的老师康德黎夫妇和随员。他乡遇故知，孙中山喜从天降，他忘却了礼仪，来不及打招呼，抓住车扶手，敏捷地跳上了马车的踏脚板。
康德黎夫妇正在全神贯注地欣赏太平洋的热带风光，给这位“不速之客”吓了一大跳。同车的日本保姆，以为来者是日本人，忙用日语问道：“先生，你要干什么？”
“我是孙逸仙”，孙中山满脸笑容，用英语问候，“老师，您好！”康德黎夫妇定睛一看，果然是他的学生孙逸仙！只不过他已经穿了西装，去掉了辫子，留了胡须。老师夫妇转惊为喜：半年以来时时悬念的孙逸仙，现在竟平安地出现在自己的面前。康德黎异常高兴，连忙招呼马车停下，急切他说：“我离开香港前两天，有人告诉我，说你在檀香山，没想到今天竟不期而遇。”师生畅快地交谈着。康德黎告诉孙中山，他这次是回国休假，途中登岸游览小憩，真是巧遇。孙中山也将自己即将启程赴美，再打算到英国的计划报告了老师。康德黎一听，马上将他在伦敦的住址告诉了孙中山，相约在伦敦会见。
谁也没有料到，当孙中山后来在英国伦敦蒙难，生命濒于危急的时刻，擅香山街头的这次奇遇，对帮助孙中山逃出死地，竟然起了关键性的作用。
1896年6月，孙中山到了美国。他首先在太平洋东岸的旧金山登陆，然后横穿美洲大陆，一直到大西洋西岸的纽约。沿途每到一地，总要留住十天半月，向当地华侨痛陈国民危困的惨状，宣传革命救国的道理。但是，孙中山发现，美洲华侨对革命的冷漠状况，比檀香山更甚。他奔波各地，活动了几个月，但响应他革命号召的人寥寥无几。尽管如此，孙中山自己却认为，这是为革命而播种，是辛勤的、艰难的播种，革命的种子总是要发芽、生长的。
1896年9月底，孙中山离美赴英，到达伦敦。他一踏上伦敦的土地，就警惕地左顾右盼，注意有没有人跟踪他。当时他没有发现任何异常情况，悬着的心才开始轻松一些。
但是，他完全没有料想到，他的一举一动，早被一位受雇于清公使馆的碧眼高鼻的英国私家侦探尽收眼底了。10月2日，也就是孙中山到达伦敦的第二天，关于他活动的情报，已经送到了清政府驻英国公使馆参赞、英国人马格里爵士的办公桌上。
10月11日，星期天，上午10时许，孙中山按照事先约定，准备去看望住在罩文省街的老师康德黎博士。走到半路，忽然发现从后面赶上来一个穿着中国服装的人。那人注意地盯住孙中山，突然用英语向他探问；“您是日本人，还是中国人？”
“中国人。”孙中山见是一位本国人发问，便用广东话与其交谈起来。
“听您口音，好像是广东人？”
“是的。”
“啊，我们还是同乡呢。”那人顿时热情起来，又进一步问：“您尊姓？”
“姓孙。”
“敝人姓邓，名廷铿，就住在前面不远。”孙中山打量了他一下。只见他三十多岁年纪，身高体壮，脸上却瘦得双颤突出，两只黄眼珠显得捉摸不定。他衣着整齐，看上去既不像中国留学生，也不像做买卖的。不管怎样，在远离故国的伦敦大街上遇到这么一个同乡，还是值得高兴的。于是孙中山道：
“你府上在哪里？”邓指着对面街不远的房屋说：“那里就是。”孙中山不知不觉地和邓一起走到了波德兰区49号。