人们并不是一开始就使用龟甲进行占卜的。相传，伏羲氏受到龙马负图的启示，“始画八卦，以通神明之德。”说明早在母系氏族之时，先人已发明了用“祝蓍”的方法占卜吉凶和取舍。后来，神农氏“以火德王”，并发明了用火占卜的办法。当时的人们，把火看成无比神圣的东西，氏族内集会都要点起篝火，围火而议。当氏族面临某种大事件的时候，聚集的人越多，火也便越旺。旺火经常发出爆裂的声响，人们把这爆裂的火花，称作“火爆”，并常常把这与火爆后发生的大事联系起来。由此发展，人们便有意识地烧烤竹节、兽骨，使之爆裂，预卜一件事的成败。如果发出清脆响亮的爆裂声，即是“贞”，事情可成；如果发出低细微弱的声响，即是“不贞”，事情难成；如果烧后没有任何动静，便是不祥之兆。
也许，人们寻找过许许多多的烧烤物，最后一致地把目光集中在龟甲上。
在我国古代的神话传说中，认为人赖以生存的大地是由四只巨鳌（神龟）驮着的，没有这些巨鳌的负重爬行，大地就会沉没，人类就会覆灭。神话认为，龟的背甲上印着玄天的奥秘，龟的腹甲上印着地上的以及人间的奥秘，龟自然成为了明天地、通鬼神的灵物。所以，人们选用龟的腹甲，钻孔烧灼，视爆裂之“坼”以断吉凶。
中国传统中将龟、麟、凤、龙称为四灵，而以龟为四灵之首。为什么这样看？其中一个原因是它寿命之长。龟能长寿，至少在百龄以上，龟王则可寿在千年。龟寿长，则阅世深，阅世深，则知古今，明祸福。于是，当人们在生活中事有疑难时，就自然而然地会想到去“合龟兆，视吉凶”，实际上是向寿年长久的龟请教。《淮南子·说林训》解得好：“必问吉凶于龟者，以其历岁久矣。”
“合龟兆，视吉凶。”从实际情况看，在逢吉时，龟卜不常用，只有在逢凶时，才去“合龟兆”，目的当然是避凶就吉，或化凶为吉。而龟本身是化凶为吉的高手。“龟藏六”这一成语说的是：龟在遇到危险时，就将首、尾、四足六肢体藏入甲中，这是龟的本能，也是龟这一灵物的灵性所在。人们进行龟卜，也想从龟的灵性中学得如何进行“龟藏”的本领。
总之，龟灵崇拜具有一定的必然性。当时的先民一定以为龟最善晓人意，又能通天地之灵，在动物中又最长寿，于是，以其腹甲进行起龟卜来了。久而久之，龟卜被赋予神秘的文化内涵，并成了巫师手中的法器。
河南省舞阳县贾湖村发现的贾湖文化，距今约8000年前。贾湖遗址出土的龟甲主要是随葬龟甲，另在房基和灰坑下面也发现了零星出土的龟甲。在清理的349座墓葬中，共有23座墓随葬龟甲，其中有些是随葬成组的背腹甲扣合完整的龟壳，还有随葬龟甲碎片的。在龟甲中内装有数量不等的石子。那么多的龟甲碎片，完全可能是烧烤占卜的结果，而那各色的石子也是卜筮习俗的反映。这说明，早在8000年前，先民就有了龟灵崇拜的观念，也有了以龟甲作为卜筮法器的认知。
此外，在山东和江苏大汶口文化墓地中，都曾发现过一些以龟为随葬的例子。在山东大汶口的11座墓葬中出土龟甲20个，江苏邳县刘林9座墓中出土龟甲13个，大墩子15座墓中出土龟甲16个。另外，在四川巫山大溪文化墓地，也发现有4座墓随葬有龟甲。龟甲的四面八方被发掘出来，至少打破了“卜骨仅见于黄河流域的文化遗存中，长江流域及其以南似乎主要用玉琮为法器沟通神人之间关系”的观念。
龟甲崇拜与玉石崇拜是并不矛盾的。中国将宝龟与宝玉历来视为国之两件重器，而把“龟玉毁于椟中”视为一种极大的伤心事。可是，我们处于远古时代的先民就是将这两件重器合而为一，刻成“玉龟”。浙江友山出土的玉龟，系由黄玉琢出，长3.2厘米，龟体呈椭圆形，头部前伸，颈部圆滑平直，四爪蹬地，作爬行状，形态十分逼真，是龟崇拜与玉崇拜的最完美结合。
看来，以龟甲为占卜法器大盛于商代，而起始点则在远古时代。
卜骨有使用龟甲的，也有使用其他兽骨的。有人以为，是因为龟骨缺乏，才使用兽骨的。事实并非如此，在中原龙山文化和齐家文化遗存中，不少卜骨是使用了牛、鹿、猪、羊的肩胛骨。仔细地看，那是进行较为简单的某种占卜用骨，如果进行较为复杂的、隆重的占卜，还得用龟甲，诚如牟作武先生在《中国古文字的起源》一书中说的：“用牛的胛骨占卜，不能代替龟卜。骨卜是一种单项占卜的方法，并非在没有龟甲的情况下便使用牛胛骨或其他兽骨代替。龟甲有综合预测的功能，即所谓可祈、可问、可兆、可示。”
传世的龟卜，程序相当繁复，大致应分为选龟、攻龟、灼龟、占龟、占坼、断卜六项。先是选龟。并不是所有的龟都可成为卜龟，必须从色泽、品类、年岁等角度去加以选择。然后是攻龟，即把龟杀死后取其龟板，去除其甲胶，磨光磨亮以备用。灼龟，是指根据卜问的内容，选择不同的部位，钻上孔洞，或在这些部位粘上易燃物质做成的灼丸，以待烧卜。占龟是指使用一定的火候进行烧烤，使龟甲表面出现种种颜色深浅不一的灼号和错综复杂的纹路。占坼是依据契孔和灼点爆裂时产生的裂纹“坼”来判断吉凶。断卜是依据占龟之声，占坼之形，综合判断占卜结果，采取应对措施。这是商代占卜鼎盛时的情形，在原始社会应该程序没有这么复杂和完备，但总体的思路和方式方法是一致的。
远古时代的祭祀卜筮活动，是社会生活的重要内容，而神圣的龟灵在其中起的作用是相当巨大的。