端木蕻良只身先达重庆以后，不久便应复旦大学教务长孙寒冰的邀请，任新闻系的兼职教授，又兼任复旦《文摘》副刊主编。当时《文摘》副刊的特邀撰稿人有丁玲、老舍、茅盾、白朗、舒群、萧红、罗烽等。一个月以后，大概在9月中旬，萧红和冯乃超的夫人李声韵一起坐船到达重庆。当时端木蕻良住在重庆《国民公报》社男子单身宿舍里，没有地方安排拖着笨重身子的妻子(更何况这个妻子怀的还是别人的孩子)，端木蕻良只得把萧红送到了他的南开中学的同学范士荣的家中，托范士荣的家属照料。
然而，把妻子长期放在别人家里总不是长久之事，那时候重庆的住房相当紧张，这是因为重庆的人口密度本来就很大，加上“下江人”突然大量涌入，房子就更难找了。后来经朋友帮忙，端木蕻良和萧红才得以在歌乐山的云顶寺的招待所——乡建社——找到了住处。山上有清风，楼下有莲池，倒也安静。在歌乐山的这段日子里，端木蕻良和萧红双双闭门写作，端木蕻良不仅撰写了歌词、散文、小说等，还为萧红的《回忆鲁迅先生》撰写了后记。端木蕻良说：那时候他和萧红都积累了很多的素材，想写出点东西出来。写作之余，端木蕻良和萧红便常常在月下到嘉陵江上去划船。寂静的水面映照着他们的身影，一股背井离乡的凄凉悄悄向端木蕻良袭来，使他不由联想起东北的家乡，联想到铁蹄之下的大草原。于是在银粉般的月光之下，端木蕻良写下了抒情的诗句——《在嘉陵江上》，后来这诗句经音乐家贺绿汀谱上进行节奏的曲子，发表在重庆的《大家唱》上，成为一时非常流行的爱国歌曲。
端木蕻良为了增加自己的素材积累，还颇有兴趣地去参观了坐落在淮原山的日本人俘虏营。他们在歌乐山上的生活的确富有些世外桃源的情趣，只是交通极为不便利。端木蕻良每天都需要下山过江到沙坪坝的复旦大学上班。过江的江轮又很不安全，常常发生翻船的事故，为此关心端木蕻良的萧红不让他乘坐江轮，只许乘坐汽车。但是汽车绕道，需要更长的时间，而且汽车票很难买，晚去了就买不到了。于是端木蕻良只得早出晚归，以至于他们的近邻，住在山坡下的音乐家季峰和沙梅夫妇还以为端木蕻良不住在这里了。
眼看着萧红的产期越来越近，端木蕻良这个“大孩子”对此实在有些束手无策，交通不方便再加上他们两个东北人不通四川话，于是端木蕻良在萧红分娩前夕，便把萧红送到江津白朗、罗烽夫妇的家中，托他们的母亲照料。萧红生产前后在白朗家住了两个多月，生下一个男孩，数日夭殇。关于这个数日夭殇的孩子也有人说是：因为萧红赴重庆途中在宜昌的码头上，“跌倒伤了胎，以后流产的”。而萧凤的《萧红传》里却说这个孩子生下来的时候，就是“一个没有生命的死婴”。端木蕻良则说萧红对此事从来没有向他做过任何解释。不过据叶君2009年出版的《从异乡到异乡：萧红传》披露，“白朗把即将临盆的萧红送进当地一家私人小妇产医院，顺利产下一个白白胖胖的男婴，低额头，四方脸，酷肖萧军。产后三天，白朗早早晚晚去医院送汤送水照料萧红母子。其间，萧红向她索要止痛片说是牙痛，白朗带给她德国拜尔产的‘加当片’——一种比阿司匹林厉害得多的镇痛药。第四天，萧红十分平静地告诉前来探望的白朗，孩子头天夜里抽风死了。性情率直，遇事少转脑筋的白朗听后马上急了，说孩子昨天还好好的，怎么说死就死了呢，要去找医院理论，萧红死活阻拦不让找。医生、护士也很吃惊，都说要追查原因，萧红自己反倒非常冷淡，也没有表现出多大的悲伤”。
早在2006年初秋，端木夫人钟耀群也告诉笔者同样的情况，来源是从当事人白朗传出。显然，这一段不易说出来的历史是比较可靠的。但是不管怎么说，第二次失去孩子对萧红无疑在心理上是一个极大的创伤。而这种创伤又无法向人诉说，既不能与端木深谈或做“任何解释”，又无法自圆对萧军的复杂情感；她所能做的大概只是压抑自己和忘却过去，慢慢地从这种创伤中走出来。
萧红在产后身体自然非常虚弱，在她回家之前，端木蕻良就向复旦提出是否能搬入学校宿舍的要求。经孙寒冰的安排，他们在沙坪坝复旦农场的苗圃里找到几间空闲的平房，后来才迁入秉庄——复旦教授宿舍。大概这以后端木蕻良和萧红才“正常”地开始了他们两个人的夫妇生活，因为在这以前萧红一直是怀着孩子的双身。
迁入复旦教授宿舍以后，端木蕻良和萧红有更多的机会和复旦师生接触。复旦大学是因为日本人的入侵而从上海内迁到重庆的，大约有一千多名学生。那时候，不少内迁的著名作家都应邀在那儿担任教授，他们中间有靳以、胡风、方令孺、马宗融等。复旦大学的临时校址坐落在重庆附近，北碚对江的一个叫黄桷树的小镇上。学校的校舍和设备都十分简陋，大教室设在一个祠堂里，小教室则征用附近民用平房，环境艰苦，生活单调。有时要买一点小东西或通过邮局寄信(信可以走得快一点)，都要过江。但是，不管怎么说，在复旦教书是端木蕻良第一次得到的一份正式的领薪工作。尽管是兼职的，收入不很高，但每月发薪水。薪水数目在当时一般工薪阶层中属于中上，加上其他的一些稿费和编辑酬劳，端木蕻良和萧红俩人的生活比较安定了，他们又开始了创作。
那时候端木蕻良还应香港戴望舒的邀请，为《星岛日报》的副刊《星座》撰写长篇连载，这就是《大江》。《大江》是边写边登的，戴望舒催稿催得很紧，端木蕻良只得尽量地赶。有一次端木蕻良和萧红一起去探望曹靖华，曹靖华注意到端木蕻良手里拿着《大江》的原稿，原稿上的字迹像是萧红的，于是便追问萧红，萧红只得承认是她帮忙抄的，曹靖华立刻直截了当地说：“你不能给他抄稿子，他怎么能让你给抄呢？不能再这样。”曹大概认为，如此天才的女作家怎么可以为端木蕻良做这种琐碎的抄写工作呢？但他不知道，作为端木蕻良的妻子，在生活上萧红一向是很关心端木蕻良的，萧红不仅帮助端木蕻良抄过稿子，而且还在端木蕻良病重期间帮他写过一大段的呢！这是端木蕻良自己向大家披露的，他说：“有一次，我病了，实在不能动笔，想到望舒信中的嘱咐，萧红便替我写了一大段。”这一大段虽然和《大江》的原风格有些不同，但每当端木蕻良一想到那是萧红的手笔，便一字不动地原样保留到今天。也许这“一大段”就是曹靖华看到的而萧红称之为“代抄”的《大江》。
几十年以后，当端木蕻良回忆起这一段的生活时说：“当时，校长吴南轩，文摘社张志让、贾开基，新闻系的系主任程沦波等，大家处得都很好。”但另一方面，端木蕻良的那些老笔友们好像还是不能接受他。胡风说：在复旦的那段日子里，起先，萧红还常常去看他，“如果她是一个人来，我们谈得很好，如果是他们两个人，就显得无话可说似的，可能是我不愿说，她不敢随便说”。在哈尔滨时代的老朋友白朗曾那样形容萧红说：“虽然整天住在一个小房子里（指萧红在白家等待生产前的日子），红从来不向我说起和军分开以后的生活和情绪。一切都隐藏在她心里，对着一向推心置腹的故友也竟不吐真情了。似乎有着不愿告人的隐痛在折磨她的感情，不然为什么连她的微笑也总使人感到是一种忧愁的伪装呢？”其实，白朗大概并不明白萧红的“忧愁”岂止涉及端木。此时的萧红已“饱经风霜”、“伤痕累累”。难道白朗真有本事去帮萧红解决心里的苦衷吗？
端木蕻良在家里是母亲最小的儿子，长期以来娇惯成性，加上在他父辈熏陶下的贵族气，在愈是没有条件的艰难困苦之中愈加容易发作；萧红则恰恰相反，从小就离开家庭，长期以来经历千辛万苦，好像“命定”就是要吃苦耐劳似的。端木蕻良“常常把萧红当大姐姐看待，认为她是一个像自己姐姐一样可以信赖和依靠的人”，于是在萧红这个充满母性的“大姐姐”的形象支撑之下，端木蕻良那个娇惯的“大孩子”正好“撒一下娇”。就好像香港的周鲸文先生说过的那样：“端木蕻良有些大孩子气，偶尔会撒一下娇。”只是这个娇撒得似乎过分了一点儿，萧红的日本朋友绿川英子也曾打抱不平地说：有一次，看到萧红在“……微雨蒙蒙的武汉码头上夹在濡湿的蚂蚁一般钻动着的逃难的人群中，大腹便便，两手撑着雨伞和笨重的行李，步履维艰……在她旁边的是轻装的端木蕻良，一只手捏着司的克，并不帮助她”。端木蕻良的这一行为足以引起朋友们的“公愤”，无论萧红是怎样坚强的又是怎样富有母性的包容，但她毕竟是一个女性，一个经历了无数坎坷的女性，她同样需要爱、帮助来支撑她那摇摇欲坠的精神和肢体。可惜的是，自称很小就已经很会看女人的端木蕻良，偏偏就是没有看懂自己身边的女人。