至此，孙中山已经完全清楚地看到了袁世凯的挣狞面目，只能义无反顾地和袁世凯决裂。在大兵压境的情况下，国民党内部和其他方面的革命力量不得不同意孙中山的主张。于是，孙中山当机立断，在责令袁世凯辞职的同时，通电各省起兵，发起了武装讨袁的“二次革命”。
1913年7月12日，李烈钩在孙中山的指示下，于江西湖口宣布独立，组织讨袁军，发布《讨袁檄文》，“二次革命”爆发。
15日，江苏宣布独立，黄兴任江苏讨袁军总司令。
17日，安徽宣布独立，柏文蔚任安徽讨袁军总司令。
18日，上海、广东分别宣布独立。但是，辛亥革命后的国民党，革命性已大不如以前了。对于孙中山的决定，有的并不支持，有的则是阳奉阴违。李烈钧在湖口打响讨袁的第一枪后，孙中山一再电令广东、湖南出兵援助，可是陈炯明和谭延闿却多方借故，一直按兵不动，致使江西的革命军在北洋军水陆夹攻下，很快丢失了重镇湖口。南方各省虽说都相继宣布独立，但各地讨袁军犹如一盘散沙，缺乏一个坚强的领导和统一的指挥。加之他们不肯发兵北上，独立等于中立。袁世凯却是蓄谋已久，早已调兵遣将，举兵南下。帝国主义也积极支持袁世凯，德国还派了军官，帮助对付讨袁大军。这样一来，讨袁大军无论在政治上还是军事上都不占优势，一连打了好几仗都遭到了失败。
孙中山最为痛心的是南京失守。他对南京十分重视，认为南京乃是极为重要的战略要地，一旦战争爆发，南京是双方必争之地，国民党军只要能守住南京，必将能影响全国讨袁的战势，鼓舞讨袁的士气。所以还在江西独立前，孙中山就曾派他的表弟朱卓文几次去南京，联络第八师官兵，动员他们做好讨袁的准备。
湖口枪声打响后，孙中山曾要亲自到南京去，领导南京独立事宜。当时，南京的局势已经十分险恶，张勋的辫子兵已从山东逼近扬州，冯国璋所率领的数万人马也从津浦线追来，南京已经两面受敌。
黄兴闻讯赶来，见孙中山果真要亲自前往南京，连忙劝阻：
“先生，南京目前十分混乱，你不能去。”
“时局危急啊！”孙中山望着面前的战友，深知他是出自爱护之意，说道，“南京乃是袁贼必争之地，如果失守，‘二次革命’就等于失败，我们的一切努力也将全部付诸东流。所以，南京的存亡关系全局，务必死守。”
“先生”，黄兴被孙中山的一片赤诚之心所感动，他紧紧握往孙中山的手，说道，“你不能去！我去！我去指挥南京的保卫战……”
黄兴到了南京后，强迫江苏都督程德全打起讨袁旗帜。程德全不赞成讨袁，便以到上海筹饷为名，离开了南京。
南京独立的第二天，驻守徐州的第三师被张勋的部队击败，向黄兴告急。黄兴本来心情就很沉重，因为他刚接到一个密电，报告了驻守扬州的徐宝珍第四师已被北洋军收买，倒向袁世凯了。这样一来，南京就陷入了四面受敌、众寡悬殊的危险境地。
黄兴抽调了第八师的一个混成团赶赴徐州增援，在徐州外围与张勋的辫子兵接上了火。激战之后，张勋的辫子兵节节败退。正当乘胜追击之时，该团又突然接到江苏讨袁军总司令黄兴发来的急电，要他们赶快回头保卫南京，因叛徒徐宝珍正在向南京逼近。该团只好撤退赶回南京。这时，辫子兵卷土重来，徐州城陷落。黄兴见徐州陷落，对坚守南京孤城失去信心，于7月28日被迫离开南京。
南京城在张勋辫子兵的践踏下，陷入一片火海之中。安徽的反袁军事行动，由于内部的纷争而自行瓦解，柏文蔚出逃。福建、湖南、四川的独立，不久也宣布取消。孙中山听说广东讨袁军起事后，乘了一只德国轮船赶去指挥战斗。不料船到福州，就听说广东军阀龙济光宣布站在袁世凯一边对付讨袁军，广州军事也失利了。孙中山只得在福州转船到台湾，换乘日轮再次到日本。这样，“二次革命”不到两个月便完全失败了。
8月8日，孙中山到达日本门司港。日本的山本权兵内阁，事先已接受袁世凯的要求，不准孙中山登陆，并要逮捕他。次日，孙中山乘的日轮达到神户港。神户水上警察署的事务长带警官队登船搜查。船长是孙中山的旧友，他机警地把孙中山藏在船长办公室的一间小屋里，船长问警察长：
“什么事？”
“船长，我们来搜一个姓孙的船客。”
“姓孙的？这佯的船客我们没注意到。”
“中国的前总统逃亡在这条船上，船长不能隐藏呀！”
“不会。”船长举起一只手摇了摇，接着说，“孙总统我认识他，他从前以国宾身份来日本时我见过他。如果他乘这条船，我不会注意不到的。”
船长随即打开办公室的门让警官们进去。他镇静自若地说：“请先坐下，我拿名册给你们查对，如果还有怀疑，那就请搜查。”
“船长，我们一方面查看搭客名单，一方面还要搜查，用不了很长时间。”警察长说。
警官们在船上查了三个钟头，甚至连锚库都搜查了，也没搜出姓孙的船客，只有船长办公室和那间小屋是例外，因为要搜查船氏办公室，必须有指挥所的命令，而且船长又事先请他们喝了茶。
孙中山有惊无险，过了这一难关。
袁世凯在孙中山乘船离开福州时，就发出密令，要驻日大使馆组织暗杀团，在孙中山抵达日本时加以暗害。刺客们赶紧活动，四处探听孙中山到达日本的确切日期。
日本友人宫崎寅藏、萱野良知、犬养毅等知道了这个消息，挺身而出，保护孙中山。他们向先期到达日本的廖仲恺、何香凝等革命党人作了转告，还临时组织了“刺客击退团”进行防范。当孙中山到达东京时，日本朋友们亲自陪同，何香凝等人一起赶到火车站迎接，保护孙中山先生安全地下了火车。在日本朋友的帮助下，日本首相山本仅兵同意孙中山在日本留居。
“二次革命”失败后，袁世凯更加肆无忌惮了。他狂喜地庆祝着自己的胜利，接二连三地干出了一系列反革命勾当：国会在袁世凯的军警包围下，选举袁为正式大总统，俄、法、英、日等十三国驻京公使相继发出照会，承认袁世凯政权；下令解散国民党，撤销国会中国民党籍议员的资格；通缉孙中山、黄兴、李烈钧、柏文蔚、廖仲恺等人；解散国会，停止参、众两院议员职务；解散各省省议会；颁布新“约法”，废除《中国民国临时约法》等等。
亡命在日本的孙中山和他的同志们听到这些消息，无不义愤填膺。在国内，“民国”已是徒有虚名，“共和”的气息已经荡然无存了。连日本记者撰写的北京通讯中也写道：“国会这个称之为中华民国公民行使权力之机关，民主共和国体之象征，已经因其不足法定人数而无法举行会议，已是名存实亡了。”
这时候，孙中山他们不仅因为政治上的失利和军事上的失败而负上沉重的心理压力，在生活上也是艰难备尝，甚至连衣食都发生困难。平时，孙中山经常吃红薯，喝红薯汤，生活极其俭朴。
这一年冬天，东京大雪纷飞，寒风刺骨，有钱的人家围炉烤火，而革命党人竟不能出门。孙中山目睛革命党人流亡异邦，过着饥寒交迫的生活，而自己身为党的领导人却又无力援助，深感内疚。他在给南洋革命党人写的一封信中描述道：“流亡日本之革命党人，经济困窘，衣食亦多不能顾。连日大雪，在东京之亡命党人中，竟有不能向火而致疾者。望南洋党人速筹款相助，以解困境……”
处在这样的逆境中，许多革命党人都垂头丧气，对革命的前途表示了深深的忧虑。孙中山则不以为然，对革命前途仍然充满信心。他苦劝革命党人，振作起来，恢复同盟会时期百折不挠、屡仆屡起的革命精神，继续为革命事业而奋斗。他告诫他的同志说：“既不可以失败而灰心，亦不能以困难而缩步。精神贯注，猛力向前，应乎世界进步之潮流，合乎善恶消长之天理，则终有最后成功之一日。即使及身而不能成，四万万苍生当亦有闻风而兴起者。”
这时，孙中山痛感同盟会改组为国民党后，党内人员复杂，良莠不齐，没有战斗力，革命难以进行下去，决定改弦更张，重新组织一个革命党。孙中山召集流亡东京的革命党人开会讨论此事。孙中山首先说：
“现在国民党的人，多已丧失了革命锐气，一味只知贪图富贵荣华，既怕反对列强，又怕节制资本，今后恐难有大作为。”
到会的人听孙中山这一说，都点头表示赞同。孙中山又提议说：
“我打算撤消国民党，改组为中华革命党，以团结中华有志之士，再图革命。”
接着，孙中山又宣读了他草拟的党的总章，规定党员入党必须立誓对领袖绝对服从，并在誓约者名下加盖指模。
黄兴听到这一条规定，不大赞成。他说：
“先生拟定的誓约这一条，依我之见，不仅多余，且有不妥之处，党员入党并非为某一领袖服务，而是效力于革命事业。”
孙中山平心静气地解释道：“这一条规定，我考虑了多时。回顾自同盟会以来的多次举义，尤其是讨袁之‘二次革命’，不少同志独断独行，各行其事。在南京临时政府期间，我虽身负总统之职，但南北议和，我不得不让权；定都北京，又促我让步，教仁血案，我力主兴师讨袁，又不听从，迁延时日，以至于开战即败。这一系列血的教训，鉴于以往散漫不统一的弊病，此次建党，特别强调服从党魁命令，并须各具誓约。”
廖仲恺等人则同意孙中山的主张。
1914年6月22日，在东京召开中华革命党第一次大会，到会者有八省逃亡日本的革命党人，孙中山被选为总理。
7月8日，中华革命党在东京筑地精养轩召开中华革命党成立大会，到会者三百余人。孙中山在会上宣誓加盟，正式就任总理职务。他公布了手书的《中华革命党章程》，规定党的宗旨为“实行民权、民生两主义”，“扫除专制政治，建设完全民国”。在宪法颁布前，“一切军国庶政，悉归本党党员完全负责。”
并规定按入党时间的先后，将党员分为首义、协助和普通三种，各有不同的政治权利，即在起义以后到宪法颁布的时期内，首义党员有参政执政的优先权利，协助党员有选举权和被选举权，普通党员只有选举权。
由于许多革命党人因反对按指印、立誓约，而拒绝加入中华革命党，原同盟会中的一些重要成员，如黄兴等人也没有加入。会议讨论决定了领导机构：总务部长陈其美，党务部长居正，军务部正副部长为许崇智、邓铿，政治部正副部长为胡汉民、杨庶堪，财政部正副部长为张静江、廖仲恺。设支部于国内外各地，国内支部专事组织武装讨袁，海外支部负责筹款。
中华革命党建立后，孙中山始终把主要精力放在武装斗争方面。他继续四处奔走，筹措军费，组织力量，策动讨袁起义。孙中山这种不展不挠的斗争精神、激励着无数志士仁人为革命事业而英勇奋斗。
革命伴侣宋庆龄
“二次革命”失败后，孙中山再次流亡日本，这是孙中山革命生涯中最困难、最感孤独的一段岁月，在这段艰难困苦的岁月里，孙中山得到宋庆龄的巨大支持和鼓舞。
1913年9月的一天下午，孙中山正在闷热的屋子里看报、写文章。一位中年男子带着两个气质不凡的年轻姑娘来到孙中山的住处，一进门就叫起来：“孙先生，你猜是谁来了？”
孙中山放下手中的报纸，抬头一看，原来是老朋友宋耀如和他的女儿宋霭龄，还有一位姑娘似乎很面熟，不禁仔细打量起来，只见她身着合体的西式服装，两只眼睛明亮有神，她向孙中山恭敬地鞠了一躬，问候道：
“孙先生，您好！”
“小罗莎！罗莎蒙黛！”孙中山猛然认出面前这位美丽的姑娘，就是老朋友宋耀如的二女儿宋庆龄，禁不住高兴地叫起来。
七八年未见，他心目中那个聪明怜俐的小女孩，已经变成一个亭亭玉立的大姑娘了。
孙中山与宋庆龄的父亲宋耀如已经有近二十年的友谊，看到宋庆龄，不由得想起了与宋耀如从相识以来的件件往事。
宋庆龄的父亲宋嘉树，字耀如，是个虔诚的基督教牧师，又是一个民主革命者。他早年随同他的舅父到美国波士顿谋生，后来依靠亲友的资助，进入田纳西州万德毕尔特大学神学院读书。
1886年毕业后，即归国在上海从事宗教、教育和实业方面的工作。他在上海协助组成第一所中国基督教青年会，在从事对非教徒的传教活动的同时，还创办了一家印刷所，取名“美华书馆”，出版大量中文圣经，并秘密印刷过不少宣传民主革命思想的小册子。
1994年春天，孙中山为了谋求民富国强，偕同乡密友陆皓东来到上海，经朋友介绍，认识了在上海一个基督教布道团任布道者的宋耀如。当时宋耀如不满三十岁，由于他出身贫穷，懂事之后，在美国求学与事业上屡遭外国人的歧视，加上他回国后常在苏州地区巡回传教，目睹了江南一带老百姓艰难困苦的生活，从而对满清王朝的统治产生了不满情绪。
孙中山与宋耀如有很多有趣的共同之处。他们都是广东人，平时说话讲的是同一种方言，又都会说一口流利的英语。他们先后都在国外接受过西方教育，而且又同是基督教徒。更重要的是，两人都具有强烈的爱国主义思想，对改变祖国命运具有宏大的抱负。因此，孙中山与宋耀如相以后，两人一见如故。
在相交过程中，宋耀如非常钦佩孙中山的政治见解和救国救民的伟大抱负，他当即邀请孙中山搬到他在上海郊外新建的一栋房屋里居住，并尽其力量，支持和资助孙中山赴天津上书李鸿章，陈述改革国政的主张。不料，李鸿章对孙中山的上书置之不理。孙中山返回上海，忱然长叹，对宋耀如说道：
“如今我才知道用和平的方法改造中国是难以实施的，要想达到救国救民的目的，不得不采取强迫的手段。”
孙中山决定奔走海外，联络华侨，组织政党，募资金，再回国策划武装起义。宋耀如对孙中山上书失败之事也非常气愤，十分同情和支持孙中山的主张。他多方疏通关系，与友人一道设法为孙中山代领了一张出国护照，并给了孙中山一笔盘缠，让孙中山出国到檀香山，建立了中国第一个新型的革命组织“兴中会”。
时隔不久，中日甲午战争爆发，清廷的军队屡战屡败。宋耀如觉得革命时机已趋成熟，便写信给孙中山，要他迅速回国，不要错过时机。
孙中山接信后，就从美国回到香港，在香港开了一间挂着“乾亨行”招牌的小商店，作为筹备广州起义的总指挥部兼补给站。次年，广州起义失败，孙中山逃往海外，宋耀如仍在上海继续秘密进行革命活动，支持孙中山的工作。1905年，同盟会在东京成立，宋耀如也加入了同盟会，并利用自己的印刷所，为同盟会印刷文件以及革命宣传品。辛亥革命以前，孙中山组织过近十次武装起义，宋耀如都积极为孙中山的革命活动筹集经费。
床耀如共有六个孩子，三男三女。宋庆龄排行第二，姐姐宋霭龄，妹妹宋美龄，弟弟宋子文、宋子良、宋子安。宋耀如夫妇对待自己的孩子男女平等，一视同仁，都给予新式的、正规的、优等的教育。1893年1月，宋庆龄出生于上海，幼年时在上海中西女子学校读书，性格娴静、温雅，天资聪颖。